BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045J16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,994,929 - 36,145,985
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773
Upstream gene4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci, Cdyl
Downstream geneFars2, LOC100041590, LOC666758, Nrn1, F13a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045J16.bB6Ng01-045J16.g
ACCDH871011DH871012
length1,092945
definitionDH871011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045J16, 5' end.DH871012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,144,870 - 36,145,985)(35,994,929 - 35,995,880)
sequence
gaattcacacactaactatgtagttttaggagggtggaacacatgagcgt
cttcagaggcatgggaaggaacatctttccatagtgctctgaccatagtc
aaaagcatcatcccggcatacatgtccatctctcccgtgatggtcatcag
gtgtgaggtgaactgaaaagcgctcgtcatttcctactaatcaattcctg
tctttgtgtaaatatgcctggccttgcttgtgtttgagagcagagaacag
acactgctgcagggtggtgatttgtcctttagcccctggacccgtcagag
aatacaaatcagtccatctgtgattcatgctgcattttctacttttgtta
gttattgaagtaacctactgtcataaggacatatttgacagccatggata
aaaggattagagaaaagatttaaagatttctcaggtcagagctcagacag
agctcaggtcaggacagtaattataagtccttgccgggcaccctgggaga
gtaagtcttagaagtcatccattaaatgtccttctcctaagtgatcccag
cgctggcaccaggagcttgggcaccactggactgtggccttgcaaggtgg
gtggtccaggaagggcttaccctgaagagccaaggtaggatttctgctca
ggagattttgctgtagacaacataaactttgtgaggagaattcctccaaa
gtttgatgggcatttaggacaactacacaatagagcagctgttctcaaca
tgtgggctgcaacccctctgggggttaataacacttttacaggggtcaca
aatcagatatcttgtacagtacattattatagtctaaagtaacaaaaaca
agtttatgattaggggatccccacaacataaggaactgtactatgggtca
cagcattagaaagttaagaaccactgcaggagagggtctaccaatatatt
ttcaaacagccagcaccttaaacaatccaatgcagttttatagtattcta
caggcactaatatgtcaagatctgtcactacagttctaaagtaataaagt
ggagaggcagtggccgttttcagtaatgcccaaaattctggc
gaattctaggacagccaaggttacatagagataccttgtctcaaaaacaa
aaacaaaccaaaaaaatgtatgcttataaattcttgaaagataaacatca
aatggttccatctaagaaggaacacaaagataggcttcattttactgttt
agagctgtatgacttgacttttaaaaaactattatttgccgggcgtggtg
gcgcaagcctttaatcccagcactcgggaggcagaggcaggcggatttct
gagttctaggccagcctggtctataaagtgagttccaggacagccagggc
tatacagagaaaccctgtcacgaaaaaaaacaaaaacaaaaaaattatta
ttttattatttttatgtatatgggtgttttatcctcatgttatgtctgtg
cacatggatgtgtctggtgcctatggaggtcagaacagggcactggactc
actcaaactggagttacagatagctgtaagctaccaagtgggactgaact
ttggtcttctggaagagcagtcagtgctcttaactgctgagccatttctc
tagcctacttttttttttttaagcagtgctatttcttttctaataaagaa
aggaagaaaaaaaaatgaatgctgtcaccatttggtaggagagcaacagt
attatcctcatcaatacttgtattgtatgttaatgcagagaatgaacctg
taagaaaaatcaagaaaagtaattaagtaactaaagtagcacaacatttg
tttatgaatggttttcacgtgacaacgaatcttccaggtaggtaacaggc
agcatctactacagctctaactcattcattaaactcactacaccccagag
atacactgggacattacatgcaggctccagctagaccaccctggactcag
gcacattcaggggtttttgtgcaatttcctatcacaggttagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_36144870_36145985
seq2: B6Ng01-045J16.b_44_1135 (reverse)

seq1  GCCAGAATTCCTGACAGCCAGATTCTTGGGCA-TACTAGAAAACGGCCAC  49
                      |||||| | ||||||| |||| ||||||||||||
seq2  ----------------GCCAGAATTTTGGGCATTACT-GAAAACGGCCAC  33

seq1  TGCCTCTCCACTTTATTACCTTTTGGACTGGTAGTGACAGATCTTTGACA  99
      |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||| ||||||
seq2  TGCCTCTCCACTTTATTA-CTTTAGAACT-GTAGTGACAGATC-TTGACA  80

seq1  TATTAGTGCCTGTAGAATACTATTAAAACTGCATTGGATTTGTTTAGGGT  149
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || 
seq2  TATTAGTGCCTGTAGAATACTA-TAAAACTGCATTGGA-TTGTTTAAGG-  127

seq1  TGCTGGCTGTTTGAAAATATATTGGTAGACCCTCTCCTGCAGTGGTTCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTGTTTGAAAATATATTGGTAGACCCTCTCCTGCAGTGGTTCTT  177

seq1  AACTTTCCTAATGCTGTGACCCATAGTACAGTTCCTTATGTTGTGGGGAT  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTT-CTAATGCTGTGACCCATAGTACAGTTCCTTATGTTGTGGGGAT  226

seq1  CCCCTAATCATAAACTTGTTTTTGTTACTTTAGACTATAATAATGTACTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAATCATAAACTTGTTTTTGTTACTTTAGACTATAATAATGTACTG  276

seq1  TACAAGATATCTGATTTGTGACCCCTGTAAAAGTGTTATTTAACCCCCAG  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACAAGATATCTGATTTGTGACCCCTGTAAAAGTGTTA-TTAACCCCCAG  325

seq1  AGGGGTTGCAGCCCACATGTTGAGAACAGCTGCTCTATTGTGTAGTTGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGCAGCCCACATGTTGAGAACAGCTGCTCTATTGTGTAGTTGTC  375

seq1  CTAAATGCCCATCAAACTTTGGAGGAATTCTCCTCACAAAGTTTATGTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGCCCATCAAACTTTGGAGGAATTCTCCTCACAAAGTTTATGTTG  425

seq1  TCTACAGCAAAATCTCCTGAGCAGAAATCCTACCTTGGCTCTTCAGGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGCAAAATCTCCTGAGCAGAAATCCTACCTTGGCTCTTCAGGGTA  475

seq1  AGCCCTTCCTGGACCACCCACCTTGCAAGGCCACAGTCCAGTGGTGCCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTCCTGGACCACCCACCTTGCAAGGCCACAGTCCAGTGGTGCCCA  525

seq1  AGCTCCTGGTGCCAGCGCTGGGATCACTTAGGAGAAGGACATTTAATGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTGGTGCCAGCGCTGGGATCACTTAGGAGAAGGACATTTAATGGA  575

seq1  TGACTTCTAAGACTTACTCTCCCAGGGTGCCCGGCAAGGACTTATAATTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTAAGACTTACTCTCCCAGGGTGCCCGGCAAGGACTTATAATTA  625

seq1  CTGTCCTGACCTGAGCTCTGTCTGAGCTCTGACCTGAGAAATCTTTAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGACCTGAGCTCTGTCTGAGCTCTGACCTGAGAAATCTTTAAAT  675

seq1  CTTTTCTCTAATCCTTTTATCCATGGCTGTCAAATATGTCCTTATGACAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCTAATCCTTTTATCCATGGCTGTCAAATATGTCCTTATGACAG  725

seq1  TAGGTTACTTCAATAACTAACAAAAGTAGAAAATGCAGCATGAATCACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTACTTCAATAACTAACAAAAGTAGAAAATGCAGCATGAATCACAG  775

seq1  ATGGACTGATTTGTATTCTCTGACGGGTCCAGGGGCTAAAGGACAAATCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGATTTGTATTCTCTGACGGGTCCAGGGGCTAAAGGACAAATCA  825

seq1  CCACCCTGCAGCAGTGTCTGTTCTCTGCTCTCAAACACAAGCAAGGCCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTGCAGCAGTGTCTGTTCTCTGCTCTCAAACACAAGCAAGGCCAG  875

seq1  GCATATTTACACAAAGACAGGAATTGATTAGTAGGAAATGACGAGCGCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTTACACAAAGACAGGAATTGATTAGTAGGAAATGACGAGCGCTT  925

seq1  TTCAGTTCACCTCACACCTGATGACCATCACGGGAGAGATGGACATGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCACCTCACACCTGATGACCATCACGGGAGAGATGGACATGTAT  975

seq1  GCCGGGATGATGCTTTTGACTATGGTCAGAGCACTATGGAAAGATGTTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGATGATGCTTTTGACTATGGTCAGAGCACTATGGAAAGATGTTCC  1025

seq1  TTCCCATGCCTCTGAAGACGCTCATGTGTTCCACCCTCCTAAAACTACAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGCCTCTGAAGACGCTCATGTGTTCCACCCTCCTAAAACTACAT  1075

seq1  AGTTAGTGTGTGAATTC  1116
      |||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTGTGTGAATTC  1092

seq1: chr13_35994929_35995880
seq2: B6Ng01-045J16.g_68_1011

seq1  GAATTCTAGGACAGCCAAGGTTACATAGAGATACCTTGTCTCAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAGCCAAGGTTACATAGAGATACCTTGTCTCAAAAACAA  50

seq1  AAACAAACCAAAAAAATGTATGCTTATAAATTCTTGAAAGATAAACATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACCAAAAAAATGTATGCTTATAAATTCTTGAAAGATAAACATCA  100

seq1  AATGGTTCCATCTAAGAAGGAACACAAAGATAGGCTTCATTTTACTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCCATCTAAGAAGGAACACAAAGATAGGCTTCATTTTACTGTTT  150

seq1  AGAGCTGTATGACTTGACTTTTAAAAAACTATTATTTGCCGGGCGTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTATGACTTGACTTTTAAAAAACTATTATTTGCCGGGCGTGGTG  200

seq1  GCGCAAGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCAAGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCT  250

seq1  GAGTTCTAGGCCAGCCTGGTCTATAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTAGGCCAGCCTGGTCTATAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  300

seq1  TATACAGAGAAACCCTGTCACGAAAAAAAACAAAAACAAAAAAATTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAGAAACCCTGTCACGAAAAAAAACAAAAACAAAAAAATTATTA  350

seq1  TTTTATTATTTTTATGTATATGGGTGTTTTATCCTCATGTTATGTCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTATTTTTATGTATATGGGTGTTTTATCCTCATGTTATGTCTGTG  400

seq1  CACATGGATGTGTCTGGTGCCTATGGAGGTCAGAACAGGGCACTGGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGATGTGTCTGGTGCCTATGGAGGTCAGAACAGGGCACTGGACTC  450

seq1  ACTCAAACTGGAGTTACAGATAGCTGTAAGCTACCAAGTGGGACTGAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAACTGGAGTTACAGATAGCTGTAAGCTACCAAGTGGGACTGAACT  500

seq1  TTGGTCTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATTTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATTTCTC  550

seq1  TAGCCTACTTTTTTTTTTTTAAGCAGTGCTATTTCTTTTCTAATAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTACTTTTTTTTTTTTAAGCAGTGCTATTTCTTTTCTAATAAAGAA  600

seq1  AGGAAGAAAAAAAAATGAATGCTGTCACCATTTGGTAGGAGAGCAACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAAAAAAATGAATGCTGTCACCATTTGGTAGGAGAGCAACAGT  650

seq1  ATTATCCTCATCAATACTTGTATTGTATGTTAATGCAGAGAATGAACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCTCATCAATACTTGTATTGTATGTTAATGCAGAGAATGAACCTG  700

seq1  TAAGAAAAATCAAGAAAAGTAATTAAGTAACTAAAGTAGCACAACATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAATCAAGAAAAGTAATTAAGTAACTAAAGTAGCACAACATTTG  750

seq1  TTTATGAATGGTTTTCACGTGACAACGAATCTTCCAGGTAGGTAACAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAATGGTTTTCACGTGACAACGAATCTTCCAGGTAGGTAACAGGC  800

seq1  AGCATCTACTACAGCTCTAACTCATTCAATAAACCCACTACACCCCAGAG  850
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  AGCATCTACTACAGCTCTAACTCATTCATTAAACTCACTACACCCCAGAG  850

seq1  ATACACTGGAACATATACATGCAAGGCTCCAGCTAGACCACCCCAGGACT  900
      ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  ATACACTGGGACAT-TACATGC-AGGCTCCAGCTAGACCA-CCCTGGACT  897

seq1  CAGGCCACATTCAGGGGCTTTTTGTGCAAGTTTCCTATCAACAGGTTGAG  950
      |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||
seq2  CAGG-CACATTCAGGGG-TTTTTGTGCAA-TTTCCTATC-ACAGGTT-AG  942

seq1  AA  952
      ||
seq2  AA  944