BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046H02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 20,594,534 - 20,648,342
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElmo1
Upstream geneEpdr1, Sfrp4, Txndc3, A530099J19Rik, Gpr141, LOC432730
Downstream geneLOC100040226, LOC665381, LOC665386, Aoah, Olfr1370, Olfr1369-ps1, Olfr42, Olfr1368, Trim27, Gpx5, LOC625752, Gpx6, Olfr1367, Zfp96, LOC665454, Zkscan3, Pgbd1, 4930470G03Rik, Zfp187, 4921504I05Rik, OTTMUSG00000000421, AK157302, LOC100040340, Zfp192, Olfr1366, Olfr1365
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046H02.bB6Ng01-046H02.g
ACCDH871606DH871607
length245975
definitionDH871606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046H02, 5' end.DH871607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046H02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,594,534 - 20,594,778)(20,647,367 - 20,648,342)
sequence
gaattcatcatcacagagacatcccagcagcaagagcctgagcagctggt
cacagtgcatgtgtggttaaggaaagggtggtacacatgtgtggttaagg
agagggtggtacacgtgtgtggttaaggagagggtggtacacatgtgtgg
ttaaggagacggtggtacacgtgtgtggttaaggagagggtggtacacat
gtgtggttaaggagagggtggtacgcgtgtgtggttaaggagagg
gaattcactattaaatagtgacaaatgaaagtggagaacctgctccactg
gaagggagatttaataaactttaaaagcagtctgcttaggctcaaactca
gaggaaatggagtgggaaaagaacgtctggttccataaagaagccctggt
gccaggcaaggctgtagagctgaggacattgcatagctgactcagcacat
cctccatagctgactcagcacatcctccataaagagctggcatccaaccc
tggggatgccttgtgcagacagatgggtggtgggtacaggagcacactgg
tcaacactcaactgtacgtaaagccacccttcagtatcttcgagggattg
gtttgaggatacttgtggattctcaaatctgaagatctgaatctcttaca
taaaatggcatagtgtttgcaaacgcctacctatatcctcccctctactg
caaatcacttgcaaatgaggtactgtacctaacacaacatcagtgctgtt
cagtagctttcctaacatactgtttatagaataaagacaaggaagaagct
gcatacactcagcatagagacaaccctccatggccaaagatttttgattc
ctaatctggataccatgtctatagatatagagggctggctgtcctcacca
tccgtctctaactacctctccccatacagaaaacacaaggctgactgtga
catggtaaaagccctattctcagatggaacattgagactaccatgagact
accaagtccagctgattcatcctaaagataaatacatttgggtttaagtt
tatgtaataagttttgcttcctggtattggtattagatgatttggctggt
tgtggtggtgcctactggtaggaaatgctgaagatgtaagcaagagatca
caatgcaggagacgctgtagggagtaatgtagatgcaatacctcatatat
gatcctcatgtatgaagttctcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_20594534_20594778
seq2: B6Ng01-046H02.b_38_282

seq1  GAATTCATCATCACAGAGACATCCCAGCAGCAAGAGCCTGAGCAGCTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATCACAGAGACATCCCAGCAGCAAGAGCCTGAGCAGCTGGT  50

seq1  CACAGTGCATGTGTGGTTAAGGAAAGGGTGGTACACATGTGTGGTTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCATGTGTGGTTAAGGAAAGGGTGGTACACATGTGTGGTTAAGG  100

seq1  AGAGGGTGGTACACGTGTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACACATGTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTGGTACACGTGTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACACATGTGTGG  150

seq1  TTAAGGAGACGGTGGTACACGTGTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGACGGTGGTACACGTGTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACACAT  200

seq1  GTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACGCGTGTGTGGTTAAGGAGAGG  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTTAAGGAGAGGGTGGTACGCGTGTGTGGTTAAGGAGAGG  245

seq1: chr13_20647367_20648342
seq2: B6Ng01-046H02.g_68_1042 (reverse)

seq1  TCTGAGAACTTCATACATGAGTATCATATATGA-GTATTGCATCTACATT  49
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAACTTCATACATGAGGATCATATATGAGGTATTGCATCTACATT  50

seq1  ACTCCCCTACAGCGTCTCCTGCCTTGTGATCTCTTGCCTTACCTCTTCAG  99
      ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  ACT-CCCTACAGCGTCTCCTGCATTGTGATCTCTTG-CTTACATCTTCAG  98

seq1  CATTTCCTACCAGTAGGCACCACCACAACCAGCCAAATCATCTAATACCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCTACCAGTAGGCACCACCACAACCAGCCAAATCATCTAATACCA  148

seq1  ATACCAGGAAGCAAAACTTATTACATAAACTTAAACCCAAATGTATTTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGGAAGCAAAACTTATTACATAAACTTAAACCCAAATGTATTTAT  198

seq1  CCTTAGGATGAATCAGCTGGACTTGGTAGTCTCATGGTAGTCTCAATGTT  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGATGAATCAGCTGGACTTGGTAGTCTCATGGTAGTCTCAATGTT  248

seq1  CCATCTGAGAATAGGGCTTTTACCATGTCACAGTCAGCCTTGTGTTTTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGAGAATAGGGCTTTTACCATGTCACAGTCAGCCTTGTGTTTTCT  298

seq1  GTATGGGGAGAGGTAGTTAGAGACGGATGGTGAGGACAGCCAGCCCTCTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGGAGAGGTAGTTAGAGACGGATGGTGAGGACAGCCAGCCCTCTA  348

seq1  TATCTATAGACATGGTATCCAGATTAGGAATCAAAAATCTTTGGCCATGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATAGACATGGTATCCAGATTAGGAATCAAAAATCTTTGGCCATGG  398

seq1  AGGGTTGTCTCTATGCTGAGTGTATGCAGCTTCTTCCTTGTCTTTATTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGTCTCTATGCTGAGTGTATGCAGCTTCTTCCTTGTCTTTATTCT  448

seq1  ATAAACAGTATGTTAGGAAAGCTACTGAACAGCACTGATGTTGTGTTAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGTATGTTAGGAAAGCTACTGAACAGCACTGATGTTGTGTTAGG  498

seq1  TACAGTACCTCATTTGCAAGTGATTTGCAGTAGAGGGGAGGATATAGGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTACCTCATTTGCAAGTGATTTGCAGTAGAGGGGAGGATATAGGTA  548

seq1  GGCGTTTGCAAACACTATGCCATTTTATGTAAGAGATTCAGATCTTCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTTTGCAAACACTATGCCATTTTATGTAAGAGATTCAGATCTTCAGA  598

seq1  TTTGAGAATCCACAAGTATCCTCAAACCAATCCCTCGAAGATACTGAAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAATCCACAAGTATCCTCAAACCAATCCCTCGAAGATACTGAAGG  648

seq1  GTGGCTTTACGTACAGTTGAGTGTTGACCAGTGTGCTCCTGTACCCACCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTTACGTACAGTTGAGTGTTGACCAGTGTGCTCCTGTACCCACCA  698

seq1  CCCATCTGTCTGCACAAGGCATCCCCAGGGTTGGATGCCAGCTCTTTATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGTCTGCACAAGGCATCCCCAGGGTTGGATGCCAGCTCTTTATG  748

seq1  GAGGATGTGCTGAGTCAGCTATGGAGGATGTGCTGAGTCAGCTATGCAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGTGCTGAGTCAGCTATGGAGGATGTGCTGAGTCAGCTATGCAAT  798

seq1  GTCCTCAGCTCTACAGCCTTGCCTGGCACCAGGGCTTCTTTATGGAACCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGCTCTACAGCCTTGCCTGGCACCAGGGCTTCTTTATGGAACCA  848

seq1  GACGTTCTTTTCCCACTCCATTTCCTCTGAGTTTGAGCCTAAGCAGACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTCTTTTCCCACTCCATTTCCTCTGAGTTTGAGCCTAAGCAGACTG  898

seq1  CTTTTAAAGTTTATTAAATCTCCCTTCCAGTGGAGCAGGTTCTCCACTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAGTTTATTAAATCTCCCTTCCAGTGGAGCAGGTTCTCCACTTT  948

seq1  CATTTGTCACTATTTAATAGTGAATTC  976
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTCACTATTTAATAGTGAATTC  975