BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047F01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 116,532,042 - 116,652,033
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMocs2, Itga2, LOC100040975, Itga1, Pelo, LOC100041023, LOC547402, LOC100041045
Downstream geneEG623174, Isl1, EG668276, Gm280, LOC100041169, Parp8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047F01.bB6Ng01-047F01.g
ACCDH872213DH872214
length1,1281,004
definitionDH872213|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047F01, 5' end.DH872214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,650,886 - 116,652,033)(116,532,042 - 116,533,074)
sequence
gaattcagttggtgtgagttggcagtgagaggaaatgcacaagggaatca
acaggtgttaaaggccttgatcgtcggtagctctgatattacagataggt
tgtccaaaagctgccatacagtaaaggataaattaaccatgacaaacacg
ttttattaacaatgaaaaatgtcacagtgttaaaaatgaaagattacacc
gttttattcatgatggcctaatgttaaataccaaaatagctgaaacattt
acattaggtagaaatgcttctgttattcacatgctgcacctgggaaatta
tgttgtgacaaagaaacgtcagtatttcaactttccaaaatctgaaacag
ccatcagttgcagataaattttttttattggatttggataaattttagac
aattagcagtccttcaaatgtgatttagccaagtaccccaatgggacata
tgacttattggcatttataactcattggagaagagtgattcctgtcatag
ctgaatgtgtagatatttattgtgataaaatcagatctgctactggactt
tacaaccctttggtgaaagaaaagtctctaggtaaaatacatgaaatata
aactaattgctgatttgtgctgtaatagagattggatctgtacacaaacc
tgaaaacttcaaagctacatattatatttttaaattataatttataatat
gtttatttaaatggctcttctatacacacagagagagaagaaaattacac
tatatacttttcacatcaaaaccacaattatttctggctataaacctcta
aaaaaatatatatatggcatgtatttccatgtgaaatatgcatacataaa
taatcatacacataaattttcaaatgaggtttagtagacacgaaattcca
aatgtctcagaaacaggctattcagtaattgcccatgggcactgtgtcta
aagaccagtagaacctaagcatataaccatttgactgtttttctaggact
ttaatttatcccacattgctatatctttcttcatgtgcttcatttcttag
gaagatatgagtcaaagctcttaaatgccttctagcttaaaagatacaaa
cagctcaggaagtcaacttaccatccag
gaattcttctgccagactaacaacaatgttgaaatttatagaaagcaaga
tgccatcaggagaccctattcagaacattgtatttcttatatggccggga
gattacaagtatcccttgtatggcagagagaataaggacccttgaattag
tcaacagtttgttactgtgacataataccttaaggatatcattctaaaga
ggaaggatttcttgttttcgaaggtcatggtctggtcattgatgactact
gggaaacaaacaatcttgagggcaaaatgcaacaggaagaaaaaagctgt
tcattccatagcagccaatggcagcaggggacaaactgggagggagtgtc
taggatgagatatagctaaccctaaccctagccctagccctagccctagc
cctagccctagccctagccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccc
taactctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctt
cataggaacacttccagtggcctatatcctctagctaaaccccacattct
aacgtccatcaccttctataaatacacaaaactatattaatgtgataagt
tcctgattaggtcacagccctcatgggcaaaccacatcatatctccccta
aatttgaaaccacgctttcaacccttgagtcaagtcttgttatttcccac
tagtgaagattaccccatcttcctgtgccaagaccttgacaaatgcttta
tgctccagtccactttgatgtaagtgagctgtggggtattttgtctgtat
tctctaggtaaccacaattcccttgcatgggatcaaatcattaaacgctt
taaacctaatatttctgtttcttcagtcgtctgattcactggtctagagc
gtcacactaccctgtttctgtgctgactacgccctgtacagctctgagac
tcagcactatgaattatcctgagtattagcttaccttcaatgctactcta
caac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_116650886_116652033
seq2: B6Ng01-047F01.b_48_1175 (reverse)

seq1  CTGGATGGGTAAGTGTGACTTCCTGGAGCCTGTTTGTATCTTTTTAGGCT  50
      |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  CTGGAT-GGTAAGT-TGACTTCCT-GAG-CTGTTTGTATC-TTTTAAGCT  45

seq1  AGAAGGGCATTTAAAGAGCTTTGGACTCATATTCTTTTCCTAAAGAAAAT  100
      |||| ||||||| ||||||||| ||||||||   | |||||||   ||||
seq2  AGAA-GGCATTT-AAGAGCTTT-GACTCATA---TCTTCCTAA--GAAAT  87

seq1  GAAGCACATTGAAGAAAAGATATAGCAATGTTGGGAATAAATTAAAAGTC  150
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||||| ||||||
seq2  GAAGCACA-TGAAG-AAAGATATAGCAATGT--GGGATAAATT-AAAGTC  132

seq1  TAGGAAAAACAGTCAAATGG-TATATGGCTTAGGTTCTACTGGTCTTTAG  199
         ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAACAGTCAAATGGTTATAT-GCTTAGGTTCTACTGGTCTTTAG  181

seq1  ACACCAGTGCCCATGGGCAATTACTGAATAGCCTG-TTCTGAGACATTTG  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACA-CAGTGCCCATGGGCAATTACTGAATAGCCTGTTTCTGAGACATTTG  230

seq1  GAATTTCGTGTCCTACTAAACCTCATTTGAAAATTTATGTGTATGATTAT  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCGTGT-CTACTAAACCTCATTTGAAAATTTATGTGTATGATTAT  279

seq1  TTATGTATGCATATTTCACATGGAAATACATGCCATATATATATTTTTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATGTATGCATATTTCACATGGAAATACATGCCATATATATA-TTTTTT  328

seq1  TAGAGGTTTATAGCCAGAAATAATTGTGGTTTTGATGTGAAAAGTATATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTTTATAGCCAGAAATAATTGTGGTTTTGATGTGAAAAGTATATA  378

seq1  GTGTAATTTTCTTCTCTCTCTGTGTGTATAGAAGAGCCATTTAAATAAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATTTTCTTCTCTCTCTGTGTGTATAGAAGAGCCATTTAAATAAAC  428

seq1  ATATTATAAATTATAATTTAAAAATATAATATGTAGCTTTGAAGTTTTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAAATTATAATTTAAAAATATAATATGTAGCTTTGAAGTTTTCA  478

seq1  GGTTTGTGTACAGATCCAATCTCTATTACAGCACAAATCAGCAATTAGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGTACAGATCCAATCTCTATTACAGCACAAATCAGCAATTAGTT  528

seq1  TATATTTCATGTATTTTACCTAGAGACTTTTCTTTCACCAAAGGGTTGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTCATGTATTTTACCTAGAGACTTTTCTTTCACCAAAGGGTTGTA  578

seq1  AAGTCCAGTAGCAGATCTGATTTTATCACAATAAATATCTACACATTCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGTAGCAGATCTGATTTTATCACAATAAATATCTACACATTCAG  628

seq1  CTATGACAGGAATCACTCTTCTCCAATGAGTTATAAATGCCAATAAGTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACAGGAATCACTCTTCTCCAATGAGTTATAAATGCCAATAAGTCA  678

seq1  TATGTCCCATTGGGGTACTTGGCTAAATCACATTTGAAGGACTGCTAATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCCATTGGGGTACTTGGCTAAATCACATTTGAAGGACTGCTAATT  728

seq1  GTCTAAAATTTATCCAAATCCAATAAAAAAAATTTATCTGCAACTGATGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAATTTATCCAAATCCAATAAAAAAAATTTATCTGCAACTGATGG  778

seq1  CTGTTTCAGATTTTGGAAAGTTGAAATACTGACGTTTCTTTGTCACAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCAGATTTTGGAAAGTTGAAATACTGACGTTTCTTTGTCACAACA  828

seq1  TAATTTCCCAGGTGCAGCATGTGAATAACAGAAGCATTTCTACCTAATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCCAGGTGCAGCATGTGAATAACAGAAGCATTTCTACCTAATGT  878

seq1  AAATGTTTCAGCTATTTTGGTATTTAACATTAGGCCATCATGAATAAAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTCAGCTATTTTGGTATTTAACATTAGGCCATCATGAATAAAAC  928

seq1  GGTGTAATCTTTCATTTTTAACACTGTGACATTTTTCATTGTTAATAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAATCTTTCATTTTTAACACTGTGACATTTTTCATTGTTAATAAAA  978

seq1  CGTGTTTGTCATGGTTAATTTATCCTTTACTGTATGGCAGCTTTTGGACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTTGTCATGGTTAATTTATCCTTTACTGTATGGCAGCTTTTGGACA  1028

seq1  ACCTATCTGTAATATCAGAGCTACCGACGATCAAGGCCTTTAACACCTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCTGTAATATCAGAGCTACCGACGATCAAGGCCTTTAACACCTGT  1078

seq1  TGATTCCCTTGTGCATTTCCTCTCACTGCCAACTCACACCAACTGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCCTTGTGCATTTCCTCTCACTGCCAACTCACACCAACTGAATTC  1128

seq1: chr13_116532042_116533074
seq2: B6Ng01-047F01.g_66_1069

seq1  GAATTCTTCTGCCAGACTAACAACAATGTTGAAATTTATAGAAAGCAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGCCAGACTAACAACAATGTTGAAATTTATAGAAAGCAAGA  50

seq1  TGCCATCAGGAGACCCTATTCAGAACATTGTATTTCTTATATGGCCGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCAGGAGACCCTATTCAGAACATTGTATTTCTTATATGGCCGGGA  100

seq1  GATTACAAGTATCCCTTGTATGGCAGAGAGAATAAGGACCCTTGAATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAGTATCCCTTGTATGGCAGAGAGAATAAGGACCCTTGAATTAG  150

seq1  TCAACAGTTTGTTACTGTGACATAATACCTTAAGGATATCATTCTAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGTTTGTTACTGTGACATAATACCTTAAGGATATCATTCTAAAGA  200

seq1  GGAAGGATTTCTTGTTTTCGAAGGTCATGGTCTGGTCATTGATGACTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGATTTCTTGTTTTCGAAGGTCATGGTCTGGTCATTGATGACTACT  250

seq1  GGGAAACAAACAATCTTGAGGGCAAAATGCAACAGGAAGAAAAAAGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACAAACAATCTTGAGGGCAAAATGCAACAGGAAGAAAAAAGCTGT  300

seq1  TCATTCCATAGCAGCCAATGGCAGCAGGGGACAAACTGGGAGGGAGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCATAGCAGCCAATGGCAGCAGGGGACAAACTGGGAGGGAGTGTC  350

seq1  TAGGATGAGATATAGCTAACCCTAACCCTAGCCCTAGCCCTAGCCCTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGAGATATAGCTAACCCTAACCCTAGCCCTAGCCCTAGCCCTAGC  400

seq1  CCTAGCCCTAGCCCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCCTAGCCCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC  450

seq1  TAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTT  500

seq1  CATAGGAACACTTCCAGTGGCCTATATCCTCTAGCTAAACCCCACATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGAACACTTCCAGTGGCCTATATCCTCTAGCTAAACCCCACATTCT  550

seq1  AACGTCCATCACCTTCTATAAATACACAAAACTATATTAATGTGATAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCCATCACCTTCTATAAATACACAAAACTATATTAATGTGATAAGT  600

seq1  TCCTGATTAGGTCACAGCCCTCATGGGCAAACCACATCATATCTCCCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATTAGGTCACAGCCCTCATGGGCAAACCACATCATATCTCCCCTA  650

seq1  AATTTGAAACCACGCTTTCAACCCTTGAGTCAAGTCTTGTTATTTCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAAACCACGCTTTCAACCCTTGAGTCAAGTCTTGTTATTTCCCAC  700

seq1  TAGTGAAGATTACCCCATCTTCCTGTGCCAAGACCTTGACAAATGCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGATTACCCCATCTTCCTGTGCCAAGACCTTGACAAATGCTTTA  750

seq1  TGCTCCAGTCCACTTTGATGTAAGTGAGCTGTGGGGTATTTTGTCTGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGCTCCAGTCCACTTTGATGTAAGTGAGCTGTGGGGTATTTTGTCTG-TA  799

seq1  TTCTCTAGGTAACCACAATTCCCTTTGCAATGGGATCAAATCAATTAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTCTCTAGGTAACCACAATTCCC-TTGC-ATGGGATCAAATC-ATTAAAC  846

seq1  GCTTTAAACCT-ATATTTCTGTTTTCTTCAGTCGTCTGATTTCAACCTGG  899
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||
seq2  GCTTTAAACCTAATATTTCTG-TTTCTTCAGTCGTCTGA-TTCA--CTGG  892

seq1  TCTAAGAGCGGTCACCACTTACCCTGTTTTCTGTGCTGACTTAACGCCCC  949
      ||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||
seq2  TCT-AGAGC-GTCA-CAC-TACCCTG-TTTCTGTGCTGACT--ACG-CCC  934

seq1  TGTACAAGCTCTGAGACTTCAAGCAACTATGAAATTATCTCTGAGTATTT  999
      ||||| ||||||||||||   ||| |||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  TGTAC-AGCTCTGAGACT--CAGC-ACTATG-AATTATC-CTGAGTA-TT  977

seq1  AGCCTACACCTTTTCAATGCTAAACTCTAACAAC  1033
      ||| |||     |||||||||  ||||| |||||
seq2  AGCTTAC----CTTCAATGCT--ACTCT-ACAAC  1004