BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051D15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 72,886,760 - 73,025,879
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
Downstream geneLOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2, Slc6a3, Clptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7, Nkd2, EG666360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051D15.bB6Ng01-051D15.g
ACCDH874932DH874933
length5101,086
definitionDH874932|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051D15, 5' end.DH874933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,025,364 - 73,025,879)(72,886,760 - 72,887,857)
sequence
caagtatgtagaagtgagatacagggacacaaagcaaacacttcactgat
aatcacagagaaatacatttaaaaacaattcatatgtatacatacgtatg
tatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatctctacttatt
gaaggctttctcctaaggggttaactcttggctgagtatatgatacttca
atgtgtctgagctgactgactctttgattttataattagcaatgttggga
atgccattttgcataaatgtgtagggaaaacagcagaggaaaatttgggg
ccgtttcagaaactgttggacattctgtcctcattatatgccaaaattca
ttgagttaatttttaaagcaactcaagtcagcaacttccgtagcaatttt
tgaaagtaagacttacaacacaatacaacacagtacagtacaatgttata
ctaatttgattcttctatgtggtgttggttagattctgtcaaactagagt
cacctgggga
gaattccatgaaacccagagcccaaacaactcataaactacttacatcag
gtgtattgtttctgtgactcacttagatgaatcgcatgtgatccagtgtc
tttctagctgctggagcatcaggtaaacaccaacttctcagttgcttttc
tctttgtgactgttcgtatgccccagtggccctatgtctaaggattctag
tcatattagaatctgctttccccaacttcattttcacctgcgtgcatctt
caaagatgctttgtggaaaaagatcacatttgtagatgtggtgttaggac
aagtgcatcgttcagaggagttaactcagcccataaaactgcactgactg
gctttgagggaggtgcacctgaaagacttaatctggtaaagggtgtacac
atgtgaggtttgtacctcaaaacaatggcggctgaccaggggaaccagct
ccttgtttctaccacagaaacaacttcatttcagaaaatctattttctta
gcatgaggcaatctgttttggggagagtcacatttactcacacagctggg
tgggcctggctgcagactcctgtgtggcactgccaacatgaagaagattt
gtagtcatcacatagctacagtctaggcagtatatttcacagaaagggtc
agaatcctcacaaatccagagagccagcagcccctctcaaagtcactcgc
aactcctcagccaccctataaatgtgctaattagcattatgcacgtcaaa
gaggagtttaagttggcaaaatagtggattgttgatcagactagagggtt
agcaatgggctccccttaatgaaagaacttattcttaggattagacagaa
gaagaggcctgtgcgcccgggggtgcgcgcgcgcacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacatctagggggaggtaggcca
agtacagccctgacttggctgggttacatgagtacgtttctggctgctta
gtgggttaacagattagttgaattccctaaagagcagatagttcttccta
tcacagagacaaccacagaggctgcaaagaagggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73025364_73025879
seq2: B6Ng01-051D15.b_45_560 (reverse)

seq1  TCCCCAGGTGACTCTAGTTTGACAGAATCTAACCAACACCACATAGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGGTGACTCTAGTTTGACAGAATCTAACCAACACCACATAGAAGA  50

seq1  ATCAAATTAGTATAACATTGTACTGTACTGTGTTGTATTGTGTTGTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTAGTATAACATTGTACTGTACTGTGTTGTATTGTGTTGTAAGT  100

seq1  CTTACTTTCAAAAATTGCTACGGAAGTTGCTGACTTGAGTTGCTTTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTTCAAAAATTGCTACGGAAGTTGCTGACTTGAGTTGCTTTAAAA  150

seq1  ATTAACTCAATGAATTTTGGCATATAATGAGGACAGAATGTCCAACAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCAATGAATTTTGGCATATAATGAGGACAGAATGTCCAACAGTT  200

seq1  TCTGAAACGGCCCCAAATTTTCCTCTGCTGTTTTCCCTACACATTTATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACGGCCCCAAATTTTCCTCTGCTGTTTTCCCTACACATTTATGC  250

seq1  AAAATGGCATTCCCAACATTGCTAATTATAAAATCAAAGAGTCAGTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGCATTCCCAACATTGCTAATTATAAAATCAAAGAGTCAGTCAGC  300

seq1  TCAGACACATTGAAGTATCATATACTCAGCCAAGAGTTAACCCCTTAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACATTGAAGTATCATATACTCAGCCAAGAGTTAACCCCTTAGGA  350

seq1  GAAAGCCTTCAATAAGTAGTGATACATACATACATACATACATACATACA  400
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTTCAATAAGTAGAGATACATACATACATACATACATACATACA  400

seq1  TACATACATACATACGTATGTATACATATGAATTGTTTTTAAATGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATACGTATGTATACATATGAATTGTTTTTAAATGTATTT  450

seq1  CTCTGTGATTATCAGTGAAGTGTTTGCTTTGTGTCCCTGTATCTCACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGATTATCAGTGAAGTGTTTGCTTTGTGTCCCTGTATCTCACTTC  500

seq1  TACATACTTGGAATTC  516
      ||||||||||||||||
seq2  TACATACTTGGAATTC  516

seq1: chr13_72886760_72887857
seq2: B6Ng01-051D15.g_67_1152

seq1  GAATTCCATGAAACCCAGAGCCCAAACAACTCATAAACTACTTACATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAAACCCAGAGCCCAAACAACTCATAAACTACTTACATCAG  50

seq1  GTGTATTGTTTCTGTGACTCACTTAGATGAATCGCATGTGATCCAGTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTGTTTCTGTGACTCACTTAGATGAATCGCATGTGATCCAGTGTC  100

seq1  TTTCTAGCTGCTGGAGCATCAGGTAAACACCAACTTCTCAGTTGCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCTGCTGGAGCATCAGGTAAACACCAACTTCTCAGTTGCTTTTC  150

seq1  TCTTTGTGACTGTTCGTATGCCCCAGTGGCCCTATGTCTAAGGATTCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGACTGTTCGTATGCCCCAGTGGCCCTATGTCTAAGGATTCTAG  200

seq1  TCATATTAGAATCTGCTTTCCCCAACTTCATTTTCACCTGCGTGCATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTAGAATCTGCTTTCCCCAACTTCATTTTCACCTGCGTGCATCTT  250

seq1  CAAAGATGCTTTGTGGAAAAAGATCACATTTGTAGATGTGGTGTTAGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGCTTTGTGGAAAAAGATCACATTTGTAGATGTGGTGTTAGGAC  300

seq1  AAGTGCATCGTTCAGAGGAGTTAACTCAGCCCATAAAACTGCACTGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCATCGTTCAGAGGAGTTAACTCAGCCCATAAAACTGCACTGACTG  350

seq1  GCTTTGAGGGAGGTGCACCTGAAAGACTTAATCTGGTAAAGGGTGTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAGGGAGGTGCACCTGAAAGACTTAATCTGGTAAAGGGTGTACAC  400

seq1  ATGTGAGGTTTGTACCTCAAAACAATGGCGGCTGACCAGGGGAACCAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGTTTGTACCTCAAAACAATGGCGGCTGACCAGGGGAACCAGCT  450

seq1  CCTTGTTTCTACCACAGAAACAACTTCATTTCAGAAAATCTATTTTCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTCTACCACAGAAACAACTTCATTTCAGAAAATCTATTTTCTTA  500

seq1  GCATGAGGCAATCTGTTTTGGGGAGAGTCACATTTACTCACACAGCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGCAATCTGTTTTGGGGAGAGTCACATTTACTCACACAGCTGGG  550

seq1  TGGGCCTGGCTGCAGACTCCTGTGTGGCACTGCCAACATGAAGAAGATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGGCTGCAGACTCCTGTGTGGCACTGCCAACATGAAGAAGATTT  600

seq1  GTAGTCATCACATAGCTACAGTCTAGGCAGTATATTTCACAGAAAGGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCATCACATAGCTACAGTCTAGGCAGTATATTTCACAGAAAGGGTC  650

seq1  AGAATCCTCACAAATCCAGAGAGCCAGCAGCCCCTCTCAAAGTCACTCGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTCACAAATCCAGAGAGCCAGCAGCCCCTCTCAAAGTCACTCGC  700

seq1  AACTCCTCAGCCACCCTATAAATGTGCTAATTAGCATTATGCACGTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTCAGCCACCCTATAAATGTGCTAATTAGCATTATGCACGTCAAA  750

seq1  GAGGAGTTTAAGTTGGCAAAATAGTGGATTGTTGATCAGACTAGAGGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTTTAAGTTGGCAAAATAGTGGATTGTTGATCAGACTAGAGGGTT  800

seq1  AGCAATGGGCTCCCCTTAATGAAAGAACTTATTCTTAGGATTAGACAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGGGCTCCCCTTAATGAAAGAACTTATTCTTAGGATTAGACAGAA  850

seq1  GAAAGAGGCCTGTGCGCCCGGGGGTGCGCGCGCGCACACACACACACACA  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AAGAGGCCTGTGCGCCCGGGGGTGCGCGCGCGCACACACACACACACA  899

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACATCTA-GGGGAGGTAGGCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACATCTAGGGGGAGGTAGGCC  949

seq1  AAGTACAGCCCTGAACTTGGCTGGG-TACATGAGGTAGGGTTTCTGGCTG  998
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||
seq2  AAGTACAGCCCTG-ACTTGGCTGGGTTACATGA-GTA-CGTTTCTGGCTG  996

seq1  CTTAGTGGGGTAACAGATTAGTTGGAATTCCCTAAAGAAGCAGAATTAGT  1048
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||
seq2  CTTAGTGGGTTAACAGATTAGTT-GAATTCCCTAAAG-AGCAGA--TAGT  1042

seq1  TCTTCCTATCACCAGAGACAAACCACAGGAAGGGCTGCAAAAGAAGGGAG  1098
      ||||||||||| ||||||| ||||||||    |||||| |||||||||||
seq2  TCTTCCTATCA-CAGAGAC-AACCACAG---AGGCTGC-AAAGAAGGGAG  1086