BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051P06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 56,286,619 - 56,422,046
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNeurog1, Cxcl14
Upstream geneNsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6, Prr7, Dbn1, Pdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46, B230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1, H2afy, BC027057
Downstream geneLOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7, LOC100040995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051P06.bB6Ng01-051P06.g
ACCDH875448DH875449
length1,0811,110
definitionDH875448|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051P06, 5' end.DH875449|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051P06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,286,619 - 56,287,695)(56,420,942 - 56,422,046)
sequence
gaattcaaactcatgccctcagcttcttgcagttgtgcaccaagtgcccc
ctcacccacagagcctgctcacagcatgggtcatctctcataggtctcga
ttctaacaccttcacagtggccgctgcgtttcacacaccctgcctgggag
gccaggctctgctgtgctggtctaggcatgagcagacatcccttctccga
caaccgaccaaagaacagctccagccaaatccaccttggtgggccaatga
atctaatagccctgctcacttagaggtgtgggacgatccccaaatttccc
atccagtatcagtaatgatgtcctaaaatctgcacagatgacttccctct
ggttaacttccattttctatatacttgtagtgcctccaaccctcttcagt
tacattgactgtgtcagccccgcaagagtctacacagctggctgtggagc
caggaaggagtgaattctgcactctcagccacatgggaacattggcagac
tccatcttgtgggatcacttgtggtaaggaagctgctctgctttcaggat
ggtgatggccctgtcattgacaggggacagagtgtcaaaatggccatgga
tttggccctctgggttttagtttcctcaaccttagaacaggaataaatta
cacctgcacagccttccttgcctccacctccaacatcttctttagtccta
ttggcctaaaggagtagaacaggctctctttctttttcacttaaaaattt
catatcaaggggctggagagatggctacagttaagaacactgactgcttt
ttcagaggtcttgagttaaattcccagcaaccacgtggtggctcacaacc
atctgtaatgggatctgatgccctcttctgggtgtgtctgaagacagtga
caatgtatatatatataaaaatagttttttaaaaattccacatcaaaagg
ttaggagaaagctcagttggtaaagcactcactgcagaagcctggggtct
cgactcaaccccagcacccacataaaacaatcaccaccatcacgacacca
ccactacacatcaacaacaaaccctaaaacc
gaattccagttaatacattgcctggccttgccaaggtaggcctgtaactc
ttactcccactccataacgatgggcattttatgggggaaagaaacaagac
tgggagaaaacaagtccacacaaatatccaggtctctgtccagaggcagg
tccagacacggcttggttccatgtcaacaagaatccagtccacagagtct
tgagcctgtctcccctgactaaatgcccagatgtcattctttcctctaag
gctgagactgccatcagagttctctgcagagagagctcggactgactctc
agctgccggtctacaccatgtgtcttcttgaatggaaaaagaaatcactg
tgttggcaatggttctggcacatgcaaagctggatttgctggcaatgaag
ctcccagtgcacacacccctccattggttagatgcttctgacaacagggc
ctcggggtgggcatgggccaaaaagactcctgtgtctgtagaagacctgg
accaagaagggtattaatctatcaaacgtgacattgtctccaactgggac
aacatggagaaaagatctggcactgtaccttctgcatggcctctgaggat
cacctggtgcttttgacccaggccccccagaactccaaggctaacagaga
gaagatgaaacaggtaatatctgaaaccagccacgtatgtggccattcag
ggggcgctgtcccaggatgcctcttggtgcaccaccagcattgtcataca
ctctggccaccaggacacatatacagtacccatctctgagggctacaact
gacatttggacctagccaggtcctaacagaccatctcacggtgagcctac
tgagcacagctacagcttcaccatcacggcagagtggggagattgtgagt
gacataaagggaagctgtgctggagttaccctggggttggaacaagaaat
ggttactcctgcatcctcctcagagtaaagctatgaagtgtctggggaca
gggattagcagtaagggatttctgaagttcagaagtactcttccagccct
tcttcccaggcaggaagtccaggtagcatctcatgaaaactgcgttaacc
ttcatcacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_56286619_56287695
seq2: B6Ng01-051P06.b_47_1127

seq1  GAATTCAAACTCATGCCCTCAGCTTCTTGCAGTTGTGCACCAAGTGCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCATGCCCTCAGCTTCTTGCAGTTGTGCACCAAGTGCCCC  50

seq1  CTCACCCACAGAGCCTGCTCACAGCATGGGTCATCTCTCATAGGTCTCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCACAGAGCCTGCTCACAGCATGGGTCATCTCTCATAGGTCTCGA  100

seq1  TTCTAACACCTTCACAGTGGCCGCTGCGTTTCACACACCCTGCCTGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACACCTTCACAGTGGCCGCTGCGTTTCACACACCCTGCCTGGGAG  150

seq1  GCCAGGCTCTGCTGTGCTGGTCTAGGCATGAGCAGACATCCCTTCTCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCTCTGCTGTGCTGGTCTAGGCATGAGCAGACATCCCTTCTCCGA  200

seq1  CAACCGACCAAAGAACAGCTCCAGCCAAATCCACCTTGGTGGGCCAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGACCAAAGAACAGCTCCAGCCAAATCCACCTTGGTGGGCCAATGA  250

seq1  ATCTAATAGCCCTGCTCACTTAGAGGTGTGGGACGATCCCCAAATTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATAGCCCTGCTCACTTAGAGGTGTGGGACGATCCCCAAATTTCCC  300

seq1  ATCCAGTATCAGTAATGATGTCCTAAAATCTGCACAGATGACTTCCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTATCAGTAATGATGTCCTAAAATCTGCACAGATGACTTCCCTCT  350

seq1  GGTTAACTTCCATTTTCTATATACTTGTAGTGCCTCCAACCCTCTTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAACTTCCATTTTCTATATACTTGTAGTGCCTCCAACCCTCTTCAGT  400

seq1  TACATTGACTGTGTCAGCCCCGCAAGAGTCTACACAGCTGGCTGTGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGACTGTGTCAGCCCCGCAAGAGTCTACACAGCTGGCTGTGGAGC  450

seq1  CAGGAAGGAGTGAATTCTGCACTCTCAGCCACATGGGAACATTGGCAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGAGTGAATTCTGCACTCTCAGCCACATGGGAACATTGGCAGAC  500

seq1  TCCATCTTGTGGGATCACTTGTGGTAAGGAAGCTGCTCTGCTTTCAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTTGTGGGATCACTTGTGGTAAGGAAGCTGCTCTGCTTTCAGGAT  550

seq1  GGTGATGGCCCTGTCATTGACAGGGGACAGAGTGTCAAAATGGCCATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGCCCTGTCATTGACAGGGGACAGAGTGTCAAAATGGCCATGGA  600

seq1  TTTGGCCCTCTGGGTTTTAGTTTCCTCAACCTTAGAACAGGAATAAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCCTCTGGGTTTTAGTTTCCTCAACCTTAGAACAGGAATAAATTA  650

seq1  CACCTGCACAGCCTTCCTTGCCTCCACCTCCAACATCTTCTTTAGTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCACAGCCTTCCTTGCCTCCACCTCCAACATCTTCTTTAGTCCTA  700

seq1  TTGGCCTAAAGGAGTAGAACAGGCTCTCTTTCTTTTTCACTTAAAAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTAAAGGAGTAGAACAGGCTCTCTTTCTTTTTCACTTAAAAATTT  750

seq1  CATATCAAGGGGCTGGAGAGATGGCTACAGTTAAGAACACTGACTGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAAGGGGCTGGAGAGATGGCTACAGTTAAGAACACTGACTGCTTT  800

seq1  TCCAGAGGTCTTGAGTTAAATTCCCAGCAACCACGTGGTGGCTCACAACC  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGTCTTGAGTTAAATTCCCAGCAACCACGTGGTGGCTCACAACC  850

seq1  ATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCT-GGTGTGTCTGAAGACAGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGGTGTGTCTGAAGACAGTGA  900

seq1  CAATGTATATATATAT-AAAATAGTTTTTTAAAAATTTCCACATCAAAGG  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CAATGTATATATATATAAAAATAGTTTTTTAAAAA-TTCCACATCAAAAG  949

seq1  GTTAGGGAGAAAGCTCAGTTGGTAAAGCACTCACTGCAGAAGCCTGGGGT  998
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTA-GGAGAAAGCTCAGTTGGTAAAGCACTCACTGCAGAAGCCTGGGGT  998

seq1  CTCGACTCAACCCCCAGCACCCACATAAAACAACCACCACCACCACCACC  1048
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |
seq2  CTCGACTCAA-CCCCAGCACCCACATAAAACAATCACCACCATCACGA-C  1046

seq1  ACCACCAC--CACCACAACAACAA----CAAAACC  1077
      ||||||||  |||  |||||||||     ||||||
seq2  ACCACCACTACACATCAACAACAAACCCTAAAACC  1081

seq1: chr13_56420942_56422046
seq2: B6Ng01-051P06.g_68_1177 (reverse)

seq1  TAGTGATGAAGTTGAACGCAG-TCTCATG-GATGCTACC-GGACTCCCTG  47
      ||||||||||| | ||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||
seq2  TAGTGATGAAGGTTAACGCAGTTTTCATGAGATGCTACCTGGACTTCCTG  50

seq1  CCCGGGAAGGAGGGCTGGAAGAGTACCTCTGGACTTCAG-AATCCCTTAC  96
      || |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||
seq2  CCTGGGAAGAAGGGCTGGAAGAGTACTTCTGAACTTCAGAAATCCCTTAC  100

seq1  TGCTAATCCCTGTCCACCAGACACTTCATAGCTTTACTCTGAGGAGGATG  146
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATCCCTGTCC-CCAGACACTTCATAGCTTTACTCTGAGGAGGATG  149

seq1  CAGGAGTAACCATTTCTTGTTCCAA-CCCAGGGTAACT-CAGCACAGCTT  194
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGGAGTAACCATTTCTTGTTCCAACCCCAGGGTAACTCCAGCACAGCTT  199

seq1  CTCCTTTATGTCACTCACAATCT-CCCACTCTGCCGTGATGGTGAAGCTG  243
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-CCTTTATGTCACTCACAATCTCCCCACTCTGCCGTGATGGTGAAGCTG  248

seq1  TAGCTGTGCTCAGTAGGCTCACCGTGAGATGGTCTGTTAGGACCTGGCTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTGCTCAGTAGGCTCACCGTGAGATGGTCTGTTAGGACCTGGCTA  298

seq1  GGTCCAAATGTCAGTTGTAGCCCTCAGAGATGGGTACTGTATATGTGTCC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAATGTCAGTTGTAGCCCTCAGAGATGGGTACTGTATATGTGTCC  348

seq1  TGGTGGCCAGAGTGTATGACAATGCTGGTGGTGCACCAAGAGGCATCCTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCCAGAGTGTATGACAATGCTGGTGGTGCACCAAGAGGCATCCTG  398

seq1  GGACAGCGCCCCCTGAATGGCCACATACGTGGCTGGTTTCAGATATTACC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCGCCCCCTGAATGGCCACATACGTGGCTGGTTTCAGATATTACC  448

seq1  TGTTTCATCTTCTCTCTGTTAGCCTTGGAGTTCTGGGGGGCCTGGGTCAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATCTTCTCTCTGTTAGCCTTGGAGTTCTGGGGGGCCTGGGTCAA  498

seq1  AAGCACCAGGTGATCCTCAGAGGCCATGCAGAAGGTACAGTGCCAGATCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCAGGTGATCCTCAGAGGCCATGCAGAAGGTACAGTGCCAGATCT  548

seq1  TTTCTCCATGTTGTCCCAGTTGGAGACAATGTCACGTTTGATAGATTAAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATGTTGTCCCAGTTGGAGACAATGTCACGTTTGATAGATTAAT  598

seq1  ACCCTTCTTGGTCCAGGTCTTCTACAGACACAGGAGTCTTTTTGGCCCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTTGGTCCAGGTCTTCTACAGACACAGGAGTCTTTTTGGCCCAT  648

seq1  GCCCACCCCGAGGCCCTGTTGTCAGAAGCATCTAACCAATGGAGGGGTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCCCGAGGCCCTGTTGTCAGAAGCATCTAACCAATGGAGGGGTGT  698

seq1  GTGCACTGGGAGCTTCATTGCCAGCAAATCCAGCTTTGCATGTGCCAGAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTGGGAGCTTCATTGCCAGCAAATCCAGCTTTGCATGTGCCAGAA  748

seq1  CCATTGCCAACACAGTGATTTCTTTTTCCATTCAAGAAGACACATGGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCCAACACAGTGATTTCTTTTTCCATTCAAGAAGACACATGGTGT  798

seq1  AGACCGGCAGCTGAGAGTCAGTCCGAGCTCTCTCTGCAGAGAACTCTGAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCGGCAGCTGAGAGTCAGTCCGAGCTCTCTCTGCAGAGAACTCTGAT  848

seq1  GGCAGTCTCAGCCTTAGAGGAAAGAATGACATCTGGGCATTTAGTCAGGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCTCAGCCTTAGAGGAAAGAATGACATCTGGGCATTTAGTCAGGG  898

seq1  GAGACAGGCTCAAGACTCTGTGGACTGGATTCTTGTTGACATGGAACCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGCTCAAGACTCTGTGGACTGGATTCTTGTTGACATGGAACCAA  948

seq1  GCCGTGTCTGGACCTGCCTCTGGACAGAGACCTGGATATTTGTGTGGACT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTCTGGACCTGCCTCTGGACAGAGACCTGGATATTTGTGTGGACT  998

seq1  TGTTTTCTCCCAGTCTTGTTTCTTTCCCCCATAAAATGCCCATCGTTATG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTCCCAGTCTTGTTTCTTTCCCCCATAAAATGCCCATCGTTATG  1048

seq1  GAGTGGGAGTAAGAGTTACAGGCCTACCTTGGCAAGGCCAGGCAATGTAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGAGTAAGAGTTACAGGCCTACCTTGGCAAGGCCAGGCAATGTAT  1098

seq1  TAACTGGAATTC  1105
      ||||||||||||
seq2  TAACTGGAATTC  1110