BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054C24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 112,438,097 - 112,546,879
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040666, Mier3, Map3k1
Upstream geneLOC100040614, LOC668159, 4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1
Downstream geneLOC668181, LOC100040716, LOC100041161, LOC100041175, Ankrd55, LOC100040725, Il6st, Il31ra, LOC100041240, Ddx4, 9130023D20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054C24.bB6Ng01-054C24.g
ACCDH877008DH877009
length9981,092
definitionDH877008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054C24, 5' end.DH877009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054C24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,438,097 - 112,439,096)(112,545,763 - 112,546,879)
sequence
gaattccatatgagaaacagtcgactgacagacataggtcccagtttgga
tccagcaccatgctgagaccaagatcctacttcctgggcagtatggaatt
acatataagcaactttggatccagagttccccatgggccttgctaagact
gtcttagggctgcttgataacctgagactcttcgtacccaattgcccttc
ctttctcctctttcacaggcatcagagtaacatcatgatcagaatagtct
gaacctatacttcttctcacccctttattgctcacacataccagcaaacc
tcttgcacctctgccatactttccatcttgactgatataggaagcagatg
gctaggttatttaggttggtggttctctggcagatatgaaggaaggctca
cagaaagaggactagaggaaagtggcaggtagtggtagagtcgtggtcaa
tagcatctacatcaggttgaaaaggaaacgtagagaatgaagatacagga
gaacaaagaacaagcaggataggaagcacgatgagattagtggatgtcgg
gagagttagaatgggatcgtattgggtggtggtcccatccgatctcacat
agagcaacttgtaagcaaatgtgttagcgtatgaggctggatagtaaaat
ttaaaaaaactaaacagaaaacaaaaacaaacaaacaaagacactggaac
actaggtgaattttcttaaaatatagacattgaaacaatcttcagtggtg
acagacttgggaagaatgagatgattcatgagaaaccaggatcaacagga
agggatgagacataataaggaagtcaacaagagggtggcagcggggaaga
aggcagaggagagccaaatcatggggccttaaggaaaggaagatgtactc
gggggtggaagacagtggcttgattcaatggtgtgaaggaagatgctgtc
tagctaatctactcaaggatactcgattaggagaggatggggaagaga
gaattctatcctcatattgtcagtactgatgtctcacaagctgagcctgt
tgaaatcaggtaattcttgtagaaatcagaacctgtctcttccttcttgc
tcacatatcccgcagtggtagactaataccttcatatttgagtagcatag
aagcctgaagactgggctaaacatttacaaatccttcataccaaagtggt
ttttgtgtacgagggcaggctatacattgcctttttaaaactgcgttatt
tttctgttcatttgagcttttccagtcgttgaaggtgtcctgcctcgttt
ttccttcaggtacaagaagctgctctccctcttaacctttgccttgcaat
ccattgacaattcccactcgatggttggcaagctctctcggaggatatat
ctgagctctgccaggatggtgaccgcagtgcccgctgtgttttccaagct
ggtaaccatgcttaatgcttctggctccacccacttcaccaggatgcgcc
ggcgtctgatggctatcgcggatgaggtagaaattgccgaggtcatccag
ctgggtgtggaggacactgtggatgggcatcaggacagcttacaggtgct
ggcccccgccagctgtctagaaaacagctcccttgagcacacagtccata
gagagaaaactggaaaaggactaagtgctacgagactgagtgccagctcg
gaggacatttctgacagactggccggcgtctctgtaggacttcccagctc
aacaacaacagaacaaccaaagccagcggttcaaacaaaaggcagacccc
acagtcagtgtttgaactcctcccctttgtctcatgctcaattaatgttc
ccagcaccatcagcccttgttctctgcccgtctgtcccagatatttctaa
gcacagaccccaggcatttgttccctgcaaaataccttccgcatctctca
gacacagcgcagtctctctacattcagaggactgctctgacacgagactc
agacagctctccccagtcttcactcagtcaggccccacctcagtaaataa
ccagccaagcatccgacggtccggcagtacagcaaactaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_112438097_112439096
seq2: B6Ng01-054C24.b_29_1026

seq1  GAATTCCATATGAGAAACAGTCGACTGACAGACATAGGTCCCAGTTTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGAGAAACAGTCGACTGACAGACATAGGTCCCAGTTTGGA  50

seq1  TCCAGCACCATGCTGAGACCAAGATCCTACTTCCTGGGCAGTATGGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACCATGCTGAGACCAAGATCCTACTTCCTGGGCAGTATGGAATT  100

seq1  ACATATAAGCAACTTTGGATCCAGAGTTCCCCATGGGCCTTGCTAAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAGCAACTTTGGATCCAGAGTTCCCCATGGGCCTTGCTAAGACT  150

seq1  GTCTTAGGGCTGCTTGATAACCTGAGACTCTTCGTACCCAATTGCCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGGGCTGCTTGATAACCTGAGACTCTTCGTACCCAATTGCCCTTC  200

seq1  CTTTCTCCTCTTTCACAGGCATCAGAGTAACATCATGATCAGAATAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCTCTTTCACAGGCATCAGAGTAACATCATGATCAGAATAGTCT  250

seq1  GAACCTATACTTCTTCTCACCCCTTTATTGCTCACACATACCAGCAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTATACTTCTTCTCACCCCTTTATTGCTCACACATACCAGCAAACC  300

seq1  TCTTGCACCTCTGCCATACTTTCCATCTTGACTGATATAGGAAGCAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCACCTCTGCCATACTTTCCATCTTGACTGATATAGGAAGCAGATG  350

seq1  GCTAGGTTATTTAGGTTGGTGGTTCTCTGGCAGATATGAAGGAAGGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTTATTTAGGTTGGTGGTTCTCTGGCAGATATGAAGGAAGGCTCA  400

seq1  CAGAAAGAGGACTAGAGGAAAGTGGCAGGTAGTGGTAGAGTCGTGGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGAGGACTAGAGGAAAGTGGCAGGTAGTGGTAGAGTCGTGGTCAA  450

seq1  TAGCATCTACATCAGGTTGAAAAGGAAACGTAGAGAATGAAGATACAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTACATCAGGTTGAAAAGGAAACGTAGAGAATGAAGATACAGGA  500

seq1  GAACAAAGAACAAGCAGGATAGGAAGCACGATGAGATTAGTGGATGTCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGAACAAGCAGGATAGGAAGCACGATGAGATTAGTGGATGTCGG  550

seq1  GAGAGTTAGAATGGGATCGTATTGGGTGGTGGTCCCATCCGATCTCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTAGAATGGGATCGTATTGGGTGGTGGTCCCATCCGATCTCACAT  600

seq1  AGAGCAACTTGTAAGCAAATGTGTTAGCGTATGAGGCTGGATAGTAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAACTTGTAAGCAAATGTGTTAGCGTATGAGGCTGGATAGTAAAAT  650

seq1  TTAAAAAAACTAAACAGAAAACAAAAACAAACAAACAAAGACACTGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAACTAAACAGAAAACAAAAACAAACAAACAAAGACACTGGAAC  700

seq1  ACTAGGTGAATTTTCTTAAAATATAGACATTGAAACAATCTTCAGTGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTGAATTTTCTTAAAATATAGACATTGAAACAATCTTCAGTGGTG  750

seq1  ACAGACTTGGGAAGAATGAGATGATTCATGAGAAACCAGGATCAACAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTGGGAAGAATGAGATGATTCATGAGAAACCAGGATCAACAGGA  800

seq1  AGGGATGAGACATAATAAGGAAGTCAACAAGAGGGTGGCAGCGGGG-AGA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGGATGAGACATAATAAGGAAGTCAACAAGAGGGTGGCAGCGGGGAAGA  850

seq1  AGGCAGAGGAGAGCCAAATCATGGGGCCTTAAGGAAAGGAAGATGTACTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGAGAGCCAAATCATGGGGCCTTAAGGAAAGGAAGATGTACTC  900

seq1  GGGGGTGGAAGAACAGTGGCTGAATTCAATGGTGTTGAAGGAAGATGCTG  949
      ||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGAAG-ACAGTGGCTTGATTCAATGGTG-TGAAGGAAGATGCTG  948

seq1  TCTAGCTAATCTACCCCAAGGATACACGAATAGGAGAGGAGTGGGAAGAG  999
      ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||
seq2  TCTAGCTAATCTA-CTCAAGGATACTCGATTAGGAGAGGATGGGGAAGAG  997

seq1  A  1000
      |
seq2  A  998

seq1: chr13_112545763_112546879
seq2: B6Ng01-054C24.g_65_1156 (reverse)

seq1  CCCTAGTTTGCTTGTACTGCCCGGAACGGGTCGGGATGGCTTTGGCCTGT  50
      ||||||||||| ||||||| ||||| |  ||| |||| ||||  | ||| 
seq2  CCCTAGTTTGC-TGTACTG-CCGGACC--GTC-GGAT-GCTT--GGCTGG  42

seq1  GTATGTTACTGGAGGGTGGGGGCCTTGACTGAGTGAAGACTGGGGAGAGC  100
       ||| ||||||   |||||||  | |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAT-TTACTG--AGGTGGGG--CCTGACTGAGTGAAGACTGGGGAGAGC  87

seq1  TGGTCTGAGTCTCGGTGTTCAGAGCAGTTCCTCTGGAATTGTAGAGAGAA  150
      | ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||  | |||||||||| 
seq2  T-GTCTGAGTCTC-GTG-TCAGAGCAG-TCCTCTG--AATGTAGAGAGA-  130

seq1  CTTGCGCTGTGTCTGAGGAGATGCGGAAGGTATTTTGCAGGGAACAAATG  200
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGCGCTGTGTCTGA-GAGATGCGGAAGGTATTTTGCAGGGAACAAATG  178

seq1  CCTGGGGTCTGTGCTTAGAAATATCTGGGACAGACGGGGCAGAGGAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  CCTGGGGTCTGTGCTTAGAAATATCTGGGACAGAC-GGGCAGA-GAACAA  226

seq1  GGGGCTGATGGTGCTGGGAACATTAATTGAGCATGAGACAAAGGGGAGGA  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGCTGATGGTGCTGGGAACATTAATTGAGCATGAGACAAAGGGGAGGA  275

seq1  GTTCAAACACTGACTGTGGGGTCTGCCTTTTGTTTGAACCGCTGGCTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAACACTGACTGTGGGGTCTGCCTTTTGTTTGAACCGCTGGCTTTG  325

seq1  GTTGTTCTGTTGTTGTTGAGCTGGGAAGTCCTACAGAGACGCCGGCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCTGTTGTTGTTGAGCTGGGAAGTCCTACAGAGACGCCGGCCAGT  375

seq1  CTGTCAGAAATGTCCTCCGAGCTGGCACTCAGTCTCGTAGCACTTAGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGAAATGTCCTCCGAGCTGGCACTCAGTCTCGTAGCACTTAGTCC  425

seq1  TTTTCCAGTTTTCTCTCTATGGACTGTGTGCTCAAGGGAGCTGTTTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGTTTTCTCTCTATGGACTGTGTGCTCAAGGGAGCTGTTTTCTA  475

seq1  GACAGCTGGCGGGGGCCAGCACCTGTAAGCTGTCCTGATGCCCATCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTGGCGGGGGCCAGCACCTGTAAGCTGTCCTGATGCCCATCCACA  525

seq1  GTGTCCTCCACACCCAGCTGGATGACCTCGGCAATTTCTACCTCATCCGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTCCACACCCAGCTGGATGACCTCGGCAATTTCTACCTCATCCGC  575

seq1  GATAGCCATCAGACGCCGGCGCATCCTGGTGAAGTGGGTGGAGCCAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCATCAGACGCCGGCGCATCCTGGTGAAGTGGGTGGAGCCAGAAG  625

seq1  CATTAAGCATGGTTACCAGCTTGGAAAACACAGCGGGCACTGCGGTCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCATGGTTACCAGCTTGGAAAACACAGCGGGCACTGCGGTCACC  675

seq1  ATCCTGGCAGAGCTCAGATATATCCTCCGAGAGAGCTTGCCAACCATCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCAGAGCTCAGATATATCCTCCGAGAGAGCTTGCCAACCATCGA  725

seq1  GTGGGAATTGTCAATGGATTGCAAGGCAAAGGTTAAGAGGGAGAGCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAATTGTCAATGGATTGCAAGGCAAAGGTTAAGAGGGAGAGCAGCT  775

seq1  TCTTGTACCTGAAGGAAAAACGAGGCAGGACACCTTCAACGACTGGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTACCTGAAGGAAAAACGAGGCAGGACACCTTCAACGACTGGAAAA  825

seq1  GCTCAAATGAACAGAAAAATAACGCAGTTTTAAAAAGGCAATGTATAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAATGAACAGAAAAATAACGCAGTTTTAAAAAGGCAATGTATAGCC  875

seq1  TGCCCTCGTACACAAAAACCACTTTGGTATGAAGGATTTGTAAATGTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCGTACACAAAAACCACTTTGGTATGAAGGATTTGTAAATGTTTA  925

seq1  GCCCAGTCTTCAGGCTTCTATGCTACTCAAATATGAAGGTATTAGTCTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTCTTCAGGCTTCTATGCTACTCAAATATGAAGGTATTAGTCTAC  975

seq1  CACTGCGGGATATGTGAGCAAGAAGGAAGAGACAGGTTCTGATTTCTACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCGGGATATGTGAGCAAGAAGGAAGAGACAGGTTCTGATTTCTACA  1025

seq1  AGAATTACCTGATTTCAACAGGCTCAGCTTGTGAGACATCAGTACTGACA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTACCTGATTTCAACAGGCTCAGCTTGTGAGACATCAGTACTGACA  1075

seq1  ATATGAGGATAGAATTC  1117
      |||||||||||||||||
seq2  ATATGAGGATAGAATTC  1092