BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061J04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 52,241,345 - 52,344,467
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSpin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3, Cks2, Secisbp2, Sema4d, Gadd45g
Downstream geneLOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk, Auh, Nfil3, Ror2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061J04.bB6Ng01-061J04.g
ACCDH882213DH882214
length9731,069
definitionDH882213|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J04, 5' end.DH882214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,343,497 - 52,344,467)(52,241,345 - 52,242,430)
sequence
gaattctcaccttattctggcccatcttataatctgcttctcaacaaatt
cacttagagtcacatgaaagtcattttagggatatagtcatgggttttat
tatagacaaatcctggccccggtttgtaaagctttggtcacagaccacca
tcctgcctcttggctgtggatatagtagggccaggagtgaccttcaaagg
actcttttagattaaagtgtgatacggaacccttatgcatacagcaggct
cctctctatttggtacaggggtctgtgcttccatttgctttgagaagcaa
gacagccccttaaagatgagaagtattcccaatccctcttcagtggccac
ctgtaaagattcagggacacctttgagtacctcaataacaacctgagaga
aaagccatctcttcacatccatttctatttgtaacccggtggctccttcc
cgtagaaatactaccacatgtcacattagctactgaggtacaagttctct
cacagttaagaccataaccaaaaagggccatgatgaaagcattgagcctg
ctagcttccatgaagccctttatgcttcatacacacacacacacacacac
acacacacacactttgagaaacacattctagacactattgcttgttatac
tgtcttgcttctaatgcagacaattatagtaaactaagttataagtaaag
atggcttctaatgagcccgctccacttcaggagagagagagatcccccag
actatgctatgtacaagaaccaagaacaatgaagctctagagcaaagaaa
gcctaatacaacttgcaagattttaattttgtttttaattatgtatacat
gtatatgtgtgcacatgattgcaaatgcttgcacaggccaggagagagag
tcagacgtcttggagctggagctagaattatagtatctgtcttctcctgg
agggagggaggggagggagggaa
gaattcccagtctggcataatgacaacttacattcatggcatcttgcaca
ccttacatccctggatgcctctgcacagttcgcaggcagctccatgtgtt
tgagaagtgctttgcagctcagctggccaggctcctctccccgcccccca
gcagctgcttactgttactataaagctggggagggggggcgtgagaatct
tacacctttctgctttcccagacatgtggagtttatttactcactgggtc
tcatgaccctccacgctcctttttggaatgtttcccctcagaggaattgc
tgggtgccctgtctgcagtgacttctgctctcttttgccacatggaccct
agggagaactctatggtccaaacttctgtctttgggccgatgatggtagg
aaagatacctattcagaggaactgagccaaacggagcacccaggcttcac
atgggcacagagatctttacccacacattactctacccactcagggtcct
ttgggttccagcccctttctctacctctcctgatgtaggagtgcttcccc
ttgccaaggccccagaagtccttctgttctacaccctgtacttctgccca
ccctgtcaacctatggtctaagggcagatgggcacagaagagaggacatt
catccttggtcagagtatctgcccttccaccatgtgcatgcatgggatgg
ctccacatgtccacaggtctacaaaggcctagaagttctcaacctgttgg
ttgtgatccccccataaggctcccatatcagataccccacatattagtta
tttgcattttacaattatttacaattaataacagtagcaaaattacagtt
atgaagtagcagtggataattttacggttggggggtcaccacaacatgaa
gaactgtatgaaaaggtggcagcactggaaaggctgagaacccttggcct
gcatgatagaagtcagattgtacatgagccaccagagtacatgaatcatc
ccttcagtgagattctgagaaggtaacctagctttccaagtagtgcttgt
ataggttattcattgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_52343497_52344467
seq2: B6Ng01-061J04.b_36_1007 (reverse)

seq1  TCCCTCCCT-CCCTCCCTCCCTCCAGGAGAAGACAGATACTATAATTCTA  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCCCCTCCCTCCCTCCAGGAGAAGACAGATACTATAATTCTA  50

seq1  GCTCCAGCTCCAAGACGTCTGACTCTCTCTCCTGGCCTGTGCAAGCATTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGCTCCAAGACGTCTGACTCTCTCTCCTGGCCTGTGCAAGCATTT  100

seq1  GCAATCATGTGCACACATATACATGTATACATAATTAAAAACAAAATTAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCATGTGCACACATATACATGTATACATAATTAAAAACAAAATTAA  150

seq1  AATCTTGCAAGTTGTATTAGGCTTTCTTTGCTCTAGAGCTTCATTGTTCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGCAAGTTGTATTAGGCTTTCTTTGCTCTAGAGCTTCATTGTTCT  200

seq1  TGGTTCTTGTACATAGCATAGTCTGGGGGATCTCTCTCTCTCCTGAAGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTGTACATAGCATAGTCTGGGGGATCTCTCTCTCTCCTGAAGTG  250

seq1  GAGCGGGCTCATTAGAAGCCATCTTTACTTATAACTTAGTTTACTATAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGGGCTCATTAGAAGCCATCTTTACTTATAACTTAGTTTACTATAAT  300

seq1  TGTCTGCATTAGAAGCAAGACAGTATAACAAGCAATAGTGTCTAGAATGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCATTAGAAGCAAGACAGTATAACAAGCAATAGTGTCTAGAATGT  350

seq1  GTTTCTCAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAGCA  400

seq1  TAAAGGGCTTCATGGAAGCTAGCAGGCTCAATGCTTTCATCATGGCCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGCTTCATGGAAGCTAGCAGGCTCAATGCTTTCATCATGGCCCTT  450

seq1  TTTGGTTATGGTCTTAACTGTGAGAGAACTTGTACCTCAGTAGCTAATGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTATGGTCTTAACTGTGAGAGAACTTGTACCTCAGTAGCTAATGT  500

seq1  GACATGTGGTAGTATTTCTACGGGAAGGAGCCACCGGGTTACAAATAGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTGGTAGTATTTCTACGGGAAGGAGCCACCGGGTTACAAATAGAA  550

seq1  ATGGATGTGAAGAGATGGCTTTTCTCTCAGGTTGTTATTGAGGTACTCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTGAAGAGATGGCTTTTCTCTCAGGTTGTTATTGAGGTACTCAA  600

seq1  AGGTGTCCCTGAATCTTTACAGGTGGCCACTGAAGAGGGATTGGGAATAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCCCTGAATCTTTACAGGTGGCCACTGAAGAGGGATTGGGAATAC  650

seq1  TTCTCATCTTTAAGGGGCTGTCTTGCTTCTCAAAGCAAATGGAAGCACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCTTTAAGGGGCTGTCTTGCTTCTCAAAGCAAATGGAAGCACAG  700

seq1  ACCCCTGTACCAAATAGAGAGGAGCCTGCTGTATGCATAAGGGTTCCGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGTACCAAATAGAGAGGAGCCTGCTGTATGCATAAGGGTTCCGTA  750

seq1  TCACACTTTAATCTAAAAGAGTCCTTTGAAGGTCACTCCTGGCCCTACTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTTAATCTAAAAGAGTCCTTTGAAGGTCACTCCTGGCCCTACTA  800

seq1  TATCCACAGCCAAGAGGCAGGATGGTGGTCTGTGACCAAAGCTTTACAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACAGCCAAGAGGCAGGATGGTGGTCTGTGACCAAAGCTTTACAAA  850

seq1  CCGGGGCCAGGATTTGTCTATAATAAAACCCATGACTATATCCCTAAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGGCCAGGATTTGTCTATAATAAAACCCATGACTATATCCCTAAAAT  900

seq1  GACTTTCATGTGACTCTAAGTGAATTTGTTGAGAAGCAGATTATAAGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCATGTGACTCTAAGTGAATTTGTTGAGAAGCAGATTATAAGATG  950

seq1  GGCCAGAATAAGGTGAGAATTC  971
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAATAAGGTGAGAATTC  972

seq1: chr13_52241345_52242430
seq2: B6Ng01-061J04.g_69_1137

seq1  GAATTCCCAGTCTGGCATAATGACAACTTACATTCATGGCATCTTGCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTCTGGCATAATGACAACTTACATTCATGGCATCTTGCACA  50

seq1  CCTTACATCCCTGGATGCCTCTGCACAGTTCGCAGGCAGCTCCATGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACATCCCTGGATGCCTCTGCACAGTTCGCAGGCAGCTCCATGTGTT  100

seq1  TGAGAAGTGCTTTGCAGCTCAGCTGGCCAGGCTCCTCTCCCCGCCCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGTGCTTTGCAGCTCAGCTGGCCAGGCTCCTCTCCCCGCCCCCCA  150

seq1  GCAGCTGCTTACTGTTACTATAAAGCTGGGGAGGGGGGGCGTGAGAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGCTTACTGTTACTATAAAGCTGGGGAGGGGGGGCGTGAGAATCT  200

seq1  TACACCTTTCTGCTTTCCCAGACATGTGGAGTTTATTTACTCACTGGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTTCTGCTTTCCCAGACATGTGGAGTTTATTTACTCACTGGGTC  250

seq1  TCATGACCCTCCACGCTCCTTTTTGGAATGTTTCCCCTCAGAGGAATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCCTCCACGCTCCTTTTTGGAATGTTTCCCCTCAGAGGAATTGC  300

seq1  TGGGTGCCCTGTCTGCAGTGACTTCTGCTCTCTTTTGCCACATGGACCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCCCTGTCTGCAGTGACTTCTGCTCTCTTTTGCCACATGGACCCT  350

seq1  AGGGAGAACTCTATGGTCCAAACTTCTGTCTTTGGGCCGATGATGGTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAACTCTATGGTCCAAACTTCTGTCTTTGGGCCGATGATGGTAGG  400

seq1  AAAGATACCTATTCAGAGGAACTGAGCCAAACGGAGCACCCAGGCTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATACCTATTCAGAGGAACTGAGCCAAACGGAGCACCCAGGCTTCAC  450

seq1  ATGGGCACAGAGATCTTTACCCACACATTACTCTACCCACTCAGGGTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCACAGAGATCTTTACCCACACATTACTCTACCCACTCAGGGTCCT  500

seq1  TTGGGTTCCAGCCCCTTTCTCTACCTCTCCTGATGTAGGAGTGCTTCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTCCAGCCCCTTTCTCTACCTCTCCTGATGTAGGAGTGCTTCCCC  550

seq1  TTGCCAAGGCCCCAGAAGTCCTTCTGTTCTACACCCTGTACTTCTGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAAGGCCCCAGAAGTCCTTCTGTTCTACACCCTGTACTTCTGCCCA  600

seq1  CCCTGTCAACCTATGGTCTAAGGGCAGATGGGCACAGAAGAGAGGACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCAACCTATGGTCTAAGGGCAGATGGGCACAGAAGAGAGGACATT  650

seq1  CATCCTTGGTCAGAGTATCTGCCCTTCCACCATGTGCATGCATGGGATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTGGTCAGAGTATCTGCCCTTCCACCATGTGCATGCATGGGATGG  700

seq1  CTCCACATGTCCACAGGTCTACAAAGGCCTAGAAGTTCTCAACCTGTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATGTCCACAGGTCTACAAAGGCCTAGAAGTTCTCAACCTGTTGG  750

seq1  TTGTGATCCCCCCATAAGGCTCCCATATCAGATACCCCACATATTAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCCCCCCATAAGGCTCCCATATCAGATACCCCACATATTAGTTA  800

seq1  TTTGCAATTTTACAATTATTTACAATTAATAACAGTAGCAAAATTACAGT  850
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGC-ATTTTACAATTATTTACAATTAATAACAGTAGCAAAATTACAGT  849

seq1  TATGAAGTAGCAGTGGAATAATTTTACGGTTGGGGGGTCACCACAACATG  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTAGCAGTGG-ATAATTTTACGGTTGGGGGGTCACCACAACATG  898

seq1  AAGAACTGTATGAAAGGGTGGCAGCACTGGGAAGGCTGAGAACCCTTGGC  950
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGTATGAAAAGGTGGCAGCACTGGAAAGGCTGAGAACCCTTGGC  948

seq1  CTGCATGGATAGGAAGTCAAGAATGTACATGAGGCACCCGGAGTTAACAT  1000
      |||||| |||| |||||| ||| |||||||||| || || ||||  ||||
seq2  CTGCAT-GATA-GAAGTC-AGATTGTACATGAGCCA-CCAGAGT--ACAT  992

seq1  GAATCATCCCTCCAGTTGAGATTCTGAGAGGTTAAACCTAGGCTTTCCCA  1050
      ||||||||||| ||| ||||||||||||| | | |||||| ||||| |||
seq2  GAATCATCCCTTCAG-TGAGATTCTGAGAAGGT-AACCTA-GCTTT-CCA  1038

seq1  AGTAAGTGCTTGTTAATAAGTTATTCTATTTGTTTT  1086
      ||| |||||||||  ||| |||||||   |||||||
seq2  AGT-AGTGCTTGT--ATAGGTTATTC--ATTGTTTT  1069