BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066G08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 102,862,626 - 103,047,076
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4933416M06Rik, LOC100039971, LOC100039983, Pik3r1
Downstream geneCd180, Mast4, EG621312
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066G08.bB6Ng01-066G08.g
ACCDH885587DH885588
length1,1361,149
definitionDH885587|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066G08, 5' end.DH885588|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,045,937 - 103,047,076)(102,862,626 - 102,863,794)
sequence
gaattcattaacaataccacatggtagccacctgttgtagaaacagcaat
tggcaggctcagctcctttccaacccttgtagcaggctctccatcagtga
ggctacaggttccagaacagtggcttgaggaccatctaagaacttctgag
ggattaaaattctcaggctcctccacatactcacagaatcagaaatttta
gcaagccctcaagtgatctggcacacattcaactttaagaactccggctg
cccaagtggattagccagtattgtcagcaaccaacagccgaatcactaca
gaaattattggaaatacacaatcctggggtcaaagtcaaaacaactgagt
cagattctgggctacaaaaggctgaattttttttcatgtttacaataacc
tcgagtagccatgtcttagccatctcttgttcagcagtggctatatgttg
tatttacctgcaatggctggttttcaaagcaaaaacaagaacaaaatatt
ctgaattgccagagatttccatttataatgtatccacaatttccaatgat
ttgatttagggtttaaaaaaattctatgttggtagaaagttgacattata
tttcgatttttgaattcatatctttctctgagctagtgatgtgtgatggt
gtactttctcagcatggagtcccataatcatgagggagagcatcttgtac
tctgcattgccctgtattgctaaactatgaagtctaggcaaaaatattga
ctgaacacattttgaatcagtatactttcaacttacagcgggcttatgag
ctcattaggaaccaaggaatatctgtgttcattatgggcttggcagttga
attctaaaagcaattctaatatggagcaaagttgagaacctctcccatat
gtgatgctagagaacagaaccaactattgtggtccccagctaacttgtgt
ttatgtgatctgtcttactccagcagagaagtcagatgacttgaaagaat
gcatgatattaggatgacgctggtttgaaatacagttatgattgccttgt
aaaagagttcaggggtttggtgaccattcctggctccttccacagcatca
aaagctatcattcccactgctctggggcgggatctc
gaattcctagagacacctaagttcaataagaataaacatacatttatgag
cactgctccccccactcctggttaatgaaagtcttgaacgggtaagatgg
ctcaacaggtagagacaaatttctccagtttttctccgacctctacaaat
gtaccacagtatgcaggtgccctatccttaaataaaatcagttactagat
ttttaatgagaaagccttcttcaggttctatactttagggaagccatgta
ctaccaatcagcgattaaagtaacagcctaacacaagcaggagatgtcat
taataccaagtcctgttagctgcagattcacagtgacatctacctccata
cagaggtgtttcatagaaagcaacgaaatgtcctttagagtttagagtct
tttgcaaaagatggggctgtgctctattatttgctgtaccaactaacctg
agaaatgccagctaatctaaattccactcttgtgctctgggatgtacatc
ttattcccagttcatgtggaattcttatgagagggaagtttccaaagaaa
taccggcattgttgatccaatgagtgatggtctggtgatgatgatagatc
ttgggctgggttctacaggggctgtttctccttcagacacgtaggaaaaa
aatcagaactgtgcactgaaagaggtgtagtgaaatgcatctttctcttt
atttcccacctattttaatgacactttaaaactatgattatagagtgtgt
attcattataagagaccttttgaaagcacaacagaatacaataaacattt
tattgtatattacttaaatgtttctctgcatctttatagaaccacattta
agtatcatgaatttattttattaaaagtagagctaacttttaataatagt
aataacttaataatctggagaactccacattaaatatagaatataggaac
tttgagagtggctttttcttttttctttttttgctatggtcagttacaat
gtaacttcagcatgcagcatgctagacctgttgcttaattctgctgttat
tttttctggggccacatgactgggttcctgtcctagtccactcaacacac
agcgaagtaagaataaaccagtctctgccaggaagattgtatacaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_103045937_103047076
seq2: B6Ng01-066G08.b_48_1183 (reverse)

seq1  GAGAT-CCGCCCCAGAGCAGTGGGGATGATAGCTCTTGATGCCTGTGGAA  49
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GAGATCCCGCCCCAGAGCAGTGGGAATGATAGCTTTTGATG-CTGTGGAA  49

seq1  -GAGCCAGGGATGGTCACCAAAACCCCTGAACTCTCTTACAAGGCAATCA  98
       |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAGCCAGGAATGGTCACC-AAACCCCTGAACTCTTTTACAAGGCAATCA  98

seq1  TAACTGTATTTCAAACCAGCGTCATCCTTATATCATGCATGTCTTTCAAG  148
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TAACTGTATTTCAAACCAGCGTCATCCTAATATCATGCAT-TCTTTCAAG  147

seq1  TCATCCTGACTTCTCTGCTTGGAGTAAGACAGATCACATAAACACAAGTT  198
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAT-CTGACTTCTCTGC-TGGAGTAAGACAGATCACATAAACACAAGTT  195

seq1  AGCTGGGGACCACAATAGTTGGTTCTTGTTCTCTAGCATCACATATGGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGACCACAATAGTTGGTTC-TGTTCTCTAGCATCACATATGGGA  244

seq1  GAGGTTCTCAACTTTGCTCCATATTAGAATTGCTTTTAGAATTCAACTGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCTCAACTTTGCTCCATATTAGAATTGCTTTTAGAATTCAACTGC  294

seq1  CAAGCCCATAATGAACACAGATATTCCTTGGTTCCTAATGAGCTCATAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCATAATGAACACAGATATTCCTTGGTTCCTAATGAGCTCATAAG  344

seq1  CCCGCTGTAAGTTGAAAGTATACTGATTCAAAATGTGTTCAGTCAATATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCTGTAAGTTGAAAGTATACTGATTCAAAATGTGTTCAGTCAATATT  394

seq1  TTTGCCTAGACTTCATAGTTTAGCAATACAGGGCAATGCAGAGTACAAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTAGACTTCATAGTTTAGCAATACAGGGCAATGCAGAGTACAAGA  444

seq1  TGCTCTCCCTCATGATTATGGGACTCCATGCTGAGAAAGTACACCATCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCCTCATGATTATGGGACTCCATGCTGAGAAAGTACACCATCAC  494

seq1  ACATCACTAGCTCAGAGAAAGATATGAATTCAAAAATCGAAATATAATGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTAGCTCAGAGAAAGATATGAATTCAAAAATCGAAATATAATGT  544

seq1  CAACTTTCTACCAACATAGAATTTTTTTAAACCCTAAATCAAATCATTGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTCTACCAACATAGAATTTTTTTAAACCCTAAATCAAATCATTGG  594

seq1  AAATTGTGGATACATTATAAATGGAAATCTCTGGCAATTCAGAATATTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTGGATACATTATAAATGGAAATCTCTGGCAATTCAGAATATTTT  644

seq1  GTTCTTGTTTTTGCTTTGAAAACCAGCCATTGCAGGTAAATACAACATAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGTTTTTGCTTTGAAAACCAGCCATTGCAGGTAAATACAACATAT  694

seq1  AGCCACTGCTGAACAAGAGATGGCTAAGACATGGCTACTCGAGGTTATTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGCTGAACAAGAGATGGCTAAGACATGGCTACTCGAGGTTATTG  744

seq1  TAAACATGAAAAAAAATTCAGCCTTTTGTAGCCCAGAATCTGACTCAGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGAAAAAAAATTCAGCCTTTTGTAGCCCAGAATCTGACTCAGTT  794

seq1  GTTTTGACTTTGACCCCAGGATTGTGTATTTCCAATAATTTCTGTAGTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACTTTGACCCCAGGATTGTGTATTTCCAATAATTTCTGTAGTGA  844

seq1  TTCGGCTGTTGGTTGCTGACAATACTGGCTAATCCACTTGGGCAGCCGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGCTGTTGGTTGCTGACAATACTGGCTAATCCACTTGGGCAGCCGGA  894

seq1  GTTCTTAAAGTTGAATGTGTGCCAGATCACTTGAGGGCTTGCTAAAATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAAAGTTGAATGTGTGCCAGATCACTTGAGGGCTTGCTAAAATTT  944

seq1  CTGATTCTGTGAGTATGTGGAGGAGCCTGAGAATTTTAATCCCTCAGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTGTGAGTATGTGGAGGAGCCTGAGAATTTTAATCCCTCAGAAG  994

seq1  TTCTTAGATGGTCCTCAAGCCACTGTTCTGGAACCTGTAGCCTCACTGAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGATGGTCCTCAAGCCACTGTTCTGGAACCTGTAGCCTCACTGAT  1044

seq1  GGAGAGCCTGCTACAAGGGTTGGAAAGGAGCTGAGCCTGCCAATTGCTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCCTGCTACAAGGGTTGGAAAGGAGCTGAGCCTGCCAATTGCTGT  1094

seq1  TTCTACAACAGGTGGCTACCATGTGGTATTGTTAATGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAACAGGTGGCTACCATGTGGTATTGTTAATGAATTC  1136

seq1: chr13_102862626_102863794
seq2: B6Ng01-066G08.g_68_1216

seq1  GAATTCCTAGAGACACCTAAGTTCAATAAGAATAAACATACATTTATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGAGACACCTAAGTTCAATAAGAATAAACATACATTTATGAG  50

seq1  CACTGCTCCCCCCACTCCTGGTTAATGAAAGTCTTGAACGGGTAAGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCCCCCCACTCCTGGTTAATGAAAGTCTTGAACGGGTAAGATGG  100

seq1  CTCAACAGGTAGAGACAAATTTCTCCAGTTTTTCTCCGACCTCTACAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGGTAGAGACAAATTTCTCCAGTTTTTCTCCGACCTCTACAAAT  150

seq1  GTACCACAGTATGCAGGTGCCCTATCCTTAAATAAAATCAGTTACTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACAGTATGCAGGTGCCCTATCCTTAAATAAAATCAGTTACTAGAT  200

seq1  TTTTAATGAGAAAGCCTTCTTCAGGTTCTATACTTTAGGGAAGCCATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGAGAAAGCCTTCTTCAGGTTCTATACTTTAGGGAAGCCATGTA  250

seq1  CTACCAATCAGCGATTAAAGTAACAGCCTAACACAAGCAGGAGATGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAATCAGCGATTAAAGTAACAGCCTAACACAAGCAGGAGATGTCAT  300

seq1  TAATACCAAGTCCTGTTAGCTGCAGATTCACAGTGACATCTACCTCCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCAAGTCCTGTTAGCTGCAGATTCACAGTGACATCTACCTCCATA  350

seq1  CAGAGGTGTTTCATAGAAAGCAACGAAATGTCCTTTAGAGTTTAGAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTGTTTCATAGAAAGCAACGAAATGTCCTTTAGAGTTTAGAGTCT  400

seq1  TTTGCAAAAGATGGGGCTGTGCTCTATTATTTGCTGTACCAACTAACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAAGATGGGGCTGTGCTCTATTATTTGCTGTACCAACTAACCTG  450

seq1  AGAAATGCCAGCTAATCTAAATTCCACTCTTGTGCTCTGGGATGTACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGCCAGCTAATCTAAATTCCACTCTTGTGCTCTGGGATGTACATC  500

seq1  TTATTCCCAGTTCATGTGGAATTCTTATGAGAGGGAAGTTTCCAAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCAGTTCATGTGGAATTCTTATGAGAGGGAAGTTTCCAAAGAAA  550

seq1  TACCGGCATTGTTGATCCAATGAGTGATGGTCTGGTGATGATGATAGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGGCATTGTTGATCCAATGAGTGATGGTCTGGTGATGATGATAGATC  600

seq1  TTGGGCTGGGTTCTACAGGGGCTGTTTCTCCTTCAGACACGTAGGAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGGGTTCTACAGGGGCTGTTTCTCCTTCAGACACGTAGGAAAAA  650

seq1  AATCAGAACTGTGCACTGAAAGAGGTGTAGTGAAATGCATCTTTCTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAACTGTGCACTGAAAGAGGTGTAGTGAAATGCATCTTTCTCTTT  700

seq1  ATTTCCCACCTATTTTAATGACACTTTAAAACTATGATTATAGAGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCACCTATTTTAATGACACTTTAAAACTATGATTATAGAGTGTGT  750

seq1  ATTCATTATAAGAGACCTTTTGAAAGCACAACAGAATACAATAAACATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTATAAGAGACCTTTTGAAAGCACAACAGAATACAATAAACATTT  800

seq1  TATTGTATATTACTTAAATGTTTCTCTGCATCTTTATAGAACCACATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATATTACTTAAATGTTTCTCTGCATCTTTATAGAACCACATTTA  850

seq1  AGTATCATGAATTTATTTTATTAAAAGTAGAGCTAACTTTTAATAATAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCATGAATTTATTTTATTAAAAGTAGAGCTAACTTTTAATAATAGT  900

seq1  AATAACTTAATAATCTGGAGAACTCCAACATTAAATATAGAATATAGGAA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTAATAATCTGGAGAACTCC-ACATTAAATATAGAATATAGGAA  949

seq1  CTTTGAGAAGTTGGCTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTGCTATGGTTCAG  1000
      ||||||||   |||||||||||||||   | |||||||||||||| ||| 
seq2  CTTTGAGA--GTGGCTTTTTCTTTTT---TCTTTTTTTGCTATGG-TCA-  992

seq1  GTTACAATGTTAACTTCAGCATGCAGCATGCTAGACCCTGTTGCCTTCAT  1050
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||
seq2  GTTACAATG-TAACTTCAGCATGCAGCATGCTAGA-CCTGTTG-CTTAAT  1039

seq1  TCTGCTTGTTATTTTTTCTGTGGGCCACATGACTGAGTTCTTGTCACTAG  1100
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||
seq2  TCTGC-TGTTATTTTTTCTG-GGGCCACATGACTGGGTTCCTGTC-CTAG  1086

seq1  TCACACTCAACCACACAGCATAGGTAAGAATAACACAGTCTCTGCCCAGG  1150
      || ||||||| ||||||||  | ||||||||||  ||||||||| |||||
seq2  TC-CACTCAA-CACACAGC-GAAGTAAGAATAAACCAGTCTCTG-CCAGG  1132

seq1  AAGAATTTGTAATCAAAGA  1169
      ||||  |||||  ||||||
seq2  AAGA--TTGTATACAAAGA  1149