BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066O03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,754,213 - 5,892,664
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016G22Rik, Klf6
Upstream geneEG432723
Downstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066O03.bB6Ng01-066O03.g
ACCDH885935DH885936
length1,0631,115
definitionDH885935|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066O03, 5' end.DH885936|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,891,579 - 5,892,664)(5,754,213 - 5,755,335)
sequence
gaattcttagaattcttatatttttgcgcctcctccacaggtggtaaaac
aagccacactggcattcgttgagagaatcctaacctgaggaagttgtggg
tatacattccatattctcaccaggagaagggctcactgcgcaggatagca
gactttgaactctgagagacagtctggttcctgctgaatcacagccgtgt
tcctatttacttatgttacaacatcacccttcaaacttcactttataatg
tacccaaggagagtctaagacaacttacttagaaatgaaatagttgtttg
acggttctagttgagttgaatactgaaaaaaaatctttcctttttttttt
ttttttttgtcattctctgctgtgattcatgcaaagaactttataaaact
caaagtgattgcctcggcaggttgagctgttacttgtggtatcaggtagt
acaatcctgcgcagacaaaatggaatgcatggtgctatttgagtcacaga
cctaatcactgtctgtctgagacgggatcattgtgactcacacagctgag
ctgtgcagaaacacagaatgcatacagatacccagccaccaggagacagc
ccagaggtactggcaagtgctgtctggctgttcaaataaacagcctacat
atgatgagcgaggtgagggtccttcatatacacaatccacacttatcttc
attcacctcaatatcccagtagatattcatttctcttgtcttcagtggca
tcccaaccctatgtgctgaggttactattaatccaggaagaaagaacctg
tctccaagctaagctgcaaggaccacattaaacagcaaacctagagacct
ggctcctttatcaggcccaacttcaaagaggttcggaagatcctctggtg
tctagctaccaagtccttctgttgttgcctggatatcctgggggtcctgg
tctcagacaccagagatgagatagctgattggcatagccttgctttcatt
agactgtatcagcaactctttaggtctgaaagtatctgggctctgagatc
gtatccttcccat

gaattcaagaccagccttagctacacagtgagaacttgtctaaaaaaatc
caaaacattagatgtgtggaagctttttgctaatcatatctactcattat
tttaaaatcagttatgaagaagaaataaacttaaggactatctataggac
atactatctgataccatagtatcatatcatactatctataggacaaagct
tgctgttgaactatgagatcaaaaccaaagtacattttgatagtcatcaa
actggaatcctgtgttccctgtaggacattaaccaaaaccgctgacagac
tcagacatctacgatcacatttgcaagtgaatggattcattttggaaatc
tagagtcactataaaatgcatgtactaaatgttagctagattaatcaatc
aaatgaaagaatttatactttctataaaactttcatacttcaattactct
ttaggtctaagaattttttatatattgttctccaatgtattcatggtgga
agggtccataaagtatatttctttaatcctcaatgtagaaactagtacat
ctttttataataattcaactttcttttaatttataataatttctatacaa
cttagtcatttaatacatcttatattacaaaatgtatatacttcacatcg
gtggatttttaattatagtcatttaaaaatgtagattttcagttcagaat
ttcaagtcaaataataataatattccatagttacaaaagtcatgctttat
gttcctataggaatcaattttataagaaatcttctacattcttttctcat
ataatcactttagtcaagtacgtcttttgacatataaggaacatgagttc
attaaagaaaacaacaaactgcaaaattgtacagctttcatggagacata
gatgacccttaactatgcatcccgaatcttcttcgataacctttccactc
tgtcttaattatacttttgataatgcatgagctacctccaattctattca
catgacctctttaattttgtcaattattatcctagtcccaagtgaatgtc
ttcagcaatgggagttgtctgaatgccgggttctttccttgtttgtgttc
aaggacagcatggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5891579_5892664
seq2: B6Ng01-066O03.b_46_1108 (reverse)

seq1  ATGGGAAGGAATACGGATCTTCAGGAGCCCAGATACTCTTCCAGACCCCT  50
      ||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||||  |||
seq2  ATGGGAAGG-ATAC-GATC-TCA-GAGCCCAGATA--CTTTCAGA--CCT  42

seq1  AAAGAGTTGCTGATAACAGTCTTAAATGAAAGCCAGGCTATAGCCAAATC  100
      |||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||
seq2  AAAGAGTTGCTGAT-ACAGTCT--AATGAAAGCAAGGCTAT-GCC-AATC  87

seq1  AGCTAATCTCATCTCTGGCTGTCTGAAGACCAGGACCCCCCAGGATAATC  150
      |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  AGCT-ATCTCATCTCTGG-TGTCTG-AGACCAGGA-CCCCCAGGAT-ATC  132

seq1  CAGGCAAACAACAGAAAGGACTTTGGTAGCTAGACACCAGAGGATCTTCC  200
      ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGC-AACAACAG-AAGGAC-TTGGTAGCTAGACACCAGAGGATCTTCC  179

seq1  GAACCTCTTTGAAGTTTGGGGCCTGATAAAGGAGCCAGGTCTCTAGGTTT  250
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCTTTGAAGTT--GGGCCTGATAAAGGAGCCAGGTCTCTAGGTTT  227

seq1  GCTGTTTAATGTGGTCCTTGCAGCTTAGCTTGGAGACAGGTTCTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTAATGTGGTCCTTGCAGCTTAGCTTGGAGACAGGTTCTTTCTTC  277

seq1  CTGGATTAATAGTAACCTCAGCACATAGGGTTGGGATGCCACTGAAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTAATAGTAACCTCAGCACATAGGGTTGGGATGCCACTGAAGACA  327

seq1  AGAGAAATGAATATCTACTGGGATATTGAGGTGAATGAAGATAAGTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATGAATATCTACTGGGATATTGAGGTGAATGAAGATAAGTGTGG  377

seq1  ATTGTGTATATGAAGGACCCTCACCTCGCTCATCATATGTAGGCTGTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTATATGAAGGACCCTCACCTCGCTCATCATATGTAGGCTGTTTA  427

seq1  TTTGAACAGCCAGACAGCACTTGCCAGTACCTCTGGGCTGTCTCCTGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAGCCAGACAGCACTTGCCAGTACCTCTGGGCTGTCTCCTGGTG  477

seq1  GCTGGGTATCTGTATGCATTCTGTGTTTCTGCACAGCTCAGCTGTGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTATCTGTATGCATTCTGTGTTTCTGCACAGCTCAGCTGTGTGAG  527

seq1  TCACAATGATCCCGTCTCAGACAGACAGTGATTAGGTCTGTGACTCAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGATCCCGTCTCAGACAGACAGTGATTAGGTCTGTGACTCAAAT  577

seq1  AGCACCATGCATTCCATTTTGTCTGCGCAGGATTGTACTACCTGATACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATGCATTCCATTTTGTCTGCGCAGGATTGTACTACCTGATACCA  627

seq1  CAAGTAACAGCTCAACCTGCCGAGGCAATCACTTTGAGTTTTATAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAACAGCTCAACCTGCCGAGGCAATCACTTTGAGTTTTATAAAGTT  677

seq1  CTTTGCATGAATCACAGCAGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATGAATCACAGCAGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA  727

seq1  AGATTTTTTTTCAGTATTCAACTCAACTAGAACCGTCAAACAACTATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTTTTCAGTATTCAACTCAACTAGAACCGTCAAACAACTATTTC  777

seq1  ATTTCTAAGTAAGTTGTCTTAGACTCTCCTTGGGTACATTATAAAGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAAGTAAGTTGTCTTAGACTCTCCTTGGGTACATTATAAAGTGAA  827

seq1  GTTTGAAGGGTGATGTTGTAACATAAGTAAATAGGAACACGGCTGTGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGGGTGATGTTGTAACATAAGTAAATAGGAACACGGCTGTGATT  877

seq1  CAGCAGGAACCAGACTGTCTCTCAGAGTTCAAAGTCTGCTATCCTGCGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAACCAGACTGTCTCTCAGAGTTCAAAGTCTGCTATCCTGCGCA  927

seq1  GTGAGCCCTTCTCCTGGTGAGAATATGGAATGTATACCCACAACTTCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCTTCTCCTGGTGAGAATATGGAATGTATACCCACAACTTCCTC  977

seq1  AGGTTAGGATTCTCTCAACGAATGCCAGTGTGGCTTGTTTTACCACCTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGGATTCTCTCAACGAATGCCAGTGTGGCTTGTTTTACCACCTGT  1027

seq1  GGAGGAGGCGCAAAAATATAAGAATTCTAAGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGCGCAAAAATATAAGAATTCTAAGAATTC  1063


seq1: chr13_5754213_5755335
seq2: B6Ng01-066O03.g_68_1182

seq1  GAATTCAAGACCAGCCTTAGCTACACAGTGAGAACTTGTCTAAAAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACCAGCCTTAGCTACACAGTGAGAACTTGTCTAAAAAAATC  50

seq1  CAAAACATTAGATGTGTGGAAGCTTTTTGCTAATCATATCTACTCATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACATTAGATGTGTGGAAGCTTTTTGCTAATCATATCTACTCATTAT  100

seq1  TTTAAAATCAGTTATGAAGAAGAAATAAACTTAAGGACTATCTATAGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATCAGTTATGAAGAAGAAATAAACTTAAGGACTATCTATAGGAC  150

seq1  ATACTATCTGATACCATAGTATCATATCATACTATCTATAGGACAAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATCTGATACCATAGTATCATATCATACTATCTATAGGACAAAGCT  200

seq1  TGCTGTTGAACTATGAGATCAAAACCAAAGTACATTTTGATAGTCATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGAACTATGAGATCAAAACCAAAGTACATTTTGATAGTCATCAA  250

seq1  ACTGGAATCCTGTGTTCCCTGTAGGACATTAACCAAAACCGCTGACAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAATCCTGTGTTCCCTGTAGGACATTAACCAAAACCGCTGACAGAC  300

seq1  TCAGACATCTACGATCACATTTGCAAGTGAATGGATTCATTTTGGAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACATCTACGATCACATTTGCAAGTGAATGGATTCATTTTGGAAATC  350

seq1  TAGAGTCACTATAAAATGCATGTACTAAATGTTAGCTAGATTAATCAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCACTATAAAATGCATGTACTAAATGTTAGCTAGATTAATCAATC  400

seq1  AAATGAAAGAATTTATACTTTCTATAAAACTTTCATACTTCAATTACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAGAATTTATACTTTCTATAAAACTTTCATACTTCAATTACTCT  450

seq1  TTAGGTCTAAGAATTTTTTATATATTGTTCTCCAATGTATTCATGGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCTAAGAATTTTTTATATATTGTTCTCCAATGTATTCATGGTGGA  500

seq1  AGGGTCCATAAAGTATATTTCTTTAATCCTCAATGTAGAAACTAGTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCATAAAGTATATTTCTTTAATCCTCAATGTAGAAACTAGTACAT  550

seq1  CTTTTTATAATAATTCAACTTTCTTTTAATTTATAATAATTTCTATACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATAATAATTCAACTTTCTTTTAATTTATAATAATTTCTATACAA  600

seq1  CTTAGTCATTTAATACATCTTATATTACAAAATGTATATACTTCACATCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCATTTAATACATCTTATATTACAAAATGTATATACTTCACATCG  650

seq1  GTGGATTTTTAATTATAGTCATTTAAAAATGTAGATTTTCAGTTCAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTTTTAATTATAGTCATTTAAAAATGTAGATTTTCAGTTCAGAAT  700

seq1  TTCAAGTCAAATAATAATAATATTCCATAGTTACAAAAGTCATGCTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCAAATAATAATAATATTCCATAGTTACAAAAGTCATGCTTTAT  750

seq1  GTTCCTATAGGAATCAATTTTATAAGAAATCTTCTACATTCTTTTCTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATAGGAATCAATTTTATAAGAAATCTTCTACATTCTTTTCTCAT  800

seq1  ATAATCACTTTAGTCAAGTACGTCTTTTGACATATAAGGAACATGAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCACTTTAGTCAAGTACGTCTTTTGACATATAAGGAACATGAGTTC  850

seq1  ATTAAAGAAAACAACAAACTGCAAAATTGTACAGCTTTCATGGAGACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAAACAACAAACTGCAAAATTGTACAGCTTTCATGGAGACATA  900

seq1  GATGACCCTTAAACTATGCATCCCGAATCTTCCTTCGATAACCTTTCCAC  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATGACCCTT-AACTATGCATCCCGAATCTT-CTTCGATAACCTTTCCAC  948

seq1  TCTGTCTTAATTATACTTTTGATTATGCATGAGCTAACTCCAATTCTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TCTGTCTTAATTATACTTTTGATAATGCATGAGCTACCTCCAATTCTA-T  997

seq1  TCACAATTGA-CTCTTTAATTTTGTCAATTATTATTCCTAGTCCCCAAGT  1049
      |||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TCACA--TGACCTCTTTAATTTTGTCAATTATTA-TCCTAGT-CCCAAGT  1043

seq1  GAAATGTCTTCAGCAATGGAGCTTGTCTGAATGCCGGTGTCTTCTCCTTG  1099
      | |||||||||||||||||   |||||||||||||||  |||| ||||||
seq2  G-AATGTCTTCAGCAATGGGAGTTGTCTGAATGCCGGGTTCTT-TCCTTG  1091

seq1  TTATGT-TCCAAGAGCAGCATGGAA  1123
      || ||| | ||||  ||||||||||
seq2  TT-TGTGTTCAAGGACAGCATGGAA  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |