BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071L03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,735,104 - 5,912,142
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016G22Rik, Klf6
Upstream geneEG432723
Downstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071L03.bB6Ng01-071L03.g
ACCDH889323DH889324
length9311,089
definitionDH889323|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071L03, 5' end.DH889324|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,911,214 - 5,912,142)(5,735,104 - 5,736,197)
sequence
gaattcatagtcagaaatcccattgaatgcttgttgtggctgagtgctga
ctggcctataggccactgttgtaagaagcagagacagaagggtctctgga
gttttgtggttttggttgttagtcttactccagatagagtgggagacatt
gtctcaagagaaaaaaggagagtaatagggaaggatgcttgatatccttc
catgtcctctacatacatacatgggcatatatgctctgtatctgtctctc
tctctgtctctgtctttctgtctttgtctgtccctatcactttctctctc
tctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcacaga
aaaaaatataaattaatagaaacagattaaaacccattgaataatctata
aatcttcatgaaaatatccatactagcacattgtatttttttaattaatt
cattatggcagggtgacattgtgtagttgaggctatcattaaactcatga
actttttgccatagttttctaagaactggaattataggcatgttatacca
tgcctggaagaaggatgttttgtgatgcaagcaattttccttgattgaaa
cagaatattttctagttgaattattaacaaaaatctaagttatggctaat
ttcatgttttgactgggttgatagatgaccagctagttggtaaactagca
ttccttgatgtgttttagaaagtgtttataaaagagaaaccacactacac
acacacacacacataatttataggttataattttaaacatgtataaaaat
tgtatacatatatgtataatatatagctttgatatatatgggtagtataa
gcatatatttataaatttataaattcatagacaggcagatagatagatag
atagatagatagatagatagaggggtggttt

gaattcatgcctgtccctgtcactgttccgacaagaaatggcacaaataa
catctatgtgctctctctccctcttccctccctctctcccttctttccaa
ttctccccctttcttctcctcttcatcttatttttgtttctatttatctc
tcttcttttccttccaagaactatgtgctcttaagatgagtgagataaat
ggtaaaattttggggggaaaagtagatagaatgaacatattactggggaa
gcatttgggcacagggataatgacagcttctccttgcagctgaagacctt
gagaacagcagccatcaagcctcgcctagccttggtgggaaaggatgtgc
ctagccttgcagagacttgatgtgccagagtgcagggatacccatcacca
ctacccccatctgctcagagaagaagcagatgggaagatgggggcaagga
ttgtgggacggggtcaccaggggtgaggcagcaagctgaatatgcagtga
ataagtcaaataaataaataaaagccagcaaaaggcttgcacttgtgagt
ctctccattggaggtcaagaaatagagacaggaacggtctcaaccaagag
aagccatctgaggagcttcctgaattgaccccccgttagccttcactgca
gtatctattgctcatgtccataggcgacagtggcaacaccaaaacccctg
actcagaccatgccatcgtctttgctgagataatcagggagtatctttag
ggaaaatactaggacagatgacacaggtctctatctgggttccttttgtc
ctgcacagagagaagttcatgaatttacaaggaaacgccatgggttgata
tggcttatctctttcaagttgaagcaattctcaaagtgggcagagagatt
aaacgcaacatcatatcacctgtaaaatatgctcctcttccttgcggcat
tttctcacagctcttccataccaagaaaatacacagacaaggcaatgata
aggtacatagttctgaagcaatggagatcaagtgagtatgaacactgccc
tcaaaacaaaggagccgacttatgaattcaggagttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5911214_5912142
seq2: B6Ng01-071L03.b_48_978 (reverse)

seq1  AAACCACCCCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCCCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCTG  50

seq1  TCTATGAATTTATAAATTTATAAATATATGCTTATACTA-CCATATATAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTATGAATTTATAAATTTATAAATATATGCTTATACTACCCATATATAT  100

seq1  CAAAGCTATATATTATACATATATGTATACAATTTTTATACATGTTT-AA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAAGCTATATATTATACATATATGTATACAATTTTTATACATGTTTAAA  150

seq1  ATTATAACCTATAAATTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGGTTTCTCTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAACCTATAAATTATGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGGTTTCTCTT  200

seq1  TTATAAACACTTTCTAAAACACATCAAGGAATGCTAGTTTACCAACTAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAACACTTTCTAAAACACATCAAGGAATGCTAGTTTACCAACTAGC  250

seq1  TGGTCATCTATCAACCCAGTCAAAACATGAAATTAGCCATAACTTAGATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATCTATCAACCCAGTCAAAACATGAAATTAGCCATAACTTAGATT  300

seq1  TTTGTTAATAATTCAACTAGAAAATATTCTGTTTCAATCAAGGAAAATTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAATAATTCAACTAGAAAATATTCTGTTTCAATCAAGGAAAATTG  350

seq1  CTTGCATCACAAAACATCCTTCTTCCAGGCATGGTATAACATGCCTATAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATCACAAAACATCCTTCTTCCAGGCATGGTATAACATGCCTATAA  400

seq1  TTCCAGTTCTTAGAAAACTATGGCAAAAAGTTCATGAGTTTAATGATAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTCTTAGAAAACTATGGCAAAAAGTTCATGAGTTTAATGATAGC  450

seq1  CTCAACTACACAATGTCACCCTGCCATAATGAATTAATTAAAAAAATACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTACACAATGTCACCCTGCCATAATGAATTAATTAAAAAAATACA  500

seq1  ATGTGCTAGTATGGATATTTTCATGAAGATTTATAGATTATTCAATGGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTAGTATGGATATTTTCATGAAGATTTATAGATTATTCAATGGGT  550

seq1  TTTAATCTGTTTCTATTAATTTATATTTTTTTCTGTGAACACACACACAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTGTTTCTATTAATTTATATTTTTTTCTGTGAACACACACACAC  600

seq1  ACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGTGATAGGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGTGATAGGG  650

seq1  ACAGACAAAGACAGAAAGACAGAGACAGAGAGAGAGACAGATACAGAGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAAGACAGAAAGACAGAGACAGAGAGAGAGACAGATACAGAGCA  700

seq1  TATATGCCCATGTATGTATGTAGAGGACATGGAAGGATATCAAGCATCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCCCATGTATGTATGTAGAGGACATGGAAGGATATCAAGCATCCT  750

seq1  TCCCTATTACTCTCCTTTTTTCTCTTGAGACAATGTCTCCCACTCTATCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATTACTCTCCTTTTTTCTCTTGAGACAATGTCTCCCACTCTATCT  800

seq1  GGAGTAAGACTAACAACCAAAACCACAAAACTCCAGAGACCCTTCTGTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAAGACTAACAACCAAAACCACAAAACTCCAGAGACCCTTCTGTCT  850

seq1  CTGCTTCTTACAACAGTGGCCTATAGGCCAGTCAGCACTCAGCCACAACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTTACAACAGTGGCCTATAGGCCAGTCAGCACTCAGCCACAACA  900

seq1  AGCATTCAATGGGATTTCTGACTATGAATTC  929
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCAATGGGATTTCTGACTATGAATTC  931


seq1: chr13_5735104_5736197
seq2: B6Ng01-071L03.g_69_1157

seq1  GAATTCATGCCTGTCCCTGTCACTGTTCCGACAAGAAATGGCACAAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCTGTCCCTGTCACTGTTCCGACAAGAAATGGCACAAATAA  50

seq1  CATCTATGTGCTCTCTCTCCCTCTTCCCTCCCTCTCTCCCTTCTTTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATGTGCTCTCTCTCCCTCTTCCCTCCCTCTCTCCCTTCTTTCCAA  100

seq1  TTCTCCCCCTTTCTTCTCCTCTTCATCTTATTTTTGTTTCTATTTATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCCCTTTCTTCTCCTCTTCATCTTATTTTTGTTTCTATTTATCTC  150

seq1  TCTTCTTTTCCTTCCAAGAACTATGTGCTCTTAAGATGAGTGAGATAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTCCTTCCAAGAACTATGTGCTCTTAAGATGAGTGAGATAAAT  200

seq1  GGTAAAATTTTGGGGGGAAAAGTAGATAGAATGAACATATTACTGGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAATTTTGGGGGGAAAAGTAGATAGAATGAACATATTACTGGGGAA  250

seq1  GCATTTGGGCACAGGGATAATGACAGCTTCTCCTTGCAGCTGAAGACCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGGGCACAGGGATAATGACAGCTTCTCCTTGCAGCTGAAGACCTT  300

seq1  GAGAACAGCAGCCATCAAGCCTCGCCTAGCCTTGGTGGGAAAGGATGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGCAGCCATCAAGCCTCGCCTAGCCTTGGTGGGAAAGGATGTGC  350

seq1  CTAGCCTTGCAGAGACTTGATGTGCCAGAGTGCAGGGATACCCATCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTTGCAGAGACTTGATGTGCCAGAGTGCAGGGATACCCATCACCA  400

seq1  CTACCCCCATCTGCTCAGAGAAGAAGCAGATGGGAAGATGGGGGCAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCCATCTGCTCAGAGAAGAAGCAGATGGGAAGATGGGGGCAAGGA  450

seq1  TTGTGGGACGGGGTCACCAGGGGTGAGGCAGCAAGCTGAATATGCAGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGACGGGGTCACCAGGGGTGAGGCAGCAAGCTGAATATGCAGTGA  500

seq1  ATAAGTCAAATAAATAAATAAAAGCCAGCAAAAGGCTTGCACTTGTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCAAATAAATAAATAAAAGCCAGCAAAAGGCTTGCACTTGTGAGT  550

seq1  CTCTCCATTGGAGGTCAAGAAATAGAGACAGGAACGGTCTCAACCAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATTGGAGGTCAAGAAATAGAGACAGGAACGGTCTCAACCAAGAG  600

seq1  AAGCCATCTGAGGAGCTTCCTGAATTGACCCCCCGTTAGCCTTCACTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCTGAGGAGCTTCCTGAATTGACCCCCCGTTAGCCTTCACTGCA  650

seq1  GTATCTATTGCTCATGTCCATAGGCGACAGTGGCAACACCAAAACCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTATTGCTCATGTCCATAGGCGACAGTGGCAACACCAAAACCCCTG  700

seq1  ACTCAGACCATGCCATCGTCTTTGCTGAGATAATCAGGGAGTATCTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGACCATGCCATCGTCTTTGCTGAGATAATCAGGGAGTATCTTTAG  750

seq1  GGAAAATACTAGGACAGATGACACAGGTCTCTATCTGGGTTCCTTTTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATACTAGGACAGATGACACAGGTCTCTATCTGGGTTCCTTTTGTC  800

seq1  CTGCACAGAGAGAAGTTCATGAATTTACAAGGAAACGCCATGGGTTGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGAGAGAAGTTCATGAATTTACAAGGAAACGCCATGGGTTGATA  850

seq1  TGGCTTATCTCTTTCAAGTTGAAGCAATTCTCAAAGTGGGCAGAGAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTATCTCTTTCAAGTTGAAGCAATTCTCAAAGTGGGCAGAGAGATT  900

seq1  AAACGCAAACATCATATCACCTGTAAAATATGCTCCTCTTCCTTGCGGCA  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGC-AACATCATATCACCTGTAAAATATGCTCCTCTTCCTTGCGGCA  949

seq1  TTTTCTCACAGGCTCTTCCATACCAAGAAAATACACAAGACAAGGCAATG  1000
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTCTCACA-GCTCTTCCATACCAAGAAAATACAC-AGACAAGGCAATG  997

seq1  ATAAGGTACATAGTTCTGAAGCAATGGAGATCAAGTGAGGTATGAACACT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATAAGGTACATAGTTCTGAAGCAATGGAGATCAAGTGA-GTATGAACACT  1046

seq1  GCCCTCAAAACAAAAGGAGCAGACTTATGAATTCAAGAGTTCAT  1094
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GCCCTCAAAAC-AAAGGAGCCGACTTATGAATTCAGGAGTTCAT  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |