BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075H03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,623,306 - 35,776,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdyl
Upstream gene1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Downstream geneRpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590, LOC666758
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075H03.bB6Ng01-075H03.g
ACCDH892003DH892004
length1,107957
definitionDH892003|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075H03, 5' end.DH892004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,775,343 - 35,776,464)(35,623,306 - 35,623,915)
sequence
gaattccacaaaggtgctgatgctgatacagacacccccaggctgggact
cacatgggtggttcgagcctgggagcaggatgccacagacaaggatccag
atgatagtatttccctaaggaccctcccaggagaaccctcctaggaagca
ggcccagctgtaaaggcttcagccatattccttaaggattcttctaattc
accctcctttctcccaactgaacccaagagggaccaagagggtacagaga
gagaaagagaagcataatgaaaaaaaaaaataaagctaacagagaatcct
cttaaaaaaaaaaaagaacatagaaacaatcttaggggcaagggaagact
cagaacaaatataaaattaatctctgacttagcctattgaatatttaaac
acttgaaatggattctcaatgccatgaatgcaggtgattttcaaactggg
ttcctaaagaggtatacattcagcacaaggaaataagtggccagaaacat
ggagatctggatgcagggccataaacaaaccataaggccatttgagatgt
tcacactacagtttggactgtggatttgtacattgttctggttgtctgtt
cttctttctgacttagtttttaaatacaattaatttttttttcacccaag
tcacatatatttttatagttgcatctttcagaaacaatttgtgccagggc
agacgtcttctacccctgaagtcagactcacgcatgtagccaggaaagca
cacttacctggcaggtgttatcatcagtaggttgttcagctttctctgga
agtgtgcagagctgggcttcctgtgaattaggctggctattgcctatgcc
ctgtgggaggaggaggaaagagagtaaaactgagtccctggaaaatgtta
tgtgtgtgcagaatcaggatgtgtagcaggaggaaagactgacagtggaa
gttcagtgttatcacttgttggttctggtctacagtctagcacagtaaag
gctgacgtcatcttgggtggcgagcttatggctacggggaggtgatttgc
tgaagttcttagagctctgagcagcttctgttgcacttattcatttctca
tcactct
gaattccttattcctcttaaagggtactgtagcatgtatgtgtcacattc
tggtttaatgcccacttgttagtaaagttgctgtctatcactttaaaaaa
tagtacaagtgggtgggagagatgtgagccagccccatgagtgagagtgt
gagagagtgaccccaccactcatctagcatgaggtggtgtggatgaggga
gtgttgccttccatgtcaccctgctccctcaccacctgcagtagctggga
gagctgtccctggggtcatgagcgagggagaactagcctgcctcctcagt
ggatacagtactcagagagttggcattgcctgggcaacacagcagagctg
gccatgatgataaaggcacaggtgagccagccctgaaggtatgagagtag
gagagctggcccagcccctcacgggttgcaggacttgggagagtgagccc
tgcaccttgattggacagaacagcggagctgactctggaggtaagagtgc
aagtgagctggtcccaagggcatgggagcaggagagctgaccctgcttcc
tgctgctggtggcactggatggcctatcagcagcaatgctggaaaagctt
gccttcatggtgcagacaaagaagaggcagctggctgagacgcttggcta
ccaccccagccccagatccagagttctgagttgaccctctcaaaatcctt
atcatcattgaatgattgggatgtatgaaaaggccagacctgctgttcca
aagctgcaggatatcaggcaacacaggataactgggaaagagtcccagtg
aggatccaatatttgatgatgcctcagagctagagacttcatatcagatc
aatgactcgttgcatgaacatttgcaagtgaaggtttatggggcacagtg
agacacactgtgacatactacaccttccacgatgagataatttatgctta
ggtttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35775343_35776464
seq2: B6Ng01-075H03.b_46_1152 (reverse)

seq1  AGAGTGATGGAGAAATGGATAAGTGCAACAGAAAGCTGCCTCAGAGCCTC  50
      |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||
seq2  AGAGTGAT-GAGAAATGAATAAGTGCAACAG-AAGCTG-CTCAGAG-CTC  46

seq1  TAAGAACCTTCAGCAAATTCACCCTCCCCGTAGGCCATAGGCCTCCGCCA  100
      |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||   |||||
seq2  TAAGAA-CTTCAGCAAA-TCA-CCTCCCCGTA-GCCATAAGC--TCGCCA  90

seq1  CCCAAGGATGGACGTCAGCCTTTACTGTTGCCTAGACTGTAGACCAGAAC  150
      ||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  CCCAA-GAT-GACGTCAGCCTTTACTGT--GCTAGACTGTAGACCAGAAC  136

seq1  CAACAAGTGATAACACTGAACTTCCACTGTCAGTCTTTCCTCCCTGCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAACAAGTGATAACACTGAACTTCCACTGTCAGTCTTTCCT-CCTGCTAC  185

seq1  ACATCCTGATTCTGCACACACATAACATTTTCCAGGGACTCAGTTTTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTGATTCTGCACACACATAACATTTTCCAGGGACTCAGTTTTACT  235

seq1  CTCTTTCCTCCTCCTCCCACAGGGCATAGGCAATAGCCAGCCTAATTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCTCCTCCTCCCACAGGGCATAGGCAATAGCCAGCCTAATTCAC  285

seq1  AGGAAGCCCAGCTCTGCACACTTCCAGAGAAAGCTGAACAACCTACTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCCAGCTCTGCACACTTCCAGAGAAAGCTGAACAACCTACTGAT  335

seq1  GATAACACCTGCCAGGTAAGTGTGCTTTCCTGGCTACATGCGTGAGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACACCTGCCAGGTAAGTGTGCTTTCCTGGCTACATGCGTGAGTCTG  385

seq1  ACTTCAGGGGTAGAAGACGTCTGCCCTGGCACAAATTGTTTCTGAAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGGGTAGAAGACGTCTGCCCTGGCACAAATTGTTTCTGAAAGAT  435

seq1  GCAACTATAAAAATATATGTGACTTGGGTGAAAAAAAAATTAATTGTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTATAAAAATATATGTGACTTGGGTGAAAAAAAAATTAATTGTATT  485

seq1  TAAAAACTAAGTCAGAAAGAAGAACAGACAACCAGAACAATGTACAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTAAGTCAGAAAGAAGAACAGACAACCAGAACAATGTACAAATC  535

seq1  CACAGTCCAAACTGTAGTGTGAACATCTCAAATGGCCTTATGGTTTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCCAAACTGTAGTGTGAACATCTCAAATGGCCTTATGGTTTGTTT  585

seq1  ATGGCCCTGCATCCAGATCTCCATGTTTCTGGCCACTTATTTCCTTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTGCATCCAGATCTCCATGTTTCTGGCCACTTATTTCCTTGTGC  635

seq1  TGAATGTATACCTCTTTAGGAACCCAGTTTGAAAATCACCTGCATTCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTATACCTCTTTAGGAACCCAGTTTGAAAATCACCTGCATTCATG  685

seq1  GCATTGAGAATCCATTTCAAGTGTTTAAATATTCAATAGGCTAAGTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAGAATCCATTTCAAGTGTTTAAATATTCAATAGGCTAAGTCAGA  735

seq1  GATTAATTTTATATTTGTTCTGAGTCTTCCCTTGCCCCTAAGATTGTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATTTTATATTTGTTCTGAGTCTTCCCTTGCCCCTAAGATTGTTTC  785

seq1  TATGTTCTTTTTTTTTTTTAAGAGGATTCTCTGTTAGCTTTATTTTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCTTTTTTTTTTTTAAGAGGATTCTCTGTTAGCTTTATTTTTTTT  835

seq1  TTTCATTATGCTTCTCTTTCTCTCTCTGTACCCTCTTGGTCCCTCTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTATGCTTCTCTTTCTCTCTCTGTACCCTCTTGGTCCCTCTTGGG  885

seq1  TTCAGTTGGGAGAAAGGAGGGTGAATTAGAAGAATCCTTAAGGAATATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTGGGAGAAAGGAGGGTGAATTAGAAGAATCCTTAAGGAATATGG  935

seq1  CTGAAGCCTTTACAGCTGGGCCTGCTTCCTAGGAGGGTTCTCCTGGGAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCTTTACAGCTGGGCCTGCTTCCTAGGAGGGTTCTCCTGGGAGG  985

seq1  GTCCTTAGGGAAATACTATCATCTGGATCCTTGTCTGTGGCATCCTGCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGGGAAATACTATCATCTGGATCCTTGTCTGTGGCATCCTGCTC  1035

seq1  CCAGGCTCGAACCACCCATGTGAGTCCCAGCCTGGGGGTGTCTGTATCAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTCGAACCACCCATGTGAGTCCCAGCCTGGGGGTGTCTGTATCAG  1085

seq1  CATCAGCACCTTTGTGGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCACCTTTGTGGAATTC  1107

seq1: chr13_35623306_35623915
seq2: B6Ng01-075H03.g_65_675

seq1  GAATTCCTTATTCCTCTTAAAGGGTACTGTAGCATGTATGTGTCACATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATTCCTCTTAAAGGGTACTGTAGCATGTATGTGTCACATTC  50

seq1  TGGTTTAATGCCCACTTGTTAGTAAAGTTGCTGTCTATCACTTTAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAATGCCCACTTGTTAGTAAAGTTGCTGTCTATCACTTTAAAAAA  100

seq1  TAGTACAAGTGGGTGGGAGAGATGTGAGCCAGCCCCATGAGTGAGAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACAAGTGGGTGGGAGAGATGTGAGCCAGCCCCATGAGTGAGAGTGT  150

seq1  GAGAGAGTGACCCCACCACTCATCTAGCATGAGGTGGTGTGGATGAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGTGACCCCACCACTCATCTAGCATGAGGTGGTGTGGATGAGGGA  200

seq1  GTGTTGCCTTCCATGTCACCCTGCTCCCTCACCACCTGCAGTAGCTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCCTTCCATGTCACCCTGCTCCCTCACCACCTGCAGTAGCTGGGA  250

seq1  GAGCTGTCCCTGGGGTCATGAGCGAGGGAGAACTAGCCTGCCTCCTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTCCCTGGGGTCATGAGCGAGGGAGAACTAGCCTGCCTCCTCAGT  300

seq1  GGATACAGTACTCAGAGAGTTGGCATTGCCTGGGCAACACAGCAGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAGTACTCAGAGAGTTGGCATTGCCTGGGCAACACAGCAGAGCTG  350

seq1  GCCATGATGATAAAGGCACAGGTGAGCCAGCCCTGAAGGTATGAGAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGATGATAAAGGCACAGGTGAGCCAGCCCTGAAGGTATGAGAGTAG  400

seq1  GAGAGCTGGCCCAGCCCCTCACGGGTTGCAGGACTTGGGAGAGTGAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGGCCCAGCCCCTCACGGGTTGCAGGACTTGGGAGAGTGAGCCC  450

seq1  TGCACCTTGATTGGACAGAACAGCGGAGCTGACTCTGGAGGTAAGAGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTGATTGGACAGAACAGCGGAGCTGACTCTGGAGGTAAGAGTGC  500

seq1  AAGTGAGCTGGTCCCAAGGGCATGGGAGCAGGAGAGCTGACCCTGCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCTGGTCCCAAGGGCATGGGAGCAGGAGAGCTGACCCTGCTTCC  550

seq1  TGCTGCTGGTGGCACTGGATGGCCTATCAGCAGCAATGCTGG-AAAGCTT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTGCTGGTGGCACTGGATGGCCTATCAGCAGCAATGCTGGAAAAGCTT  600

seq1  GCCTTCATGGT  610
      |||||||||||
seq2  GCCTTCATGGT  611