BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076G16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,336,557 - 45,386,904
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039533
Upstream geneEG637868, EG667157, Jarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204
Downstream geneMylip, Gmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076G16.bB6Ng01-076G16.g
ACCDH892689DH892690
length9641,145
definitionDH892689|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076G16, 5' end.DH892690|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076G16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,336,557 - 45,337,518)(45,385,764 - 45,386,904)
sequence
gaattctcctccaaggggttggaacccactttttaaaggtctgcctctac
cttggctgccctctctgtgcaatctgttagaattattttacaattaaaga
agcccctgggagagagagctttgcttgggatctggagcctgggtcaatgg
gctgagttctgctatctatagcttattctgaacaatagaatgcagtgtag
tactatgcagataaatgaggcaagtgtcttactctcaccagtactgcaat
atttctgacattgaagacaggttgctgaagctgaggctttctacaagatt
ccatgggaatctagattatgaacgacgattcatggaattatccctggaga
ctatcgtctaccacctatctgttttgagagagaatctcaagtatcccagg
ctagcccccaattcaatgtagccaaggatgaccctgaacttcgggttccc
ccacctccagctcccaggtacactgctacacctgggtgttgatgtggagg
tagggctagaagtcatgttgaaccagacactctaccaacagggcttacac
cacatgctcccacccccaccattttgtgggcgtggctgaagctttatttc
tgacctaattagaagaagcgttttataaatctgcatggacatggaagtgg
ccaaggtcttgtcttgtcttttcttttcttttcttttcttttcttttctt
ttctacctgttgtctacctgcacaccagaataaccaatcacactcaccga
ggttgcttatgaagtgttcaggagatccggccaagggcaaagccacatgt
cacattgtgcaaaggccaggcatgttcatatggtcacactcaatatggct
gctgaagacacagtgtctatggggcttgacatgtcacaattatttcatcg
gtcctatgaaaataatcttgaaatcacaagtgccagaggggagcccattg
cgcggagttgtgtg
gaattcattcctggtttcatcctggaaggtgacaggcacgtctttgagtc
acatagatacttcagattcttaagagtagtttctccacaggataggaacc
tgtggtgggtggatcttgttaaaatgcaggcttgcattagcagatctagg
gcaagaccctaaagtctacatttccaatattctttttccatgatgtccat
gatcaccaggggtaccaggcatggtgacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacgtgacctgaatactcaga
gaagcaggcagagctccatgagttcaggcagccaaggcttcacacaactc
cttttgtgtgaaagtaaccacacaaagggaagctgtgcccgatagaatgg
ttacaaggctccttggaatgtaaatcctcctgttttcatcgggatgctgt
gatgctttgaatgaaggataccctccacaggttcatgtgctggaatcctt
ggtccttggctcaccatgctgtttcgggagatggcaaactcttcaggagg
tgaccagtagctggagatggtgagctgcctaagggcaagccttgtggttt
acagcccaaccgtactttctctgcttcccgatatctgccaagatgtgaat
gagctactgcaagctcctgctgctgtagactcactggccaccatgctttc
tggccaccgtcgactgtagctcctcaagtcgtgagccaaaagaactcttc
gcctccccaaactgctcattgtcagtcattgggtcaccttttccttggaa
tccctttctttggcttttcttacactgcctagcacagacatgactccttc
aaagcacttgtggtcactgtctgcttgcttgtcttgagctattaatactg
agccacgtgatgctcgcatcccatagtggagccattcatgtgtacgttca
gtccggcacaaatatctctaaaagagggttaagaggagccttcaccccct
gaagaagagcagcgagcttttgtcctctgattggtttgaaattaccctta
acattaataagggggagggacaggggggtattttaaccataataaaatat
ttagcactaatcaagagatttaaaaaaaagggtttacctctgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45336557_45337518
seq2: B6Ng01-076G16.b_44_1007

seq1  GAATTCTCCTCCAAGGGGTTGGAACCCACTTTTTAAAGGTCTGCCTCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCCAAGGGGTTGGAACCCACTTTTTAAAGGTCTGCCTCTAC  50

seq1  CTTGGCTGCCCTCTCTGTGCAATCTGTTAGAATTATTTTACAATTAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTGCCCTCTCTGTGCAATCTGTTAGAATTATTTTACAATTAAAGA  100

seq1  AGCCCCTGGGAGAGAGAGCTTTGCTTGGGATCTGGAGCCTGGGTCAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTGGGAGAGAGAGCTTTGCTTGGGATCTGGAGCCTGGGTCAATGG  150

seq1  GCTGAGTTCTGCTATCTATAGCTTATTCTGAACAATAGAATGCAGTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTCTGCTATCTATAGCTTATTCTGAACAATAGAATGCAGTGTAG  200

seq1  TACTATGCAGATAAATGAGGCAAGTGTCTTACTCTCACCAGTACTGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGCAGATAAATGAGGCAAGTGTCTTACTCTCACCAGTACTGCAAT  250

seq1  ATTTCTGACATTGAAGACAGGTTGCTGAAGCTGAGGCTTTCTACAAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGACATTGAAGACAGGTTGCTGAAGCTGAGGCTTTCTACAAGATT  300

seq1  CCATGGGAATCTAGATTATGAACGACGATTCATGGAATTATCCCTGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGAATCTAGATTATGAACGACGATTCATGGAATTATCCCTGGAGA  350

seq1  CTATCGTCTACCACCTATCTGTTTTGAGAGAGAATCTCAAGTATCCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCGTCTACCACCTATCTGTTTTGAGAGAGAATCTCAAGTATCCCAGG  400

seq1  CTAGCCCCCAATTCAATGTAGCCAAGGATGACCCTGAACTTCGGGTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCCCAATTCAATGTAGCCAAGGATGACCCTGAACTTCGGGTTCCC  450

seq1  CCACCTCCAGCTCCCAGGTACACTGCTACACCTGGGTGTTGATGTGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCAGCTCCCAGGTACACTGCTACACCTGGGTGTTGATGTGGAGG  500

seq1  TAGGGCTAGAAGTCATGTTGAACCAGACACTCTACCAACAGGGCTTACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTAGAAGTCATGTTGAACCAGACACTCTACCAACAGGGCTTACAC  550

seq1  CACATGCTCCCACCCCCACCATTTTGTGGGCGTGGCTGAAGCTTTATTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTCCCACCCCCACCATTTTGTGGGCGTGGCTGAAGCTTTATTTC  600

seq1  TGACCTAATTAGAAGAAGCGTTTTATAAATCTGCATGGACATGGAAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAATTAGAAGAAGCGTTTTATAAATCTGCATGGACATGGAAGTGG  650

seq1  CCAAGGTCTTGTCTTGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTCTTGTCTTGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTT  700

seq1  TTCTACCTGTTGTCTACCTGCACACCAGAATAACCAATCACACTCACCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCTGTTGTCTACCTGCACACCAGAATAACCAATCACACTCACCGA  750

seq1  GGTTGCTTATGAAGTGTTCAGGAGATCCGGCCAAGGGCAAAGCCACATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTATGAAGTGTTCAGGAGATCCGGCCAAGGGCAAAGCCACATGT  800

seq1  CACATTGTGCAAAGGCCAGGCATGTTCATATGGTCACACTCAATATGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGTGCAAAGGCCAGGCATGTTCATATGGTCACACTCAATATGGCT  850

seq1  GCTGAAGACACAGTGTCTATGGGGCTTGACATGTCACAATTATTTCATCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGACACAGTGTCTATGGGGCTTGACATGTCACAATTATTTCATCG  900

seq1  GTCCTATGAAAATAATCTTGAAATCACAAGTGCCAGAGGGGAGCCCATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATGAAAATAATCTTGAAATCACAAGTGCCAGAGGGGAGCCCATTG  950

seq1  CGC-GAG-TGTGTG  962
      ||| ||| ||||||
seq2  CGCGGAGTTGTGTG  964

seq1: chr13_45385764_45386904
seq2: B6Ng01-076G16.g_70_1214 (reverse)

seq1  TCACAGAGTTAAACCATTTTTTTAAAATTCTCTTTGTTAGTGCCTAAATA  50
      |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||  |||||| |||||||
seq2  TCACAGAGGTAAACCCTTTTTTTTAAA-TCTCTTGATTAGTG-CTAAATA  48

seq1  -TCTATTATGGTTGAAATA-CCACCTGTCCCT-CACCTTATT-ATGCTAA  96
       | |||||||||| ||||| || ||||||||| | ||||||| ||| |||
seq2  TTTTATTATGGTTAAAATACCCCCCTGTCCCTCCCCCTTATTAATGTTAA  98

seq1  -GGTGATTTCAAGCAAATCAGAAGACAAAAGCTCGCTGCTC-TCTTCAGG  144
       ||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGGTAATTTCAAACCAATCAGAGGACAAAAGCTCGCTGCTCTTCTTCAGG  148

seq1  GGGTGGAAGGCTCCTCATAACCCTCTATAGGAGATATCTGTGCCGGACTG  194
      |||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||
seq2  GGGT-GAAGGCTCCTCTTAACCCTCTTTTAGAGATATTTGTGCCGGACTG  197

seq1  -ACGTACACATGAATGGCTCCACTATGGGATGCGAGCATCACGTGGCTCA  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTACACATGAATGGCTCCACTATGGGATGCGAGCATCACGTGGCTCA  247

seq1  GTATTAATAGCTCAAGACAAGCAAGCAGACAGTGACCACAAGTGCTTTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATAGCTCAAGACAAGCAAGCAGACAGTGACCACAAGTGCTTTGA  297

seq1  AGGAGTCATGTCTGTGCTAGGCAGTGTAAGAAAAGCCAAAGAAAGGGATT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCATGTCTGTGCTAGGCAGTGTAAGAAAAGCCAAAGAAAGGGATT  347

seq1  CCAAGGAAAAGGTGACCCAATGACTGACAATGAGCAGTTTGGGGAGGCGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAAAAGGTGACCCAATGACTGACAATGAGCAGTTTGGGGAGGCGA  397

seq1  AGAGTTCTTTTGGCTCACGACTTGAGGAGCTACAGTCGACGGTGGCCAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCTTTTGGCTCACGACTTGAGGAGCTACAGTCGACGGTGGCCAGA  447

seq1  AAGCATGGTGGCCAGTGAGTCTACAGCAGCAGGAGCTTGCAGTAGCTCAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGTGGCCAGTGAGTCTACAGCAGCAGGAGCTTGCAGTAGCTCAT  497

seq1  TCACATCTTGGCAGATATCGGGAAGCAGAGAAAGTACGGTTGGGCTGTAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTTGGCAGATATCGGGAAGCAGAGAAAGTACGGTTGGGCTGTAA  547

seq1  ACCACAAGGCTTGCCCTTAGGCAGCTCACCATCTCCAGCTACTGGTCACC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGGCTTGCCCTTAGGCAGCTCACCATCTCCAGCTACTGGTCACC  597

seq1  TCCTGAAGAGTTTGCCATCTCCCGAAACAGCATGGTGAGCCAAGGACCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGAGTTTGCCATCTCCCGAAACAGCATGGTGAGCCAAGGACCAA  647

seq1  GGATTCCAGCACATGAACCTGTGGAGGGTATCCTTCATTCAAAGCATCAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCAGCACATGAACCTGTGGAGGGTATCCTTCATTCAAAGCATCAC  697

seq1  AGCATCCCGATGAAAACAGGAGGATTTACATTCCAAGGAGCCTTGTAACC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCGATGAAAACAGGAGGATTTACATTCCAAGGAGCCTTGTAACC  747

seq1  ATTCTATCGGGCACAGCTTCCCTTTGTGTGGTTACTTTCACACAAAAGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATCGGGCACAGCTTCCCTTTGTGTGGTTACTTTCACACAAAAGGA  797

seq1  GTTGTGTGAAGCCTTGGCTGCCTGAACTCATGGAGCTCTGCCTGCTTCTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGAAGCCTTGGCTGCCTGAACTCATGGAGCTCTGCCTGCTTCTC  847

seq1  TGAGTATTCAGGTCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTCAGGTCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  897

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCACCATGCCTGGTACCCCTGGTGATCAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCACCATGCCTGGTACCCCTGGTGATCAT  947

seq1  GGACATCATGGAAAAAGAATATTGGAAATGTAGACTTTAGGGTCTTGCCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCATGGAAAAAGAATATTGGAAATGTAGACTTTAGGGTCTTGCCC  997

seq1  TAGATCTGCTAATGCAAGCCTGCATTTTAACAAGATCCACCCACCACAGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTGCTAATGCAAGCCTGCATTTTAACAAGATCCACCCACCACAGG  1047

seq1  TTCCTATCCTGTGGAGAAACTACTCTTAAGAATCTGAAGTATCTATGTGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATCCTGTGGAGAAACTACTCTTAAGAATCTGAAGTATCTATGTGA  1097

seq1  CTCAAAGACGTGCCTGTCACCTTCCAGGATGAAACCAGGAATGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGACGTGCCTGTCACCTTCCAGGATGAAACCAGGAATGAATTC  1145