BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080G05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,739,901 - 105,854,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7bp
Upstream geneNln, Sgtb, 2410002O22Rik, LOC100040518, Trim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik, EG238836
Downstream gene4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a, EG668025
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080G05.bB6Ng01-080G05.g
ACCDH895543DH895544
length1,0921,020
definitionDH895543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G05, 5' end.DH895544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,739,901 - 105,741,009)(105,853,425 - 105,854,426)
sequence
gaattctttcacttttgatacataaatataggagaaaattccaagagctg
tttctttgcagattttaggttgaactatgtgaaattgctggttttaaaaa
tatagatcaaaacagtcaaatatcagccatttcatagaattcaacctaat
acaacaattgtccatgctctctccatcttccataaagtgaaaggctttaa
aagtatttagtttttaggccagaatattaatgtacaaataagtgcctccc
caaggctgggattaaagccacttgcaggcagctagtctgtccctcttaag
attggacacctgtgcctctggtctgactcggagatctgtcagaacaggga
acaaaagtgcaaagactcctgggaaatttcattgggggtggggggaaggg
tcaaaggaaggacaggaggaaataaaacaggatttgtagcatattacaag
ttcgtgggaaaagagcgcagcagagccatgagcagaacaacacagcgtgt
ggctccctcttttctaaaatacagtattgcttaatgtgtcccgttctcga
gagtccaagcataagacaggacacagaatacacattggaaaagtcatatc
tgcatagtcatctaaaatgagacaagctaagcttaactaaaacatctttt
ttcattaataatgtaaaatgttaaatagttttatgatctgagctaattcc
agcatgccctataagatttaacactatgctgatgtgtggacccatgcttc
aggtttcaattcaaacaaaatgtgataatattgaattttacatctgaggg
taattgtttatgctactacatcatttcttaaccggataacttcatttccc
aagaagcttaaaaagacaccattggattaaaagaaagttagctacccata
tgcattgtttgagatagtagattactgtgtatttacaaaattatttttca
tatatgactctgttgcatataataagatgtctgatgttaaactacgattc
tgacaaatggaaaacttaatggaatgagtgcaagacagcaacgcgtgagg
gggcgttggtgggtataatattctaaggataccatatattgg
gaattctggtcagagggaatatagatagggaatggatgccattttgaaaa
taacagaaaatggcctgaacagagtctggacaatcaaggccgtcatgccc
ttgatgaataagtgtacacttattgtttagcctgtggactaaggttaaga
gatcccaactccttactctagaataacaatgggaggagccagaaagggct
ttatgtaagagagcctgcttggcaatgaagccaaagatagcagtgacagg
ggtccaatgacattgcattgtttgaattcttcaaacaggacattcttgaa
tttagtccttttaaataattgccaggtaccatcaatatcaaccaaccaga
tcctcaccccacccccgcaaagctacaaagagtacacacagggggaccca
tggctccagctggatatgtagcaaaggattgccttatcaggtatcacccc
ttggtcttatggaggctcaataccatcaaagcatactaaggttgagctgg
agaagggatgaaccatagttgagtcatcttgtgcatccagctctctggtc
atctttaaagaaaaagatgcatttatttttattttatgtttataggtgtt
tttgtctgcttgtatgtttgtacactatgtacatacagtgctcatgggtc
cagtagagggtggtgtgtgggcctgtgtaccagggctttccacagagatc
tctggccccttgagagttccagcaaagggaaacaagtgcaagcaggtagg
ggaggtcgcttcccattgctgcagttggctccacctccgtctctgctgtg
cctttcagcttactctagctgccctgcatgccctgcacttgagttgggtc
gggctgggcccactagaggtagactagccagtgaggagtgcccctgaact
tcaggcagcatcagagagcagagctcttgcaagtgtacagttcttttaat
agaaagctcagatgttggagagttcttgccacttttatccttcagatgaa
tcttatatacagtttggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105739901_105741009
seq2: B6Ng01-080G05.b_48_1139

seq1  GAATTCTTTCACTTTTGATACATAAATATAGGAGAAAATTCCAAGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACTTTTGATACATAAATATAGGAGAAAATTCCAAGAGCTG  50

seq1  TTTCTTTGCAGATTTTAGGTTGAACTATGTGAAATTGCTGGTTTTAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGCAGATTTTAGGTTGAACTATGTGAAATTGCTGGTTTTAAAAA  100

seq1  TATAGATCAAAACAGTCAAATATCAGCCATTTCATAGAATTCAACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATCAAAACAGTCAAATATCAGCCATTTCATAGAATTCAACCTAAT  150

seq1  ACAACAATTGTCCATGCTCTCTCCATCTTCCATAAAGTGAAAGGCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATTGTCCATGCTCTCTCCATCTTCCATAAAGTGAAAGGCTTTAA  200

seq1  AAGTATTTAGTTTTTAGGCCAGAATATTAATGTACAAATAAGTGCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTAGTTTTTAGGCCAGAATATTAATGTACAAATAAGTGCCTCCC  250

seq1  CAAGGCTGGGATTAAAGCCACTTGCAGGCAGCTAGTCTGTCCCTCTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGGGATTAAAGCCACTTGCAGGCAGCTAGTCTGTCCCTCTTAAG  300

seq1  ATTGGACACCTGTGCCTCTGGTCTGACTCGGAGATCTGTCAGAACAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACACCTGTGCCTCTGGTCTGACTCGGAGATCTGTCAGAACAGGGA  350

seq1  ACAAAAGTGCAAAGACTCCTGGGAAATTTCATTGGGGGTGGGGGGAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGTGCAAAGACTCCTGGGAAATTTCATTGGGGGTGGGGGGAAGGG  400

seq1  TCAAAGGAAGGACAGGAGGAAATAAAACAGGATTTGTAGCATATTACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGAAGGACAGGAGGAAATAAAACAGGATTTGTAGCATATTACAAG  450

seq1  TTCGTGGGAAAAGAGCGCAGCAGAGCCATGAGCAGAACAACACAGCGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGGAAAAGAGCGCAGCAGAGCCATGAGCAGAACAACACAGCGTGT  500

seq1  GGCTCCCTCTTTTCTAAAATACAGTATTGCTTAATGTGTCCCGTTCTCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTCTTTTCTAAAATACAGTATTGCTTAATGTGTCCCGTTCTCGA  550

seq1  GAGTCCAAGCATAAGACAGGACACAGAATACACATTGGAAAAGTCATATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAAGCATAAGACAGGACACAGAATACACATTGGAAAAGTCATATC  600

seq1  TGCATAGTCATCTAAAATGAGACAAGCTAAGCTTAACTAAAACATCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGTCATCTAAAATGAGACAAGCTAAGCTTAACTAAAACATCTTTT  650

seq1  TTCATTAATAATGTAAAATGTTAAATAGTTTTATGATCTGAGCTAATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAATAATGTAAAATGTTAAATAGTTTTATGATCTGAGCTAATTCC  700

seq1  AGCATGCCCTATAAGATTTAACACTATGCTGATGTGTGGACCCATGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCCCTATAAGATTTAACACTATGCTGATGTGTGGACCCATGCTTC  750

seq1  AGGTTTCAATTCAAACAAAATGTGATAATATTGAATTTTACATCTGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCAATTCAAACAAAATGTGATAATATTGAATTTTACATCTGAGGG  800

seq1  TAATTGTTTATGCTACTACATCATTTCTTAACCGGATAACTTCATTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTTATGCTACTACATCATTTCTTAACCGGATAACTTCATTTCCC  850

seq1  AAGAAGCTTAAAAAGACACCATTGGATTAAAAGAAAGTTAGCTACCCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTTAAAAAGACACCATTGGATTAAAAGAAAGTTAGCTACCCATA  900

seq1  TGCATTGTTTGAAGATAGTAGGATTACTGTGTATTTACAAAATGTATTTT  950
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCATTGTTTG-AGATAGTA-GATTACTGTGTATTTACAAAAT-TATTTT  947

seq1  TCATATATGACTCTGTTGCATTATAAATTAAGATGTTCTGATGTTGATAC  1000
      |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| | ||
seq2  TCATATATGACTCTGTTGCA-TATAA--TAAGATG-TCTGATGTT-AAAC  992

seq1  TTAGCGATTCTGACAGAATGGAAGACTAAATGGAAATGAGTGCAGAGACA  1050
      |   ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  T--ACGATTCTGACA-AATGGAAAACTTAATGG-AATGAGTGCA-AGACA  1037

seq1  GCAACGCGTGAGGTGGCGTGTGTTTGGTTATAATATTTCTAATGATACTC  1100
      ||||||||||||| |||||  |  ||| ||||||| |||||| ||||| |
seq2  GCAACGCGTGAGGGGGCGTTGG--TGGGTATAATA-TTCTAAGGATAC-C  1083

seq1  ATAGATTGG  1109
      ||| |||||
seq2  ATATATTGG  1092

seq1: chr13_105853425_105854426
seq2: B6Ng01-080G05.g_71_1067 (reverse)

seq1  ATCTGGAAGGATAAAAAGTGTGCAAGAACTACTCCAACATCTGAGCCTTC  50
      |||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  ATCT-GAAGGAT-AAAAGTG-GCAAGAACT-CTCCAACATCTGAGCTTTC  46

seq1  TATTCAAAGAACTGTAACACTTGCAAAGAGCTCTGCTCTCCTGATGCTGC  100
      |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATTAAAAGAACTGT-ACACTTGC-AAGAGCTCTGCTCT-CTGATGCTGC  93

seq1  CTGAAGTTCAGGGGCACTCCTCACTGGCTAGTCTACCTCTAGTGGGCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTCAGGGGCACTCCTCACTGGCTAGTCTACCTCTAGTGGGCCCA  143

seq1  GCCCGACCCAACTC-AGTGCAGGGCATGCAGGGCAGCTAGAGTAAGCTGG  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCCGACCCAACTCAAGTGCAGGGCATGCAGGGCAGCTAGAGTAAGCTGA  193

seq1  AAGGCACAGCAGAGACGGAGGTGGAGCCAACTGCAGCAAT-GGAAGCGAC  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGCACAGCAGAGACGGAGGTGGAGCCAACTGCAGCAATGGGAAGCGAC  243

seq1  CTCCCCTACCTGCCTGCACTTGTTTCCCTTTGCTGGAACTCTCAAGGGGC  298
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTACCTGCTTGCACTTGTTTCCCTTTGCTGGAACTCTCAAGGGGC  293

seq1  CAGAGATCTCTGTGGAAAGCCCTGGTACACAGGCCCACACACCACCCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATCTCTGTGGAAAGCCCTGGTACACAGGCCCACACACCACCCTCT  343

seq1  ACTGGACCCATGAGCACTGTATGTACATAGTGTACAAACATACAAGCAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACCCATGAGCACTGTATGTACATAGTGTACAAACATACAAGCAGA  393

seq1  CAAAAACACCTATAAACATAAAATAAAAATAAATGCATCTTTTTCTTTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACACCTATAAACATAAAATAAAAATAAATGCATCTTTTTCTTTAA  443

seq1  AGATGACCAGAGAGCTGGATGCACAAGATGACTCAACTATGGTTCATCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCAGAGAGCTGGATGCACAAGATGACTCAACTATGGTTCATCCC  493

seq1  TTCTCCAGCTCAACCTTAGTATGCTTTGATGGTATTGAGCCTCCATAAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCTCAACCTTAGTATGCTTTGATGGTATTGAGCCTCCATAAGA  543

seq1  CCAAGGGGTGATACCTGATAAGGCAATCCTTTGCTACATATCCAGCTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGGTGATACCTGATAAGGCAATCCTTTGCTACATATCCAGCTGGA  593

seq1  GCCATGGGTCCCCCTGTGTGTACTCTTTGTAGCTTTGCGGGGGTGGGGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGGTCCCCCTGTGTGTACTCTTTGTAGCTTTGCGGGGGTGGGGTG  643

seq1  AGGATCTGGTTGGTTGATATTGATGGTACCTGGCAATTATTTAAAAGGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGGTTGGTTGATATTGATGGTACCTGGCAATTATTTAAAAGGAC  693

seq1  TAAATTCAAGAATGTCCTGTTTGAAGAATTCAAACAATGCAATGTCATTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCAAGAATGTCCTGTTTGAAGAATTCAAACAATGCAATGTCATTG  743

seq1  GACCCCTGTCACTGCTATCTTTGGCTTCATTGCCAAGCAGGCTCTCTTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTGTCACTGCTATCTTTGGCTTCATTGCCAAGCAGGCTCTCTTAC  793

seq1  ATAAAGCCCTTTCTGGCTCCTCCCATTGTTATTCTAGAGTAAGGAGTTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCCTTTCTGGCTCCTCCCATTGTTATTCTAGAGTAAGGAGTTGG  843

seq1  GATCTCTTAACCTTAGTCCACAGGCTAAACAATAAGTGTACACTTATTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTTAACCTTAGTCCACAGGCTAAACAATAAGTGTACACTTATTCA  893

seq1  TCAAGGGCATGACGGCCTTGATTGTCCAGACTCTGTTCAGGCCATTTTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGCATGACGGCCTTGATTGTCCAGACTCTGTTCAGGCCATTTTCT  943

seq1  GTTATTTTCAAAATGGCATCCATTCCCTATCTATATTCCCTCTGACCAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTCAAAATGGCATCCATTCCCTATCTATATTCCCTCTGACCAGA  993

seq1  ATTC  1002
      ||||
seq2  ATTC  997