BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081L19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 38,844,845 - 39,045,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35b3
Upstream geneRreb1, Ssr1, Cage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102
Downstream geneEG666867, LOC100041779, LOC382747, A230103O09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081L19.bB6Ng01-081L19.g
ACCDH896497DH896498
length9061,054
definitionDH896497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081L19, 5' end.DH896498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,044,263 - 39,045,169)(38,844,845 - 38,845,901)
sequence
catccattctagcagatgtcactctgtagacacacctgacttgttttctg
gtcttttgtagggtggtccgtgtctaggctagctctcctagctggctgtg
aggttagccaggatgacatgggtgtgcacatgacatggagaccaaggact
tgtgtagcatggcatcctttgagtacgttaggagcggcagagctgggcca
tgtgctgggatattattctttaggttttctgttttaagaaaaccctttac
tgattaccattgtggtggccccagttcatattcccatcaacagtgtataa
acattcctctttccctgcatcctctccagctcttagtgccctgtgttttc
tttcccattctgactgggttgagggtgactctcagagcagattgaatttt
catttctttgatggctagggatattgacctgtttcagatatctcctggcc
atttgcattgtcttgaggatcgtgtatgcagtgtcttagcccacttcctg
actgtgtgatttgtctcacggtgcttagggtttatggtgcttaactgggg
ggaggaaagagtaatgtgttctcagtattaatcccctctctggtacacag
ttaacacagatatcccccgccccttctctctctcctctctttttctgtag
gctgtctctttactctggtggctgttgtctttactgggcaaaaggttttt
aattttatgtgatacagtttatctactctagagagtctgtcctgcatggc
taatgtcactgcccacactgtatcttgagtgctttcccttaacatttctt
atataatacagggaatagtgtctgggaaggaaagcttattggcttaagtc
ctcctggcctttaggtacctcattaaaatggagatcttgctttgagccta
gtgaca
gaattcctgaatcagaaatagtctgaggtgttctggtgtttgcctaagaa
tgagaaacagaataactccccacccattcctctgcccccacgccccaacc
ccttgcctccctctcccaccattagctcatggaattatataagcttcagc
agctccagcagacaagcaggtgacacgaagagccaatggcacatcttgag
tcaaaagacctgaaaaaaccaagaaagtgccacaccagggtatgaagcca
aaggattaggaccagaatctgagactgaaggaagtgggagaccaatatcc
ctggatgaagattggcagaaagaaaaaaattatttcttattcttgtgttg
tattcaggtgttctgtggatacggttaggaccaccaccttggggaagagc
aatctgcattatctagcctgaggactcaaatgttagctaaccatcgtggt
gtgtatatgaagtgcccctcccccaccaaaagctcatgtattgagggctt
gatcccaggtaatggatccagttattgagaactgattagacttctagggc
cctgccctaactaacaatgtcaatattgagacagatgcactgtctggagg
gacagcagacacttgtcaaggtggaactagttaggagaagtagctcccac
agatgtcttttgctgtctgatgatcccatcctctatctctctttgcttcc
tggttgccaccaggtagagtgcatatgagcaggagctgtgcagagttcct
actggcacaggtaagaatccaaaaggagaagaaaatcctaaagactccag
ccacagccattaagtaccaagctgcttaaaatgtcattccctttattgta
atgggatgtgtgaagttccagccagcacttgcaattagatcctcgttcct
gagggaatcccacgcaagtcttttttgtagatttattctgagcctctcct
tacttctggactcttgaagctgttagtaaatacaagtctgtgctccgaga
ggagttctatcctccctttaactcatggagcatttgtcagctctgaatgg
ccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_39044263_39045169
seq2: B6Ng01-081L19.b_49_953 (reverse)

seq1  GTCACTAGGCTCAAAGC-AGATCTCCATTTTAATGAGGTACCTAAAGGCC  49
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAGGCTCAAAGCAAGATCTCCATTTTAATGAGGTACCTAAAGGCC  50

seq1  TGGAGGACTT-AGCCAATAAGCTTTCCTTCCCAGACACTATTCCCTGTAT  98
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGACTTAAGCCAATAAGCTTTCCTTCCCAGACACTATTCCCTGTAT  100

seq1  TAATATAAGAACTGTTAAGGGAAAGCACTTCAAGATACAAGTGTGGGCAG  148
      | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  T-ATATAAGAAATGTTAAGGGAAAGCAC-TCAAGATAC-AGTGTGGGCAG  147

seq1  TGACATTAGCCATGCAGGACAGACTCTCTAGAGTAGATAAACTGTATCAC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTAGCCATGCAGGACAGACTCTCTAGAGTAGATAAACTGTATCAC  197

seq1  ATAAAATTAAAAACCTTTTTGCCCAGTAAAGACAACAGCCACCAGAGTAA  248
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTAAAAACC-TTTTGCCCAGTAAAGACAACAGCCACCAGAGTAA  246

seq1  AGAGACAGCCTACAGAAAAAGAGAGGAGAGAGAGAAGGGGCGGGGGATAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCCTACAGAAAAAGAGAGGAGAGAGAGAAGGGGCGGGGGATAT  296

seq1  CTGTGTTAACTGTGTACCAGAGAGGGGATTAATACTGAGAACACATTACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTAACTGTGTACCAGAGAGGGGATTAATACTGAGAACACATTACT  346

seq1  CTTTCCTCCCCCCAGTTAAGCACCATAAACCCTAAGCACCGTGAGACAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCCCCCCAGTTAAGCACCATAAACCCTAAGCACCGTGAGACAAA  396

seq1  TCACACAGTCAGGAAGTGGGCTAAGACACTGCATACACGATCCTCAAGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGTCAGGAAGTGGGCTAAGACACTGCATACACGATCCTCAAGAC  446

seq1  AATGCAAATGGCCAGGAGATATCTGAAACAGGTCAATATCCCTAGCCATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAATGGCCAGGAGATATCTGAAACAGGTCAATATCCCTAGCCATC  496

seq1  AAAGAAATGAAAATTCAATCTGCTCTGAGAGTCACCCTCAACCCAGTCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATGAAAATTCAATCTGCTCTGAGAGTCACCCTCAACCCAGTCAG  546

seq1  AATGGGAAAGAAAACACAGGGCACTAAGAGCTGGAGAGGATGCAGGGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAAGAAAACACAGGGCACTAAGAGCTGGAGAGGATGCAGGGAAA  596

seq1  GAGGAATGTTTATACACTGTTGATGGGAATATGAACTGGGGCCACCACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGTTTATACACTGTTGATGGGAATATGAACTGGGGCCACCACAA  646

seq1  TGGTAATCAGTAAAGGGTTTTCTTAAAACAGAAAACCTAAAGAATAATAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATCAGTAAAGGGTTTTCTTAAAACAGAAAACCTAAAGAATAATAT  696

seq1  CCCAGCACATGGCCCAGCTCTGCCGCTCCTAACGTACTCAAAGGATGCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACATGGCCCAGCTCTGCCGCTCCTAACGTACTCAAAGGATGCCA  746

seq1  TGCTACACAAGTCCTTGGTCTCCATGTCATGTGCACACCCATGTCATCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACAAGTCCTTGGTCTCCATGTCATGTGCACACCCATGTCATCCT  796

seq1  GGCTAACCTCACAGCCAGCTAGGAGAGCTAGCCTAGACACGGACCACCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACCTCACAGCCAGCTAGGAGAGCTAGCCTAGACACGGACCACCCT  846

seq1  ACAAAAGACCAGAAAACAAGTCAGGTGTGTCTACAGAGTGACATCTGCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGACCAGAAAACAAGTCAGGTGTGTCTACAGAGTGACATCTGCTA  896

seq1  GAATGGATG  907
      |||||||||
seq2  GAATGGATG  905

seq1: chr13_38844845_38845901
seq2: B6Ng01-081L19.g_70_1123

seq1  GAATTCCTGAATCAGAAATAGTCTGAGGTGTTCTGGTGTTTGCCTAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAATCAGAAATAGTCTGAGGTGTTCTGGTGTTTGCCTAAGAA  50

seq1  TGAGAAACAGAATAACTCCCCACCCATTCCTCTGCCCCCACGCCCCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAACAGAATAACTCCCCACCCATTCCTCTGCCCCCACGCCCCAACC  100

seq1  CCTTGCCTCCCTCTCCCACCATTAGCTCATGGAATTATATAAGCTTCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTCCCTCTCCCACCATTAGCTCATGGAATTATATAAGCTTCAGC  150

seq1  AGCTCCAGCAGACAAGCAGGTGACACGAAGAGCCAATGGCACATCTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGCAGACAAGCAGGTGACACGAAGAGCCAATGGCACATCTTGAG  200

seq1  TCAAAAGACCTGAAAAAACCAAGAAAGTGCCACACCAGGGTATGAAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGACCTGAAAAAACCAAGAAAGTGCCACACCAGGGTATGAAGCCA  250

seq1  AAGGATTAGGACCAGAATCTGAGACTGAAGGAAGTGGGAGACCAATATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTAGGACCAGAATCTGAGACTGAAGGAAGTGGGAGACCAATATCC  300

seq1  CTGGATGAAGATTGGCAGAAAGAAAAAAATTATTTCTTATTCTTGTGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGAAGATTGGCAGAAAGAAAAAAATTATTTCTTATTCTTGTGTTG  350

seq1  TATTCAGGTGTTCTGTGGATACGGTTAGGACCACCACCTTGGGGAAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGTGTTCTGTGGATACGGTTAGGACCACCACCTTGGGGAAGAGC  400

seq1  AATCTGCATTATCTAGCCTGAGGACTCAAATGTTAGCTAACCATCGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCATTATCTAGCCTGAGGACTCAAATGTTAGCTAACCATCGTGGT  450

seq1  GTGTATATGAAGTGCCCCTCCCCCACCAAAAGCTCATGTATTGAGGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGAAGTGCCCCTCCCCCACCAAAAGCTCATGTATTGAGGGCTT  500

seq1  GATCCCAGGTAATGGATCCAGTTATTGAGAACTGATTAGACTTCTAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAGGTAATGGATCCAGTTATTGAGAACTGATTAGACTTCTAGGGC  550

seq1  CCTGCCCTAACTAACAATGTCAATATTGAGACAGATGCACTGTCTGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTAACTAACAATGTCAATATTGAGACAGATGCACTGTCTGGAGG  600

seq1  GACAGCAGACACTTGTCAAGGTGGAACTAGTTAGGAGAAGTAGCTCCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGACACTTGTCAAGGTGGAACTAGTTAGGAGAAGTAGCTCCCAC  650

seq1  AGATGTC-TTTGCTGTCTGATGATCCCATCCTCTATCTCTCTTTGCTTCC  699
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTTTTGCTGTCTGATGATCCCATCCTCTATCTCTCTTTGCTTCC  700

seq1  TGGTTGCCACCAGGTAGAGTGCATATGAGCAGGAGCTGTGCAGAGTTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCCACCAGGTAGAGTGCATATGAGCAGGAGCTGTGCAGAGTTCCT  750

seq1  ACTGGCACAGGTAAGAATCCAAAAGGAGAAGAAAATCCTAAAGACTCCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCACAGGTAAGAATCCAAAAGGAGAAGAAAATCCTAAAGACTCCAG  800

seq1  CCACAGCCATTAAGTACCAAGCTGCTTAAAATGTCATTCCGTTTATTGTA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCACAGCCATTAAGTACCAAGCTGCTTAAAATGTCATTCCCTTTATTGTA  850

seq1  ATGGGATGTGTGAAGTTCCAGCCAGCACTTGCAATTTAGAT-CTCGTTCC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ATGGGATGTGTGAAGTTCCAGCCAGCACTTGCAA-TTAGATCCTCGTTCC  899

seq1  TGAGGGAATCCCACGCAGGTCTTTTTTTGTAGGATTTATTCTGAGCCTCT  948
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAATCCCACGCAAGTC-TTTTTTGTA-GATTTATTCTGAGCCTCT  947

seq1  CCTTACTTCTGGACTCTTGAAGCTGTTAGGTAAATACAAGTCTGTGCTCC  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTTCTGGACTCTTGAAGCTGTTA-GTAAATACAAGTCTGTGCTCC  996

seq1  GAGATGAGGTTCTATC--TCCTTTAACTCAATGAGTCATTTGTCAGCTCT  1046
      |||| || ||||||||   |||||||||||  ||| ||||||||||||||
seq2  GAGAGGA-GTTCTATCCTCCCTTTAACTCATGGAG-CATTTGTCAGCTCT  1044

seq1  GAAATGGCCTA  1057
      | |||||||||
seq2  G-AATGGCCTA  1054