BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085O16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,049,617 - 71,143,994
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
Downstream geneLOC627230, LOC100042360, Irx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085O16.bB6Ng01-085O16.g
ACCDH899458DH899459
length1,126666
definitionDH899458|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085O16, 5' end.DH899459|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085O16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,142,864 - 71,143,994)(71,049,617 - 71,050,282)
sequence
gaattctcagaggtcaagcctggtgtgctgctatgcataaaatagtctat
cctcttccccaaagttggggatatgatcctgagaaagttaacacagttgt
ctgaatcctagactattatcacactgtcaacaacaaagactggccgctgc
tttgatgctactgagctgagtggctttagatgaggggccaaggcccagaa
atcgcatactcatctttagcagaacatcctggacctatggaggaggtctt
cagccatcatgaattagggatagttcagagtgtgcacttaccacacagat
gatgtagttaatggcagcaagtcagcatttcagctcctccggagcaggag
ttaatagtagtatcttctgggacgcaaacccagctctaccagtaactcct
actcagcaggagcatcgtaagagtcacgggttatgaggactgtggagctc
cccacaggccaaccaggctcactcagtgctcacaggcaagggttctcaca
gtcaggagagctcaccctgccggttcaccatccccacactgagacttcca
ctaacttaacccttgcaatgtttaagaaacctaacaggacatgggagtca
gtgcaaatgtgtacccaaaggcttcaagcttcaagaacttggccagtgag
aagtgaaagtccctttcagtggcctgccaggccagcagatatcccagctg
atgttgtcttccaagtatataacaccctcagtagtaccgaggtctctgtg
ttagcctgtgcacgcataaccgcagactgtgtgtgagactgctatagatt
gtgctttggagaaattgcttctcttgcctcgataacgacttcggtacttt
tgtctaggaattagacaatttagacagagggctttgaaatggcaggttcc
tgggagtttaagcaaaaaaaatttcagagctggcgtttatcagtgtttgt
ttaactaactcagtcgtttgctctctttctgcttgtgtttgggaggatag
ttgcagaataaagagtgatgtctgctgctgctgaagctaagcttctgaag
tcttggtcagcttcctggcactggccattggcctggaccaacaattcact
ggtcaggacgtgaaatttttcttatc
gaattctacaccttagaaaaagaagcaaacggacagccctggtgaccatg
tggggtcacctagtaactgcttctcccaggacctaagctcagcaagtgct
cagtacacatgatctcattaccctcccctcttatcatatatcctcagtgc
acagtgccccagaggaaacaagacatatcaggttgaagctagttcatagc
ctgatccagaggcctctttgctctaggtctgagtctttctggaggctgga
aagatctgctcactctagtgcagtggaggttgcatgggcaccatgcatcc
cctgctgcattttaatgacaacactgctctgtgtggctctctccttccct
cctgtttgtttcctacagaagtgcttgaggtaatgatgatgaggtaatgc
ttgtcccaggtccagcctctgaattagggcagcatgggtcctgaaagcct
gatgaaaatgtctatggacaattaacaaaggagctgtgcatggtaattgc
tggcttctaaaaattacttccacaagaaaggaacattaattgcttttggg
taaaacaaaaaaaaaagtgtgataaaagaaaacatggtgtatgggaaaaa
tgatgttcaattggagaggatagtaaattctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71142864_71143994
seq2: B6Ng01-085O16.b_48_1173 (reverse)

seq1  GATAAGAAAATTTACCGGTCCTGACC-GTGAATTGTTGGGTCACGGCAAT  49
      |||||||||| || |  ||||||||| ||||||||||||  || | ||||
seq2  GATAAGAAAAATTTCACGTCCTGACCAGTGAATTGTTGGTCCAGGCCAAT  50

seq1  GGGCAGTTGCCAAGGAGACTGGACCCAAGCATCAGAAGC-TAGCTTTCAG  98
      || ||| |||| ||||  || |||| |  | |||||||| |||| |||||
seq2  GGCCAG-TGCC-AGGAAGCT-GACCAAGACTTCAGAAGCTTAGC-TTCAG  96

seq1  CAGCAGCAGACATCACTCTTTATTCTGCAACTTATACCTCCAAAACACAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||
seq2  CAGCAGCAGACATCACTCTTTATTCTGCAAC-TAT-CCTCCCAAACACAA  144

seq1  GGCAGGAAAGAGAGCAAACGACTGAGTTAGTTAAACAAACACTGATAAAC  198
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCA-GAAAGAGAGCAAACGACTGAGTTAGTTAAACAAACACTGATAAAC  192

seq1  GCCAGCTCTGAAATTTTTTTTTGCTAAACTCCCAGGAACCTGCCATTTCA  248
      |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTCTGAAATTTTTTTTGCTTAAACTCCCAGGAACCTGCCATTTCA  242

seq1  AAGCCCTCTGTCT-AATTGTCTAATTCCTAGACAAAAGTACCGAAGTCGT  297
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTCTGTCTAAATTGTCTAATTCCTAGACAAAAGTACCGAAGTCGT  292

seq1  TATCGAGGCAAGAGAAGCAATTTCTCCAAAGCACAATCTATAGCAGTCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGAGGCAAGAGAAGCAATTTCTCCAAAGCACAATCTATAGCAGTCTC  342

seq1  ACACACAGTCTGCGGTTATGCGTGCACAGGCTAACACAGAGACCTCGGTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGTCTGCGGTTATGCGTGCACAGGCTAACACAGAGACCTCGGTA  392

seq1  CTACTGAGGGTGTTATATACTTGGAAGACAACATCAGCTGGGATATCTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAGGGTGTTATATACTTGGAAGACAACATCAGCTGGGATATCTGC  442

seq1  TGGCCTGGCAGGCCACTGAAAGGGACTTTCACTTCTCACTGGCCAAGTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGCAGGCCACTGAAAGGGACTTTCACTTCTCACTGGCCAAGTTC  492

seq1  TTGAAGCTTGAAGCCTTTGGGTACACATTTGCACTGACTCCCATGTCCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTTGAAGCCTTTGGGTACACATTTGCACTGACTCCCATGTCCTG  542

seq1  TTAGGTTTCTTAAACATTGCAAGGGTTAAGTTAGTGGAAGTCTCAGTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTTCTTAAACATTGCAAGGGTTAAGTTAGTGGAAGTCTCAGTGTG  592

seq1  GGGATGGTGAACCGGCAGGGTGAGCTCTCCTGACTGTGAGAACCCTTGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGTGAACCGGCAGGGTGAGCTCTCCTGACTGTGAGAACCCTTGCC  642

seq1  TGTGAGCACTGAGTGAGCCTGGTTGGCCTGTGGGGAGCTCCACAGTCCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCACTGAGTGAGCCTGGTTGGCCTGTGGGGAGCTCCACAGTCCTC  692

seq1  ATAACCCGTGACTCTTACGATGCTCCTGCTGAGTAGGAGTTACTGGTAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCGTGACTCTTACGATGCTCCTGCTGAGTAGGAGTTACTGGTAGA  742

seq1  GCTGGGTTTGCGTCCCAGAAGATACTACTATTAACTCCTGCTCCGGAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTTGCGTCCCAGAAGATACTACTATTAACTCCTGCTCCGGAGGA  792

seq1  GCTGAAATGCTGACTTGCTGCCATTAACTACATCATCTGTGTGGTAAGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATGCTGACTTGCTGCCATTAACTACATCATCTGTGTGGTAAGTG  842

seq1  CACACTCTGAACTATCCCTAATTCATGATGGCTGAAGACCTCCTCCATAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTGAACTATCCCTAATTCATGATGGCTGAAGACCTCCTCCATAG  892

seq1  GTCCAGGATGTTCTGCTAAAGATGAGTATGCGATTTCTGGGCCTTGGCCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGATGTTCTGCTAAAGATGAGTATGCGATTTCTGGGCCTTGGCCC  942

seq1  CTCATCTAAAGCCACTCAGCTCAGTAGCATCAAAGCAGCGGCCAGTCTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTAAAGCCACTCAGCTCAGTAGCATCAAAGCAGCGGCCAGTCTTT  992

seq1  GTTGTTGACAGTGTGATAATAGTCTAGGATTCAGACAACTGTGTTAACTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGACAGTGTGATAATAGTCTAGGATTCAGACAACTGTGTTAACTT  1042

seq1  TCTCAGGATCATATCCCCAACTTTGGGGAAGAGGATAGACTATTTTATGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGATCATATCCCCAACTTTGGGGAAGAGGATAGACTATTTTATGC  1092

seq1  ATAGCAGCACACCAGGCTTGACCTCTGAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCACACCAGGCTTGACCTCTGAGAATTC  1126

seq1: chr13_71049617_71050282
seq2: B6Ng01-085O16.g_70_735

seq1  GAATTCTACACCTTAGAAAAAGAAGCAAACGGACAGCCCTGGTGACCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACACCTTAGAAAAAGAAGCAAACGGACAGCCCTGGTGACCATG  50

seq1  TGGGGTCACCTAGTAACTGCTTCTCCCAGGACCTAAGCTCAGCAAGTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCACCTAGTAACTGCTTCTCCCAGGACCTAAGCTCAGCAAGTGCT  100

seq1  CAGTACACATGATCTCATTACCCTCCCCTCTTATCATATATCCTCAGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACACATGATCTCATTACCCTCCCCTCTTATCATATATCCTCAGTGC  150

seq1  ACAGTGCCCCAGAGGAAACAAGACATATCAGGTTGAAGCTAGTTCATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCCCAGAGGAAACAAGACATATCAGGTTGAAGCTAGTTCATAGC  200

seq1  CTGATCCAGAGGCCTCTTTGCTCTAGGTCTGAGTCTTTCTGGAGGCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCAGAGGCCTCTTTGCTCTAGGTCTGAGTCTTTCTGGAGGCTGGA  250

seq1  AAGATCTGCTCACTCTAGTGCAGTGGAGGTTGCATGGGCACCATGCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGCTCACTCTAGTGCAGTGGAGGTTGCATGGGCACCATGCATCC  300

seq1  CCTGCTGCATTTTAATGACAACACTGCTCTGTGTGGCTCTCTCCTTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGCATTTTAATGACAACACTGCTCTGTGTGGCTCTCTCCTTCCCT  350

seq1  CCTGTTTGTTTCCTACAGAAGTGCTTGAGGTAATGATGATGAGGTAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGTTTCCTACAGAAGTGCTTGAGGTAATGATGATGAGGTAATGC  400

seq1  TTGTCCCAGGTCCAGCCTCTGAATTAGGGCAGCATGGGTCCTGAAAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCAGGTCCAGCCTCTGAATTAGGGCAGCATGGGTCCTGAAAGCCT  450

seq1  GATGAAAATGTCTATGGACAATTAACAAAGGAGCTGTGCATGGTAATTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAATGTCTATGGACAATTAACAAAGGAGCTGTGCATGGTAATTGC  500

seq1  TGGCTTCTAAAAATTACTTCCACAAGAAAGGAACATTAATTGCTTTTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTAAAAATTACTTCCACAAGAAAGGAACATTAATTGCTTTTGGG  550

seq1  TAAAACAAAAAAAAAAGTGTGATAAAAGAAAACATGGTGTATGGGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAAAAAAAAAGTGTGATAAAAGAAAACATGGTGTATGGGAAAAA  600

seq1  TGATGTTCAATTGGAGAGGATAGTAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTCAATTGGAGAGGATAGTAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  650

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTC  666
      ||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTC  666