BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094A09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,064,933 - 6,170,350
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6
Downstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094A09.bB6Ng01-094A09.g
ACCDH905352DH905353
length1,1411,142
definitionDH905352|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094A09, 5' end.DH905353|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094A09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,064,933 - 6,066,082)(6,169,180 - 6,170,350)
sequence
gaattcctgagggtaatcccagccaattgcaatactgactttcaactggc
tacagcctgtgtctgactggtcctatttgattggctcctcttaacatgat
gttcacaggctatgcaaattgactcgggactgggtagttggcatttaggg
gaagattatggagattccccatgaatagaaacatgccctaggagatatgc
ttttctgataaacagaaatcggacttttggcaggtttatccaggactgcc
attttttgagggggtgtgaacactttgggtataacaaaaaggatgtcaga
ttctctaggtctagagctaaaagcagttgagagctgtagaacaggggtga
tgggaactgaacttggaccttaagtaagaacagtaaacattcgtaatcat
tgtctctctagacccagagcagagtctagagaagtaaagtcattaccaaa
agactttttaataagagacatatttacctggcctgtgatgcttagatgat
ttttatttatatgcaagtggaaaagtattgtttgagtaaaaaggacattg
atttcattatgtggctgcttatttccttctttttatttattgtttccatg
gagatctggattccttctttagcagtccagattgaggtaatcaaagattt
ttagcatatgagatctttctggcagcagatagaaaggcaggttggttggg
ggtgggtctccttgaacttggagatggcctccttcagtcctgattacaat
cagccttccgaacaaaaataatagaagtctgtggagagatggaaacaaaa
caagataaaacataaatgccccattctctgtcttcctttctctgtgcctt
gctcctagacaaagctatcgctaaaatgagagaaagcagaataattcagt
atgtcagtaaagcactatattttaagtataaatgctaatactatttaaac
agaatttccacaaaaatctttcttaaaatttatggaatgaagcaatcaat
aaatcattcagaccatatattatgacagtacttattaggaacataaatgt
gagcagagcggtgccaacccataatttttgattatgtaaatgattgtttt
gtggtttggtgtcagccaatttcataacactgcatgggata

gaattcaaaataggtgaggagactgagtcctgggccagcttgggttgcac
tgtcagcaagcatccgacaggtcttgtaagaatgctcctgatgcctctga
tactagaatgtagaaaactgaaaaactgaactgtatgtgaatgtctacta
tgctggaaatcaatagcgtccccaatccaacagtgcaaggctgggctgca
gtgctgtgtgatttaaccagtttgtagaaggcatactttctctgtatcgc
aggctcccttatgaaggaagccagaacaaatggttacgtgaatactgata
gaggcctgaagtgggtttggctacacagtatgcaggcacaagcaagagaa
ttccatcacaaagaaagcccccattgaatgtaatgctttgcttttcccac
ctggaaattcttaataactataccatcaaatttgtgctttatgagaaaag
actgcaaaatgttatgcacagagcctgagaattcaacccacctgtatttt
cttgccgttaatgctgtgcttgcccctgtgggtcacatgatacacctacc
tttctggtccttccatctattgtcaaaagtcagatatattgagaggattg
cattgtcaagcccaggaatagggtggtcagtatcttatgtttccagcgtg
tagaagaattggccattattttgtaggatatcagttcaggtaattattta
gcttgttttgctcaccacaagccattgaattcaaatgtgaagcctacatt
ttagagacaatcaagaagccctgaagttaatttttaaatgcttaaagtta
agtttgctttgcaaacgcctggatttggatccccagatccagtgtagaac
aatgctacatcgtatagtatgtacttgtaatgccagccttgagaagcaga
gacagggaagtttctggttctcatcagcagccagctttctcatcaaagag
catgagcccatggagacctgtcacatacacacatcatgcaaatactcaca
catatacacacatacatgcatgctcacacataagaaagcgaaagtcacgt
gtaagtgggaagagactaaaggaacaatagttattacacaaaatgaatga
ataagactatgaatagttctgccataaatactttctgttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6064933_6066082
seq2: B6Ng01-094A09.b_45_1185

seq1  GAATTCCTGAGGGTAATCCCAGCCAATTGCAATACTGACTTTCAACTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAGGGTAATCCCAGCCAATTGCAATACTGACTTTCAACTGGC  50

seq1  TACAGCCTGTGTCTGACTGGTCCTATTTGATTGGCTCCTCTTAACATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCTGTGTCTGACTGGTCCTATTTGATTGGCTCCTCTTAACATGAT  100

seq1  GTTCACAGGCTATGCAAATTGACTCGGGACTGGGTAGTTGGCATTTAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAGGCTATGCAAATTGACTCGGGACTGGGTAGTTGGCATTTAGGG  150

seq1  GAAGATTATGGAGATTCCCCATGAATAGAAACATGCCCTAGGAGATATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTATGGAGATTCCCCATGAATAGAAACATGCCCTAGGAGATATGC  200

seq1  TTTTCTGATAAACAGAAATCGGACTTTTGGCAGGTTTATCCAGGACTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGATAAACAGAAATCGGACTTTTGGCAGGTTTATCCAGGACTGCC  250

seq1  ATTTTTTGAGGGGGTGTGAACACTTTGGGTATAACAAAAAGGATGTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTGAGGGGGTGTGAACACTTTGGGTATAACAAAAAGGATGTCAGA  300

seq1  TTCTCTAGGTCTAGAGCTAAAAGCAGTTGAGAGCTGTAGAACAGGGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAGGTCTAGAGCTAAAAGCAGTTGAGAGCTGTAGAACAGGGGTGA  350

seq1  TGGGAACTGAACTTGGACCTTAAGTAAGAACAGTAAACATTCGTAATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGAACTTGGACCTTAAGTAAGAACAGTAAACATTCGTAATCAT  400

seq1  TGTCTCTCTAGACCCAGAGCAGAGTCTAGAGAAGTAAAGTCATTACCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCTAGACCCAGAGCAGAGTCTAGAGAAGTAAAGTCATTACCAAA  450

seq1  AGACTTTTTAATAAGAGACATATTTACCTGGCCTGTGATGCTTAGATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTTAATAAGAGACATATTTACCTGGCCTGTGATGCTTAGATGAT  500

seq1  TTTTATTTATATGCAAGTGGAAAAGTATTGTTTGAGTAAAAAGGACATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTATATGCAAGTGGAAAAGTATTGTTTGAGTAAAAAGGACATTG  550

seq1  ATTTCATTATGTGGCTGCTTATTTCCTTCTTTTTATTTATTGTTTCCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTATGTGGCTGCTTATTTCCTTCTTTTTATTTATTGTTTCCATG  600

seq1  GAGATCTGGATTCCTTCTTTAGCAGTCCAGATTGAGGTAATCAAAGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGGATTCCTTCTTTAGCAGTCCAGATTGAGGTAATCAAAGATTT  650

seq1  TTAGCATATGAGATCTTTCTGGCAGCAGATAGAAAGGCAGGTTGGTTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATATGAGATCTTTCTGGCAGCAGATAGAAAGGCAGGTTGGTTGGG  700

seq1  GGTGGGTCTCCTTGAACTTGGAGATGGCCTCCTTCAGTCCTGATTACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTCTCCTTGAACTTGGAGATGGCCTCCTTCAGTCCTGATTACAAT  750

seq1  CAGCCTTCCGAACAAAAATAATAGAAGTCTGTGGAGAGATGGAAACAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCCGAACAAAAATAATAGAAGTCTGTGGAGAGATGGAAACAAAA  800

seq1  CAAGATAAAACATAAATGCCCCATTCTCTGTCTTCCTTTCTCTGTGCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAAACATAAATGCCCCATTCTCTGTCTTCCTTTCTCTGTGCCTT  850

seq1  GCTCCTAGACAAAGCTATCGCTAAAATGAGAGAAAGCAGAATAATTCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAGACAAAGCTATCGCTAAAATGAGAGAAAGCAGAATAATTCAGT  900

seq1  ATGTCAGTAAAGCACTATATTTTAAGTAATAAATGCTAATACTATTTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTAAAGCACTATATTTTAAGT-ATAAATGCTAATACTATTTAAA  949

seq1  CAAGAATTTCCACAAAAATCTTTCTTAAAATTTATGGAATGAAGCAATCA  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  C-AGAATTTCCACAAAAATCTTTCTTAAAATTTATGGAATGAAGCAATC-  997

seq1  AATAAATCCATTCAAGACCATATATTATGACAGTACTTA-TAAGAACATA  1049
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| 
seq2  AATAAAT-CATTC-AGACCATATATTATGACAGTACTTATTAGGAACAT-  1044

seq1  AAATGTGAGCAGAGC-GTGCACACCCATAATTTTTGAAATAATGTTAAAT  1098
      ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  || ||| |||||
seq2  AAATGTGAGCAGAGCGGTGCCAACCCATAATTTTTG--ATTATG-TAAAT  1091

seq1  GATTGTATTGTGTTTGTGTACTAGCACATTTCATAACCACTGCAATGGGA  1148
      |||||| ||||| ||  ||   |||  ||||||||| |||||| ||||||
seq2  GATTGTTTTGTGGTTTGGTGTCAGCCAATTTCATAA-CACTGC-ATGGGA  1139

seq1  TA  1150
      ||
seq2  TA  1141


seq1: chr13_6169180_6170350
seq2: B6Ng01-094A09.g_69_1210 (reverse)

seq1  TATAACAGAAAATGTCATCTAATGGCAGAAACTTAATTTTTAATTAAGTC  50
      ||||||||||| | |    | |||||||      || | || ||  ||||
seq2  TATAACAGAAAGTAT----TTATGGCAG------AACTATTCAT--AGTC  38

seq1  TTTATTCTATTCATTTTTGTGTAAATAAACTATTGTTCTTTTAGTCTCTT  100
       |||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||
seq2  -TTATTC-ATTCA-TTTTGTGTAA--TAACTATTGTTCCTTTAGTCTCTT  83

seq1  CTCACTTTACACGTTGACTTTCTGCTTTTCTTTATGTGTGAGCATGCATG  150
      | ||| ||||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||
seq2  CCCAC-TTACACG-TGACTTTC-GCTTT--CTTATGTGTGAGCATGCATG  128

seq1  TATGTGTGTATATGTGTGAGTATGTGCATGATTGTGTGTATGTGACAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TATGTGTGTATATGTGTGAGTATTTGCATGA-TGTGTGTATGTGACA-GG  176

seq1  TCTTCCATTGGGCTCATGCTCTTTGATTGGAGAAAGCTGGCTGCTGATGG  250
      || |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |
seq2  TC-TCCA-TGGGCTCATGCTCTTTGAT--GAGAAAGCTGGCTGCTGAT-G  221

seq1  AGAACCAGAAACTTCCCTGTCTCTGCTTCTCAAGGCTGGCATTACAAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGAAACTTCCCTGTCTCTGCTTCTCAAGGCTGGCATTACAAGTA  271

seq1  CATACTATACGATGTAGCATTGTTCTACACTGGATCTGGGGATCCAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTATACGATGTAGCATTGTTCTACACTGGATCTGGGGATCCAAATC  321

seq1  CAGGCGTTTGCAAAGCAAACTTAACTTTAAGCATTTAAAAATTAACTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGTTTGCAAAGCAAACTTAACTTTAAGCATTTAAAAATTAACTTCA  371

seq1  GGGCTTCTTGATTGTCTCTAAAATGTAGGCTTCACATTTGAATTCAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTTGATTGTCTCTAAAATGTAGGCTTCACATTTGAATTCAATGG  421

seq1  CTTGTGGTGAGCAAAACAAGCTAAATAATTACCTGAACTGATATCCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGTGAGCAAAACAAGCTAAATAATTACCTGAACTGATATCCTACA  471

seq1  AAATAATGGCCAATTCTTCTACACGCTGGAAACATAAGATACTGACCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGGCCAATTCTTCTACACGCTGGAAACATAAGATACTGACCACC  521

seq1  CTATTCCTGGGCTTGACAATGCAATCCTCTCAATATATCTGACTTTTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTGGGCTTGACAATGCAATCCTCTCAATATATCTGACTTTTGAC  571

seq1  AATAGATGGAAGGACCAGAAAGGTAGGTGTATCATGTGACCCACAGGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATGGAAGGACCAGAAAGGTAGGTGTATCATGTGACCCACAGGGGC  621

seq1  AAGCACAGCATTAACGGCAAGAAAATACAGGTGGGTTGAATTCTCAGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGCATTAACGGCAAGAAAATACAGGTGGGTTGAATTCTCAGGCT  671

seq1  CTGTGCATAACATTTTGCAGTCTTTTCTCATAAAGCACAAATTTGATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATAACATTTTGCAGTCTTTTCTCATAAAGCACAAATTTGATGGT  721

seq1  ATAGTTATTAAGAATTTCCAGGTGGGAAAAGCAAAGCATTACATTCAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTATTAAGAATTTCCAGGTGGGAAAAGCAAAGCATTACATTCAATG  771

seq1  GGGGCTTTCTTTGTGATGGAATTCTCTTGCTTGTGCCTGCATACTGTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTTCTTTGTGATGGAATTCTCTTGCTTGTGCCTGCATACTGTGTA  821

seq1  GCCAAACCCACTTCAGGCCTCTATCAGTATTCACGTAACCATTTGTTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACCCACTTCAGGCCTCTATCAGTATTCACGTAACCATTTGTTCTG  871

seq1  GCTTCCTTCATAAGGGAGCCTGCGATACAGAGAAAGTATGCCTTCTACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTCATAAGGGAGCCTGCGATACAGAGAAAGTATGCCTTCTACAA  921

seq1  ACTGGTTAAATCACACAGCACTGCAGCCCAGCCTTGCACTGTTGGATTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTAAATCACACAGCACTGCAGCCCAGCCTTGCACTGTTGGATTGG  971

seq1  GGACGCTATTGATTTCCAGCATAGTAGACATTCACATACAGTTCAGTTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCTATTGATTTCCAGCATAGTAGACATTCACATACAGTTCAGTTTT  1021

seq1  TCAGTTTTCTACATTCTAGTATCAGAGGCATCAGGAGCATTCTTACAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCTACATTCTAGTATCAGAGGCATCAGGAGCATTCTTACAAGA  1071

seq1  CCTGTCGGATGCTTGCTGACAGTGCAACCCAAGCTGGCCCAGGACTCAGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCGGATGCTTGCTGACAGTGCAACCCAAGCTGGCCCAGGACTCAGT  1121

seq1  CTCCTCACCTATTTTGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACCTATTTTGAATTC  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |