BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096J06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,362,668 - 16,513,905
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG625121, Gli3, LOC665157, Inhba, LOC625181
Downstream geneLOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096J06.bB6Ng01-096J06.g
ACCDH907188DH907189
length1,1681,138
definitionDH907188|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096J06, 5' end.DH907189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,362,668 - 16,363,843)(16,512,762 - 16,513,905)
sequence
gaattctagttagtgaattctaactagaatttatttctacagaaataaat
acatggtaaaagtaactgaaagtcactggagacatggtcccagttctaaa
actacctgtatctcttgttttatgtcaatttgacacatgctagagccagc
agagaggagggagcctcaattgagaaaatgtctctataggatcaggtaaa
cctcttaattagtgattaatgtggcaaggcccagcttattgtgagtgggc
caaccctgagcttgtggtcctgggttctataagaaaacagactgatcaag
ccaaggggagacattcagtaaatagctcccctccatggcctctgcatcaa
ctcctgccttcaggttcctgccctgtttgatttcctgccctcactacttt
tgatggtgagctgttatgtggaaatgctaaaaataaactatttccttccc
aagttgcttttggccatgatgtttcatcacagcgacaaaaaccctaacta
atatgtaccctcaccaagggtaagtaaaaagtatcgaagccattggagaa
atgctgtgtttttggcaagtctgaacctatggtgatgagattgcttgatg
ctttcaaatattctattcaaattatttgatttgcttctccttttgatcct
tttcgcattctctgggaaactcaaaaccatggtgagggtatgtgctgagc
acttgtttaaaaacttgaattgtaacgtttttttgaaaaaaaaactttga
tagcagaataatacattgaagtgagcttggggtcaacaaaactgtctaaa
tcctgtcacatggaaagggatggtctacagcctggtaacttaatattgta
acactctccaaatcaacttagctccctaaaacttaaaatacttatcctct
cttgaacttgtctgagcataattgactttatatatattccagtctcacct
tccaagcatcagaattctgccacatattaaatatatcatatttatagtac
agtcttcataatgtggacaccatagtcaaagcaacttggatttgaggtta
taggcatcactggtgacgaagcagagcatgaagtagaaggcaggaactga
gggctagactgagagaaaataccattgcagaacacagcttactactactt
ctggcatgctttttgttt
gaattccatttttaaaaatctctcaaaataatattacaaaaaaaaagaat
aaaacaggtgattatattcgagtagtttgaacctagactattatatttaa
acagtaagaaacacctgaaatgaagtgtaatgtttaagctcccaaacaga
catttgtatttctgaaagtaacttattggaatttgaaggaacaatacttt
agcccatagtaaccccatgtccataataatcatcataatattcaaaggaa
tccaagaaatagtttcaaatatattgcaatcctatgtttcatttgtgcaa
ttacaggcctttgaagtggcataaaaaagcaaacatagtatgctttgtaa
aatgtcagattcaataggactatcagtacctatttctaaaatctaattga
tgctattttgcatagtagaatggagtaatacagaccctgaattcctggca
ggatgacaaagttctaagttccaaaagaaaatgcaagagaacttcttgag
gttataggacagttatctacttcaatgttccatgtttactcttgtgaatg
aaaaaattataccctggacaaaatacctccagccatggcaacaatgtgag
tctacactgagtaagaacagcctcttccactgcctacttccactgatgca
ttcatttaggtaggtcttgaaactaaagtccacatttgtctaagaactat
ctaatcttgtcccagctagatggggagattcaaataggtcctccatgaga
gtgagcagagttacagtgggattaggtgggatttatggaataattcagaa
agtcccaaagcctcatttcactttttatgtttctatgtcattctcctgat
ggaaacagaacacaaagaatactctggctatgtttcctgtcacatcaaca
atgatatacagccttattttctattccctaatgatcgaagggataataat
tgttgatttcttctgcacccgtacaaaaggttataagctagtggacttag
gagactctgctctggatgagagtcctcaagtagtttccagtcttcccttg
aaactgtatggttggaatcattgttcatgtagaatgaagactagcttaca
cagagtcaaataaaactttcatgggatagaagttggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_16362668_16363843
seq2: B6Ng01-096J06.b_44_1211

seq1  GAATTCTAGTTAGTGAATTCTAACTAGAATTTATTTCTACAGAAATAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTTAGTGAATTCTAACTAGAATTTATTTCTACAGAAATAAAT  50

seq1  ACATGGTAAAAGTAACTGAAAGTCACTGGAGACATGGTCCCAGTTCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTAAAAGTAACTGAAAGTCACTGGAGACATGGTCCCAGTTCTAAA  100

seq1  ACTACCTGTATCTCTTGTTTTATGTCAATTTGACACATGCTAGAGCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTGTATCTCTTGTTTTATGTCAATTTGACACATGCTAGAGCCAGC  150

seq1  AGAGAGGAGGGAGCCTCAATTGAGAAAATGTCTCTATAGGATCAGGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAGGGAGCCTCAATTGAGAAAATGTCTCTATAGGATCAGGTAAA  200

seq1  CCTCTTAATTAGTGATTAATGTGGCAAGGCCCAGCTTATTGTGAGTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAATTAGTGATTAATGTGGCAAGGCCCAGCTTATTGTGAGTGGGC  250

seq1  CAACCCTGAGCTTGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAAACAGACTGATCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTGAGCTTGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAAACAGACTGATCAAG  300

seq1  CCAAGGGGAGACATTCAGTAAATAGCTCCCCTCCATGGCCTCTGCATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGGAGACATTCAGTAAATAGCTCCCCTCCATGGCCTCTGCATCAA  350

seq1  CTCCTGCCTTCAGGTTCCTGCCCTGTTTGATTTCCTGCCCTCACTACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCTTCAGGTTCCTGCCCTGTTTGATTTCCTGCCCTCACTACTTT  400

seq1  TGATGGTGAGCTGTTATGTGGAAATGCTAAAAATAAACTATTTCCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGAGCTGTTATGTGGAAATGCTAAAAATAAACTATTTCCTTCCC  450

seq1  AAGTTGCTTTTGGCCATGATGTTTCATCACAGCGACAAAAACCCTAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCTTTTGGCCATGATGTTTCATCACAGCGACAAAAACCCTAACTA  500

seq1  ATATGTACCCTCACCAAGGGTAAGTAAAAAGTATCGAAGCCATTGGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACCCTCACCAAGGGTAAGTAAAAAGTATCGAAGCCATTGGAGAA  550

seq1  ATGCTGTGTTTTTGGCAAGTCTGAACCTATGGTGATGAGATTGCTTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGTTTTTGGCAAGTCTGAACCTATGGTGATGAGATTGCTTGATG  600

seq1  CTTTCAAATATTCTATTCAAATTATTTGATTTGCTTCTCCTTTTGATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAATATTCTATTCAAATTATTTGATTTGCTTCTCCTTTTGATCCT  650

seq1  TTTCGCATTCTCTGGGAAACTCAAAACCATGGTGAGGGTATGTGCTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGCATTCTCTGGGAAACTCAAAACCATGGTGAGGGTATGTGCTGAGC  700

seq1  ACTTGTTTAAAAACTTGAATTGTAACGTTTTTTTGAAAAAAAAACTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTAAAAACTTGAATTGTAACGTTTTTTTGAAAAAAAAACTTTGA  750

seq1  TAGCAGAATAATACATTGAAGTGAGCTTGGGGTCAACAAAACTGTCTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAATAATACATTGAAGTGAGCTTGGGGTCAACAAAACTGTCTAAA  800

seq1  TCCTGTCACATGG-AAGGGATGGTCTACAGCCTGGTAACTTAATATTGTA  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCACATGGAAAGGGATGGTCTACAGCCTGGTAACTTAATATTGTA  850

seq1  ACACTCTCCAAATCAACTTAGGCTCCCTAAAACTTAAAATACTTATCCTC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCCAAATCAACTTA-GCTCCCTAAAACTTAAAATACTTATCCTC  899

seq1  TCTTGAACTTGTCTGAGCATAATTGACTTTATATATATTCCAGTCTCACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAACTTGTCTGAGCATAATTGACTTTATATATATTCCAGTCTCACC  949

seq1  TTCCAAGCATCAGAATTCTGCCACAATATTAAATATATTCATATTTATAG  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCAAGCATCAGAATTCTGCCAC-ATATTAAATATA-TCATATTTATAG  997

seq1  TACAGTCTTCATAAATGTGGACACCATAGTCAAAAGCAACTTGGATTTGA  1049
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTTCAT-AATGTGGACACCATAGTC-AAAGCAACTTGGATTTGA  1045

seq1  GGTTATAGGCCATCACT-GTGACGAAGCCAGAGCATGAAGTAG-AGGCAG  1097
      ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GGTTATAGG-CATCACTGGTGACGAAG-CAGAGCATGAAGTAGAAGGCAG  1093

seq1  GAACTGAGGGGCTAGAACTGA-AGAAGATACCA-TGCAGGAACACAGCTT  1145
      ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||| |||| |||||||||||
seq2  GAACTGA-GGGCTAG-ACTGAGAGAAAATACCATTGCA-GAACACAGCTT  1140

seq1  ACTAACTTACTTCTGGCATGCTTTTTTGTTT  1176
      ||||   |||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTA--CTACTTCTGGCATGC-TTTTTGTTT  1168

seq1: chr13_16512762_16513905
seq2: B6Ng01-096J06.g_65_1202 (reverse)

seq1  ATCCAAC-TCTATTCACCATGAAAGTTTTACTATTGACTCTGTGTAGGCT  49
      ||||||| |||||   ||||||||||||||   ||||||||||||| |||
seq2  ATCCAACTTCTAT--CCCATGAAAGTTTTA--TTTGACTCTGTGTAAGCT  46

seq1  ATGTCCTTCATTTCTAACATGAACAATGAATCCCAACACTACAGTTTCAA  99
      | || ||||| |||| |||||||||||| || |||||  |||||||||||
seq2  A-GT-CTTCA-TTCT-ACATGAACAATG-ATTCCAACCATACAGTTTCAA  91

seq1  GGGAAGACTGGTATAACTACTTGAGGACTCTCATCCAG-GCAGAGTCT-C  147
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GGGAAGACTGG--AAACTACTTGAGGACTCTCATCCAGAGCAGAGTCTCC  139

seq1  TTAGTCCACTAGCTTATAACTTTTTGTACGGGTGCAGAAGGAATCAACAA  197
      | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAAGTCCACTAGCTTATAACCTTTTGTACGGGTGCAGAAGAAATCAACAA  189

seq1  TTA-TATCCCTTCGATCATTAGGGAATAGGAAATAAGGCTGTATATCATT  246
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCCCTTCGATCATTAGGGAATAGAAAATAAGGCTGTATATCATT  239

seq1  GTTGATGTGACAGGAAACATAGCCAGAGTATTCTTTGTGTTCTGTTTCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGTGACAGGAAACATAGCCAGAGTATTCTTTGTGTTCTGTTTCCA  289

seq1  TCAGGAGAATGACATAGAAACATAAAAAGTGAAATGAGGC-TTGGGACTT  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCAGGAGAATGACATAGAAACATAAAAAGTGAAATGAGGCTTTGGGACTT  339

seq1  TCTGAATTATTCCATAAATCCCACCTAATCCCACTGTAACTCTGCTCACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATTATTCCATAAATCCCACCTAATCCCACTGTAACTCTGCTCACT  389

seq1  CTCATGGAGGACCTATTTGAATCTCCCCATCTAGCTGGGACAAGATTAGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGAGGACCTATTTGAATCTCCCCATCTAGCTGGGACAAGATTAGA  439

seq1  TAGTTCTTAGACAAATGTGGACTTTAGTTTCAAGACCTACCTAAATGAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTTAGACAAATGTGGACTTTAGTTTCAAGACCTACCTAAATGAAT  489

seq1  GCATCAGTGGAAGTAGGCAGTGGAAGAGGCTGTTCTTACTCAGTGTAGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGTGGAAGTAGGCAGTGGAAGAGGCTGTTCTTACTCAGTGTAGAC  539

seq1  TCACATTGTTGCCATGGCTGGAGGTATTTTGTCCAGGGTATAATTTTTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGTTGCCATGGCTGGAGGTATTTTGTCCAGGGTATAATTTTTTC  589

seq1  ATTCACAAGAGTAAACATGGAACATTGAAGTAGATAACTGTCCTATAACC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAAGAGTAAACATGGAACATTGAAGTAGATAACTGTCCTATAACC  639

seq1  TCAAGAAGTTCTCTTGCATTTTCTTTTGGAACTTAGAACTTTGTCATCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAGTTCTCTTGCATTTTCTTTTGGAACTTAGAACTTTGTCATCCT  689

seq1  GCCAGGAATTCAGGGTCTGTATTACTCCATTCTACTATGCAAAATAGCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAATTCAGGGTCTGTATTACTCCATTCTACTATGCAAAATAGCAT  739

seq1  CAATTAGATTTTAGAAATAGGTACTGATAGTCCTATTGAATCTGACATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGATTTTAGAAATAGGTACTGATAGTCCTATTGAATCTGACATTT  789

seq1  TACAAAGCATACTATGTTTGCTTTTTTATGCCACTTCAAAGGCCTGTAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGCATACTATGTTTGCTTTTTTATGCCACTTCAAAGGCCTGTAAT  839

seq1  TGCACAAATGAAACATAGGATTGCAATATATTTGAAACTATTTCTTGGAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAATGAAACATAGGATTGCAATATATTTGAAACTATTTCTTGGAT  889

seq1  TCCTTTGAATATTATGATGATTATTATGGACATGGGGTTACTATGGGCTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAATATTATGATGATTATTATGGACATGGGGTTACTATGGGCTA  939

seq1  AAGTATTGTTCCTTCAAATTCCAATAAGTTACTTTCAGAAATACAAATGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTGTTCCTTCAAATTCCAATAAGTTACTTTCAGAAATACAAATGT  989

seq1  CTGTTTGGGAGCTTAAACATTACACTTCATTTCAGGTGTTTCTTACTGTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGGAGCTTAAACATTACACTTCATTTCAGGTGTTTCTTACTGTT  1039

seq1  TAAATATAATAGTCTAGGTTCAAACTACTCGAATATAATCACCTGTTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAATAGTCTAGGTTCAAACTACTCGAATATAATCACCTGTTTTA  1089

seq1  TTCTTTTTTTTTGTAATATTATTTTGAGAGATTTTTAAAAATGGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTTTTTGTAATATTATTTTGAGAGATTTTTAAAAATGGAATTC  1138