BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097F17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 59,981,397 - 60,102,302
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNtrk2, LOC100041533, Agtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6
Downstream geneLOC100041267, Gas1, EG328264, Dapk1, LOC218274, BC051665, 2310051M13Rik, 4930486L24Rik, Tpbpb, Ctla2a, Tpbpa, Ctsj
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097F17.bB6Ng01-097F17.g
ACCDH907755DH907756
length1,0611,033
definitionDH907755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F17, 5' end.DH907756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,981,397 - 59,982,454)(60,101,267 - 60,102,302)
sequence
gaattccttagcgcacatcttctaatagcaaacaaaggaaatactgagaa
cagttgagcacaggaatgtggactggaaagtgagtttacaggactattcc
taatccgaaggtctaaaagccaagtgtttctaaagcctgaaacattttga
gaaacagcttgatactgcagtggaaaattccacagcaaaccccatgtgac
caggctcagctaaaatgcaggtgtgctgaaaatattgcaccaaatcacct
ctaggctatgcgcataaattgcaagtgaaatgtaagtgattttcctggct
cagcgtggatcccttttcccaagacaactcatgatgtatgcaaataatcc
caaatctacacaaatctggaatctgaaacacttctggtttccagcccttt
ggataagagatgctaaacctgtattagcaacagatggcagacgatggatg
gatggacgggggagcttctgggttgttatctaataccatctcacagtgaa
tcaggaaatcctcttacaccaaacttgaccacactcttccctttggttgg
ctcgtgtttctacactcctcatgtttcatctccctgggtccggtgggtct
ctcctgcatccctctggctttgcacattgctctggttggtttcaaatccc
ttgttgtacccaagctagccgagtgctgggattacagttatgtgtccccc
acaccctgcagcttctgtcagaaacctgtgtggatgtagctcagctgctt
gtggcccctactgatgcttcatgccatccaactgtcttggtacctggcct
tgccaccgtggccactattctcacggaccaaggagaccccatgtatcgtt
aaccaatgagtagtcctgcccctgggatctggctggtgagacccatgaga
gtgtttcctcagtgatggggagtcgtacctacagaaggaggagtcatcag
cagaaaccctggggtctgcattccctccaggattccttacaaactcaaaa
atgttatggaactggtagaatgcaagtccttgggaccctcgtttttatat
ttttagttttt
gaattccctcataggcagcaacaggttataaaaggcaaagcctgaaacct
aactagattcaggctaacactgaggcagagtaaagagagtcctggggact
ggagatgagcccagagccaaatcacaaattagagagcaaccgggtacaac
acctctcccaccaggaggcaggaggcaggatgggatcttgggcaaatcca
aagctcaactgctgagcaactgtgcttgccttcagagctatgcctaggct
gccttaagcgctgaccgcttttctgtaatcctcacaaaacactcaggtgt
gtagctttgttcttagttcactggcaccagtgtcatccctgtcacatcct
gggtggcttgagggaggaaagttcatgtctgtcacttccctgttgtctag
tgtgcagtgttgaggtgtctcatgttcagagaagggactggctatgcaca
gactcaagtttgatgcatcaagtgtggcagtcaagaaggtagcttggaag
catgcctaccacatcacacatcttttaaggaatatgtactgagtgccagc
tgtgtgcacacatctcgcatcctctaaggaatctgtacagctagctagct
gtgtgcccacatcccacatcgtccaaggaacatgtatggacggccagctc
tgagccctctgggccagttttttggctctggaagtttctgctttgctatc
tggggaagttcattacttcacggaagtcctgacaagattaaataacacaa
tttatagaaaacatttacaagccgttctcacggctgtcacagagatggct
cccacagagatgccagagaattggcacttctccatcaacaggtagagtct
attctcctattccttgaatcatggcacatcctgggtctgccctgacctag
gaaatgtggcatagtgatgagaggcagacacctttgctctcctgaaagcc
tacccccatggaagacgtaagcttcttcagactactattagcaggggaga
agaagtgcagccttcaaggatgagggacagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_59981397_59982454
seq2: B6Ng01-097F17.b_48_1108

seq1  GAATTCCTTAGCGCACATCTTCTAATAGCAAACAAAGGAAATACTGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGCGCACATCTTCTAATAGCAAACAAAGGAAATACTGAGAA  50

seq1  CAGTTGAGCACAGGAATGTGGACTGGAAAGTGAGTTTACAGGACTATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAGCACAGGAATGTGGACTGGAAAGTGAGTTTACAGGACTATTCC  100

seq1  TAATCCGAAGGTCTAAAAGCCAAGTGTTTCTAAAGCCTGAAACATTTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCGAAGGTCTAAAAGCCAAGTGTTTCTAAAGCCTGAAACATTTTGA  150

seq1  GAAACAGCTTGATACTGCAGTGGAAAATTCCACAGCAAACCCCATGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCTTGATACTGCAGTGGAAAATTCCACAGCAAACCCCATGTGAC  200

seq1  CAGGCTCAGCTAAAATGCAGGTGTGCTGAAAATATTGCACCAAATCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAGCTAAAATGCAGGTGTGCTGAAAATATTGCACCAAATCACCT  250

seq1  CTAGGCTATGCGCATAAATTGCAAGTGAAATGTAAGTGATTTTCCTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTATGCGCATAAATTGCAAGTGAAATGTAAGTGATTTTCCTGGCT  300

seq1  CAGCGTGGATCCCTTTTCCCAAGACAACTCATGATGTATGCAAATAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTGGATCCCTTTTCCCAAGACAACTCATGATGTATGCAAATAATCC  350

seq1  CAAATCTACACAAATCTGGAATCTGAAACACTTCTGGTTTCCAGCCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTACACAAATCTGGAATCTGAAACACTTCTGGTTTCCAGCCCTTT  400

seq1  GGATAAGAGATGCTAAACCTGTATTAGCAACAGATGGCAGACGATGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGAGATGCTAAACCTGTATTAGCAACAGATGGCAGACGATGGATG  450

seq1  GATGGACGGGGGAGCTTCTGGGTTGTTATCTAATACCATCTCACAGTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACGGGGGAGCTTCTGGGTTGTTATCTAATACCATCTCACAGTGAA  500

seq1  TCAGGAAATCCTCTTACACCAAACTTGACCACACTCTTCCCTTTGGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAATCCTCTTACACCAAACTTGACCACACTCTTCCCTTTGGTTGG  550

seq1  CTCGTGTTTCTACACTCCTCATGTTTCATCTCCCTGGGTCCGGTGGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGTTTCTACACTCCTCATGTTTCATCTCCCTGGGTCCGGTGGGTCT  600

seq1  CTCCTGCATCCCTCTGGCTTTGCACATTGCTCTGGTTGGTTTCAAATCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCATCCCTCTGGCTTTGCACATTGCTCTGGTTGGTTTCAAATCCC  650

seq1  TTGTTGTACCCAAGCTAGCCGAGTGCTGGGATTACAGTTATGTGTCCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTACCCAAGCTAGCCGAGTGCTGGGATTACAGTTATGTGTCCCCC  700

seq1  ACACCCTGCAGCTTCTGTCAGAAACCTGTGTGGATGTAGCTCAGCTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGCAGCTTCTGTCAGAAACCTGTGTGGATGTAGCTCAGCTGCTT  750

seq1  GTGGCCCCTACTGATGCTTCATGCCATCCAACTGTCTTGGTACCTGGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCCTACTGATGCTTCATGCCATCCAACTGTCTTGGTACCTGGCCT  800

seq1  TGCCACCGTGGCCACTATTCTCACGGACCAAGGAGACCCCATGTATCGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCGTGGCCACTATTCTCACGGACCAAGGAGACCCCATGTATCGTT  850

seq1  AACCAATGAGTAGTCCTGCCCCTGGGATCTGGCTGGTGAGACCCATGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATGAGTAGTCCTGCCCCTGGGATCTGGCTGGTGAGACCCATGAGA  900

seq1  GTGTTTTCCTCAGTGATGGGGAGTCGGTACCTACAGAGGGAGGAGTCATT  950
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
seq2  GTG-TTTCCTCAGTGATGGGGAGTC-GTACCTACAGAAGGAGGAGTCA-T  947

seq1  CAGCAGAAACCCTGGGGTCTGCATTCCCTCCAGGATTCCTTACAAACTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAACCCTGGGGTCTGCATTCCCTCCAGGATTCCTTACAAACTCA  997

seq1  AAAATGTTATGGACCTGGTAG-ATGCAAGTCTTTGGTACCTTCGTTTTT-  1048
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| 
seq2  AAAATGTTATGGAACTGGTAGAATGCAAGTCCTTGGGACCCTCGTTTTTA  1047

seq1  --TTTTT--TTTTT  1058
        |||||  |||||
seq2  TATTTTTAGTTTTT  1061

seq1: chr13_60101267_60102302
seq2: B6Ng01-097F17.g_67_1099 (reverse)

seq1  TGTCTGTCCCTCATCCTTGCAGGCTGCACTTCTTTCTCCCCTGCT-ATAG  49
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TGTCTGTCCCTCATCCTTGAAGGCTGCACTTC-TTCTCCCCTGCTAATAG  49

seq1  TAGTCTGAAGAAGCTTTACGTCTTCCATGGGGGTAGGCTTTCAGGAGGAG  99
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGTCTGAAGAAGC-TTACGTCTTCCATGGGGGTAGGCTTTCAGGA-GAG  97

seq1  CAAAGGTGTCTGCCTCTCATCACTATGCCCACATTTCCTAGGTCAGGGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGTCTGCCTCTCATCACTATG-CCACATTTCCTAGGTCAGGGCA  146

seq1  GACCCAGGATGTGCCATGATTCAAGGAATAGGAGAATAGACTCTACCTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGGATGTGCCATGATTCAAGGAATAGGAGAATAGACTCTACCTGT  196

seq1  TGATGGAGAAGTGCCAATTCTCTGGCATCTCTGTGGGAGCCATCTCTGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAGAAGTGCCAATTCTCTGGCATCTCTGTGGGAGCCATCTCTGTG  246

seq1  ACAGCCGTGAGAACGGCTTGTAAATGTTTTCTATAAATTGTGTTATTTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCGTGAGAACGGCTTGTAAATGTTTTCTATAAATTGTGTTATTTAA  296

seq1  TCTTGTCAGGACTTCCGTGAAGTAATGAACTTCCCCAGATAGCAAAGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCAGGACTTCCGTGAAGTAATGAACTTCCCCAGATAGCAAAGCAG  346

seq1  AAACTTCCAGAGCCAAAAAACTGGCCCAGAGGGCTCAGAGCTGGCCGTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCAGAGCCAAAAAACTGGCCCAGAGGGCTCAGAGCTGGCCGTCC  396

seq1  ATACATGTTCCTTGGACGATGTGGGATGTGGGCACACAGCTAGCTAGCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTTCCTTGGACGATGTGGGATGTGGGCACACAGCTAGCTAGCTG  446

seq1  TACAGATTCCTTAGAGGATGCGAGATGTGTGCACACAGCTGGCACTCAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTCCTTAGAGGATGCGAGATGTGTGCACACAGCTGGCACTCAGT  496

seq1  ACATATTCCTTAAAAGATGTGTGATGTGGTAGGCATGCTTCCAAGCTACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTCCTTAAAAGATGTGTGATGTGGTAGGCATGCTTCCAAGCTACC  546

seq1  TTCTTGACTGCCACACTTGATGCATCAAACTTGAGTCTGTGCATAGCCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGACTGCCACACTTGATGCATCAAACTTGAGTCTGTGCATAGCCAG  596

seq1  TCCCTTCTCTGAACATGAGACACCTCAACACTGCACACTAGACAACAGGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCTGAACATGAGACACCTCAACACTGCACACTAGACAACAGGG  646

seq1  AAGTGACAGACATGAACTTTCCTCCCTCAAGCCACCCAGGATGTGACAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACAGACATGAACTTTCCTCCCTCAAGCCACCCAGGATGTGACAGG  696

seq1  GATGACACTGGTGCCAGTGAACTAAGAACAAAGCTACACACCTGAGTGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACACTGGTGCCAGTGAACTAAGAACAAAGCTACACACCTGAGTGTT  746

seq1  TTGTGAGGATTACAGAAAAGCGGTCAGCGCTTAAGGCAGCCTAGGCATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGGATTACAGAAAAGCGGTCAGCGCTTAAGGCAGCCTAGGCATAG  796

seq1  CTCTGAAGGCAAGCACAGTTGCTCAGCAGTTGAGCTTTGGATTTGCCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGGCAAGCACAGTTGCTCAGCAGTTGAGCTTTGGATTTGCCCAA  846

seq1  GATCCCATCCTGCCTCCTGCCTCCTGGTGGGAGAGGTGTTGTACCCGGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCATCCTGCCTCCTGCCTCCTGGTGGGAGAGGTGTTGTACCCGGTT  896

seq1  GCTCTCTAATTTGTGATTTGGCTCTGGGCTCATCTCCAGTCCCCAGGACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAATTTGTGATTTGGCTCTGGGCTCATCTCCAGTCCCCAGGACT  946

seq1  CTCTTTACTCTGCCTCAGTGTTAGCCTGAATCTAGTTAGGTTTCAGGCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTACTCTGCCTCAGTGTTAGCCTGAATCTAGTTAGGTTTCAGGCTT  996

seq1  TGCCTTTTATAACCTGTTGCTGCCTATGAGGGAATTC  1036
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTATAACCTGTTGCTGCCTATGAGGGAATTC  1033