BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099J11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 52,892,448 - 53,027,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAuh
Upstream geneGadd45g, LOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk
Downstream geneNfil3, Ror2, Sptlc1, LOC100040421, Msx2, EG432760, E130119H09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099J11.bB6Ng01-099J11.g
ACCDH909344DH909345
length901774
definitionDH909344|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099J11, 5' end.DH909345|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,892,448 - 52,893,347)(53,026,931 - 53,027,700)
sequence
gaattcacgtgcttgtgcatctgcatgcacatagccacactagcaagtac
acaccacatgctacacaccacaacaatgcacacacatgcagtctctacac
cctcctcgtccagagcaaagtatacctgagcagaaggtaactgtcaaagg
tgacaatgagagaccacaccttttaagttcaggctcctttttagagaact
taaactcaggtaaactaacagactggtacctaacatcagtttccaagtca
ccctctaacaaaaccggagtctagctccagtttctaggctaactccaaca
gaccagtgtctctgggttaatttcccccaacaagccaccgtttccaggtt
aattcccaacaagcccacctcctgcctaacaaccaccattgcagagggaa
tagaagttaagtttatggcttgacccccagcagcagccaattatgttaaa
ggccatagtagctctccaattagatgcttaccaagctagaaacagtcacc
tctcgcttgatgctttctataaagccttaccccaatagatattctcggct
tctctccacaaaacttgtgttggcagtaggctgaggggcttgagctagct
caaattaatgaccctgttgtgatctgtatcagattggctcctgtccattt
ggggaggggtccactaatacttccctggcactactacttgagtatgaatt
gtttggggatcttgttaaaatgtggattctgattccagaagcctggggca
ggtggtgttctgaatttctggggacatcgtgtgatgctaaacagtaggga
acagcctggcttcacagatgagtcttccaagatctgtgtcacctctgccc
ctgaaggaaaagaatgaatgggaaggaaaggaaggagggggaagggaggg
a
gaattccagaggtataacaggataggaaccaaactatagatttctggttc
tctagcaacagagaagggaattctatacctcttaggagaagcaggagggt
atactctcaggctcagaacgtgagagaaatagagagctttgtggcaattc
tcacccttatttgttggggtaagttggggggatggccatattgttatcaa
cggatccaggtgctccttgcttctcggcaaatcccacctcaatagacaca
tcagaagctaaaaatatcctgcatcaaaatgtgcttaatacttcccaggt
gctaaatatgccagcttagcgaagtgggactctgcccagtgtcccttggg
ttgtcatgatcctgggctgagcaggagatgctgctgccagcctttgaaag
gatgcaaattcacaatagatttttttcatttgtgtgtgcatgtatgaatg
tctaagtgtgcacacatgcatatgtgtgtgtgactgtccaagtgtgcaca
catgcatgtgtatgtgaatgtctaagtgtgcacaatgtgtgtgaaggccc
gaggacctccacaccctgaagtggtgtgccacttcgcctggctgttcatt
tgtgccctttgagattttctttgtaatgagcccgccgtggacataaaagg
cttacatcacttctgtgaggtactctgagaaaagaatgacccccgaggaa
agggtggtgggagctgggtgcagagttggttggtcagaaatatgggaggg
cctccggatctctagttggtggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_52892448_52893347
seq2: B6Ng01-099J11.b_45_945

seq1  GAATTCACGTGCTTGTGCATCTGCATGCACATAGCCACACTAGCAAGTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGTGCTTGTGCATCTGCATGCACATAGCCACACTAGCAAGTAC  50

seq1  ACACCACATGCTACACACCACAACAATGCACACACATGCAGTCTCTACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACATGCTACACACCACAACAATGCACACACATGCAGTCTCTACAC  100

seq1  CCTCCTCGTCCAGAGCAAAGTATACCTGAGCAGAAGGTAACTGTCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCGTCCAGAGCAAAGTATACCTGAGCAGAAGGTAACTGTCAAAGG  150

seq1  TGACAATGAGAGACCACACCTTTTAAGTTCAGGCTCCTTTTTAGAGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATGAGAGACCACACCTTTTAAGTTCAGGCTCCTTTTTAGAGAACT  200

seq1  TAAACTCAGGTAAACTAACAGACTGGTACCTAACATCAGTTTCCAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCAGGTAAACTAACAGACTGGTACCTAACATCAGTTTCCAAGTCA  250

seq1  CCCTCTAACAAAACCGGAGTCTAGCTCCAGTTTCTAGGCTAACTCCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAACAAAACCGGAGTCTAGCTCCAGTTTCTAGGCTAACTCCAACA  300

seq1  GACCAGTGTCTCTGGGTTAATTTCCCCCAACAAGCCACCGTTTCCAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTGTCTCTGGGTTAATTTCCCCCAACAAGCCACCGTTTCCAGGTT  350

seq1  AATTCCCAACAAGCCCACCTCCTGCCTAACAACCACCATTGCAGAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAACAAGCCCACCTCCTGCCTAACAACCACCATTGCAGAGGGAA  400

seq1  TAGAAGTTAAGTTTATGGCTTGACCCCCAGCAGCAGCCAATTATGTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTAAGTTTATGGCTTGACCCCCAGCAGCAGCCAATTATGTTAAA  450

seq1  GGCCATAGTAGCTCTCCAATTAGATGCTTACCAAGCTAGAAACAGTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAGTAGCTCTCCAATTAGATGCTTACCAAGCTAGAAACAGTCACC  500

seq1  TCTCGCTTGATGCTTTCTATAAAGCCTTACCCCAATAGATATTCTCGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCTTGATGCTTTCTATAAAGCCTTACCCCAATAGATATTCTCGGCT  550

seq1  TCTCTCCACAAAACTTGTGTTGGCAGTAGGCTGAGGGGCTTGAGCTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCACAAAACTTGTGTTGGCAGTAGGCTGAGGGGCTTGAGCTAGCT  600

seq1  CAAATTAATGACCCTGTTGTGATCTGTATCAGATTGGCTCCTGTCCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAATGACCCTGTTGTGATCTGTATCAGATTGGCTCCTGTCCATTT  650

seq1  GGGGAGGGGTCCACTAATACTTCCCTGGCACTACTACTTGAGTATGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGGTCCACTAATACTTCCCTGGCACTACTACTTGAGTATGAATT  700

seq1  GTTTGGGGATCTTGTTAAAATGTGGATTCTGATTCCAGAAGCCTGGGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGATCTTGTTAAAATGTGGATTCTGATTCCAGAAGCCTGGGGCA  750

seq1  GGTGGTGTTCTGAATTTCTGGGGACATCGTGTGATGCTAAACAGTAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGTTCTGAATTTCTGGGGACATCGTGTGATGCTAAACAGTAGGGA  800

seq1  ACAGCCTGGCTTCACAGATGAGTCTTCCAAGATCTGTGTCACCTCTGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGGCTTCACAGATGAGTCTTCCAAGATCTGTGTCACCTCTGCCC  850

seq1  CTGAAGGAAAAGAATGAAT-GGAAGGAAAGGAAGGAGGGGGAAGGGAGGG  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAAAAGAATGAATGGGAAGGAAAGGAAGGAGGGGGAAGGGAGGG  900

seq1  A  900
      |
seq2  A  901

seq1: chr13_53026931_53027700
seq2: B6Ng01-099J11.g_68_841 (reverse)

seq1  AGCCACCAACTAGAGATCC-GAGG-CCTCCCATATTTCTGACCAACCAAC  48
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCAACTAGAGATCCGGAGGCCCTCCCATATTTCTGACCAACCAAC  50

seq1  TCTGCA-CCAGCTCCCACCACCCTTTCCTC-GGGGTCATTCTTTTCTCAG  96
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACCCAGCTCCCACCACCCTTTCCTCGGGGGTCATTCTTTTCTCAG  100

seq1  AGTACCTCACAGAAGTGATGTAAGCCTTTTATGTCCACGGCGGGCTCATT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTCACAGAAGTGATGTAAGCCTTTTATGTCCACGGCGGGCTCATT  150

seq1  ACAAAGAAAATCTCAAAGGGCACAAATGAACAGCCAGGCGAAGTGGCACA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAAATCTCAAAGGGCACAAATGAACAGCCAGGCGAAGTGGCACA  200

seq1  CCACTTCAGGGTGTGGAGGTCCTCGGGCCTTCACACACATTGTGCACACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCAGGGTGTGGAGGTCCTCGGGCCTTCACACACATTGTGCACACT  250

seq1  TAGACATTCACATACACATGCATGTGTGCACACTTGGACAGTCACACACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATTCACATACACATGCATGTGTGCACACTTGGACAGTCACACACA  300

seq1  CATATGCATGTGTGCACACTTAGACATTCATACATGCACACACAAATGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATGTGTGCACACTTAGACATTCATACATGCACACACAAATGAA  350

seq1  AAAAATCTATTGTGAATTTGCATCCTTTCAAAGGCTGGCAGCAGCATCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTATTGTGAATTTGCATCCTTTCAAAGGCTGGCAGCAGCATCTC  400

seq1  CTGCTCAGCCCAGGATCATGACAACCCAAGGGACACTGGGCAGAGTCCCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGCCCAGGATCATGACAACCCAAGGGACACTGGGCAGAGTCCCA  450

seq1  CTTCGCTAAGCTGGCATATTTAGCACCTGGGAAGTATTAAGCACATTTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGCTAAGCTGGCATATTTAGCACCTGGGAAGTATTAAGCACATTTTG  500

seq1  ATGCAGGATATTTTTAGCTTCTGATGTGTCTATTGAGGTGGGATTTGCCG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGATATTTTTAGCTTCTGATGTGTCTATTGAGGTGGGATTTGCCG  550

seq1  AGAAGCAAGGAGCACCTGGATCCGTTGATAACAATATGGCCATCCCCCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAGGAGCACCTGGATCCGTTGATAACAATATGGCCATCCCCCCA  600

seq1  ACTTACCCCAACAAATAAGGGTGAGAATTGCCACAAAGCTCTCTATTTCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCCCAACAAATAAGGGTGAGAATTGCCACAAAGCTCTCTATTTCT  650

seq1  CTCACGTTCTGAGCCTGAGAGTATACCCTCCTGCTTCTCCTAAGAGGTAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGTTCTGAGCCTGAGAGTATACCCTCCTGCTTCTCCTAAGAGGTAT  700

seq1  AGAATTCCCTTCTCTGTTGCTAGAGAACCAGAAATCTATAGTTTGGTTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCCTTCTCTGTTGCTAGAGAACCAGAAATCTATAGTTTGGTTCC  750

seq1  TATCCTGTTATACCTCTGGAATTC  770
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGTTATACCTCTGGAATTC  774