BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099N03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 58,188,625 - 58,362,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlhl3, Hnrpa0, 5133401N09Rik, Ubqln1, LOC671252, Gkap1
Upstream geneLOC100040995, Spock1
Downstream geneKif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510, LOC435361, Ntrk2, LOC100041533
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099N03.bB6Ng01-099N03.g
ACCDH909508DH909509
length1,010699
definitionDH909508|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099N03, 5' end.DH909509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099N03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,361,175 - 58,362,193)(58,188,625 - 58,189,321)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggccttgaactcagaaatccaatgcct
ctgcctcccaagtgctgggagaaattgatttatactttctttttttaatg
tggcaaatatacataaattttaattttagtttattattttttattatcca
tataatgacttggggggttaaagtatgtatggggatttagcctgtatgta
catagtgtatcacatgtgtacctgtgcttactgaagccagaagagggtat
tttatcctctggaactggaatgagccatcatgtgtgtgctggtaatgggt
tttctgcaagagcagccagggctcatcaccactgagccacctcccaggct
cctaggattaaattgtaaagtgcctttcctgctagtagttaatacttctc
agtcccctaggcttattgtatggattgtagtttattgtgggcttccttag
attgttgttgcacgcagtttcctttaccagtttaattctcattgaatttc
agttcttgcttttctgtgtaaagctaacttgttctactgtttctagtctt
ggcaaaggattaagtgagatgctttttaaaggggtcgctccacttagaaa
gtttaatttgtagagtttgatgttaacagttttctaagttttaagatagc
ctttacccattccctttcacattggtttctatcttagtctgaatatttta
aaacattaaacagcataacaattcttaataacttgtgcaaaaatgtattg
aggagtaattaaaacctgaagacttaggccgtaggaaagatggaaactag
caagttctgggacactccaaggcgaggctagcagacagcacatgtggggt
gactgtcgggtgggtaccttctatctgaagacatgcctagagactggaaa
aaactgggctcacacgctccctgcctgtcactgctggtcactagcctggc
tgtcatatggcatcgtgttaaatgttgggggcttagctgtccttgttgaa
tcccgatatc
gaattcaggcctggtgttgcacacttggtcaaaagccctggctcaggagg
ccatgagctttaggagggcacccactattattggcttgctagatggcatg
cagtcccacagcctacatgcatacttataaccactgttcaatgctaccat
caaccttggtctgagaaccttttcactacaatggcaaggacttaatgcac
agactcataactgccattgctgagaataagtgtctaccgagcgttgaccc
ctaaaagggacatgtgtatcagtccccagctggaggctcaggaacgtcat
agaaaacagatggaaagaatctaagagctggaggctgggaagcgctctgt
gacattctgtcgtcaggatgcaggcacggccctcactcttgtgaactctg
cagctatgattagccgcacaggactgaatcagagaggtaagtcaacactt
ggacaagaagcagttatcagccaaaaaaaggagaggacagaaaggagagc
tgggggcatgctggggtgcttgggagttggaaggggagtttgggtgtaca
tatgatcaagaaacattgtttgaatgtatgaaattatcaaaaagtttaaa
gatagtctattaaaaaacaagatggagaatgattaagggagatagatgcc
caacactgagttcttggcctccccatggatgcacacacatgtacatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_58361175_58362193
seq2: B6Ng01-099N03.b_50_1059 (reverse)

seq1  GATATCTGTGATTCAAC-AGGACAGCTAAGCACCCCAACCATTCTAACAC  49
      |||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  GATATC-GGGATTCAACAAGGACAGCTAAGC-CCCCAA-CATT-TAACAC  46

seq1  GATGCCATATGAACAGCCAGGCTGAGTGACCAGCAGTGACAGGCAGGGAG  99
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCATATG-ACAGCCAGGCT-AGTGACCAGCAGTGACAGGCAGGGAG  94

seq1  CGTGGTGAGCCAGGTCTTTTCCAGTCTTCTAGGCACTGTCTTCAGATAGG  149
      ||| |||||||  || |||||||||| |||||||| |||||||||||| |
seq2  CGT-GTGAGCCCAGTTTTTTCCAGTC-TCTAGGCA-TGTCTTCAGATA-G  140

seq1  AAGGTACCCACCCGACAGTCACCCCACATGTGCTGTCTGCTAGCCTCGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACCCACCCGACAGTCACCCCACATGTGCTGTCTGCTAGCCTCGCC  190

seq1  TTGGAGTGTCCCAGAACTTGCTAGTTTCCATCTTTCCTACGGCCTAAGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTGTCCCAGAACTTGCTAGTTTCCATCTTTCCTACGGCCTAAGTC  240

seq1  TTCAGGTTTTAATTACTCCTCAATACATTTTTGCCCAAGTTATTAAGAAT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCAGGTTTTAATTACTCCTCAATACATTTTTGCACAAGTTATTAAGAAT  290

seq1  TGTTATGCTGTTTAATGTTTTAAAATATTCAGACTAAGATAGAAACCAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGCTGTTTAATGTTTTAAAATATTCAGACTAAGATAGAAACCAAT  340

seq1  GTGAAAGGGAATGGGTAAAGGCTATCTTAAAACTTAGAAAACTGTTAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGGGAATGGGTAAAGGCTATCTTAAAACTTAGAAAACTGTTAACA  390

seq1  TCAAACTCTACAAATTAAACTTTCTAAGTGGAGCGACCCCTTTAAAAAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCTACAAATTAAACTTTCTAAGTGGAGCGACCCCTTTAAAAAGC  440

seq1  ATCTCACTTAATCCTTTGCCAAGACTAGAAACAGTAGAACAAGTTAGCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACTTAATCCTTTGCCAAGACTAGAAACAGTAGAACAAGTTAGCTT  490

seq1  TACACAGAAAAGCAAGAACTGAAATTCAATGAGAATTAAACTGGTAAAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAAAAGCAAGAACTGAAATTCAATGAGAATTAAACTGGTAAAGG  540

seq1  AAACTGCGTGCAACAACAATCTAAGGAAGCCCACAATAAACTACAATCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCGTGCAACAACAATCTAAGGAAGCCCACAATAAACTACAATCCA  590

seq1  TACAATAAGCCTAGGGGACTGAGAAGTATTAACTACTAGCAGGAAAGGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAGCCTAGGGGACTGAGAAGTATTAACTACTAGCAGGAAAGGCA  640

seq1  CTTTACAATTTAATCCTAGGAGCCTGGGAGGTGGCTCAGTGGTGATGAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAATTTAATCCTAGGAGCCTGGGAGGTGGCTCAGTGGTGATGAGC  690

seq1  CCTGGCTGCTCTTGCAGAAAACCCATTACCAGCACACACATGATGGCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGCTCTTGCAGAAAACCCATTACCAGCACACACATGATGGCTCA  740

seq1  TTCCAGTTCCAGAGGATAAAATACCCTCTTCTGGCTTCAGTAAGCACAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTCCAGAGGATAAAATACCCTCTTCTGGCTTCAGTAAGCACAGG  790

seq1  TACACATGTGATACACTATGTACATACAGGCTAAATCCCCATACATACTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGTGATACACTATGTACATACAGGCTAAATCCCCATACATACTT  840

seq1  TAACCCCCCAAGTCATTATATGGATAATAAAAAATAATAAACTAAAATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCCCAAGTCATTATATGGATAATAAAAAATAATAAACTAAAATTA  890

seq1  AAATTTATGTATATTTGCCACATTAAAAAAAGAAAGTATAAATCAATTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATGTATATTTGCCACATTAAAAAAAGAAAGTATAAATCAATTTC  940

seq1  TCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCATTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCATTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGC  990

seq1  CTGGTCTACAGAGTGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTACAGAGTGAATTC  1010

seq1: chr13_58188625_58189321
seq2: B6Ng01-099N03.g_69_767

seq1  GAATTCAGGCCTGGTGTTGCACACTTGGTCAAAAGCCCTGGCTCAGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCCTGGTGTTGCACACTTGGTCAAAAGCCCTGGCTCAGGAGG  50

seq1  CCATGAGCTTTAGGAGGGCACCCACTATTATTGGCTTGCTAGATGGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGCTTTAGGAGGGCACCCACTATTATTGGCTTGCTAGATGGCATG  100

seq1  CAGTCCCACAGCCTACATGCATACTTATAACCACTGTTCAATGCTACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCACAGCCTACATGCATACTTATAACCACTGTTCAATGCTACCAT  150

seq1  CAACCTTGGTCTGAGAACCTTTTCACTACAATGGCAAGGACTTAATGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGGTCTGAGAACCTTTTCACTACAATGGCAAGGACTTAATGCAC  200

seq1  AGACTCATAACTGCCATTGCTGAGAATAAGTGTCTACCGAGCGTTGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATAACTGCCATTGCTGAGAATAAGTGTCTACCGAGCGTTGACCC  250

seq1  CTAAAAGGGACATGTGTATCAGTCCCCAGCTGGAGGCTCAGGAACGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGGACATGTGTATCAGTCCCCAGCTGGAGGCTCAGGAACGTCAT  300

seq1  AGAAAACAGATGGAAAGAATCTAAGAGCTGGAGGCTGGGAAGCGCTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAGATGGAAAGAATCTAAGAGCTGGAGGCTGGGAAGCGCTCTGT  350

seq1  GACATTCTGTCGTCAGGATGCAGGCACGGCCCTCACTCTTGTGAACTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCTGTCGTCAGGATGCAGGCACGGCCCTCACTCTTGTGAACTCTG  400

seq1  CAGCTATGATTAGCCGCACAGGACTGAATCAGAGAGGTAAGTCAACACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATGATTAGCCGCACAGGACTGAATCAGAGAGGTAAGTCAACACTT  450

seq1  GGACAAGAAGCAGTTATCAGCCAAAAAAAGGAGAGGACAGAAAGGAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGAAGCAGTTATCAGCCAAAAAAAGGAGAGGACAGAAAGGAGAGC  500

seq1  TGGGGGCATGCTGGGGTGCTTGGGAGTTGGAAGGGGAGTTTGGGTGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCATGCTGGGGTGCTTGGGAGTTGGAAGGGGAGTTTGGGTGTACA  550

seq1  TATGATCAAGAAACATTGTTTGAATGTATGAAATTATCAAAAAG-TTAAA  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATGATCAAGAAACATTGTTTGAATGTATGAAATTATCAAAAAGTTTAAA  600

seq1  GATAGTCTATT-AAAAACAAGATGGAGAATGATTAAGGGAGATAGATGCC  648
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCTATTAAAAAACAAGATGGAGAATGATTAAGGGAGATAGATGCC  650

seq1  CAACACTGAGTTCTTGGCCTCCCCATGGATGCACACACATGTACATGAG  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTGAGTTCTTGGCCTCCCCATGGATGCACACACATGTACATGAG  699