BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 57,105,591 - 57,187,566
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneH2afy, BC027057, Neurog1, Cxcl14, LOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7
Downstream geneLOC100040995, Spock1, Klhl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103C15.bB6Ng01-103C15.g
ACCDH911843DH911844
length1,113186
definitionDH911843|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103C15, 5' end.DH911844|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,105,591 - 57,106,705)(57,187,381 - 57,187,566)
sequence
gaattcttgatttgagataacgtagacttttattaacaaaggggggggga
caatctcattttctcaatgtttccctcctgggaagtcaaaaccaagactt
gggggccatgtttgggccaccgcaaaccaaggtggcactgccatagagcc
ccaggtgacactaaaatagagccccaggtggcactgacatagagccccag
gtggcactaacatacagccccaggtggcactgacatagagctccaggtgg
cactgacatagagtcccaggtggcactgacatagagtcccaggtggcact
gacatagagtcccaggaggcactgacatagagccccaggtggcattgaca
tagaggtcaccatcctgctcatgaaacccagaaggtgtgtctgtcctctg
ccccccacaaaaaacgggggagagctagggaagggttctgtgtgaataat
atccctctctagtatggctgttgagtgagtcttgggtcaatgagcagatg
cacaaaagctgtttctccgtaatgttaactgacatgctttgaatgtgggg
acagcatgaaggccttgcaagtgacatcagcaccaacagctctaaggtgc
caggtgtaactctttgctttatttgacaggtgagcataaggttgagtcac
ttgccccaggttaaacagcttcagcccctaaatgacaatatcacacaaat
atacagacacacacacacacacacatactgcacacacacaccacatacac
actcacacacaccctacacacaccctatatacactctacacacacacaca
tacacacacacacacacacacacaccacaccacatacacacacacaccac
acacacacaccctacactcaccccctacacaccccatacacacaccccac
acacacacctccatcttcagtgtacagattccttgccagtgatgggcctt
actctaaactctaaggtgaactttctaaagagaatataggcagggcttag
cgaataaggaagtagaggttcctagccagtgaccacctcctgctagaact
ctctgacagaaaatgagccttctaaaaagaacatggagggcttgacttaa
taagattggagag
actccagtgtggagctagatgttgggggaggggcagtgtgcaatggccag
tgaaacttttgtgcttaagatcaatcgtctcttgcccataattttgaaat
gtagttctgaaaaggagcccactcatgtaggcctgtgcatacttgtatgc
atatgcctctgtgtgtgtgtgtatatgagtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_57105591_57106705
seq2: B6Ng01-103C15.b_36_1148

seq1  GAATTCTTGATTTGAGATAACGTAGACTTTTATTAACAAAGGGGGGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATTTGAGATAACGTAGACTTTTATTAACAAAGGGGGGGGGA  50

seq1  CAATCTCATTTTCTCAATGTTTCCCTCCTGGGAAGTCAAAACCAAGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCATTTTCTCAATGTTTCCCTCCTGGGAAGTCAAAACCAAGACTT  100

seq1  GGGGGCCATGTTTGGGCCACCGCAAACCAAGGTGGCACTGCCATAGAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCATGTTTGGGCCACCGCAAACCAAGGTGGCACTGCCATAGAGCC  150

seq1  CCAGGTGACACTAAAATAGAGCCCCAGGTGGCACTGACATAGAGCCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGACACTAAAATAGAGCCCCAGGTGGCACTGACATAGAGCCCCAG  200

seq1  GTGGCACTAACATACAGCCCCAGGTGGCACTGACATAGAGCTCCAGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACTAACATACAGCCCCAGGTGGCACTGACATAGAGCTCCAGGTGG  250

seq1  CACTGACATAGAGTCCCAGGTGGCACTGACATAGAGTCCCAGGTGGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACATAGAGTCCCAGGTGGCACTGACATAGAGTCCCAGGTGGCACT  300

seq1  GACATAGAGTCCCAGGAGGCACTGACATAGAGCCCCAGGTGGCATTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGAGTCCCAGGAGGCACTGACATAGAGCCCCAGGTGGCATTGACA  350

seq1  TAGAGGTCACCATCCTGCTCATGAAACCCAGAAGGTGTGTCTGTCCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTCACCATCCTGCTCATGAAACCCAGAAGGTGTGTCTGTCCTCTG  400

seq1  CCCCCCACAAAAAACGGGGGAGAGCTAGGGAAGGGTTCTGTGTGAATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACAAAAAACGGGGGAGAGCTAGGGAAGGGTTCTGTGTGAATAAT  450

seq1  ATCCCTCTCTAGTATGGCTGTTGAGTGAGTCTTGGGTCAATGAGCAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCTCTAGTATGGCTGTTGAGTGAGTCTTGGGTCAATGAGCAGATG  500

seq1  CACAAAAGCTGTTTCTCCGTAATGTTAACTGACATGCTTTGAATGTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGCTGTTTCTCCGTAATGTTAACTGACATGCTTTGAATGTGGGG  550

seq1  ACAGCATGAAGGCCTTGCAAGTGACATCAGCACCAACAGCTCTAAGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATGAAGGCCTTGCAAGTGACATCAGCACCAACAGCTCTAAGGTGC  600

seq1  CAGGTGTAACTCTTTGCTTTATTTGACAGGTGAGCATAAGGTTGAGTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTAACTCTTTGCTTTATTTGACAGGTGAGCATAAGGTTGAGTCAC  650

seq1  TTGCCCCAGGTTAAACAGCTTCAGCCCCTAAATGACAATATCACACAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCAGGTTAAACAGCTTCAGCCCCTAAATGACAATATCACACAAAT  700

seq1  ATACAGACACACACACACACACACATACTGCACACACACACCACATACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGACACACACACACACACACATACTGCACACACACACCACATACAC  750

seq1  ACTCACACACACCCTACACACACCCTATATACACTCTACACACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACACACCCTACACACACCCTATATACACTCTACACACACACACA  800

seq1  TACACACACACACACACACACACACCACACCACATACACACACACACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACACACACACACACACCACACCACATACACACACACACCAC  850

seq1  ACACACACACCCTACACTCACCCCCTACACACCCCATACACACACCCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACCCTACACTCACCCCCTACACACCCCATACACACACCCCAC  900

seq1  ACACACACCTCCATCTTCAGTGTACAGATTCCTTGCCAGTGAT-GGCCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACACACCTCCATCTTCAGTGTACAGATTCCTTGCCAGTGATGGGCCTT  950

seq1  ACTCTAAACTCTAAGGTGAACTTTCTAAAGAGAATATAGGCAGGGCTTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAACTCTAAGGTGAACTTTCTAAAGAGAATATAGGCAGGGCTTAG  1000

seq1  CGAATAAGGAAGTAGAGGTTCCTAGCCAGTGACCACCTCCTGCTAG-ACT  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CGAATAAGGAAGTAGAGGTTCCTAGCCAGTGACCACCTCCTGCTAGAACT  1050

seq1  CTCTGACAGAAAATGAGCCTTCTAAAGAGAACATGGGAGGGGCTTGAC-T  1097
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| |
seq2  CTCTGACAGAAAATGAGCCTTCTAAAAAGAACATGG--AGGGCTTGACTT  1098

seq1  AATAAAGGATGTGGAGAG  1115
      |||||  ||| |||||||
seq2  AATAA--GAT-TGGAGAG  1113

seq1: chr13_57187381_57187566
seq2: B6Ng01-103C15.g_73_258 (reverse)

seq1  ACACACACTCATATACACACACACACAGAGGCATATGCATACAAGTATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCATATACACACACACACAGAGGCATATGCATACAAGTATGC  50

seq1  ACAGGCCTACATGAGTGGGCTCCTTTTCAGAACTACATTTCAAAATTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCTACATGAGTGGGCTCCTTTTCAGAACTACATTTCAAAATTATG  100

seq1  GGCAAGAGACGATTGATCTTAAGCACAAAAGTTTCACTGGCCATTGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGACGATTGATCTTAAGCACAAAAGTTTCACTGGCCATTGCACA  150

seq1  CTGCCCCTCCCCCAACATCTAGCTCCACACTGGAGT  186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTCCCCCAACATCTAGCTCCACACTGGAGT  186