BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103L04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 46,449,667 - 46,588,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbm24
Upstream geneMylip, Gmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574
Downstream geneCap2, C78339, Nup153, Kif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103L04.bB6Ng01-103L04.g
ACCDH912209DH912210
length1,166741
definitionDH912209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103L04, 5' end.DH912210|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103L04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,587,768 - 46,588,941)(46,449,667 - 46,450,408)
sequence
gaattcttggcttgcccaagcttgatggctcaagtttggttcctggaacc
catagtgtgaggagagaaccgttcctacaactcctcctctgatttctact
tgtgcaccacggcaggatcatgcccacatttaaacacacacactacatcc
atacagtcacatacactaacataggaaattctaaaaatccacccaagaaa
aacgtattttaaaactgtattttatctaacaggatgcaagagagctgtaa
gccaacggaatgtagaatgagagcagaaaatccaccattatgatacttga
tcctgtattctcagtgtagatagacctaagaaagtgaatgtcaccaagag
tagtggttagacatgaggttgttagtcagatggctagattatttattttt
aatttgaatgtgatatgataagagtagtggcaatatagattacatccatc
ttccatcctaatcaaacatacaaaaaaaagtccctgtgtacttgatatgg
tttgaatgtgaaatggccccacccatgcttgtgtgcttgaccatatgatc
tgcaacgtgtggtgctgtttggaagaagtcgtggaaccattgggaagtgc
atctgcctggaaggaatggatctctggggagcaggccttgaggtttgcat
tgcaggcccactttctgtcccatctacacttgcagagctgtgagtaagca
atcctctcgtcgcatagtcatggctatatccattgtcatgctgccatatg
gtccccaccacgatggactgcatatcctcaaaccacgagctggatggact
aaacgtctccacctctctattggtttttgccaggtatgtggtcatacatc
acaagaacagtaatgaatacagtgtttttatgtcttttctgtgagtattt
ttatatgtattatttttcatgtacattaaagcaagatgagaatgtatagt
ttaaatggggggattatgtctcagtttttgaaattgtgtagggctggggg
agatgacccagtggttagagcatgtattgcttcttccagaccacccagat
gggctttcagcaccatgtggtagctccaaccacttgttaattttaagttc
aggctctgacacctctctgctgatacggaacctgtaccaccatggtaacc
atttatactgcaggca
gaattccataatcccaaggaataacttcctggttgaacaaggtggatggc
ctggttgtccaatctgcaagtgtttcttggattctgaacttgttgagagg
ccagctcactgtacacagctttccatgaactctggatgggaagagagccc
cagcttcctgaaaggggtagacacaaagagagtgtgtagactgaaactca
ccattttgccaggactacctaaaaatgccagtccttcaccaatctgtagg
ttcggttctagggtaaagagtaagccttgaggttaagtttcctggtgtgt
ctgtgagtacagcatctttggtgtgtctgtgagtacagcatctttggtgt
gtctttgagtatagcatctttggtgtgcatgtgagtacagcatctttggt
gtgcatgtgagtacagcatcattggtgtgcatgtgagtacagcatctttg
gtgtgcatccaagccctctcaacacttgtagtccattgtcttttctctta
tctgcttctcttaattctccatcactgttcactcggttgtcctcgtggga
ctcagccagcagttttgctatgtacaagaccctaggattagttcagcagg
aggccacataattggagggtaatcctttgggaaaagaatcagaaccaggg
gacaaatatttctccttttgttgtaggtaatatttatggatattctttga
ggtttttttgttttgttttgttttgtgttttgtttttgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_46587768_46588941
seq2: B6Ng01-103L04.b_44_1209 (reverse)

seq1  TGCCTGCATGTATAAATGTGTACCATGTGTGTACAGTGTCCGTATCAGCC  50
      |||||||| |||||||||  |||||||   ||||||  ||||||||||| 
seq2  TGCCTGCA-GTATAAATGGTTACCATGGTGGTACAGGTTCCGTATCAGC-  48

seq1  AGGAGAG-GGTGTCAGAGGCCCTGAAACTAAAATTAACAAGTGGTTGTGA  99
         |||| ||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||
seq2  ---AGAGAGGTGTCAGAG--CCTGAACTTAAAATTAACAAGTGGTTG-GA  92

seq1  GCTACCACATTGGTGCTGGAAAGCCCATCTGGGTGGTCTGGAAG-AGCAA  148
      ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTACCACA-TGGTGCT-GAAAGCCCATCTGGGTGGTCTGGAAGAAGCAA  140

seq1  TACATGCTCTTAACCACTGGGTCATCT-CCCCAGCCCTACACAATTTCAA  197
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTC-TAACCACTGGGTCATCTCCCCCAGCCCTACACAATTTCAA  189

seq1  AAACTGAGACATAATCCCCCCATTTAAACTATACATTCTCATCTTGCTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAACTGAGACATAATCCCCCCATTTAAACTATACATTCTCATCTTGC-TT  238

seq1  TAATGTACATG-AAAATAATACATATAAAAATACTCACAGAAAAGACATA  296
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTACATGAAAAATAATACATATAAAAATACTCACAGAAAAGACATA  288

seq1  AAAACACTGTATTCATTACTGTTCTTGTGATGTATGACCACATACCTGGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTGTATTCATTACTGTTCTTGTGATGTATGACCACATACCTGGC  338

seq1  AAAAACCAATAGAGAGGTGGAGACGTTTAGTCCATCCAGCTCGTGGTTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAATAGAGAGGTGGAGACGTTTAGTCCATCCAGCTCGTGGTTTG  388

seq1  AGGATATGCAGTCCATCGTGGTGGGGACCATATGGCAGCATGACAATGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGCAGTCCATCGTGGTGGGGACCATATGGCAGCATGACAATGGA  438

seq1  TATAGCCATGACTATGCGACGAGAGGATTGCTTACTCACAGCTCTGCAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCATGACTATGCGACGAGAGGATTGCTTACTCACAGCTCTGCAAG  488

seq1  TGTAGATGGGACAGAAAGTGGGCCTGCAATGCAAACCTCAAGGCCTGCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATGGGACAGAAAGTGGGCCTGCAATGCAAACCTCAAGGCCTGCTC  538

seq1  CCCAGAGATCCATTCCTTCCAGGCAGATGCACTTCCCAATGGTTCCACGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATCCATTCCTTCCAGGCAGATGCACTTCCCAATGGTTCCACGA  588

seq1  CTTCTTCCAAACAGCACCACACGTTGCAGATCATATGGTCAAGCACACAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCAAACAGCACCACACGTTGCAGATCATATGGTCAAGCACACAA  638

seq1  GCATGGGTGGGGCCATTTCACATTCAAACCATATCAAGTACACAGGGACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGTGGGGCCATTTCACATTCAAACCATATCAAGTACACAGGGACT  688

seq1  TTTTTTTGTATGTTTGATTAGGATGGAAGATGGATGTAATCTATATTGCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTATGTTTGATTAGGATGGAAGATGGATGTAATCTATATTGCC  738

seq1  ACTACTCTTATCATATCACATTCAAATTAAAAATAAATAATCTAGCCATC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCTTATCATATCACATTCAAATTAAAAATAAATAATCTAGCCATC  788

seq1  TGACTAACAACCTCATGTCTAACCACTACTCTTGGTGACATTCACTTTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAACAACCTCATGTCTAACCACTACTCTTGGTGACATTCACTTTCT  838

seq1  TAGGTCTATCTACACTGAGAATACAGGATCAAGTATCATAATGGTGGATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTATCTACACTGAGAATACAGGATCAAGTATCATAATGGTGGATT  888

seq1  TTCTGCTCTCATTCTACATTCCGTTGGCTTACAGCTCTCTTGCATCCTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTCATTCTACATTCCGTTGGCTTACAGCTCTCTTGCATCCTGT  938

seq1  TAGATAAAATACAGTTTTAAAATACGTTTTTCTTGGGTGGATTTTTAGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAATACAGTTTTAAAATACGTTTTTCTTGGGTGGATTTTTAGAA  988

seq1  TTTCCTATGTTAGTGTATGTGACTGTATGGATGTAGTGTGTGTGTTTAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTATGTTAGTGTATGTGACTGTATGGATGTAGTGTGTGTGTTTAAA  1038

seq1  TGTGGGCATGATCCTGCCGTGGTGCACAAGTAGAAATCAGAGGAGGAGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCATGATCCTGCCGTGGTGCACAAGTAGAAATCAGAGGAGGAGTT  1088

seq1  GTAGGAACGGTTCTCTCCTCACACTATGGGTTCCAGGAACCAAACTTGAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAACGGTTCTCTCCTCACACTATGGGTTCCAGGAACCAAACTTGAG  1138

seq1  CCATCAAGCTTGGGCAAGCCAAGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAGCTTGGGCAAGCCAAGAATTC  1166

seq1: chr13_46449667_46450408
seq2: B6Ng01-103L04.g_68_808

seq1  GAATTCCATAATCCCAAGGAATAACTTCCTGGTTGAACAAGGTGGATGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAATCCCAAGGAATAACTTCCTGGTTGAACAAGGTGGATGGC  50

seq1  CTGGTTGTCCAATCTGCAAGTGTTTCTTGGATTCTGAACTTGTTGAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGTCCAATCTGCAAGTGTTTCTTGGATTCTGAACTTGTTGAGAGG  100

seq1  CCAGCTCACTGTACACAGCTTTCCATGAACTCTGGATGGGAAGAGAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCACTGTACACAGCTTTCCATGAACTCTGGATGGGAAGAGAGCCC  150

seq1  CAGCTTCCTGAAAGGGGTAGACACAAAGAGAGTGTGTAGACTGAAACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCTGAAAGGGGTAGACACAAAGAGAGTGTGTAGACTGAAACTCA  200

seq1  CCATTTTGCCAGGACTACCTAAAAATGCCAGTCCTTCACCAATCTGTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGCCAGGACTACCTAAAAATGCCAGTCCTTCACCAATCTGTAGG  250

seq1  TTCGGTTCTAGGGTAAAGAGTAAGCCTTGAGGTTAAGTTTCCTGGTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGTTCTAGGGTAAAGAGTAAGCCTTGAGGTTAAGTTTCCTGGTGTGT  300

seq1  CTGTGAGTACAGCATCTTTGGTGTGTCTGTGAGTACAGCATCTTTGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTACAGCATCTTTGGTGTGTCTGTGAGTACAGCATCTTTGGTGT  350

seq1  GTCTTTGAGTATAGCATCTTTGGTGTGCATGTGAGTACAGCATCTTTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGAGTATAGCATCTTTGGTGTGCATGTGAGTACAGCATCTTTGGT  400

seq1  GTGCATGTGAGTACAGCATCATTGGTGTGCATGTGAGTACAGCATCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTGAGTACAGCATCATTGGTGTGCATGTGAGTACAGCATCTTTG  450

seq1  GTGTGCATCCAAGCCCTCTCAACACTTGTAGTCCATTGTCTTTTCTCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATCCAAGCCCTCTCAACACTTGTAGTCCATTGTCTTTTCTCTTA  500

seq1  TCTGCTTCTCTTAATTCTCCATCACTGTTCACTCGGTTGTCCTCGTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTCTTAATTCTCCATCACTGTTCACTCGGTTGTCCTCGTGGGA  550

seq1  CTCAGCCAGCAGTTTTGCTATGTACAAGACCCTAGGATTAGTTCAGCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCAGCAGTTTTGCTATGTACAAGACCCTAGGATTAGTTCAGCAGG  600

seq1  AGGCCACATAATTGGAGGGTAATCCTTTGGGAAAAGAATCAGAACCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACATAATTGGAGGGTAATCCTTTGGGAAAAGAATCAGAACCAGGG  650

seq1  GACAAATATTTCTCCTTTTGTTGTAGGTAATATTTATGGATATTCTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATATTTCTCCTTTTGTTGTAGGTAATATTTATGGATATTCTTTGA  700

seq1  GGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTGTTTTTTGTTT  742
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTG-TTTTTGTTT  741