BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105E21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 89,082,071 - 89,223,176
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEdil3
Upstream geneLOC667230, EG435375
Downstream geneHapln1, EG667266, Vcan, LOC100042940, Xrcc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105E21.bB6Ng01-105E21.g
ACCDH913366DH913367
length8341,118
definitionDH913366|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105E21, 5' end.DH913367|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,082,071 - 89,082,904)(89,222,043 - 89,223,176)
sequence
gaattccttcagtgatgtaaagaaatatgggagtgtaagacaaataaatc
ccttcttccccaagttggtcactaagtttcatcacagcaatagtaactct
gagaaagttaagccataataaataaagaacaaaaatttagcaagagaaat
aacaacagcaaagttccccacagctagtttctatgcatgtgacaagaagt
aggcagatatttctcattttaaccacagaagcattatattactgatacat
atgtatgataaaaatatatagcatatttaatattatcatctgaaaatggc
agcataggtgccaagcaaggtttcatttcataaaatgtacacatgagttt
aagtgcatgtgtcttaatagtcacataatagtcatgtgctggtgagagga
tatcctctggtatggccttcaccctcaacctcatttgaggcaaaattcct
tcttagtgacagccatgtgcacagtggtcttgctgtcccttgtgcttctg
gagatttgtctggatctccctccagtctgaaatgagaagcactgagatta
gggatggagtctaggacagcattgacatgcatgacggtattgacccttac
ttcttcacgctagcaagaacttcattcacagtgccagctccccagactcc
aagaatagtttattaagaaaaactccaaaattgttggaaaagcaaaggaa
caagatctgccaaccttatgtagttccgattctctctgtccaccaacatc
agtacttatattgtgtactttatactatgtgttatgaaagaaggagatca
gtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcctaaaagcttgaggaccagctggcctggggaatatatctgcaaa
caacagagaaaccctgccccaaacacgatagagtatgaggatttgtagcc
aaggttgtcatctgaattccactgatgcttgttacacatgcacctgttct
cagacacacgaaggtgtacacagacacatggctcacacatacacaaatac
atacaaccatggatacatcttttcttttgtttcaagatgtttttattttt
cacatactttaatttaaaagttacatcaatcttcttttttctttcctccc
tccagctcttcgtacatctcctatctcaaacccctgcaatacccacttcg
cttgatctcaaattgatggccttttcctactcagcaggagttactacaaa
gacagttctggtgacatatgtaccctttagcattatgtacaaaatgtaga
ttgattaacaaataaacactggatttcctttaaagaaatgtaggatatgg
cctaaaacgtgaaatagatctaactggtgctaaaagatgaatggtggggc
ttcacttcagatttatcacatttgtaaggaacaagaacgaacacaatgtt
tttgggaaagtcgaccactttaagttacagggggatggacccatttggat
ttacctggtgaggtggagccattcaggatagcagtgaacatgtagataaa
gattagattctatggccttatgaatcaagtttgaactttagtctgtagat
actgaagagttaacagggcaattcaaggaacacaagaaagcatgctatag
gataaatctctgtttcagaaagttgatttgtgcatatagaatattattaa
ttttaaaataaaaatcattctaaaactcagaggatgaacgtgctgagttc
ttattaatcaaatccttagatatatgctggtatagatatgctaaaggtgt
gcatttttaaacagtgcatcatttacatgcgtggagtcgtccatatatct
ggtttgccagaattgacaataaatgcagatgttcggggaattgtgttaat
acatttctgtttatcggttacctgaatcaaactttctgaatctgtaattc
cttccatcaatgactcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_89082071_89082904
seq2: B6Ng01-105E21.b_44_877

seq1  GAATTCCTTCAGTGATGTAAAGAAATATGGGAGTGTAAGACAAATAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAGTGATGTAAAGAAATATGGGAGTGTAAGACAAATAAATC  50

seq1  CCTTCTTCCCCAAGTTGGTCACTAAGTTTCATCACAGCAATAGTAACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCCCCAAGTTGGTCACTAAGTTTCATCACAGCAATAGTAACTCT  100

seq1  GAGAAAGTTAAGCCATAATAAATAAAGAACAAAAATTTAGCAAGAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTTAAGCCATAATAAATAAAGAACAAAAATTTAGCAAGAGAAAT  150

seq1  AACAACAGCAAAGTTCCCCACAGCTAGTTTCTATGCATGTGACAAGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGCAAAGTTCCCCACAGCTAGTTTCTATGCATGTGACAAGAAGT  200

seq1  AGGCAGATATTTCTCATTTTAACCACAGAAGCATTATATTACTGATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGATATTTCTCATTTTAACCACAGAAGCATTATATTACTGATACAT  250

seq1  ATGTATGATAAAAATATATAGCATATTTAATATTATCATCTGAAAATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGATAAAAATATATAGCATATTTAATATTATCATCTGAAAATGGC  300

seq1  AGCATAGGTGCCAAGCAAGGTTTCATTTCATAAAATGTACACATGAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGGTGCCAAGCAAGGTTTCATTTCATAAAATGTACACATGAGTTT  350

seq1  AAGTGCATGTGTCTTAATAGTCACATAATAGTCATGTGCTGGTGAGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCATGTGTCTTAATAGTCACATAATAGTCATGTGCTGGTGAGAGGA  400

seq1  TATCCTCTGGTATGGCCTTCACCCTCAACCTCATTTGAGGCAAAATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCTGGTATGGCCTTCACCCTCAACCTCATTTGAGGCAAAATTCCT  450

seq1  TCTTAGTGACAGCCATGTGCACAGTGGTCTTGCTGTCCCTTGTGCTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTGACAGCCATGTGCACAGTGGTCTTGCTGTCCCTTGTGCTTCTG  500

seq1  GAGATTTGTCTGGATCTCCCTCCAGTCTGAAATGAGAAGCACTGAGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTGTCTGGATCTCCCTCCAGTCTGAAATGAGAAGCACTGAGATTA  550

seq1  GGGATGGAGTCTAGGACAGCATTGACATGCATGACGGTATTGACCCTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGAGTCTAGGACAGCATTGACATGCATGACGGTATTGACCCTTAC  600

seq1  TTCTTCACGCTAGCAAGAACTTCATTCACAGTGCCAGCTCCCCAGACTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCACGCTAGCAAGAACTTCATTCACAGTGCCAGCTCCCCAGACTCC  650

seq1  AAGAATAGTTTATTAAGAAAAACTCCAAAATTGTTGGAAAAGCAAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGTTTATTAAGAAAAACTCCAAAATTGTTGGAAAAGCAAAGGAA  700

seq1  CAAGATCTGCCAACCTTATGTAGTTCCGATTCTCTCTGTCCACCAACATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCTGCCAACCTTATGTAGTTCCGATTCTCTCTGTCCACCAACATC  750

seq1  AGTACTTATATTGTGTACTTTATACTATGTGTTATGAAAGAAGGAGATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTATATTGTGTACTTTATACTATGTGTTATGAAAGAAGGAGATCA  800

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  834

seq1: chr13_89222043_89223176
seq2: B6Ng01-105E21.g_65_1182 (reverse)

seq1  TAGAGTCATATGATTGAAGGAAATACAGATTTCCAAGATAGTTTGCATTT  50
      ||||||||| |||| ||||||| ||||||||    ||| ||||||   ||
seq2  TAGAGTCAT-TGATGGAAGGAATTACAGATT---CAGAAAGTTTG--ATT  44

seq1  CAGGTAAACTGATAAAACAAGAAATGTATTACACA-AATTCCCCGAACAT  99
      ||||| ||| ||||||   |||||||||||| ||| ||||||||||||| 
seq2  CAGGT-AACCGATAAA--CAGAAATGTATTA-ACACAATTCCCCGAACA-  89

seq1  TCTGCATTTATTTGTCATATCTGGCAAACCAGAATATATGGACGACT-CA  148
      |||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TCTGCATTTA-TTGTCAATTCTGGCAAACCAG-ATATATGGACGACTCCA  137

seq1  CGCATTGTAAATGATGCACTGTTTTAAAAAATGCACACCTTTAGCAATAT  198
      |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CGCA-TGTAAATGATGCACTGTTT--AAAAATGCACACCTTTAGC-ATAT  183

seq1  CTATACCAGCATATATCTTAAGGATTTGATTAATAAGGACTCAGCACGTT  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTATACCAGCATATATC-TAAGGATTTGATTAATAAGAACTCAGCACGTT  232

seq1  CAT-CTCTGAGTTTTAGAATGATTTTTTATTTTAAAATTAATAATATTCT  297
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTGAGTTTTAGAATGA-TTTTTATTTTAAAATTAATAATATTCT  281

seq1  ATATTGCACAAATCAACTTTCTGAAACAGAGATTTATCCTATAGCATGCT  347
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATA-TGCACAAATCAACTTTCTGAAACAGAGATTTATCCTATAGCATGCT  330

seq1  TTCTTGTGTTCCTTGAATT-CCCTGTTAACTCTTCAGTATCTACAGACTA  396
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGTTCCTTGAATTGCCCTGTTAACTCTTCAGTATCTACAGACTA  380

seq1  AAGTTCAAACTTGATTCATAAGGCCATAGAATCTAATCTTTATCTACATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAACTTGATTCATAAGGCCATAGAATCTAATCTTTATCTACATG  430

seq1  TTCACTGCTATCCTGAATGGCTCCACCTCACCAGGTAAATCCAAATGGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCTATCCTGAATGGCTCCACCTCACCAGGTAAATCCAAATGGGT  480

seq1  CCATCCCCCTGTAACTTAAAGTGGTCGACTTTCCCAAAAACATTGTGTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCCCTGTAACTTAAAGTGGTCGACTTTCCCAAAAACATTGTGTTC  530

seq1  GTTCTTGTTCCTTACAAATGTGATAAATCTGAAGTGAAGCCCCACCATTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGTTCCTTACAAATGTGATAAATCTGAAGTGAAGCCCCACCATTC  580

seq1  ATCTTTTAGCACCAGTTAGATCTATTTCACGTTTTAGGCCATATCCTACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTAGCACCAGTTAGATCTATTTCACGTTTTAGGCCATATCCTACA  630

seq1  TTTCTTTAAAGGAAATCCAGTGTTTATTTGTTAATCAATCTACATTTTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAAAGGAAATCCAGTGTTTATTTGTTAATCAATCTACATTTTGT  680

seq1  ACATAATGCTAAAGGGTACATATGTCACCAGAACTGTCTTTGTAGTAACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATGCTAAAGGGTACATATGTCACCAGAACTGTCTTTGTAGTAACT  730

seq1  CCTGCTGAGTAGGAAAAGGCCATCAATTTGAGATCAAGCGAAGTGGGTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGAGTAGGAAAAGGCCATCAATTTGAGATCAAGCGAAGTGGGTAT  780

seq1  TGCAGGGGTTTGAGATAGGAGATGTACGAAGAGCTGGAGGGAGGAAAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGGTTTGAGATAGGAGATGTACGAAGAGCTGGAGGGAGGAAAGAA  830

seq1  AAAAGAAGATTGATGTAACTTTTAAATTAAAGTATGTGAAAAATAAAAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGATTGATGTAACTTTTAAATTAAAGTATGTGAAAAATAAAAAC  880

seq1  ATCTTGAAACAAAAGAAAAGATGTATCCATGGTTGTATGTATTTGTGTAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAACAAAAGAAAAGATGTATCCATGGTTGTATGTATTTGTGTAT  930

seq1  GTGTGAGCCATGTGTCTGTGTACACCTTCGTGTGTCTGAGAACAGGTGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGCCATGTGTCTGTGTACACCTTCGTGTGTCTGAGAACAGGTGCA  980

seq1  TGTGTAACAAGCATCAGTGGAATTCAGATGACAACCTTGGCTACAAATCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAACAAGCATCAGTGGAATTCAGATGACAACCTTGGCTACAAATCC  1030

seq1  TCATACTCTATCGTGTTTGGGGCAGGGTTTCTCTGTTGTTTGCAGATATA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTCTATCGTGTTTGGGGCAGGGTTTCTCTGTTGTTTGCAGATATA  1080

seq1  TTCCCCAGGCCAGCTGGTCCTCAAGCTTTTAGGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGGCCAGCTGGTCCTCAAGCTTTTAGGAATTC  1118