BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105N08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 53,155,914 - 53,260,707
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRor2
Upstream geneLOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk, Auh, Nfil3
Downstream geneSptlc1, LOC100040421, Msx2, EG432760, E130119H09Rik, Drd1a, Sfxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105N08.bB6Ng01-105N08.g
ACCDH913746DH913747
length1,1271,114
definitionDH913746|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N08, 5' end.DH913747|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,155,914 - 53,157,048)(53,259,564 - 53,260,707)
sequence
gaattctgaaaaaaacaacaaactgccctgaccttgttgttagaattccc
gtgatgttaatagctgtgatgttaatagctgacccataaattcaaaatgt
actgctgctttgctgaccaatcataataacccaccataagggcaggcaga
gtgagtcactaggccaaaggtagtcaccctatgcaaaccaaccaatgcct
gaaagggttactagctacaccaatgagaataagccagctagccttgttgc
ctaaatctgccccttacaaggtataaaaaaatgtgttctttgtttgttca
gggtctctcctcttgcctgcatgctgaggggggtccccaatgtgttggat
caataaaaacctcttgtggtttgcagcgatgtgggtctctgtggtctttg
tgagtctctatggtctttgtgagtgagggtctttggcggactccaacacc
agcagttgactgtttagtagcaatttcacagcattgcctaagagagcaga
ggaaaaggcaggtgagggagggactgggaagccatgtgattaccccaggc
agggagagtcaggaaagatgtatggaactgtacttggctgttttattact
aggagtgattaagagcaaaaccaattcaattatagaagagtttacaaaaa
gcaacaccagtgtcaaacattcagcatggggctggagcagggggcagggg
tggggacagagctgagagctactcacacagaggctgcctctctgaaaatg
ggattaggtgttgacaggggagtactccctttcagaaggttgattctgct
gtgaagaaatgctcagctcaaggctggtggcaatgatgactggttttctt
tagcatggtagatccagatgggaagcagtttgttccgtttatcctcaagt
tagcagatggagcccatcctgagacttgacgtgtatgtgatggaagttga
tgtagatctactttatttcttttaaaagtacttaaaagaggctggacaga
ggcttggtcagtgacaagcttgcttgcagcatggaggagtgagtctgagc
ttagcatcccaggaatgccaggtgcagtacacacgtttgcaagccagtgc
tgggaggggggacccacgatgtgcttc
gaattcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggtcatggaggga
tgtgacttactggcttgcttcccctggcttgctcaacttactttcttata
gaacccaggactaccagcccaggcatggtaacacccacaatgggccctcc
cacccttgatcatcactaattgagaaaatgccttacagctggacctcatg
gaagcatttcctcaaggaaggctcctttctctgtgataactccagctgtg
tcaagttgacacataaaaccagccagtactccagaacatcatggggctca
gcctcaggattggtgactaactagactgtatctagttgttttgtctatgc
tgaggctcaggcaggccagcatagcagagcatccctggctttgtcctctg
tccctgggacaccttctgtgtagaacacattctatagtgttcttggcttt
cttcccctctaaagactcaaaatattgcagacattgccacatgtgttggg
gcaggcaaggtccctagaagaacctagggcaggaaacagaaaaccgaaca
gaattccccccacccccatgggagtaagaaaccacttctactccattcca
ttcccatggtccactaggcaaacacctagatagagctgggctgtgacagg
tataggacttctaggttcacactgtcagagccttagcttgaggggaacag
aaatttgtgcctggaaactgaaaggtgggactggagaggtggctcagtgg
ttaagaggactgactgctcttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaa
ccacatggtgactcacaatcatctgtaatgagatctgatgccctcttctg
gtgtgtctgaaacagctacaatatacttacgtatataataaataaatctt
tgggttggagcgagcgggacttgagcaagtagtggtcctgagttcatttc
cagcaaaaataatcttgagagaagagagagagagaactgaaatatgttgc
taagacagaaactgagccccatccttccccatgtcacccgtgctatgcca
gcagttacgttacctcaggcttgattgcaaatgagctggtaagacctcgg
aaagagttctggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_53155914_53157048
seq2: B6Ng01-105N08.b_44_1170

seq1  GAATTCTGAAAAAAACAACAAACTGCCCTGACCTTGTTGTTAGAATTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAAAAAACAACAAACTGCCCTGACCTTGTTGTTAGAATTCCC  50

seq1  GTGATGTTAATAGCTGTGATGTTAATAGCTGACCCATAAATTCAAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTTAATAGCTGTGATGTTAATAGCTGACCCATAAATTCAAAATGT  100

seq1  ACTGCTGCTTTGCTGACCAATCATAATAACCCACCATAAGGGCAGGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGCTTTGCTGACCAATCATAATAACCCACCATAAGGGCAGGCAGA  150

seq1  GTGAGTCACTAGGCCAAAGGTAGTCACCCTATGCAAACCAACCAATGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCACTAGGCCAAAGGTAGTCACCCTATGCAAACCAACCAATGCCT  200

seq1  GAAAGGGTTACTAGCTACACCAATGAGAATAAGCCAGCTAGCCTTGTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTTACTAGCTACACCAATGAGAATAAGCCAGCTAGCCTTGTTGC  250

seq1  CTAAATCTGCCCCTTACAAGGTATAAAAAAATGTGTTCTTTGTTTGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTGCCCCTTACAAGGTATAAAAAAATGTGTTCTTTGTTTGTTCA  300

seq1  GGGTCTCTCCTCTTGCCTGCATGCTGAGGGGGGTCCCCAATGTGTTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCTCCTCTTGCCTGCATGCTGAGGGGGGTCCCCAATGTGTTGGAT  350

seq1  CAATAAAAACCTCTTGTGGTTTGCAGCGATGTGGGTCTCTGTGGTCTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAACCTCTTGTGGTTTGCAGCGATGTGGGTCTCTGTGGTCTTTG  400

seq1  TGAGTCTCTATGGTCTTTGTGAGTGAGGGTCTTTGGCGGACTCCAACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTCTATGGTCTTTGTGAGTGAGGGTCTTTGGCGGACTCCAACACC  450

seq1  AGCAGTTGACTGTTTAGTAGCAATTTCACAGCATTGCCTAAGAGAGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTGACTGTTTAGTAGCAATTTCACAGCATTGCCTAAGAGAGCAGA  500

seq1  GGAAAAGGCAGGTGAGGGAGGGACTGGGAAGCCATGTGATTACCCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGGCAGGTGAGGGAGGGACTGGGAAGCCATGTGATTACCCCAGGC  550

seq1  AGGGAGAGTCAGGAAAGATGTATGGAACTGTACTTGGCTGTTTTATTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGTCAGGAAAGATGTATGGAACTGTACTTGGCTGTTTTATTACT  600

seq1  AGGAGTGATTAAGAGCAAAACCAATTCAATTATAGAAGAGTTTACAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGATTAAGAGCAAAACCAATTCAATTATAGAAGAGTTTACAAAAA  650

seq1  GCAACACCAGTGTCAAACATTCAGCATGGGGCTGGAGCAGGGGGCAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACCAGTGTCAAACATTCAGCATGGGGCTGGAGCAGGGGGCAGGGG  700

seq1  TGGGGACAGAGCTGAGAGCTACTCACACAGAGGCTGCCTCTCTGAAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACAGAGCTGAGAGCTACTCACACAGAGGCTGCCTCTCTGAAAATG  750

seq1  GGATTAGGTGTTGACAGGGGAGTACTCCCTTTCAGAAGGTTGATTCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGGTGTTGACAGGGGAGTACTCCCTTTCAGAAGGTTGATTCTGCT  800

seq1  GTGAAGAAATGCTCAGCTCAAGGCTGGTGGCAATGATGACTGGTTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAAATGCTCAGCTCAAGGCTGGTGGCAATGATGACTGGTTTTCTT  850

seq1  TAGCATGGTAGATCCAGATGGGAAGCAGTTTGTTCCGTTTATCCTCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGGTAGATCCAGATGGGAAGCAGTTTGTTCCGTTTATCCTCAAGT  900

seq1  TAGCAGGATGGAGCCCATCCTGAGACTTGACGTGTATGTGATGGAAGTTT  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGCA-GATGGAGCCCATCCTGAGACTTGACGTGTATGTGATGGAAG-TT  948

seq1  GATGTAGATCTACTTTATTCCTTTAAAAGTTACTT-AGAGAGGCTGGACA  999
      ||||||||||||||||||| |||| |||  ||||| | ||||||||||||
seq2  GATGTAGATCTACTTTATTTCTTTTAAAAGTACTTAAAAGAGGCTGGACA  998

seq1  GAGGCTTGGTCAGTGACAAGCTTGCTTGCAAGCAT-GAGGAGTTGAGTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
seq2  GAGGCTTGGTCAGTGACAAGCTTGCTTGC-AGCATGGAGGAG-TGAGTCT  1046

seq1  GAGGCCTTAGCATCCCCAGGAAATGCCAGGTGCAGTAGCACACGTTTGCA  1098
      |||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  GAG--CTTAGCAT-CCCAGG-AATGCCAGGTGCAGTA-CACACGTTTGC-  1090

seq1  AAGCCAGTGCTGGGAGGGGGGACCCACAGATG-GCTTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  AAGCCAGTGCTGGGAGGGGGGACCCAC-GATGTGCTTC  1127

seq1: chr13_53259564_53260707
seq2: B6Ng01-105N08.g_70_1183 (reverse)

seq1  TCCCAGAACTACTTTCTCCGAGGGGTCTTTAACAGGCTTCATTTTGCAAC  50
      |||||||||| |||  |||||  |||| ||| |||   ||| ||||||| 
seq2  TCCCAGAACT-CTT--TCCGA--GGTC-TTACCAG--CTCA-TTTGCAA-  40

seq1  TCAAAGCCCTGAGGTAACCGTAACCTGGCTGGGCATAGGCCACGGGGTTG  100
      ||||   |||||||||| ||||||   ||| |||||||  ||||||  ||
seq2  TCAA--GCCTGAGGTAA-CGTAAC--TGCT-GGCATAG--CACGGG--TG  80

seq1  ACATTGGGGGAGGGATGGGGGCTCAGTTTCCTTGTCTTAGGCACCATATT  150
      ||||  ||||| |||| |||||||||||||  ||||||| ||| ||||||
seq2  ACAT--GGGGAAGGAT-GGGGCTCAGTTTC--TGTCTTA-GCAACATATT  124

seq1  TCAGTTTCTCTCTCTCTC-TCTCTCAAGATTTATTTTTGCTGGAAATTGA  199
      |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TCAG-TTCTCTCTCTCTCTTCTCTCAAGA-TTATTTTTGCTGGAAA-TGA  171

seq1  ACTCAGGACCACTACTTGCTCAAGTCCCGCTCGCTCCAACCCAAAGATTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGACCACTACTTGCTCAAGTCCCGCTCGCTCCAACCCAAAGATTT  221

seq1  ATTTATTATTATACGTAAGTATATTGTAGCTGTTTTCAGACACACCAGAA  299
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTATTA-TATACGTAAGTATATTGTAGCTG-TTTCAGACACACCAGAA  269

seq1  GAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGATTGTGAGTCACCATGTGGTTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGATTGTGAGTCACCATGTGGTTGCT  319

seq1  GGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTCCTCTTAACCACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTCCTCTTAACCACT  369

seq1  GAGCCACCTCTCCAGTCCCACCTTTCAGTTTCCAGGCACAAATTTCTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCTCTCCAGTCCCACCTTTCAGTTTCCAGGCACAAATTTCTGTT  419

seq1  CCCCTCAAGCTAAGGCTCTGACAGTGTGAACCTAGAAGTCCTATACCTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCAAGCTAAGGCTCTGACAGTGTGAACCTAGAAGTCCTATACCTGT  469

seq1  CACAGCCCAGCTCTATCTAGGTGTTTGCCTAGTGGACCATGGGAATGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCAGCTCTATCTAGGTGTTTGCCTAGTGGACCATGGGAATGGAA  519

seq1  TGGAGTAGAAGTGGTTTCTTACTCCCATGGGGGTGGGGGGAATTCTGTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAGAAGTGGTTTCTTACTCCCATGGGGGTGGGGGGAATTCTGTTC  569

seq1  GGTTTTCTGTTTCCTGCCCTAGGTTCTTCTAGGGACCTTGCCTGCCCCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTGTTTCCTGCCCTAGGTTCTTCTAGGGACCTTGCCTGCCCCAA  619

seq1  CACATGTGGCAATGTCTGCAATATTTTGAGTCTTTAGAGGGGAAGAAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGGCAATGTCTGCAATATTTTGAGTCTTTAGAGGGGAAGAAAGC  669

seq1  CAAGAACACTATAGAATGTGTTCTACACAGAAGGTGTCCCAGGGACAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACACTATAGAATGTGTTCTACACAGAAGGTGTCCCAGGGACAGAG  719

seq1  GACAAAGCCAGGGATGCTCTGCTATGCTGGCCTGCCTGAGCCTCAGCATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGCCAGGGATGCTCTGCTATGCTGGCCTGCCTGAGCCTCAGCATA  769

seq1  GACAAAACAACTAGATACAGTCTAGTTAGTCACCAATCCTGAGGCTGAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAACAACTAGATACAGTCTAGTTAGTCACCAATCCTGAGGCTGAGC  819

seq1  CCCATGATGTTCTGGAGTACTGGCTGGTTTTATGTGTCAACTTGACACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGATGTTCTGGAGTACTGGCTGGTTTTATGTGTCAACTTGACACAG  869

seq1  CTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTTCCTTGAGGAAATGCTTCCATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTTCCTTGAGGAAATGCTTCCATGA  919

seq1  GGTCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATGATCAAGGGTGGGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATGATCAAGGGTGGGAGG  969

seq1  GCCCATTGTGGGTGTTACCATGCCTGGGCTGGTAGTCCTGGGTTCTATAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTGTGGGTGTTACCATGCCTGGGCTGGTAGTCCTGGGTTCTATAA  1019

seq1  GAAAGTAAGTTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTCACATCCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTAAGTTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTCACATCCCT  1069

seq1  CCATGACCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAATTC  1114