BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106E04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 57,614,153 - 57,768,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock1
Upstream geneFbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7, LOC100040995
Downstream geneKlhl3, Hnrpa0, 5133401N09Rik, Ubqln1, LOC671252, Gkap1, Kif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106E04.bB6Ng01-106E04.g
ACCDH914048DH914049
length1,0551,098
definitionDH914048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E04, 5' end.DH914049|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,767,297 - 57,768,365)(57,614,153 - 57,615,254)
sequence
gagttattaacttgttgactctgaataaggggaaattctgacttgtttct
ctgcttacccccctgaaggaaaggctaatcactctgttgacactatgtag
tttgttcacaaaggggagcttttgttaagcctgcctccctgggcggctga
ggcttgtgagatttaaagcacctgggaaatgtcagtagagcatcactgct
cagaagctcagtcagggcagaggtcttaaacaagctaatgagactttatc
tcgggagtgagagtggttcatgccgtgcctggcttctgtgcctggcctct
ttgtgcgttgtacacacagcttccttggatgaagtgggtggtgggtaaga
gggactctggaggcatgcccagtcatctcagctctctgaggagtgcatgt
actgaaagggaggtgatgtcacggcaggctgcccacttgccttcatctcc
gcatgatgccacccacatgagcaatagataattagtttaacctaagtgct
tagcccaattaatgatgtccctgcatttgccaggtgcctgtccttccctc
tggacactgacttcatctagctggccttacagatgtacaaggccaaactg
ctatgtactaattgggtcaaggcattacccagggcagcatggctgcgggc
tggagcacgtgctaacgtggccttcaatagtgtccctctccagtcttcct
tatttgtcataggcaggcaggcagatctgatgctaccagtttgaggtcat
gaagattgtgtggcccctgtgaaaggagttgaaacccccactcccaaaag
ggtcgtgacccataggttgagaaccactagactagccttaaggccctgtt
agcctaggattgattcagaccatctggtagaaattccaaggttcaggtat
aaaaggcctcatagagcctcactgtgttggggagggaagggttctaagtg
catccagaatacgaccttcctgctgtctgcgacagtgctagctggtactg
attcatttactctggcttagtcaaagagatagccataaatagcctgataa
gtgtg
gaattccaacttgcactgcaagaaagagagacaggacagaccgttagaat
ataatgaggccagacgcatgctcggcttcccagggagtggctggctggta
tctgtgctttaaggggacaaagatgggagaagggagaagtcgcccatgct
agtagtctggcattcagaactctaacttgggactggccgttcatgatttc
ccaaacaactcccaaaacacagcagaagaactggaaagcaaatttaaatt
aacagcaggctcagctgtcaccatttataaaatatggtgattatctgaaa
gggaattcgtgtggagttctatgtgacccgtgaagccctcccacttaagt
gctggggctcccccaagaatcctcccacacagagcaagtgctcagggacg
ttcttcgtaacctgctttctcattgctctcacagatgctggtcataaaca
acttaaaaggacgaaagatttgtcttgctcatgacttcagcccatcacca
tgggacactgtggtgggattgctggtatcctggtggccaggaagcagagc
agaagagaggggagcctgggacaggacacaggggacagactgcttacttc
ctccagctagctttctttctccagactctctgaaacagaatcatcacggc
cgaacattcaacacattcaacccctctgccactacgaaggacattctcta
tgtgagcctaccagggacattccatattcaaaccagagcacagcgcagcc
acctctttttgggaaagagtctggatggtgcatctgaggtgcttcgcctg
ctccttcctctgggagcaatgaaaccgtgtgcccccccccccccccgccc
agctctggagtttttgtggccgggagccttttataactagcctgggatct
gatgggaatgggccacctaagtctggaagtcaatgtcagagtccacaagc
tacaacctcctgtcatctttgtcagcaataatggtagctttcagtccctg
tctctaactttacatttaagtctcagcagactcaaaacacaagtagggat
gcaaaggtatttcagggtgtctaagaccacagtggggtgcagcttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_57767297_57768365
seq2: B6Ng01-106E04.b_52_1106 (reverse)

seq1  CACACTTATACAAGACTATTTATGGCT-TCTCCTTTGACTAAGCCCGGGG  49
      |||||||||   || |||||||||||| ||| ||||||||||| || | |
seq2  CACACTTAT--CAGGCTATTTATGGCTATCT-CTTTGACTAAG-CCAGAG  46

seq1  TGAATGAATCCTGTCACCAGCTAGCCACTGTCTGCAGACAGGCAGGGAAG  99
      | ||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||
seq2  TAAATGAAT-CAGT-ACCAGCTAG-CACTGTC-GCAGACA-GCA-GGAAG  90

seq1  GTCCTATTCTGGATGGCACCTTATGAACCCCTCCCT-CCCAACACAGTGA  148
      ||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTCGTATTCTGGAT-GCA-CTTA-GAACCCTTCCCTCCCCAACACAGTGA  137

seq1  GGCTTCTATGAGGCCTTTTATACCTGAACCTTGGAATTTCTACCCAGATG  198
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGC-TCTATGAGGCCTTTTATACCTGAACCTTGGAATTTCTA-CCAGATG  185

seq1  GTCCTGAATCAATCCTAGGCTAACAGGGCCTTAAGGCTAGTCTAGTGGTT  248
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-CTGAATCAATCCTAGGCTAACAGGGCCTTAAGGCTAGTCTAGTGGTT  234

seq1  CTCAACCTATGGGTCACGACCCTTTTGGGAGTGGGGGTTTCAACTCCTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTATGGGTCACGACCCTTTTGGGAGTGGGGGTTTCAACTCCTTT  284

seq1  CACAGGGGCCACACAATCTTCATGGCCTCAAACTGGTAGCATCAGATCTG  348
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGGCCACACAATCTTCATGACCTCAAACTGGTAGCATCAGATCTG  334

seq1  CCTGCCTGCCTATGACAAATAAGGAAGACTGGAGAGGGACACTATTGAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGCCTATGACAAATAAGGAAGACTGGAGAGGGACACTATTGAAG  384

seq1  GCCACGTTAGCACGTGCTCCAGCCCGCAGCCATGCTGCCCTGGGTAATGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGTTAGCACGTGCTCCAGCCCGCAGCCATGCTGCCCTGGGTAATGC  434

seq1  CTTGACCCAATTAGTACATAGCAGTTTGGCCTTGTACATCTGTAAGGCCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCCAATTAGTACATAGCAGTTTGGCCTTGTACATCTGTAAGGCCA  484

seq1  GCTAGATGAAGTCAGTGTCCAGAGGGAAGGACAGGCACCTGGCAAATGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATGAAGTCAGTGTCCAGAGGGAAGGACAGGCACCTGGCAAATGCA  534

seq1  GGGACATCATTAATTGGGCTAAGCACTTAGGTTAAACTAATTATCTATTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATCATTAATTGGGCTAAGCACTTAGGTTAAACTAATTATCTATTG  584

seq1  CTCATGTGGGTGGCATCATGCGGAGATGAAGGCAAGTGGGCAGCCTGCCG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGGGTGGCATCATGCGGAGATGAAGGCAAGTGGGCAGCCTGCCG  634

seq1  TGACATCACCTCCCTTTCAGTACATGCACTCCTCAGAGAGCTGAGATGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCACCTCCCTTTCAGTACATGCACTCCTCAGAGAGCTGAGATGAC  684

seq1  TGGGCATGCCTCCAGAGTCCCTCTTACCCACCACCCACTTCATCCAAGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGCCTCCAGAGTCCCTCTTACCCACCACCCACTTCATCCAAGGA  734

seq1  AGCTGTGTGTACAACGCACAAAGAGGCCAGGCACAGAAGCCAGGCACGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTGTACAACGCACAAAGAGGCCAGGCACAGAAGCCAGGCACGGC  784

seq1  ATGAACCACTCTCACTCCCGAGATAAAGTCTCATTAGCTTGTTTAAGACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCACTCTCACTCCCGAGATAAAGTCTCATTAGCTTGTTTAAGACC  834

seq1  TCTGCCCTGACTGAGCTTCTGAGCAGTGATGCTCTACTGACATTTCCCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTGACTGAGCTTCTGAGCAGTGATGCTCTACTGACATTTCCCAG  884

seq1  GTGCTTTAAATCTCACAAGCCTCAGCCGCCCAGGGAGGCAGGCTTAACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTAAATCTCACAAGCCTCAGCCGCCCAGGGAGGCAGGCTTAACAA  934

seq1  AAGCTCCCCTTTGTGAACAAACTACATAGTGTCAACAGAGTGATTAGCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCCCTTTGTGAACAAACTACATAGTGTCAACAGAGTGATTAGCCT  984

seq1  TTCCTTCAGGGGGGTAAGCAGAGAAACAAGTCAGAATTTCCCCTTATTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAGGGGGGTAAGCAGAGAAACAAGTCAGAATTTCCCCTTATTCA  1034

seq1  GAGTCAACAAGTTAATAACTC  1069
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAACAAGTTAATAACTC  1055

seq1: chr13_57614153_57615254
seq2: B6Ng01-106E04.g_69_1166

seq1  GAATTCCAACTTGCACTGCAAGAAAGAGAGACAGGACAGACCGTTAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTTGCACTGCAAGAAAGAGAGACAGGACAGACCGTTAGAAT  50

seq1  ATAATGAGGCCAGACGCATGCTCGGCTTCCCAGGGAGTGGCTGGCTGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGGCCAGACGCATGCTCGGCTTCCCAGGGAGTGGCTGGCTGGTA  100

seq1  TCTGTGCTTTAAGGGGACAAAGATGGGAGAAGGGAGAAGTCGCCCATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTTTAAGGGGACAAAGATGGGAGAAGGGAGAAGTCGCCCATGCT  150

seq1  AGTAGTCTGGCATTCAGAACTCTAACTTGGGACTGGCCGTTCATGATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCTGGCATTCAGAACTCTAACTTGGGACTGGCCGTTCATGATTTC  200

seq1  CCAAACAACTCCCAAAACACAGCAGAAGAACTGGAAAGCAAATTTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAACTCCCAAAACACAGCAGAAGAACTGGAAAGCAAATTTAAATT  250

seq1  AACAGCAGGCTCAGCTGTCACCATTTATAAAATATGGTGATTATCTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAGGCTCAGCTGTCACCATTTATAAAATATGGTGATTATCTGAAA  300

seq1  GGGAATTCGTGTGGAGTTCTATGTGACCCGTGAAGCCCTCCCACTTAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTCGTGTGGAGTTCTATGTGACCCGTGAAGCCCTCCCACTTAAGT  350

seq1  GCTGGGGCTCCCCCAAGAATCCTCCCACACAGAGCAAGTGCTCAGGGACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGCTCCCCCAAGAATCCTCCCACACAGAGCAAGTGCTCAGGGACG  400

seq1  TTCTTCGTAACCTGCTTTCTCATTGCTCTCACAGATGCTGGTCATAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCGTAACCTGCTTTCTCATTGCTCTCACAGATGCTGGTCATAAACA  450

seq1  ACTTAAAAGGACGAAAGATTTGTCTTGCTCATGACTTCAGCCCATCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAAGGACGAAAGATTTGTCTTGCTCATGACTTCAGCCCATCACCA  500

seq1  TGGGACACTGTGGTGGGATTGCTGGTATCCTGGTGGCCAGGAAGCAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACACTGTGGTGGGATTGCTGGTATCCTGGTGGCCAGGAAGCAGAGC  550

seq1  AGAAGAGAGGGGAGCCTGGGACAGGACACAGGGGACAGACTGCTTACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAGGGGAGCCTGGGACAGGACACAGGGGACAGACTGCTTACTTC  600

seq1  CTCCAGCTAGCTTTCTTTCTCCAGACTCTCTGAAACAGAATCATCACGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCTAGCTTTCTTTCTCCAGACTCTCTGAAACAGAATCATCACGGC  650

seq1  CGAACATTCAACACATTCAACCCCTCTGCCACTACGAAGGACATTCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACATTCAACACATTCAACCCCTCTGCCACTACGAAGGACATTCTCTA  700

seq1  TGTGAGCCTACCAGGGACATTCCATATTCAAACCAGAGCACAGCGCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCCTACCAGGGACATTCCATATTCAAACCAGAGCACAGCGCAGCC  750

seq1  ACCTCTTTTTGGGAAAGAGTCTGGATGGTGCATCTGAGGTGCTTCGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTTTTGGGAAAGAGTCTGGATGGTGCATCTGAGGTGCTTCGCCTG  800

seq1  CTCCTTCCTCTGGGAGCAATGAAACCGTGTGCCCCCCCCCCCCCCCGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCTCTGGGAGCAATGAAACCGTGTGCCCCCCCCCCCCCCCGCCC  850

seq1  AGCTCTGGAGTTTTTGTGGCCGGAGCCCTCTTATAACTAGCCTGGGATCT  900
      |||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGAGTTTTTGTGGCCGGGAGCCTTTTATAACTAGCCTGGGATCT  900

seq1  GATGGGAAT-GGCCACCTAAGTCTGGAAGTCAATGTCAGAAGTCCACAAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATGGGAATGGGCCACCTAAGTCTGGAAGTCAATGTCAG-AGTCCACAAG  949

seq1  CTACAACCTCCTGTCATCTTTTGTCAGCAATAATGGTAGCTTTCAGGTCC  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTACAACCTCCTGTCATC-TTTGTCAGCAATAATGGTAGCTTTCA-GTCC  997

seq1  CTGTCTCCTAACTTTACATTTAAGTCTCAGCAGACTCAAAACACAAGTAG  1049
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGTCT-CTAACTTTACATTTAAGTCTCAGCAGACTCAAAACACAAGTA-  1045

seq1  GGGATGCAAAGGTATTTACAGGTGTCCTAGACCACAGTGGGTGCCAGCTT  1099
      |||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||   ||||||
seq2  GGGATGCAAAGGTATTTCAGGGTGTCTAAGACCACAGTGGGGTGCAGCTT  1095

seq1  TTT  1102
      |||
seq2  TTT  1098