BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109E14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,704,740 - 71,822,055
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik, LOC627230, LOC100042360
Downstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109E14.bB6Ng01-109E14.g
ACCDH916232DH916233
length1,125872
definitionDH916232|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109E14, 5' end.DH916233|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109E14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,704,740 - 71,705,879)(71,821,192 - 71,822,055)
sequence
gaattctaaatgttctcctacaaaaacaggatgcttccaaaaacagctct
caagagctgtgaggccttgtggagatatgaggtgggccacgaccacgtgc
atgttgtccttttaactctggcaccacacacattctatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatcatctatctatctacatataaatata
cacacacatacacacacatatatctttatctatctatctatctatctatc
atctatctatctatttatctatctatctatctatctatctatctatctgt
cacacttacatacatatgcacatgcatacacatacatattcacatgcata
catatataatatacattacttcatacacactatgaagtctcttccaatca
atttccttctgttctgtgcctaaagcatgttggccatagagcaaataggt
tttggttccaggtttgcttacagaagacttttagaaatgctggaatctat
cagcaaccccttccttcctggttctcaactagatgtacatctggatgttc
ttcaaggaactctgtgcctatctgctgtgaacactagttgactgtggtta
tctggagggagacccacaatttatcacctcctgcttccagtattatacta
ggggtagccatgactttggaagtgaactcttcttaaccatcaaataagtt
ggaggaatgagctctgagttagaacatgcctagctctcagcttgtgaccg
tccatgtttcccctcctttctcagtctattgacagctgattcactggttc
cttgttttcttatcttctgatggatttcagctttttaagttaattatata
caactcatattgaaacacagtcttttgatccactctggatatcttacttt
gttatgtttctcataaacccaccacgagaacacagtgtggcttctaggat
gatgtctgaaatgtcaagcactctcatttccctgtatccatctttattta
acagtcctttgtctgatgctcttaatttttcttgctacctgaatttttgg
aaccataattagcttagaatttatggccaatagggatgtaagaagcttta
acctttaaaatataatatgggcata
gaattccagtcctgacttcatttgatgatgaacagcaatgtgtaaatgta
aggtgaataaactctttcatccccaacttgcttcttggtcatgatgtttg
tgcaggaccctgactaagacacaggtcctcagctggtgtccatgcaggag
agaatacgtatctaatacagatgaaagggagtcactggggagaactagtg
agaggaagattccaatataacagatgtctaggtgaaagtgtggaggttct
agctgttgaattatgaatgctgacatgattatcatagcattttttcaatc
ttctagaaagacacagctttatgatgtccaaagccataggaggagactct
tcagtcagctatcgtgatctgaaatgtagaatagagaaagagaaacagat
ttggtagtgaggggtacaagaatgagtttaactactgaggcaaggagtac
tggttatgtgctggctgcaacggactcatagactttagctgcagaggcag
aatgtgaacacacgaaacacatgaaacatagcatgtttacatgtataagt
aaattattatacaagtgcacatgcatgtgtgcataggcctgtaaggatgc
ctaagctggctacaagagtgtgtgtgaggaaagtgaatgaacgatctcat
ggtccctgagatgctcaagtaaagattctgaatatctctatgaaagatat
ccagggaaatgctgtccaaagaagagggaggagtaggagggagaggttgt
ctctgcccttcaacgaggctgaagagaatgaaaaagacatggtctggtca
gcttctccccaacagctgactcctagcttctgtgtttgtattttataggg
tgagtactcattttgtcttgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71704740_71705879
seq2: B6Ng01-109E14.b_45_1169

seq1  GAATTCTAAATGTTCTCCTACAAAAACAGGATGCTTCCAAAAACAGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATGTTCTCCTACAAAAACAGGATGCTTCCAAAAACAGCTCT  50

seq1  CAAGAGCTGTGAGGCCTTGTGGAGATATGAGGTGGGCCACGACCACGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTGTGAGGCCTTGTGGAGATATGAGGTGGGCCACGACCACGTGC  100

seq1  ATGTTGTCCTTTTAACTCTGGCACCACACACATTCTATCTATCTATCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCCTTTTAACTCTGGCACCACACACATTCTATCTATCTATCTAT  150

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCTACATATAAATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCTACATATAAATATA  200

seq1  CACACACATACACACACATATATCTTTATCTATCTATCTATCTATCTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACACACACATATATCTTTATCTATCTATCTATCTATCTATC  250

seq1  ATCTATCTATCTATTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGT  300

seq1  CACACTTACATACATATGCACATGCATACACATACATATTCACATGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTACATACATATGCACATGCATACACATACATATTCACATGCATA  350

seq1  CATATATAATATACATTACTTCATACACACTATGAAGTCTCTTCCAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATAATATACATTACTTCATACACACTATGAAGTCTCTTCCAATCA  400

seq1  ATTTCCTTCTGTTCTGTGCCTAAAGCATGTTGGCCATAGAGCAAATAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTCTGTTCTGTGCCTAAAGCATGTTGGCCATAGAGCAAATAGGT  450

seq1  TTTGGTTCCAGGTTTGCTTACAGAAGACTTTTAGAAATGCTGGAATCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTCCAGGTTTGCTTACAGAAGACTTTTAGAAATGCTGGAATCTAT  500

seq1  CAGCAACCCCTTCCTTCCTGGTTCTCAACTAGATGTACATCTGGATGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACCCCTTCCTTCCTGGTTCTCAACTAGATGTACATCTGGATGTTC  550

seq1  TTCAAGGAACTCTGTGCCTATCTGCTGTGAACACTAGTTGACTGTGGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGAACTCTGTGCCTATCTGCTGTGAACACTAGTTGACTGTGGTTA  600

seq1  TCTGGAGGGAGACCCACAATTTATCACCTCCTGCTTCCAGTATTATACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGGGAGACCCACAATTTATCACCTCCTGCTTCCAGTATTATACTA  650

seq1  GGGGTAGCCATGACTTTGGAAGTGAACTCTTCTTAACCATCAAATAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGCCATGACTTTGGAAGTGAACTCTTCTTAACCATCAAATAAGTT  700

seq1  GGAGGAATGAGCTCTGAGGTTAGAACATGCCTAGCTCTCAGCTTGTGACC  750
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAATGAGCTCTGA-GTTAGAACATGCCTAGCTCTCAGCTTGTGACC  749

seq1  GTCCATGTTTCCCCTCCTTTCTCAGTCTATTGACAGCTGATTCACTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGTTTCCCCTCCTTTCTCAGTCTATTGACAGCTGATTCACTGGTT  799

seq1  CCTTGTTTTCTTATCTTCTGATGGATTTCAGCTTTTTAAGGTTAATTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTTGTTTTCTTATCTTCTGATGGATTTCAGCTTTTTAA-GTTAATTATA  848

seq1  TACAACTCATATTGAAACACAGTCTTTTGATCCACTCTGGATATTCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TACAACTCATATTGAAACACAGTCTTTTGATCCACTCTGGATA-TCTTAC  897

seq1  TTTGTTATTGTTTCTCATAAACCCACCACGAGAACACAGGTGTGGCTTCT  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGTTA-TGTTTCTCATAAACCCACCACGAGAACACA-GTGTGGCTTCT  945

seq1  AGGATGATGTCTGAAATGTCAAGCACCTCTTCATTTCCCTGTATCCATCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGATGTCTGAAATGTCAAGCA-CTC-TCATTTCCCTGTATCCATCT  993

seq1  GTATTTAACAGTCCTTTGTCTGATGCTCTTTATTTTTTCTTTGCTACCTG  1050
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||
seq2  TTATTTAACAGTCCTTTGTCTGATGCTCTTAATTTTT--CTTGCTACCTG  1041

seq1  ATTTTTTTGTAACTATAATTATGCTTAAGATTTTATGGCCATATAGGGAT  1100
      |  |||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||
seq2  A-ATTTTTGGAACCATAATTA-GCTT-AGAATTTATGGCCA-ATAGGGAT  1087

seq1  GTAAGGATGCTTTAATCATTTAAAAATATATATGGGCATA  1140
      |||| || ||||||| | || ||| ||| |||||||||||
seq2  GTAA-GAAGCTTTAACCTTTAAAATATA-ATATGGGCATA  1125

seq1: chr13_71821192_71822055
seq2: B6Ng01-109E14.g_68_931 (reverse)

seq1  AAAATGAGAACTCACCCTATAAAATTACAAACACAGAAGCTAGGAGTCAG  50
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGTACTCACCCTATAAAA-TACAAACACAGAAGCTAGGAGTCAG  49

seq1  CTGTTGGGGAGAAGCTGACCAGACCATGTC-TTTTCATTCTCTTCAGCCT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGGGAGAAGCTGACCAGACCATGTCTTTTTCATTCTCTTCAGCCT  99

seq1  CGTTGAAGGGCAGAGACAACCTCTCCCTCCTACTCCTCCCTCTTCTTTGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGAAGGGCAGAGACAACCTCTCCCTCCTACTCCTCCCTCTTCTTTGG  149

seq1  ACAGCATTTCCCTGGATATCTTTCATAGAGATATTCAGAATCTTTACTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTTCCCTGGATATCTTTCATAGAGATATTCAGAATCTTTACTTG  199

seq1  AGCATCTCAGGGACCATGAGATCGTTCATTCACTTTCCTCACACACACTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCAGGGACCATGAGATCGTTCATTCACTTTCCTCACACACACTC  249

seq1  TTGTAGCCAGCTTAGGCATCCTTACAGGCCTATGCACACATGCATGTGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCCAGCTTAGGCATCCTTACAGGCCTATGCACACATGCATGTGCA  299

seq1  CTTGTATAATAATTTACTTATACATGTAAACATGCTATGTTTCATGTGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATAATAATTTACTTATACATGTAAACATGCTATGTTTCATGTGTT  349

seq1  TCGTGTGTTCACATTCTGCCTCTGCAGCTAAAGTCTATGAGTCCGTTGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTGTTCACATTCTGCCTCTGCAGCTAAAGTCTATGAGTCCGTTGCA  399

seq1  GCCAGCACATAACCAGTACTCCTTGCCTCAGTAGTTAAACTCATTCTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACATAACCAGTACTCCTTGCCTCAGTAGTTAAACTCATTCTTGT  449

seq1  ACCCCTCACTACCAAATCTGTTTCTCTTTCTCTATTCTACATTTCAGATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCACTACCAAATCTGTTTCTCTTTCTCTATTCTACATTTCAGATC  499

seq1  ACGATAGCTGACTGAAGAGTCTCCTCCTATGGCTTTGGACATCATAAAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATAGCTGACTGAAGAGTCTCCTCCTATGGCTTTGGACATCATAAAGC  549

seq1  TGTGTCTTTCTAGAAGATTGAAAAAATGCTATGATAATCATGTCAGCATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTTCTAGAAGATTGAAAAAATGCTATGATAATCATGTCAGCATT  599

seq1  CATAATTCAACAGCTAGAACCTCCACACTTTCACCTAGACATCTGTTATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTCAACAGCTAGAACCTCCACACTTTCACCTAGACATCTGTTATA  649

seq1  TTGGAATCTTCCTCTCACTAGTTCTCCCCAGTGACTCCCTTTCATCTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATCTTCCTCTCACTAGTTCTCCCCAGTGACTCCCTTTCATCTGTA  699

seq1  TTAGATACGTATTCTCTCCTGCATGGACACCAGCTGAGGACCTGTGTCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATACGTATTCTCTCCTGCATGGACACCAGCTGAGGACCTGTGTCTT  749

seq1  AGTCAGGGTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGATGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGATGAA  799

seq1  AGAGTTTATTCACCTTACATTTACACATTGCTGTTCATCATCAAATGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTATTCACCTTACATTTACACATTGCTGTTCATCATCAAATGAAG  849

seq1  TCAGGACTGGAATTC  864
      |||||||||||||||
seq2  TCAGGACTGGAATTC  864