BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112F13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 83,155,648 - 83,260,006
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC238756, LOC667018
Downstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112F13.bB6Ng01-112F13.g
ACCDH918435DH918436
length1,2021,143
definitionDH918435|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112F13, 5' end.DH918436|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,155,648 - 83,156,853)(83,258,850 - 83,260,006)
sequence
gaattcagactgggaagatagtcaatttggttaatttctagcaaaagtgg
ctgttcctttcaaatgtgcaatcttcagggcataaacatacaaggcttcc
ccattggggagaaaaggaacaataaactctaatctcttctttgtgtttgc
aagatgctaatagtgagccttcagagtacaaaagcaagaaggaactcctt
cagtatccacccttcttttgaggatcctcacccagctgctacccccagtg
aactctccagctgtgcagtcatttggtagagtgcactgttatgcataact
taaggcatgtggtatgactccaaaacaactgtgaatacagattgtccatg
tgaaagccctcaaagtatttgcaagtgaaaaacagtagaataaatgattt
cctagtcatgaaaatgacccagatttcagatgtagccttgtctgactctg
tccttcattgccctgtttgcttacctgttccttttctactctatgtgatt
tgaaaatgtctatgaacatagagagctatgtgaaaaccaaggtcactttg
tgttcataaacataaagaacatcaactatgaggtaaggatgatttttaat
aagcgagtgcctagattcagaagatttaagtacaaagaatttccatgaag
ccttcagaatctatagatcttcaaggaaaaggaaaaaaagttacaaagta
tggtatcaagcaaatgcttgctacaatacgatcctgaaatgattctagtt
accagaaaaccttctgaggaacaagactcctgcccataaatgactagcaa
atgttggagccatctaacttaaacactttgagaatctaagcaaaaatatg
tatcaactgattttggaaatcatagaatggataatggatccagttcattg
ttgaaaaaaaaaaagcacaaatagttctgcactgaccccttgatcccatt
tagatcgaaatacaggtggaacatagtcccaggtgctggcatcttcacgt
agaagaaaaaaaaagtctatcccgaactattcagttgtttgaaatatgtc
tagtgcaagaacatgagcaagaaagaatggtccctgttaagaaaaggttt
ccccttaagaaactggttaacaatatcagtatatacagagaaatcattgt
ggaagtctgaaacatggcgagtgagaaccttgcaagatgacagagaatgg
ca
gaattcagtgtgattactagcacatacaaaatcatccttttctggccaaa
aggttttagattgcaaataatcaaacaatggaagaaaagcttatgtttgt
gccgtatgcactggttctcgatttttgttacgtgtgtgcctaaagtaact
taaaactacccgagaccattagccataaactctcctgagaataattcatg
ttcagaaaagacagagagttttgtcttataatcagtgtggctttctctat
gatctgttctttctttcatgttcaagcaaaagaaaatataagtaccgtgg
aaaggcccttttgtgtaacgcgtggagccctgaaagggactttacgatga
tgtggttatcatgacaccagcaagagtcctgagtcttgtgcacatattat
caatctgggaatcttgttaccctagttaccccagaatgtttccttctgac
tgcattctttctatctgtaagtaactcttttactcaacagggaacaaggg
gccagatggcaagcagacatgtgcttaaggctgggtgagtctcatttgtt
ctctatttcttgatactttctgtcactccataactaaccacacataaggg
atgcaccctgtgggctgctgtttgctttttatctgacatatgattatacc
aatgtgtatttgttaaaattattgttattatgagtttctcttttgttata
cttgttgttttaatatgcttgaattttctgaaaggtgagataaaaataag
ttcaacaatataaacaggtcagccagaagacagacgtgtaaatacaatga
atgtttgccacttctaattaagaaccttgagcttgttccaagagcagcat
tacagttcaaaaataattttattaggaaatttgttctggaaagtttcctt
tgagcccctgcctatcaatcatggcaatcatcatccttaaaggttgggtc
agacttttttaacaactcattgaacaataattgttagatgctattagttg
cagccaataaccagaaacagagcaagacgacatggtttctgcctcttaga
catttaagatcaaatctgaatgggtgtctgaagtttggataccgcctctt
tctgaagtgtaagatgtgacttacttggccaccttaactacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_83155648_83156853
seq2: B6Ng01-112F13.b_46_1247

seq1  GAATTCAGACTGGGAAGATAGTCAATTTGGTTAATTTCTAGCAAAAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTGGGAAGATAGTCAATTTGGTTAATTTCTAGCAAAAGTGG  50

seq1  CTGTTCCTTTCAAATGTGCAATCTTCAGGGCATAAACATACAAGGCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCTTTCAAATGTGCAATCTTCAGGGCATAAACATACAAGGCTTCC  100

seq1  CCATTGGGGAGAAAAGGAACAATAAACTCTAATCTCTTCTTTGTGTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGGGAGAAAAGGAACAATAAACTCTAATCTCTTCTTTGTGTTTGC  150

seq1  AAGATGCTAATAGTGAGCCTTCAGAGTACAAAAGCAAGAAGGAACTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTAATAGTGAGCCTTCAGAGTACAAAAGCAAGAAGGAACTCCTT  200

seq1  CAGTATCCACCCTTCTTTTGAGGATCCTCACCCAGCTGCTACCCCCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCCACCCTTCTTTTGAGGATCCTCACCCAGCTGCTACCCCCAGTG  250

seq1  AACTCTCCAGCTGTGCAGTCATTTGGTAGAGTGCACTGTTATGCATAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCCAGCTGTGCAGTCATTTGGTAGAGTGCACTGTTATGCATAACT  300

seq1  TAAGGCATGTGGTATGACTCCAAAACAACTGTGAATACAGATTGTCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATGTGGTATGACTCCAAAACAACTGTGAATACAGATTGTCCATG  350

seq1  TGAAAGCCCTCAAAGTATTTGCAAGTGAAAAACAGTAGAATAAATGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCCCTCAAAGTATTTGCAAGTGAAAAACAGTAGAATAAATGATTT  400

seq1  CCTAGTCATGAAAATGACCCAGATTTCAGATGTAGCCTTGTCTGACTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCATGAAAATGACCCAGATTTCAGATGTAGCCTTGTCTGACTCTG  450

seq1  TCCTTCATTGCCCTGTTTGCTTACCTGTTCCTTTTCTACTCTATGTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATTGCCCTGTTTGCTTACCTGTTCCTTTTCTACTCTATGTGATT  500

seq1  TGAAAATGTCTATGAACATAGAGAGCTATGTGAAAACCAAGGTCACTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGTCTATGAACATAGAGAGCTATGTGAAAACCAAGGTCACTTTG  550

seq1  TGTTCATAAACATAAAGAACATCAACTATGAGGTAAGGATGATTTTTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAAACATAAAGAACATCAACTATGAGGTAAGGATGATTTTTAAT  600

seq1  AAGCGAGTGCCTAGATTCAGAAGATTTAAGTACAAAGAATTTCCATGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGAGTGCCTAGATTCAGAAGATTTAAGTACAAAGAATTTCCATGAAG  650

seq1  CCTTCAGAATCTATAGATCTTCAAGGAAAAGGAAAAAAAGTTACAAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGAATCTATAGATCTTCAAGGAAAAGGAAAAAAAGTTACAAAGTA  700

seq1  TGGTATCAAGCAAATGCTTGCTACAATACGATCCTGAAATGATTCTAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCAAGCAAATGCTTGCTACAATACGATCCTGAAATGATTCTAGTT  750

seq1  ACCAGAAAACCTTCTGAGGAACAAGACTCCTGCCCATAAATGACTAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAAACCTTCTGAGGAACAAGACTCCTGCCCATAAATGACTAGCAA  800

seq1  ATGTTGGAGCCATCTAACTTAAACAC-TTGAGAATCTAAGCAAAAATATG  849
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGAGCCATCTAACTTAAACACTTTGAGAATCTAAGCAAAAATATG  850

seq1  TATCAACTGATTTTGGAAATCATAGAATGGATAATGGATCCAGTTCATTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACTGATTTTGGAAATCATAGAATGGATAATGGATCCAGTTCATTG  900

seq1  TTGAAAAAAAAAAAGCACAAATAGTTCTGCACTGACCCCTTGATCCCATT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGAAAAAAAAAAAGCACAAATAGTTCTGCACTGACCCCTTGATCCCA-T  949

seq1  TTAGATCGAAATACAGGTGGAACATAGTCCCAGGTGCTGGCATCTTCACG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCGAAATACAGGTGGAACATAGTCCCAGGTGCTGGCATCTTCACG  999

seq1  TAGAAG-AAAAAAAAGTCTATCCCGAACTATTCAGGTGGTTGAAATATGT  1048
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  TAGAAGAAAAAAAAAGTCTATCCCGAACTATTCAGTTGTTTGAAATATGT  1049

seq1  CTAGTGCAAGGAAACATGAGCAAGAAAGA--TGTCCCTGTAAAGAAGAGG  1096
      ||||||||||  |||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||
seq2  CTAGTGCAAG--AACATGAGCAAGAAAGAATGGTCCCTGTTAAGAAAAGG  1097

seq1  TTTTCCCCCTTAGAAACTGGTTAAACAAGTATCAGTATATACAGAAGAAA  1146
       ||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  -TTTCCCCTTAAGAAACTGGTT-AACAA-TATCAGTATATACAG-AGAAA  1143

seq1  TCATTGT-GAAGTCTGAAAACCATGGCTAGTGAGGACC-TGCAAGATAGA  1194
      ||||||| |||||||||||  |||||| |||||| ||| |||||||| ||
seq2  TCATTGTGGAAGTCTGAAA--CATGGCGAGTGAGAACCTTGCAAGAT-GA  1190

seq1  CAAGAG-ATGGCA  1206
      | |||| ||||||
seq2  C-AGAGAATGGCA  1202

seq1: chr13_83258850_83260006
seq2: B6Ng01-112F13.g_70_1212 (reverse)

seq1  AGGTAGTTAAGGTTGTCACTGTATAGTCACATCTTACACTTATCAG-AAG  49
      ||||||||||||| | ||  ||| ||||||||||||||||  |||| |||
seq2  AGGTAGTTAAGGTGGCCA-AGTA-AGTCACATCTTACACT--TCAGAAAG  46

seq1  AGGCGTTATCCAACTCTCAGACACACATTTCAGATTTGATCTTAAATGTC  99
      ||||| |||||||   |||||||| || ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGGTATCCAAACTTCAGACACCCA-TTCAGATTTGATCTTAAATGTC  95

seq1  TAAGAAGGCAGAAACCATGTCTGTCTTGCTCCTTGTTTCTGGTATATTGG  149
      |||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  TAAG-AGGCAGAAACCATGTC-GTCTTGCTC--TGTTTCTGGT-TATTGG  140

seq1  CTGCCACTTATTAAGCATCTAACAATTATTTGTTCAATGAGTTGTTTAAA  199
      |||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  CTGCAACTAAT--AGCATCTAACAATTA-TTGTTCAATGAGTTG-TTAAA  186

seq1  AAAGTTCTGACCCAACCTTTAAGGATGATGATTGCCATGATTGATAGGCA  249
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-TCTGACCCAACCTTTAAGGATGATGATTGCCATGATTGATAGGCA  235

seq1  GGGGCTCAAAGGAAACTTTCCAGAACAAATTTCCTAAATAAAATTATTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGGCTCAAAGGAAACTTTCCAGAACAAATTTCCT-AATAAAATTATTTT  284

seq1  TGAACTGTAATGCTGCTCTTGGAACAAGCTCAAGGTTCTTAATTAGAAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGTAATGCTGCTCTTGGAACAAGCTCAAGGTTCTTAATTAGAAGT  334

seq1  GGC-AACATTCATTGTATTTACACGTCTGTCTTCTGGCTGACCTGTTTAT  398
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACATTCATTGTATTTACACGTCTGTCTTCTGGCTGACCTGTTTAT  384

seq1  ATTGTTGAACTTATTTTTATCTCACCTTTCAGAAAATTCAAGCATATTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGAACTTATTTTTATCTCACCTTTCAGAAAATTCAAGCATATTAA  434

seq1  AACAACAAGTATAACAAAAGAGAAACTCATAATAACAATAATTTTAACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAGTATAACAAAAGAGAAACTCATAATAACAATAATTTTAACAA  484

seq1  ATACACATTGGTATAATCATATGTCAGATAAAAAGCAAACAGCAGCCCAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATTGGTATAATCATATGTCAGATAAAAAGCAAACAGCAGCCCAC  534

seq1  AGGGTGCATCCCTTATGTGTGGTTAGTTATGGAGTGACAGAAAGTATCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCATCCCTTATGTGTGGTTAGTTATGGAGTGACAGAAAGTATCAA  584

seq1  GAAATAGAGAACAAATGAGACTCACCCAGCCTTAAGCACATGTCTGCTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAGAACAAATGAGACTCACCCAGCCTTAAGCACATGTCTGCTTG  634

seq1  CCATCTGGCCCCTTGTTCCCTGTTGAGTAAAAGAGTTACTTACAGATAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGCCCCTTGTTCCCTGTTGAGTAAAAGAGTTACTTACAGATAGA  684

seq1  AAGAATGCAGTCAGAAGGAAACATTCTGGGGTAACTAGGGTAACAAGATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCAGTCAGAAGGAAACATTCTGGGGTAACTAGGGTAACAAGATT  734

seq1  CCCAGATTGATAATATGTGCACAAGACTCAGGACTCTTGCTGGTGTCATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTGATAATATGTGCACAAGACTCAGGACTCTTGCTGGTGTCATG  784

seq1  ATAACCACATCATCGTAAAGTCCCTTTCAGGGCTCCACGCGTTACACAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACATCATCGTAAAGTCCCTTTCAGGGCTCCACGCGTTACACAAA  834

seq1  AGGGCCTTTCCACGGTACTTATATTTTCTTTTGCTTGAACATGAAAGAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTTTCCACGGTACTTATATTTTCTTTTGCTTGAACATGAAAGAAA  884

seq1  GAACAGATCATAGAGAAAGCCACACTGATTATAAGACAAAACTCTCTGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATCATAGAGAAAGCCACACTGATTATAAGACAAAACTCTCTGTC  934

seq1  TTTTCTGAACATGAATTATTCTCAGGAGAGTTTATGGCTAATGGTCTCGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGAACATGAATTATTCTCAGGAGAGTTTATGGCTAATGGTCTCGG  984

seq1  GTAGTTTTAAGTTACTTTAGGCACACACGTAACAAAAATCGAGAACCAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTTAAGTTACTTTAGGCACACACGTAACAAAAATCGAGAACCAGT  1034

seq1  GCATACGGCACAAACATAAGCTTTTCTTCCATTGTTTGATTATTTGCAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACGGCACAAACATAAGCTTTTCTTCCATTGTTTGATTATTTGCAAT  1084

seq1  CTAAAACCTTTTGGCCAGAAAAGGATGATTTTGTATGTGCTAGTAATCAC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACCTTTTGGCCAGAAAAGGATGATTTTGTATGTGCTAGTAATCAC  1134

seq1  ACTGAATTC  1157
      |||||||||
seq2  ACTGAATTC  1143