BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113A21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 81,515,869 - 81,704,084
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr98
Upstream geneArrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979, EG666984
Downstream geneLysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3, LOC238756
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113A21.bB6Ng01-113A21.g
ACCDH918948DH918949
length840816
definitionDH918948|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113A21, 5' end.DH918949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,703,251 - 81,704,084)(81,515,869 - 81,516,671)
sequence
gattcaccattatcctacttaatgccactgcgaggagctcaaacagggat
caggacaactgcctccctgaggattctcaggaacgatgaccccgtttact
ttgcaggtgatactgctacgttatttgagtgagtttacatcagtcttaaa
taatagatatgttttaagacaattttatttgtatgtatgttttgtcagcg
tgtatgcatgtgtgccccgtgcatgccttgtgcctgtggaggtcacggga
gacaatgaatcctgcaacgggaatcaggatggctgtgacctgtcatgtgg
gtcttggggatcaaacgtggctcctctgtaagaggagcaagtactctaac
ctgctgagccatctctccagcccccatacataggtttaagaagaattatt
aacgtaacattttctatagtgtaatcaatttgtttaagtataattttatg
attcatttgataattggtgttttgggtttgagtttaaacatttttatttt
taggaccttctgaaaccaaacaagaaagggtggcaagtgacagctcgcta
cttgcttttcatcccccagcatgccttgctttgggtagacaagaggagct
gtctgggaagtcacttgcttaacacagtctgatggggcatgggccttgct
gctctttctaagagtgctcacttgttacaagtagctgatggctaatcgac
atattcattaagaatcctccctttttgtcattttactgctttctttacac
ccctcttttgcacctgaagcatcttttagttttgtttatgagactttaat
caaatttttaatttctttgaaatctatttgtataagatgt
gaattctcctctgctgagaaccttaagcaagccaggctctaaactaggca
agcccatctggctttggacatgatctagaatactcagtctttaaagaaat
aaatattttagttaccgagtttctaaatcactacatatgaattcaaatat
ctgaagcactaaaactaatatacttaggaaagtaacttttcctcagtttg
gaaaatgagtacttatatttagtatatatacttagcatttacaaaggaat
attttcattgcagttccttagcttaaattcttaatataaatattcaagtc
ataaacatagaatgtataatgatagaatttctaaaatgaagtaaaacaaa
ctataacaacttcatgtattacctaaatatgcacccgacagtcttaaatt
tttatttcttggcaattctgtagaggaacaatctgcttgctgagtagtat
ttcttgttttctagctctatatggattatagattaggctaaaagagaaag
agccttctcttaatccattgacacaaatgattttttttacacattggaaa
gagggacggtaaaaacaagcatggctgttcacaaatgaataacatggatg
acacgggatttagctaggatgcagatctgaagcagagatctgtttctttt
gttgctatccgactttgaccaaagagcttatgtgtatatacaattttggg
aggtatgtggaacacatttatttgaatataaattatgtttattatgtgga
ggtaggccagagccaggagacatcattgttcagtatttacagatggggaa
aaaaaactttaattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_81703251_81704084
seq2: B6Ng01-113A21.b_31_869 (reverse)

seq1  ACATCTTATACAAAATAGATTTCAAAG-AATTAAAAATTTGATT-AAGTC  48
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  ACATCTTATAC-AAATAGATTTCAAAGAAATTAAAAATTTGATTAAAGTC  49

seq1  TCATAAACAAAACTAAAAGATGCTTCAGGTGCAAAAGAGGGGTGTAAAGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACAAAACTAAAAGATGCTTCAGGTGCAAAAGAGGGGTGTAAAGA  99

seq1  AAGCAGTAAAATGACAAAAAGGGAGGATTCTTAATGAATATGTCGATTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTAAAATGACAAAAAGGGAGGATTCTTAATGAATATGTCGATTAG  149

seq1  CCATCAGCTAC-TGTAACAAGTGAGCACTCTTAGAAAGAGCAGCAAGGCC  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGCTACTTGTAACAAGTGAGCACTCTTAGAAAGAGCAGCAAGGCC  199

seq1  CATG-CCCATCAGACTGTGTT-AGCAAGTGACTTCCCAGACAGCTCCTCT  245
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCCATCAGACTGTGTTAAGCAAGTGACTTCCCAGACAGCTCCTCT  249

seq1  TGTCTACCCAAAGCAAGGCATGCTGGGGGATGAAAAGCAAGTAGCGAGCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACCCAAAGCAAGGCATGCTGGGGGATGAAAAGCAAGTAGCGAGCT  299

seq1  GTCACTTGCCACCCTTTCTTGTTTGGTTTCAGAAGGTCCTAAAAATAAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTGCCACCCTTTCTTGTTTGGTTTCAGAAGGTCCTAAAAATAAAA  349

seq1  ATGTTTAAACTCAAACCCAAAACACCAATTATCAAATGAATCATAAAATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAACTCAAACCCAAAACACCAATTATCAAATGAATCATAAAATT  399

seq1  ATACTTAAACAAATTGATTACACTATAGAAAATGTTACGTTAATAATTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTAAACAAATTGATTACACTATAGAAAATGTTACGTTAATAATTCT  449

seq1  TCTTAAACCTATGTATGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGGTTAGAGTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAACCTATGTATGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGGTTAGAGTA  499

seq1  CTTGCTCCTCTTACAGAGGAGCCACGTTTGATCCCCAAGACCCACATGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCTCTTACAGAGGAGCCACGTTTGATCCCCAAGACCCACATGAC  549

seq1  AGGTCACAGCCATCCTGATTCCCGTTGCAGGATTCATTGTCTCCCGTGAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAGCCATCCTGATTCCCGTTGCAGGATTCATTGTCTCCCGTGAC  599

seq1  CTCCACAGGCACAAGGCATGCACGGGGCACACATGCATACACGCTGACAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAGGCACAAGGCATGCACGGGGCACACATGCATACACGCTGACAA  649

seq1  AACATACATACAAATAAAATTGTCTTAAAACATATCTATTATTTAAGACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACATACAAATAAAATTGTCTTAAAACATATCTATTATTTAAGACT  699

seq1  GATGTAAACTCACTCAAATAACGTAGCAGTATCACCTGCAAAGTAAACGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAACTCACTCAAATAACGTAGCAGTATCACCTGCAAAGTAAACGG  749

seq1  GGTCATCGTTCCTGAGAATCCTCAGGGAGGCAGTTGTCCTGATCCCTGTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCGTTCCTGAGAATCCTCAGGGAGGCAGTTGTCCTGATCCCTGTT  799

seq1  TGAGCTCCTC-CAGTGGCATTAAGTAGGATAATGGTGAAT  834
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCTCGCAGTGGCATTAAGTAGGATAATGGTGAAT  839

seq1: chr13_81515869_81516671
seq2: B6Ng01-113A21.g_71_886

seq1  GAATTCTCCTCTGCTGAGAACCTTAAGCAAGCCAGGCTCTAAACTAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCTGCTGAGAACCTTAAGCAAGCCAGGCTCTAAACTAGGCA  50

seq1  AGCCCATCTGGCTTTGGACATGATCTAGAATACTCAGTCTTTAAAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATCTGGCTTTGGACATGATCTAGAATACTCAGTCTTTAAAGAAAT  100

seq1  AAATATTTTAGTTACCGAGTTTCTAAATCACTACATATGAATTCAAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTAGTTACCGAGTTTCTAAATCACTACATATGAATTCAAATAT  150

seq1  CTGAAGCACTAAAACTAATATACTTAGGAAAGTAACTTTTCCTCAGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCACTAAAACTAATATACTTAGGAAAGTAACTTTTCCTCAGTTTG  200

seq1  GAAAATGAGTACTTATATTTAGTATATATACTTAGCATTTACAAAGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAGTACTTATATTTAGTATATATACTTAGCATTTACAAAGGAAT  250

seq1  ATTTTCATTGCAGTTCCTTAGCTTAAATTCTTAATATAAATATTCAAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTGCAGTTCCTTAGCTTAAATTCTTAATATAAATATTCAAGTC  300

seq1  ATAAACATAGAATGTATAATGATAGAATTTCTAAAATGAAGTAAAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATAGAATGTATAATGATAGAATTTCTAAAATGAAGTAAAACAAA  350

seq1  CTATAACAACTTCATGTATTACCTAAATATGCACCCGACAGTCTTAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACAACTTCATGTATTACCTAAATATGCACCCGACAGTCTTAAATT  400

seq1  TTTATTTCTTGGCAATTCTGTAGAGGAACAATCTGCTTGCTGAGTAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTTGGCAATTCTGTAGAGGAACAATCTGCTTGCTGAGTAGTAT  450

seq1  TTCTTGTTTTCTAGCTCTATATGGATTATAGATTAGGCTAAAAGAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTTTCTAGCTCTATATGGATTATAGATTAGGCTAAAAGAGAAAG  500

seq1  AGCCTTCTCTTAATCCATTGACACAAATGATTTTTTTTACACATTGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTCTTAATCCATTGACACAAATGATTTTTTTTACACATTGGAAA  550

seq1  GAGGGACGGTAAAAACAAGCATGGCTGTTCACAAATGAATAACATGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACGGTAAAAACAAGCATGGCTGTTCACAAATGAATAACATGGATG  600

seq1  ACACGGGATTTAGCTAGGATGCAGATCTGAAGCAGAGATCTGTT--CTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  ACACGGGATTTAGCTAGGATGCAGATCTGAAGCAGAGATCTGTTTCTTTT  650

seq1  GTTGCTATCCGAC-TTGACCAAAGAGCTTATGTGTATATACAATTTTGG-  696
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTGCTATCCGACTTTGACCAAAGAGCTTATGTGTATATACAATTTTGGG  700

seq1  -AGTATGT-GAACACATTTATTTGAATATAAA-TATGTTTA-TATGTG--  740
        |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  
seq2  AGGTATGTGGAACACATTTATTTGAATATAAATTATGTTTATTATGTGGA  750

seq1  AGTAGG-CAGAGCCAGGAGACATCATTGTTCAGTATTTACAGATGGG--A  787
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GGTAGGCCAGAGCCAGGAGACATCATTGTTCAGTATTTACAGATGGGGAA  800

seq1  AAAAAACTTTAATTTA  803
      ||||||||||||||||
seq2  AAAAAACTTTAATTTA  816