BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113C13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,454,706 - 34,574,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620132, EG666666
Upstream geneOTTMUSG00000000724, Serpinb9g, LOC100041370, EG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik
Downstream gene1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113C13.bB6Ng01-113C13.g
ACCDH919024DH919025
length9711,006
definitionDH919024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113C13, 5' end.DH919025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,573,721 - 34,574,700)(34,454,706 - 34,455,717)
sequence
gaattctacatatacaatgtatgtagaacacctctgatgaagtttaacat
gtaaaataagcactgtagagacattcatcagcaataataaaacagaacat
gtatactatgctgactagcttttgtcattttcacacaaactagagttacc
tgggtggaaggaaccccaattaggtagtttcctccatcagattgccctgt
gagcatgtctgggtgacattttcttttttcttttcttttttcttttttat
atgaaagacatttttattatccattcatcagttgacattttcttgattaa
tgattgatatggttgtctgagcccactacattggtgtcagccccaggcag
gcggccatgtgttgtattaaagagtaagctgagaaagcctgggggaacaa
gccagtacattcgtcttctccctggtctctgctttagtttctgcctccag
gtaccttctcgtgtacctgccctgacttccctcaatgatggctaacatgg
aagtatgagataaaataaaaccttttctcccatgcttttggtcatgatgt
tttattgaagcaacaagaatacagacaagtatgtgtgtgtgtgtgtgtgc
atgtgtgagtacatatgtatatgtgtatgcatgtgtacatatgtgtgtgc
atgtgtatgtgcatgcatgtgtatgaatgtgtgcatatgtgttcatgtgt
gtgtactgtaattaaagttatgtaaatcttagagctacttctgaaaattt
ccacttatggcttccagacctcagttgactactggagaagaaagtgaaag
ggcacatggagggacacgtccatgacagtcttctgttatcgatgccctgg
taataaactccatgtgggataacattgaaagggcaaggacctgtgcttac
tcaagtgggttggttgatatacccactcagttctccctacaggctcaggt
gtgaggatctgtctgtttgcc
gaattcacagtgatcctcctcctcagctccttcattgctcttgaaatggc
tttggtgttaaatatttgctcctggggagtggtatgtgggagtgtgcaga
agaccccaggctttgaagaagagttttcctcatctctcctttaagatact
cttctccttacagaacactgtcctcacattgtcatttcccgagagtgacc
acaccggtggatgtagagccttcattgccctgggtcctcctctgagaagg
cacgttttatatctcctctgttctgacagactgcttttctaacagtggtt
aagatgaaaaggttagaaaacagaatcaaatgacagcatccctagtactc
aagtccctgtttttataatttcccttccagacttcaaaggggcaaatgtc
tgaatgcagctctgtttctcatgggattagctcttagtttctgcgcaatc
acaactcttttcatgttttcctctctttctttgtggtgctgggggaacac
agagggaacacaggcctgccacatgctagttaaacccgagttaaggctcc
gagatgttagttgttcttcacccatttagaccatgtcaataaactgaaga
ccatctccttcctcaggcgagtcactgatttaaggcactgttccttggtc
tctcatttcccctttcaaccctgatcccatatgctcatccatggaattat
tggaattcagcctcactattgaagttctaggctaatgaaaaggaggctgg
cttgcattaaaacccatgtctgaacgcacactaactaaagcctgcatgta
gcttggcaaatagcgatttgtacttccgggcacctctgggtggaggtacc
tttttcattggttaacaagtgtggattactcaaaatataagagaaggtcc
cagctgggtaagggtagctcttgctctcacactgtgaggagtgggaatgc
ttccagatcaggaaactcccttctggacagggagcttcttctaaagataa
gcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34573721_34574700
seq2: B6Ng01-113C13.b_51_1021 (reverse)

seq1  GGCAGACAGACAGATCCTCACACCCTGAGCCTGTAAGGGAAGAGCTGTGT  50
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||| ||| ||
seq2  GGCAAACAGACAGATCCTCACA-CCTGAGCCTGTA--GGGAGAACTGAGT  47

seq1  GGGTATATCCAACCAAACCCACCTGAGTAAGCACAGGTCCTTGCCCTTTC  100
      |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAT-CAACC-AACCCACTTGAGTAAGCACAGGTCCTTGCCCTTTC  95

seq1  ATGTTTATTCCCACATGGAGTTTACTTACCAAGGCATCGATAACAGAAGA  150
      |   ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATGTTA-TCCCACATGGAGTTTA-TTACCAGGGCATCGATAACAGAAGA  143

seq1  CTGTCATGGACGTGTCCCCTCCATGTGCCCTTTCACTTTCTTCTCCAGTA  200
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATGGACGTGT-CCCTCCATGTGCCCTTTCACTTTCTTCTCCAGTA  192

seq1  GTCAACTGAGGTCTGGAAGCCATAAGTGGAAATTTTCAGAAGTAAGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCAACTGAGGTCTGGAAGCCATAAGTGGAAATTTTCAGAAGT-AGCTCT  241

seq1  AAGATTTACATAACTTTAATTACAGTACACACACATGAACACATATGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTACATAACTTTAATTACAGTACACACACATGAACACATATGCAC  291

seq1  ACATTCATACACATGCATGCACATACACATGCACACACATATGTACACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATACACATGCATGCACATACACATGCACACACATATGTACACAT  341

seq1  GCATACACATATACATATGTACTCACACATGCACACACACACACACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACACATATACATATGTACTCACACATGCACACACACACACACACAT  391

seq1  ACTTGTCTGTATTCTTGTTGCTTCAATAAAACATCATGACCAAAAGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTGTATTCTTGTTGCTTCAATAAAACATCATGACCAAAAGCATG  441

seq1  GGAGAAAAGGTTTTATTTTATCTCATACTTCCATGTTAGCCATCATTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAAGGTTTTATTTTATCTCATACTTCCATGTTAGCCATCATTGAG  491

seq1  GGAAGTCAGGGCAGGTACACGAGAAGGTACCTGGAGGCAGAAACTAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCAGGGCAGGTACACGAGAAGGTACCTGGAGGCAGAAACTAAAGC  541

seq1  AGAGACCAGGGAGAAGACGAATGTACTGGCTTGTTCCCCCAGGCTTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCAGGGAGAAGACGAATGTACTGGCTTGTTCCCCCAGGCTTTCTC  591

seq1  AGCTTACTCTTTAATACAACACATGGCCGCCTGCCTGGGGCTGACACCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACTCTTTAATACAACACATGGCCGCCTGCCTGGGGCTGACACCAA  641

seq1  TGTAGTGGGCTCAGACAACCATATCAATCATTAATCAAGAAAATGTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGGGCTCAGACAACCATATCAATCATTAATCAAGAAAATGTCAAC  691

seq1  TGATGAATGGATAATAAAAATGTCTTTCATATAAAAAAGAAAAAAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATGGATAATAAAAATGTCTTTCATATAAAAAAGAAAAAAGAAAA  741

seq1  GAAAAAAGAAAATGTCACCCAGACATGCTCACAGGGCAATCTGATGGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAGAAAATGTCACCCAGACATGCTCACAGGGCAATCTGATGGAGG  791

seq1  AAACTACCTAATTGGGGTTCCTTCCACCCAGGTAACTCTAGTTTGTGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACCTAATTGGGGTTCCTTCCACCCAGGTAACTCTAGTTTGTGTGA  841

seq1  AAATGACAAAAGCTAGTCAGCATAGTATACATGTTCTGTTTTATTATTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAAAAGCTAGTCAGCATAGTATACATGTTCTGTTTTATTATTGC  891

seq1  TGATGAATGTCTCTACAGTGCTTATTTTACATGTTAAACTTCATCAGAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATGTCTCTACAGTGCTTATTTTACATGTTAAACTTCATCAGAGG  941

seq1  TGTTCTACATACATTGTATATGTAGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACATACATTGTATATGTAGAATTC  971

seq1: chr13_34454706_34455717
seq2: B6Ng01-113C13.g_70_1075

seq1  GAATTCACAGTGATCCTCCTCCTCAGCTCCTTCATTGCTCTTGAAATGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGATCCTCCTCCTCAGCTCCTTCATTGCTCTTGAAATGGC  50

seq1  TTTGGTGTTAAATATTTGCTCCTGGGGAGTGGTATGTGGGAGTGTGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTTAAATATTTGCTCCTGGGGAGTGGTATGTGGGAGTGTGCAGA  100

seq1  AGACCCCAGGCTTTGAAGAAGAGTTTTCCTCATCTCTCCTTTAAGATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCAGGCTTTGAAGAAGAGTTTTCCTCATCTCTCCTTTAAGATACT  150

seq1  CTTCTCCTTACAGAACACTGTCCTCACATTGTCATTTCCCGAGAGTGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTTACAGAACACTGTCCTCACATTGTCATTTCCCGAGAGTGACC  200

seq1  ACACCGGTGGATGTAGAGCCTTCATTGCCCTGGGTCCTCCTCTGAGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGGTGGATGTAGAGCCTTCATTGCCCTGGGTCCTCCTCTGAGAAGG  250

seq1  CACGTTTTATATCTCCTCTGTTCTGACAGACTGCTTTTCTAACAGTGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTTTATATCTCCTCTGTTCTGACAGACTGCTTTTCTAACAGTGGTT  300

seq1  AAGATGAAAAGGTTAGAAAACAGAATCAAATGACAGCATCCCTAGTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAAAGGTTAGAAAACAGAATCAAATGACAGCATCCCTAGTACTC  350

seq1  AAGTCCCTGTTTTTATAATTTCCCTTCCAGACTTCAAAGGGGCAAATGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCTGTTTTTATAATTTCCCTTCCAGACTTCAAAGGGGCAAATGTC  400

seq1  TGAATGCAGCTCTGTTTCTCATGGGATTAGCTCTTAGTTTCTGCGCAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCAGCTCTGTTTCTCATGGGATTAGCTCTTAGTTTCTGCGCAATC  450

seq1  ACAACTCTTTTCATGTTTTCCTCTCTTTCTTTGTGGTGCTGGGGGAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCTTTTCATGTTTTCCTCTCTTTCTTTGTGGTGCTGGGGGAACAC  500

seq1  AGAGGGAACACAGGCCTGCCACATGCTAGTTAAACCCGAGTTAAGGCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAACACAGGCCTGCCACATGCTAGTTAAACCCGAGTTAAGGCTCC  550

seq1  GAGATGTTAGTTGTTCTTCACCCATTTAGACCATGTCAATAAACTGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTTAGTTGTTCTTCACCCATTTAGACCATGTCAATAAACTGAAGA  600

seq1  CCATCTCCTTCCTCAGGCGAGTCACTGATTTAAGGCACTGTTCCTTGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCTTCCTCAGGCGAGTCACTGATTTAAGGCACTGTTCCTTGGTC  650

seq1  TCTCATTTCCCCTTTCAACCCTGATCCCATATGCTCATCCATGGAATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTTCCCCTTTCAACCCTGATCCCATATGCTCATCCATGGAATTAT  700

seq1  TGGAATTCAGCCTCACTATTGAAGTTCTAGGCTAATGAAAAGGAGGCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTCAGCCTCACTATTGAAGTTCTAGGCTAATGAAAAGGAGGCTGG  750

seq1  CTTGCATT-AAACCCATGTCTGAACGCACACTAACTAAAGCCTGCATGTA  799
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTAAAACCCATGTCTGAACGCACACTAACTAAAGCCTGCATGTA  800

seq1  GCTTGGCAAATAGCGATTTGTACTTCCGGGCACCTCT-GGTGGAGGTACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTGGCAAATAGCGATTTGTACTTCCGGGCACCTCTGGGTGGAGGTACC  850

seq1  -TTTTCATTGGTTAAACAAGTGT-GATTACTCAAAATATAAGAGAAGGTT  896
       |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTTCATTGGTT-AACAAGTGTGGATTACTCAAAATATAAGAGAAGGTC  899

seq1  CCAGCTGGGTAAGGGTAGCTCTTGCTCTCCACACTGTGAGGAGTTGGGAA  946
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGCTGGGTAAGGGTAGCTCTTGCTCT-CACACTGTGAGGAG-TGGGAA  947

seq1  TGCTTCCAAGACACAGGAAACTCCCTTCTTGGACAGGGAAGTCTAACTTC  996
      ||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||  |    ||||
seq2  TGCTTCC-AGA-TCAGGAAACTCCCTTC-TGGACAGGGAGCT---TCTTC  991

seq1  TAAAAGATAAGCTTAA  1012
      | ||||||||||||||
seq2  T-AAAGATAAGCTTAA  1006