BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114L09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,100,690 - 50,186,451
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625110, LOC676907, LOC667546
Upstream geneWnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099
Downstream geneLOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114L09.bB6Ng01-114L09.g
ACCDH920163DH920164
length1,181757
definitionDH920163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L09, 5' end.DH920164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,100,690 - 50,101,885)(50,185,688 - 50,186,451)
sequence
gaattctccctcactacatatttacttatatatatttaccttaaagaaca
caaaacaaatccacataaattatagtggtctagtggccataattgtaaaa
catgacttgcatttagaaaaatatataatgcaagttggaaaccataggca
gttttacaatattatgaaaagatacatttaatagttctaaacttaaacag
tagcctcatgttcgtctttaaaaagaatcaattgtggtgctggagagatt
gctcagtgcttatgagcactgacttctcttccaaagatcctgagttaaaa
tccctgaaactgtgtggtggctcaaaaccctccatgacatgatctgatgc
cctcttctggagtgtctgaagacagttccagtatacttacatataaaaat
ataaatctttgaaaaaaatcagttttatagtgatactggttattgtgata
cacactccaatgtaatgaaatgagaattcaatatactattaaaggattca
aaataatcatgataaaatttaaagtttatttttctctttatagtttgaca
gctatgcaaaaataaaggggaaaatgaaattatttttgaggaatgaacta
gttagagtcatttcttacaatattaggacatatgggactggagaggtggc
tcagtagttaaaagcacaggctgccttggacaggactaaggttcaattac
ctgcactcacatggtggtacacagccacctgtaactcaatttccagggga
aagttctttgaataggataatttcctgcaaagatatacaaccaatgaagg
gctcacagccaaaatatatgctcctctaaactgcagagaaagactgatag
taaattgggagagtgttcaaggctcagcatatgtaataaatcacgaatat
aaacagtccccaaacatactaaaagtttctaaccccactggctaatacta
gttactgaagtgagtgacttgggaaaacaggcttcaaaggaccagagact
aagcccagccatgtgcagaggagccctgtactcctgagctggagcccagg
agtacacaagctgttactacaacatgcatggaagacttccctgctcatca
ctgtagacagaaacagctctgctcaagcaggaatgtgaacaggaatacat
ttctttctgggcagggagcatgagccagaag
gaattcttcctacagttcctacagagaataacttaacacagtgcacaaaa
tgctacctcattacagacccaactggctgtcagtccctttaacagcctcc
atcaccaccacaatagctactagaaatcatcccatgcctgacatcccccc
atgctgtccaggaccaccaggtctaagtgtgaatttgcacaatattctgg
agctgtacatatacaactatgtgctaggcccactgacctaccccctctca
caaaccacacatattatgtgtgtggataatccctcttcattgccactcaa
actacactggtgttatttaagcatgctggattccctcgtgatgcccttcc
aggctttgctggaggacacgcccaggctgccatttcacatacaatgcagg
atatcagagccttctagacacatgctcacctcttctgtcaccccacatag
accactaggcatcatggctagctagacaacaaaggatataaaaatgtata
cagaacagtctattaacaagacaaagggatacattactctaaatagccta
tgcaatttataaaaggcagaagatggccttcttggcatcagtgggtggag
atgcccttgtgcctgaggatgttcgaggaaccaatgtagaggaatgccag
ggcgggaagatgggagtgagtgggtaggtaggggagaactctcatagaac
cagggggaggatgggatattggggtttcttatgggggagaacaggaaatg
ttgaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50100690_50101885
seq2: B6Ng01-114L09.b_46_1226

seq1  GAATTCTCCCTCACTACATATTTACTTATATATATTTACCTTAAAGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTCACTACATATTTACTTATATATATTTACCTTAAAGAACA  50

seq1  CAAAACAAATCCACATAAATTATAGTGGTCTAGTGGCCATAATTGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAATCCACATAAATTATAGTGGTCTAGTGGCCATAATTGTAAAA  100

seq1  CATGACTTGCATTTAGAAAAATATATAATGCAAGTTGGAAACCATAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTTGCATTTAGAAAAATATATAATGCAAGTTGGAAACCATAGGCA  150

seq1  GTTTTACAATATTATGAAAAGATACATTTAATAGTTCTAAACTTAAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACAATATTATGAAAAGATACATTTAATAGTTCTAAACTTAAACAG  200

seq1  TAGCCTCATGTTCGTCTTTAAAAAGAATCAATTGTGGTGCTGGAGAGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCATGTTCGTCTTTAAAAAGAATCAATTGTGGTGCTGGAGAGATT  250

seq1  GCTCAGTGCTTATGAGCACTGACTTCTCTTCCAAAGATCCTGAGTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGCTTATGAGCACTGACTTCTCTTCCAAAGATCCTGAGTTAAAA  300

seq1  TCCCTGAAACTGTGTGGTGGCTCAAAACCCTCCATGACATGATCTGATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAAACTGTGTGGTGGCTCAAAACCCTCCATGACATGATCTGATGC  350

seq1  CCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGTTCCAGTATACTTACATATAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGTTCCAGTATACTTACATATAAAAAT  400

seq1  ATAAATCTTTGAAAAAAATCAGTTTTATAGTGATACTGGTTATTGTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTTTGAAAAAAATCAGTTTTATAGTGATACTGGTTATTGTGATA  450

seq1  CACACTCCAATGTAATGAAATGAGAATTCAATATACTATTAAAGGATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCAATGTAATGAAATGAGAATTCAATATACTATTAAAGGATTCA  500

seq1  AAATAATCATGATAAAATTTAAAGTTTATTTTTCTCTTTATAGTTTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCATGATAAAATTTAAAGTTTATTTTTCTCTTTATAGTTTGACA  550

seq1  GCTATGCAAAAATAAAGGGGAAAATGAAATTATTTTTGAGGAATGAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGCAAAAATAAAGGGGAAAATGAAATTATTTTTGAGGAATGAACTA  600

seq1  GTTAGAGTCATTTCTTACAATATTAGGACATATGGGACTGGAGAGGTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGTCATTTCTTACAATATTAGGACATATGGGACTGGAGAGGTGGC  650

seq1  TCAGTAGTTAAAAGCACAGGCTGCCTTGGACAGGACTAAGGTTCAATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGTTAAAAGCACAGGCTGCCTTGGACAGGACTAAGGTTCAATTAC  700

seq1  CTGCACTCACATGGTGGTACACAGCCACCTGTAACTCAATTTCCAGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTCACATGGTGGTACACAGCCACCTGTAACTCAATTTCCAGGGGA  750

seq1  AAGTTCTTTGAATAGGATAATTTCCTGCAAAGATATACAACCAATGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTTGAATAGGATAATTTCCTGCAAAGATATACAACCAATGAAGG  800

seq1  GCTCACAGCCAAAATATATGCTCCTCTAAACTGCAGAGAAAGACTGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGCCAAAATATATGCTCCTCTAAACTGCAGAGAAAGACTGATAG  850

seq1  TAAATTGGGAGAGTGTTCAAGGCTCAGCATATGTAATAAATCACGAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGGGAGAGTGTTCAAGGCTCAGCATATGTAATAAATCACGAATAT  900

seq1  AAACAGTCCCCAAACATACTAAAAGTTTCTAACCCCACTGGCTAATACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTCCCCAAACATACTAAAAGTTTCTAACCCCACTGGCTAATACTA  950

seq1  GTTACTGAAGTGAGTGGACTTGGGAAAACAGGCTTCAAAGGACCAGAGAC  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGAAGTGAGT-GACTTGGGAAAACAGGCTTCAAAGGACCAGAGAC  999

seq1  TAAGCCCAGCCATGTGCCAGAGGAAGCCCCTGTACTCCTGAGCTGGAGCC  1050
      |||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCAGCCATGTG-CAGAGGA--GCCCTGTACTCCTGAGCTGGAGCC  1046

seq1  CAAGGAGTACACAAGCTGTTACTACCAACATGCATGGAGGAACCTTCCCC  1100
      | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||| |||
seq2  C-AGGAGTACACAAGCTGTTACTA-CAACATGCATGGAAGA--CTT-CCC  1091

seq1  TGCTCCATCACTGTAGGACAGAAACAGCTCTGCTCAAAAGCAGGAATGTG  1150
      |||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TGCT-CATCACTGTA-GACAGAAACAGCTCTGCTC--AAGCAGGAATGTG  1137

seq1  AACCAGGAATCACTTTCTTTCTGGGCAGGAGCCATGAGCACAGAAG  1196
      || |||||||   ||||||||||||||||   ||||||| ||||||
seq2  AA-CAGGAATACATTTCTTTCTGGGCAGGGAGCATGAGC-CAGAAG  1181

seq1: chr13_50185688_50186451
seq2: B6Ng01-114L09.g_67_823 (reverse)

seq1  ATTTCAAATGTTTTCACCTTTCCTGTTCT-CCCCATAAGAAA-CCCAATA  48
      ||||||         || ||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  ATTTCA---------ACATTTCCTGTTCTCCCCCATAAGAAACCCCAATA  41

seq1  TCCCATCCTCCCCCTGGTTCTATGAGGGTTCTCCCCTACCTACCCACTCA  98
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCTCCCCCTGGTTCTATGAGAGTTCTCCCCTACCTACCCACTCA  91

seq1  CTCCCATCTTCCCGCCCTGGCATTCCTCTACATTGGTTCCTCGAACATCC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCTTCCCGCCCTGGCATTCCTCTACATTGGTTCCTCGAACATCC  141

seq1  TCAGGCACAAGGGCATCTCCACCCACTGATGCCAAGAAGGCCATCTTCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCACAAGGGCATCTCCACCCACTGATGCCAAGAAGGCCATCTTCTG  191

seq1  CCTTTTATAAATTGCATAGGCTATTTAGAGTAATGTATCCCTTTGTCTTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATAAATTGCATAGGCTATTTAGAGTAATGTATCCCTTTGTCTTG  241

seq1  TTAATAGACTGTTCTGTATACATTTTTATATCCTTTGTTGTCTAGCTAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGACTGTTCTGTATACATTTTTATATCCTTTGTTGTCTAGCTAGC  291

seq1  CATGATGCCTAGTGGTCTATGTGGGGTGACAGAAGAGGTGAGCATGTGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCCTAGTGGTCTATGTGGGGTGACAGAAGAGGTGAGCATGTGTC  341

seq1  TAGAAGGCTCTGATATCCTGCATTGTATGTGAAATGGCAGCCTGGGCGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGCTCTGATATCCTGCATTGTATGTGAAATGGCAGCCTGGGCGTG  391

seq1  TCCTCCAGCAAAGCCTGGAAGGGCATCACGAGGGAATCCAGCATGCTTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAGCAAAGCCTGGAAGGGCATCACGAGGGAATCCAGCATGCTTAA  441

seq1  ATAACACCAGTGTAGTTTGAGTGGCAATGAAGAGGGATTATCCACACACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACCAGTGTAGTTTGAGTGGCAATGAAGAGGGATTATCCACACACA  491

seq1  TAATATGTGTGGTTTGTGAGAGGGGGTAGGTCAGTGGGCCTAGCACATAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTGTGGTTTGTGAGAGGGGGTAGGTCAGTGGGCCTAGCACATAG  541

seq1  TTGTATATGTACAGCTCCAGAATATTGTGCAAATTCACACTTAGACCTGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATGTACAGCTCCAGAATATTGTGCAAATTCACACTTAGACCTGG  591

seq1  TGGTCCTGGACAGCATGGGGGGATGTCAGGCATGGGATGATTTCTAGTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGGACAGCATGGGGGGATGTCAGGCATGGGATGATTTCTAGTAG  641

seq1  CTATTGTGGTGGTGATGGAGGCTGTTAAAGGGACTGACAGCCAGTTGGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGGTGGTGATGGAGGCTGTTAAAGGGACTGACAGCCAGTTGGGT  691

seq1  CTGTAATGAGGTAGCATTTTGTGCACTGTGTTAAGTTATTCTCTGTAGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATGAGGTAGCATTTTGTGCACTGTGTTAAGTTATTCTCTGTAGGA  741

seq1  ACTGTAGGAAGAATTC  764
      ||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGGAAGAATTC  757