BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115I14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 111,966,163 - 112,086,945
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4732495G21Rik
Upstream geneRab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2, LOC100040614, LOC668159
Downstream geneLOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181, LOC100040716, LOC100041161, LOC100041175, Ankrd55
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115I14.bB6Ng01-115I14.g
ACCDH920775DH920776
length1,206983
definitionDH920775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115I14, 5' end.DH920776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115I14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,966,163 - 111,967,373)(112,085,956 - 112,086,945)
sequence
gaattctaacgacttatggtaccaaacattggaatacagatcaccatccc
aggatacctggcgcaccccacttgtgtgaataccacaaacctttcctggg
agatcctatgctcttcagaaattaaccaagtgtgtcaaatatatcacatc
cagtagttcttgtttcaaagttactcatctttcatctttaaagatgccat
cattaatatacctcaagtaaaccaataactgtggacagtgtaccatgtct
gttcagtcatcaagctggatactaaatactgttggtgaaacagatttcat
ttccagggttatctgatcaagagaatcagcagacacatcatctcttcatc
tcttctcctgaagacagtgtcattagataggaaaattgcactcaagtggg
taacaaatttgcctccaatcatgccttgagttatgtctttggacactggc
aacagtatgtcctcagcaaaggtgataggtttcatggctccagcaatcct
gcgtgccaccacacaaggcttcaaagtctgctgtgttctgtttgtggtac
ctgccaccagcatcaagtctggctttcttgaatctatcagctttgcttct
gaaatagtgcgatttccttgtcagcaaagctcaggtgctggctatcaaaa
tggcttagtttgttcagctttgtagaattgactgataggactttaaaacc
aaacaacacattccaggttcttaattcccactataattattgaggtaaaa
ccatactataaaatcctcactatatttcctttttaacattcttctctaca
caatccattgtcatggagtggtttcctaatgaaaataatatgtaacaata
gctttagtagtacaaaagatgattcgtggcattgttcagtcaatacagtt
atttaatgactctaataactgtcattcgtgttggttttttatgtttgttt
gtttgtttacatacctgttacactcccaaggagtagcattcacatcatcc
acgactcaacatataaagatatatcagcatccagataagttcccatgatt
ttttacaatagttgacattgttacagtgaatgattttatatcgctataac
tgaatgagatcatttgactcaaatgctactgtctttaacacaattgctag
ttggctggtctcttctaaatgtgtactgcccgcatataagtacattgtac
tgctaa
gaattcctccctgtgttctagacagtagacttccatacaactttagtgca
aaataatggtgcagaagtcttaaattaattaacatttcaaatttctgaga
ccactgacaatacaattttatttgcctcgggggtataactgaagaaacag
atatgtatcgcagagaccactaattcaaaaagcagctttaaccccaactg
tctgtaggataggtcatggaggttttgtttctttcttcagttaagaaaat
gagccccagaagctgaagggttccctaaagagaatggcagagctatgttc
ataatcaggtttcctgtgtctcaaatttatgttgatggtctattgtactc
aagtctatgaaacatggacttcaataggtccatggggacgtttgagtcat
ttcccataaagatcaaccctcacttttggaactgtgctggccaagctttg
ttctgtatgcatgtgcagcttatcacagtggcttgtgtttctgttgctct
tttctctgagaaaggccaggcgtgttttagatactcgtgtctaatcagct
ctgatagcaggttattgacacagaggaccgtgaggcttgtttggcacttg
cctgtgactgtgaggtcacctgctccttctggtgttcctggagcaagtgt
gggcctctgacctgccactgctggtatgtgctgtggttttctcttgtcct
taaaatcgtgctcacatgtccctggctgctgatgccttggtggtcacccc
gttcatgcagattgatcagaataggagcacacacttgtcttactcttcag
tttctactggacagcatcacttttgatcctaagatctaacttatttttgt
ccaggacctctcagatttcattttctattgaataattctactaatcatgc
agtcagtgattttttgtcccctctcacccctaatatagcaagaaagctct
tcttttcacacccctacctgctatcttatttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_111966163_111967373
seq2: B6Ng01-115I14.b_47_1252

seq1  GAATTCTAACGACTTATGGTACCAAACATTGGAATACAGATCACCATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACGACTTATGGTACCAAACATTGGAATACAGATCACCATCCC  50

seq1  AGGATACCTGGCGCACCCCACTTGTGTGAATACCACAAACCTTTCCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACCTGGCGCACCCCACTTGTGTGAATACCACAAACCTTTCCTGGG  100

seq1  AGATCCTATGCTCTTCAGAAATTAACCAAGTGTGTCAAATATATCACATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTATGCTCTTCAGAAATTAACCAAGTGTGTCAAATATATCACATC  150

seq1  CAGTAGTTCTTGTTTCAAAGTTACTCATCTTTCATCTTTAAAGATGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTTCTTGTTTCAAAGTTACTCATCTTTCATCTTTAAAGATGCCAT  200

seq1  CATTAATATACCTCAAGTAAACCAATAACTGTGGACAGTGTACCATGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATATACCTCAAGTAAACCAATAACTGTGGACAGTGTACCATGTCT  250

seq1  GTTCAGTCATCAAGCTGGATACTAAATACTGTTGGTGAAACAGATTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCATCAAGCTGGATACTAAATACTGTTGGTGAAACAGATTTCAT  300

seq1  TTCCAGGGTTATCTGATCAAGAGAATCAGCAGACACATCATCTCTTCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGTTATCTGATCAAGAGAATCAGCAGACACATCATCTCTTCATC  350

seq1  TCTTCTCCTGAAGACAGTGTCATTAGATAGGAAAATTGCACTCAAGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCTGAAGACAGTGTCATTAGATAGGAAAATTGCACTCAAGTGGG  400

seq1  TAACAAATTTGCCTCCAATCATGCCTTGAGTTATGTCTTTGGACACTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAATTTGCCTCCAATCATGCCTTGAGTTATGTCTTTGGACACTGGC  450

seq1  AACAGTATGTCCTCAGCAAAGGTGATAGGTTTCATGGCTCCAGCAATCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATGTCCTCAGCAAAGGTGATAGGTTTCATGGCTCCAGCAATCCT  500

seq1  GCGTGCCACCACACAAGGCTTCAAAGTCTGCTGTGTTCTGTTTGTGGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCCACCACACAAGGCTTCAAAGTCTGCTGTGTTCTGTTTGTGGTAC  550

seq1  CTGCCACCAGCATCAAGTCTGGCTTTCTTGAATCTATCAGCTTTGCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACCAGCATCAAGTCTGGCTTTCTTGAATCTATCAGCTTTGCTTCT  600

seq1  GAAATAGTGCGATTTCCTTGTCAGCAAAGCTCAGGTGCTGGCTATCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGTGCGATTTCCTTGTCAGCAAAGCTCAGGTGCTGGCTATCAAAA  650

seq1  TGGCTTAGTTTGTTCAGCTTTGTAGAATTGACTGATAGGACTTTAAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTAGTTTGTTCAGCTTTGTAGAATTGACTGATAGGACTTTAAAACC  700

seq1  AAACAACACATTCCAGGTTCTTAATTCCCACTATAATTATTGAGGTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACACATTCCAGGTTCTTAATTCCCACTATAATTATTGAGGTAAAA  750

seq1  CCATACTATAAAATCCTCACTATATTTCCTTTTTAACATTCTTCTCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTATAAAATCCTCACTATATTTCCTTTTTAACATTCTTCTCTACA  800

seq1  CAATCCATTGTCATGGAGTGGTTTCCTAATGAAAATAATATGTAACAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCATTGTCATGGAGTGGTTTCCTAATGAAAATAATATGTAACAATA  850

seq1  GCTTTAGTAGTACAAAAGATGATTCGTGGCATTGTTCAGTCAATACAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGTAGTACAAAAGATGATTCGTGGCATTGTTCAGTCAATACAGTT  900

seq1  ATTTAATGACTCTAATAACTGTCATTCGGTGTTGG-TTTTTATGTTTGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTAATGACTCTAATAACTGTCATTC-GTGTTGGTTTTTTATGTTTGTT  949

seq1  TGTTTGTTTACATACCTGTTACACTCCCAAGGGAGTAGCATTCACATCAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTACATACCTGTTACACTCCCAA-GGAGTAGCATTCACATCAT  998

seq1  CCACGACTCAACATATAAAGATATATCAGCATCCAGATTAGGTTCCCATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  CCACGACTCAACATATAAAGATATATCAGCATCCAGA-TAAGTTCCCATG  1047

seq1  GATTTTTTTACAATAGTTGACAATTGTACAGTGAATGATTTTATATCGCC  1099
         ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |
seq2  --ATTTTTTACAATAGTTGACATTGTTACAGTGAATGATTTTATATCG-C  1094

seq1  TAGTAACTGAATGAAGTATCATTTGACCTCAAATGCTACTGTCTGTAACA  1149
      || |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TA-TAACTGAATGA--GATCATTTGA-CTCAAATGCTACTGTCTTTAACA  1140

seq1  C-ATTGCTAG-TGGCTGCTCTCTAC--ACTGTGTGACTGGCCCGC--ATA  1193
      | |||||||| |||||| ||||| |  | ||||| ||| ||||||  |||
seq2  CAATTGCTAGTTGGCTGGTCTCTTCTAAATGTGT-ACT-GCCCGCATATA  1188

seq1  AGTACATTGTACTGCTAA  1211
      ||||||||||||||||||
seq2  AGTACATTGTACTGCTAA  1206

seq1: chr13_112085956_112086945
seq2: B6Ng01-115I14.g_69_1051 (reverse)

seq1  TGAAATAAGATAGCAGGGTAGGGGGTGTGAAAAAGAAGAGCTTTCTTGCT  50
      ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAGATAGCA-GGTA-GGGGTGTG-AAAAGAAGAGCTTTCTTGCT  47

seq1  ATATTTAGGGGTGAGAGGGGACAAAAAAATCACTGAACTGCAATGAATAG  100
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| || 
seq2  ATA-TTAGGGGTGAGAGGGGAC-AAAAAATCACTG-ACTGC-ATGATTA-  92

seq1  GTAGATTATTTCAATAG-AAATGAAATCTGAGAGGTCCTGGAACAAAATA  149
      ||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  GTAGAATTATTCAATAGAAAATGAAATCTGAGAGGTCCTGGACAAAAATA  142

seq1  AGTTAGATC-TAGGAATCAAAGTGATGCTGTCCAGTAGAAACTGAAGAGT  198
      ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATCTTAGGATCAAAAGTGATGCTGTCCAGTAGAAACTGAAGAGT  192

seq1  AAGACAAGTGTGTGCTCCTATTCTGATCAATCTGCATGAACGGGGTGACC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGTGTGTGCTCCTATTCTGATCAATCTGCATGAACGGGGTGACC  242

seq1  ACCAAGGCATCAGCAGCCAGGGACATGTGAGCACGATTTTAAGGACAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGCATCAGCAGCCAGGGACATGTGAGCACGATTTTAAGGACAAGA  292

seq1  GAAAACCAACAGCACATACCAGCAGTGGCAGGTCAGAGGCCCACACTTGC  348
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACC-ACAGCACATACCAGCAGTGGCAGGTCAGAGGCCCACACTTGC  341

seq1  TCCAGGAACACCAGAAGGAGCAGGTGACCTCACAGTCACAGGCAAGTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAACACCAGAAGGAGCAGGTGACCTCACAGTCACAGGCAAGTGCC  391

seq1  AAACAAGCCTCACGGTCCTCTGTGTCAATAACCTGCTATCAGAGCTGATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGCCTCACGGTCCTCTGTGTCAATAACCTGCTATCAGAGCTGATT  441

seq1  AGACACGAGTATCTAAAACACGCCTGGCCTTTCTCAGAGAAAAGAGCAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACGAGTATCTAAAACACGCCTGGCCTTTCTCAGAGAAAAGAGCAAC  491

seq1  AGAAACACAAGCCACTGTGATAAGCTGCACATGCATACAGAACAAAGCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACAAGCCACTGTGATAAGCTGCACATGCATACAGAACAAAGCTT  541

seq1  GGCCAGCACAGTTCCAAAAGTGAGGGTTGATCTTTATGGGAAATGACTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCACAGTTCCAAAAGTGAGGGTTGATCTTTATGGGAAATGACTCA  591

seq1  AACGTCCCCATGGACCTATTGAAGTCCATGTTTCATAGACTTGAGTACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCCCCATGGACCTATTGAAGTCCATGTTTCATAGACTTGAGTACAA  641

seq1  TAGACCATCAACATAAATTTGAGACACAGGAAACCTGATTATGAACATAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCATCAACATAAATTTGAGACACAGGAAACCTGATTATGAACATAG  691

seq1  CTCTGCCATTCTCTTTAGGGAACCCTTCAGCTTCTGGGGCTCATTTTCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATTCTCTTTAGGGAACCCTTCAGCTTCTGGGGCTCATTTTCTT  741

seq1  AACTGAAGAAAGAAACAAAACCTCCATGACCTATCCTACAGACAGTTGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAGAAAGAAACAAAACCTCCATGACCTATCCTACAGACAGTTGGG  791

seq1  GTTAAAGCTGCTTTTTGAATTAGTGGTCTCTGCGATACATATCTGTTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGCTGCTTTTTGAATTAGTGGTCTCTGCGATACATATCTGTTTCT  841

seq1  TCAGTTATACCCCCGAGGCAAATAAAATTGTATTGTCAGTGGTCTCAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATACCCCCGAGGCAAATAAAATTGTATTGTCAGTGGTCTCAGAA  891

seq1  ATTTGAAATGTTAATTAATTTAAGACTTCTGCACCATTATTTTGCACTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAATGTTAATTAATTTAAGACTTCTGCACCATTATTTTGCACTAA  941

seq1  AGTTGTATGGAAGTCTACTGTCTAGAACACAGGGAGGAATTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATGGAAGTCTACTGTCTAGAACACAGGGAGGAATTC  983