BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123J17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 70,983,116 - 71,166,634
singlet/doubletdoublet
Overlap gene8030423J24Rik
Upstream geneEG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16
Downstream geneLOC627230, LOC100042360, Irx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123J17.bB6Ng01-123J17.g
ACCDH926726DH926727
length1,1151,024
definitionDH926726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123J17, 5' end.DH926727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,165,519 - 71,166,634)(70,983,116 - 70,984,011)
sequence
gaattcaactcagatgccaatgaacaaacgcatatgtttaaaccatggtt
taaatagatgtacactgggtgctcttcagtcactaaaataaaagcactat
tttcaacaggtggaattggacaacatcattttaagagaaatgaggcagac
acagggatacaagttccatgtgctctgtctgacacatggctgtcaaaatt
gctggtgatgaagacataggcatgtaagctgccctgattggataagtgtg
tactgatgtatatcctgtatatcaatacaagtattgatatatcccactgt
atcccatgaacagataaaatcattatatgttaatcaagtttttaaatgtt
taaggcaatggagttgacaatcaagcttatttggttgttacaaaaagcat
acaagagttaatgtctgaaaatttgttaaattaatacttaccaataaaaa
gaaccccttatatgatgggtgcataagcttttgagttctcttagtcttgt
gtacaggcatgcatgtgactattatatcattaaagcaatcgctaaaacta
aataaatgttggggcttgtattttcaatcctgtataaaagagattgtttt
agcatgtaaccaactattggtcaaaaaacctgtatgatagctaaaccttc
tatttcccttgttaatctgtctagactttggctggcagttttgcccagcc
caaggtggagtcactgacagcacacacatgattggtgatagagtatttga
gccagagttcaatttgaagttgccatactagctgggatgcctcttgcagt
cattagataactcttcaaggtacactattcacacagggtaaatagcagct
gtcttatctgcctggcatgaaatctattggataatttcaagttatttagg
gtgatctcttggtaaacatagctgccatcactgggttgcagtgaagacat
ttccttgcatatttaaggagtagctttagcatgactcttggacataaatt
tgttctctgtgtggtcatacctggactggagaatatgtgggctgcctttg
cttctccctcatgggtctccctggaatcttccacagtcgaatggactcac
acacccttatgaaga
gaattcaccatacctatctgccaggcaagaattatccaccagtccactag
tggtgtgactgctacaggtatagtcatgtgttttcttgttggatttgagg
cccactacacccgaggaaatcatacttgatactatctgatcaaagctcag
ctggggatgtcagaaacccgaggaaaaaaatctacgactgctaaatagtg
tcaaacggacttctaagtttttatgtttacactcattgtcttagggtttc
tgttgctgtgataagacactacaaggaaaataaatcaacgtggagaacaa
agggtttatttcacctcacagcttgtattacaagatccagggaaatcagg
gcaggaacctggagataggagttggtgcagaaggcaaagaggaatgctgc
cctattgaattattcttcctagcttggtcaacttgccttcttacagtaag
caggactgtcagccagaagtggcggtgcctacagagctggtccttctcat
gtttattaccaatcatgaaaatgtatctcaggcttgcccataagccaatc
tgtagaggcattttctcggttgagattccctcttcccaggtgagtcccat
ttgtatcaagttgagctataaccagcaactataaaatagtgtggctctta
gccttagtcacaaaaacgtacattgtagcttttatgcaaaggtctgaatt
tgagactggccttaaaacacctgtatcctctctgcctcctccttttctag
cttactcctcagagtccatgctctcagccatggggctgggaaggaccaag
gtgggcagcaccccatggtcttcaaatgccccctagaaaagagaggggct
tcttttggtgggtgcagagcctcatgtggtttgttagtggaggttcctaa
gtatccccagtcctggccaaggtgaacatgaaggagccaggatggtactg
tggagatgcctggggctttcttcacaagtccacacctcccaaaggacaga
tggctgaaatatacaatcactctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71165519_71166634
seq2: B6Ng01-123J17.b_43_1157 (reverse)

seq1  TCTTCATAAGGGTGTGTGAGTACCATCTGACTGT-GAAGA-TCCAGGGAG  48
      ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||| |||||||||
seq2  TCTTCATAAGGGTGTGTGAGT-CCATTCGACTGTGGAAGATTCCAGGGAG  49

seq1  ACCCATGA-GGAGAAGGCAAGAGCAG-CCACATATACTCCAGTCCAGGTA  96
      |||||||| |||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCCATGAGGGAGAA-GCAAAGGCAGCCCACATATTCTCCAGTCCAGGTA  98

seq1  TGACCACACAGAGAACAAATTTATGTCCAAGAGTCATGCTAAAGCTACTC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACACAGAGAACAAATTTATGTCCAAGAGTCATGCTAAAGCTACTC  148

seq1  CTAAAATATGCAAGGAAATGTCTTCACTGCAACCCAGTGATGGCCTGCTA  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  CTTAAATATGCAAGGAAATGTCTTCACTGCAACCCAGTGATGG-CAGCTA  197

seq1  TGTTTACCAAGAAGATCACCCTAAATAACTTGAAATTATCCAATAGATTT  246
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACCAAG-AGATCACCCTAAATAACTTGAAATTATCCAATAGATTT  246

seq1  CATGCCAGGCAGATAAGACAGCTGCTATTTTACCCTGTGTGAATAGTGTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAGGCAGATAAGACAGCTGCTA-TTTACCCTGTGTGAATAGTGTA  295

seq1  CCTTGAAGAGTTATCTAATGACTGCAAGAGGCATCCCAGCTAGTATGGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAGAGTTATCTAATGACTGCAAGAGGCATCCCAGCTAGTATGGCA  345

seq1  ACTTCAAATTGAACTCTGGCTCAAATACTCTATCACCAATCATGTGTGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAATTGAACTCTGGCTCAAATACTCTATCACCAATCATGTGTGTG  395

seq1  CTGTCAGTGACTCCACCTTGGGCTGGGCAAAACTGCCAGCCAAAGTCTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGTGACTCCACCTTGGGCTGGGCAAAACTGCCAGCCAAAGTCTAG  445

seq1  ACAGATTAACAAGGGAAATAGAAGGTTTAGCTATCATACAGGTTTTTTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTAACAAGGGAAATAGAAGGTTTAGCTATCATACAGGTTTTTTGA  495

seq1  CCAATAGTTGGTTACATGCTAAAACAATCTCTTTTATACAGGATTGAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGTTGGTTACATGCTAAAACAATCTCTTTTATACAGGATTGAAAA  545

seq1  TACAAGCCCCAACATTTATTTAGTTTTAGCGATTGCTTTAATGATATAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCCCCAACATTTATTTAGTTTTAGCGATTGCTTTAATGATATAAT  595

seq1  AGTCACATGCATGCCTGTACACAAGACTAAGAGAACTCAAAAGCTTATGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATGCATGCCTGTACACAAGACTAAGAGAACTCAAAAGCTTATGC  645

seq1  ACCCATCATATAAGGGGTTCTTTTTATTGGTAAGTATTAATTTAACAAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCATATAAGGGGTTCTTTTTATTGGTAAGTATTAATTTAACAAAT  695

seq1  TTTCAGACATTAACTCTTGTATGCTTTTTGTAACAACCAAATAAGCTTGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGACATTAACTCTTGTATGCTTTTTGTAACAACCAAATAAGCTTGA  745

seq1  TTGTCAACTCCATTGCCTTAAACATTTAAAAACTTGATTAACATATAATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAACTCCATTGCCTTAAACATTTAAAAACTTGATTAACATATAATG  795

seq1  ATTTTATCTGTTCATGGGATACAGTGGGATATATCAATACTTGTATTGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCTGTTCATGGGATACAGTGGGATATATCAATACTTGTATTGAT  845

seq1  ATACAGGATATACATCAGTACACACTTATCCAATCAGGGCAGCTTACATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGATATACATCAGTACACACTTATCCAATCAGGGCAGCTTACATG  895

seq1  CCTATGTCTTCATCACCAGCAATTTTGACAGCCATGTGTCAGACAGAGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCTTCATCACCAGCAATTTTGACAGCCATGTGTCAGACAGAGCA  945

seq1  CATGGAACTTGTATCCCTGTGTCTGCCTCATTTCTCTTAAAATGATGTTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAACTTGTATCCCTGTGTCTGCCTCATTTCTCTTAAAATGATGTTG  995

seq1  TCCAATTCCACCTGTTGAAAATAGTGCTTTTATTTTAGTGACTGAAGAGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTCCACCTGTTGAAAATAGTGCTTTTATTTTAGTGACTGAAGAGC  1045

seq1  ACCCAGTGTACATCTATTTAAACCATGGTTTAAACATATGCGTTTGTTCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTGTACATCTATTTAAACCATGGTTTAAACATATGCGTTTGTTCA  1095

seq1  TTGGCATCTGAGTTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCATCTGAGTTGAATTC  1115

seq1: chr13_70983116_70984011
seq2: B6Ng01-123J17.g_197_1093

seq1  GATACTATCTGATCAAAGCTCAGCTGGGGATGTCAGAAACCCGAGGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTATCTGATCAAAGCTCAGCTGGGGATGTCAGAAACCCGAGGAAAA  50

seq1  AAATCTACGACTGCTAAATAGTGTCAAACGGACTTCTAAGTTTTTATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTACGACTGCTAAATAGTGTCAAACGGACTTCTAAGTTTTTATGTT  100

seq1  TACACTCATTGTCTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGATAAGACACTACAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCATTGTCTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGATAAGACACTACAAGGA  150

seq1  AAATAAATCAACGTGGAGAACAAAGGGTTTATTTCACCTCACAGCTTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATCAACGTGGAGAACAAAGGGTTTATTTCACCTCACAGCTTGTA  200

seq1  TTACAAGATCCAGGGAAATCAGGGCAGGAACCTGGAGATAGGAGTTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGATCCAGGGAAATCAGGGCAGGAACCTGGAGATAGGAGTTGGTG  250

seq1  CAGAAGGCAAAGAGGAATGCTGCCCTATTGAATTATTCTTCCTAGCTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCAAAGAGGAATGCTGCCCTATTGAATTATTCTTCCTAGCTTGG  300

seq1  TCAACTTGCCTTCTTACAGTAAGCAGGACTGTCAGCCAGAAGTGGCGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGCCTTCTTACAGTAAGCAGGACTGTCAGCCAGAAGTGGCGGTG  350

seq1  CCTACAGAGCTGGTCCTTCTCATGTTTATTACCAATCATGAAAATGTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGAGCTGGTCCTTCTCATGTTTATTACCAATCATGAAAATGTATC  400

seq1  TCAGGCTTGCCCATAAGCCAATCTGTAGAGGCATTTTCTCGGTTGAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTGCCCATAAGCCAATCTGTAGAGGCATTTTCTCGGTTGAGATT  450

seq1  CCCTCTTCCCAGGTGAGTCCCATTTGTATCAAGTTGAGCTATAACCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTCCCAGGTGAGTCCCATTTGTATCAAGTTGAGCTATAACCAGCA  500

seq1  ACTATAAAATAGTGTGGCTCTTAGCCTTAGTCACAAAAACGTACATTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAAATAGTGTGGCTCTTAGCCTTAGTCACAAAAACGTACATTGTA  550

seq1  GCTTTTATGCAAAGGTCTGAATTTGAGACTGGCCTTAAAACACCTGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATGCAAAGGTCTGAATTTGAGACTGGCCTTAAAACACCTGTATC  600

seq1  CTCTCTGCCTCCTCC-TTTCTAGCTTACTCCTCAGAGTCCATGCTCTCAG  649
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCCTCCTCCTTTTCTAGCTTACTCCTCAGAGTCCATGCTCTCAG  650

seq1  CCAT-GGGCTGGGAAGGACCAAGGTGGGCAGCACCCCATGGTCTCCAAAA  698
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
seq2  CCATGGGGCTGGGAAGGACCAAGGTGGGCAGCACCCCATGGTCTTC-AAA  699

seq1  TGCCCCCTAG-AAAGAGAGGGGCTTCTTTTGGATGGGTGCAGAGCCTCAT  747
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCTAGAAAAGAGAGGGGCTTCTTTTGG-TGGGTGCAGAGCCTCAT  748

seq1  GTGTTTGGTAAGTGGAGGTT-CTAAGTAT-CCCAGTCCTGGCCAGGGTG-  794
      ||| || || |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| 
seq2  GTGGTTTGTTAGTGGAGGTTCCTAAGTATCCCCAGTCCTGGCCAAGGTGA  798

seq1  ACATGAAGGGAGCCA-GACTGTACTGTGGAGATGCCTGGGGCTTTCTTTC  843
      ||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACATGAA-GGAGCCAGGATGGTACTGTGGAGATGCCTGGGGCTTTC-TTC  846

seq1  ACAAGTTCCAACACTCACAAAGGACAGATGGCTGAAATTATACATTCACT  893
      ||||| ||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  ACAAG-TCCACACCTCCCAAAGGACAGATGGCTGAAA-TATACAATCACT  894

seq1  CTT  896
      |||
seq2  CTT  897