BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124J21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 18,352,081 - 18,491,047
singlet/doubletdoublet
Overlap genePou6f2
Upstream gene5033411D12Rik, 2810021B07Rik, Cdc2l5, Rala, LOC434585, LOC382732, 1600012F09Rik, Vdac3-ps1, LOC625310, 4930448F12Rik
Downstream geneVps41, Amph, LOC624044, Tcrg-V4, LOC624071, Tcrg, Tcrg-C, Stard3nl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124J21.bB6Ng01-124J21.g
ACCDH927478DH927479
length1,0061,042
definitionDH927478|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124J21, 5' end.DH927479|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,352,081 - 18,353,086)(18,490,007 - 18,491,047)
sequence
gaattctagagactcttctgcatcaaatgctaaaatcattataaatacaa
tatatgtttaaatgagtgaaataatttaaaagacctgcggaattttcttt
ctgaagagctattttattgaaaataatacaagcaagcaatccctatggta
atttattatgttgtagcttttgactataaattattaaaactgaaaaatgt
cattggcacagaaattcagttatgtatatatcttcatttgtttagacagc
atgcatttaccacatgtctgttatgttcttggatcctaacttcagtgtcc
tgcttcctcattggagtcgtagtgggagtctcaagcgcatgtataagacc
acaattatattttgttagtatttgcagttaaaaaagaaaagatatcaaat
gataagtccccactagtgttcataaaatcaccagcatcttgatcacctca
aacctataagcccagtgacttgagtgttactggataggtatttaaaacag
aaaggttgagacaagtcccttctggtccactcgagcaccggggtgccttg
ccagtggagtctcccgacacccgcaagggcccacacaggattccccacgg
gatcctaagacctctggtgagtggaacacaacttctgccaggaggcaggt
tcgaacaccagatatctgggcaccttccctgcaagaagagagcttgcctg
cagagaatactctgaccactgaaactaaggagagagctagcctcccaggt
ctgcttatagaggctaacagagtcacctgaggaacaagctctaaccagag
acaactataacagctaggttcagagattaccagatggcgaaaggcaaacg
taagaatcctactaacagaaatcaagaccactcaccatcatcagaacgca
gcactcccaccccacctagtcctgggcaccccaacacaaccgaaaatcta
gacccatatttaaagcatttctcatgatgatggtagaggacatcaagaag
gacttt
gaattcatggagtagttgagaagtgtgatatgagaagtgtttgtgtgtca
ctagtatcttgcacaatacccttaccccagtgagaactaaaaaggttcat
tgaatgggtgaacagatgaatgaacgaaccattttcagttgaggaagttc
atggttggtagtaggtttgggactctgaagctttaagcatagcccctgca
gcaccaggcaaggtcacgcaggtaattagcagtggtgagaaattaggaac
aaaaccaagctgggctcagagactcgccagctgtttagtatccaaggact
cccatatacagccttatttacgaaggtggcccttgttttagaacccaccc
caatccatccatccttgtgtggcccacagacctgcgttctgtgggctcac
agcagctccacctcagcctattcgcagattcctctgcaccagttgaattt
tttttttttttttgccaaagtcatcactgctagtcactttcttgaacatt
cttgtgcccacattaaaaacacaggctctttcattcacctaagagcaggt
ctgcctccccttgcctctatcacttattacttcagttgtctcccatccac
agagacctcttgtgttgctgggcagggggacttctgggtcctccccatcc
accactgtcctcataggacttagcccgcaggctctggtttatccactccc
aggtcttgacacacttaaggctcttgagcctccgtcagatcaaaaagcag
ccagcagggttactgggcccactctgtttctggcggccgggtgccttgta
acttcttctctgtactgcgcaagtggtcactatccttccttcacacatca
acttaaagaagctcacatttactgtggtgtttagtctgtgccaaaagcag
tgatcatgtggcttattcattatggattagcaggcttattcggtccctag
agagcaggtactggtttttatttcagttccagatggaacaaactgaaagg
gaagattaagcaccttgctggagatcacaccctggtaaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_18352081_18353086
seq2: B6Ng01-124J21.b_47_1051

seq1  GAATTCTAGAGACTCTTCTGCATCAAATGCTAAAATCATTATAAATACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAGACTCTTCTGCATCAAATGCTAAAATCATTATAAATACAA  50

seq1  TATATGTTTAAATGAGTGAAATAATTTAAAAGACCTGCGGAATTTTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTTAAATGAGTGAAATAATTTAAAAGACCTGCGGAATTTTCTTT  100

seq1  CTGAAGAGCTATTTTATTGAAAATAATACAAGCAAGCAATCCCTATGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGCTATTTTATTGAAAATAATACAAGCAAGCAATCCCTATGGTA  150

seq1  ATTTATTATGTTGTAGCTTTTGACTATAAATTATTAAAACTGAAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATGTTGTAGCTTTTGACTATAAATTATTAAAACTGAAAAATGT  200

seq1  CATTGGCACAGAAATTCAGTTATGTATATATCTTCATTTGTTTAGACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCACAGAAATTCAGTTATGTATATATCTTCATTTGTTTAGACAGC  250

seq1  ATGCATTTACCACATGTCTGTTATGTTCTTGGATCCTAACTTCAGTGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTACCACATGTCTGTTATGTTCTTGGATCCTAACTTCAGTGTCC  300

seq1  TGCTTCCTCATTGGAGTCGTAGTGGGAGTCTCAAGCGCATGTATAAGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTCATTGGAGTCGTAGTGGGAGTCTCAAGCGCATGTATAAGACC  350

seq1  ACAATTATATTTTGTTAGTATTTGCAGTTAAAAAAGAAAAGATATCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATATTTTGTTAGTATTTGCAGTTAAAAAAGAAAAGATATCAAAT  400

seq1  GATAAGTCCCCACTAGTGTTCATAAAATCACCAGCATCTTGATCACCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTCCCCACTAGTGTTCATAAAATCACCAGCATCTTGATCACCTCA  450

seq1  AACCTATAAGCCCAGTGACTTGAGTGTTACTGGATAGGTATTTAAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATAAGCCCAGTGACTTGAGTGTTACTGGATAGGTATTTAAAACAG  500

seq1  AAAGGTTGAGACAAGTCCCTTCTGGTCCACTCGAGCACCGGGGTGCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTGAGACAAGTCCCTTCTGGTCCACTCGAGCACCGGGGTGCCTTG  550

seq1  CCAGTGGAGTCTCCCGACACCCGCAAGGGCCCACACAGGATTCCCCACGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAGTCTCCCGACACCCGCAAGGGCCCACACAGGATTCCCCACGG  600

seq1  GATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAACTTCTGCCAGGAGGCAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAACTTCTGCCAGGAGGCAGGT  650

seq1  TCGAACACCAGATATCTGGGCACCTTCCCTGCAAGAAGAGAGCTTGCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAACACCAGATATCTGGGCACCTTCCCTGCAAGAAGAGAGCTTGCCTG  700

seq1  CAGAGAATACTCTGACCACTGAAACTAAGGAGAGAGCTAGCCTCCCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATACTCTGACCACTGAAACTAAGGAGAGAGCTAGCCTCCCAGGT  750

seq1  CTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTGAGGAACAAGCTCTAACCAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTGAGGAACAAGCTCTAACCAGAG  800

seq1  ACAACTATAACAGCTAGGTTCAGAGATTACCAGATGGCGAAAGGCAAACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTATAACAGCTAGGTTCAGAGATTACCAGATGGCGAAAGGCAAACG  850

seq1  TAAGAATCCTACTAACAGAAATCAAGACCACTCACCATCATCAGAACGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATCCTACTAACAGAAATCAAGACCACTCACCATCATCAGAACGCA  900

seq1  GCACTCCCACCCCACCTAGTCCTGGGCACCCCAACACAACCGAAAATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCCACCCCACCTAGTCCTGGGCACCCCAACACAACCGAAAATCTA  950

seq1  GACCCATATTTAAAAGCATTTCTCATGATGATGGTAGAGGACATCAAGAA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCATATTT-AAAGCATTTCTCATGATGATGGTAGAGGACATCAAGAA  999

seq1  GGACTT  1006
      ||||||
seq2  GGACTT  1005

seq1: chr13_18490007_18491047
seq2: B6Ng01-124J21.g_67_1108 (reverse)

seq1  CCATTTACCAGGTGTGTGATCTCAAGCAAGTTGCTTAATCTTTCCATTTC  50
      |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||
seq2  CCATTTACCAGG-GTGTGATCTCCAGCAAGGTGCTTAATC-TTCCCTTTC  48

seq1  AGTTT-TGTCATCTGTGAAACTGAAATAAAAA-CAGTACCTGTCTTCTAG  98
      ||||| |  ||||  || |||||||||||||| |||||||||   |||||
seq2  AGTTTGTTCCATC--TGGAACTGAAATAAAAACCAGTACCTGCTCTCTAG  96

seq1  GGCACGGATTAAGCCTGCTAATCCAT-ATGAATAAGCCACATGATCACTG  147
      || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GG-ACCGAATAAGCCTGCTAATCCATAATGAATAAGCCACATGATCACTG  145

seq1  CTTTTGGCACAGACTAAACA-CACAGTAAATGTGAGCTTTCTTTAAGTTG  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTTTGGCACAGACTAAACACCACAGTAAATGTGAGC-TTCTTTAAGTTG  194

seq1  ATGTGTGGAGGAA-GATAGTGACCACTTTGCGCAGTACAGAGAAGAGGTT  245
      ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGTGTGAAGGAAGGATAGTGACCAC-TTGCGCAGTACAGAGAAGAAGTT  243

seq1  AC-AGGCACCCGGCCGCCAG-AACAGAGTGGGCCCAGTAA-CCTGCTGGC  292
      || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACAAGGCACCCGGCCGCCAGAAACAGAGTGGGCCCAGTAACCCTGCTGGC  293

seq1  TGCTGTTTGATCTGACGGAGGCTCAAGAGCCTTAAGTGTTGTCAAGACCT  342
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCTTTTTGATCTGACGGAGGCTCAAGAGCCTTAAGTG-TGTCAAGACCT  342

seq1  GGGAGTGGATAAACCAGAGCCTGC-GGCTAAGTCCTATGAGGACAGTGGT  391
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGATAAACCAGAGCCTGCGGGCTAAGTCCTATGAGGACAGTGGT  392

seq1  GGATGGGGAGGACCCAGAAGTCCCCCTGCCCAGCAACACAAGAGGTCTCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGGAGGACCCAGAAGTCCCCCTGCCCAGCAACACAAGAGGTCTCT  442

seq1  GTGGATGGGAGACAACTGAAGTAATAAGTGATAGAGGCAAGGGGAGGCAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGGGAGACAACTGAAGTAATAAGTGATAGAGGCAAGGGGAGGCAG  492

seq1  ACCTGCTCTTAGGTGAATGAAAGAGCCTGTGTTTTTAATGTGGGCACAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCTTAGGTGAATGAAAGAGCCTGTGTTTTTAATGTGGGCACAAG  542

seq1  AATGTTCAAGAAAGTGACTAGCAGTGATGACTTTGGCAAAAAAAAAAAAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAAGAAAGTGACTAGCAGTGATGACTTTGGCAAAAAAAAAAAAA  592

seq1  AAATTCAACTGGTGCAGAGGAATCTGCGAATAGGCTGAGGTGGAGCTGCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAACTGGTGCAGAGGAATCTGCGAATAGGCTGAGGTGGAGCTGCT  642

seq1  GTGAGCCCACAGAACGCAGGTCTGTGGGCCACACAAGGATGGATGGATTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCACAGAACGCAGGTCTGTGGGCCACACAAGGATGGATGGATTG  692

seq1  GGGTGGGTTCTAAAACAAGGGCCACCTTCGTAAATAAGGCTGTATATGGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGTTCTAAAACAAGGGCCACCTTCGTAAATAAGGCTGTATATGGG  742

seq1  AGTCCTTGGATACTAAACAGCTGGCGAGTCTCTGAGCCCAGCTTGGTTTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTGGATACTAAACAGCTGGCGAGTCTCTGAGCCCAGCTTGGTTTT  792

seq1  GTTCCTAATTTCTCACCACTGCTAATTACCTGCGTGACCTTGCCTGGTGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAATTTCTCACCACTGCTAATTACCTGCGTGACCTTGCCTGGTGC  842

seq1  TGCAGGGGCTATGCTTAAAGCTTCAGAGTCCCAAACCTACTACCAACCAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGGCTATGCTTAAAGCTTCAGAGTCCCAAACCTACTACCAACCAT  892

seq1  GAACTTCCTCAACTGAAAATGGTTCGTTCATTCATCTGTTCACCCATTCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCCTCAACTGAAAATGGTTCGTTCATTCATCTGTTCACCCATTCA  942

seq1  ATGAACCTTTTTAGTTCTCACTGGGGTAAGGGTATTGTGCAAGATACTAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCTTTTTAGTTCTCACTGGGGTAAGGGTATTGTGCAAGATACTAG  992

seq1  TGACACACAAACACTTCTCATATCACACTTCTCAACTACTCCATGAATTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACAAACACTTCTCATATCACACTTCTCAACTACTCCATGAATTC  1042