BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124K15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,443,484 - 71,586,062
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627230
Upstream geneEG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
Downstream geneLOC100042360, Irx1, LOC100042828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124K15.bB6Ng01-124K15.g
ACCDH927512DH927513
length1,1701,070
definitionDH927512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124K15, 5' end.DH927513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,584,877 - 71,586,062)(71,443,484 - 71,444,566)
sequence
gaattctcattttcaaagcaactaggcaaaatgtaagaaatgtttaaatg
tatccttcggagccctttgctcttttaactgaatctgaaatttgggttag
tttcatcaaaagtgattaaatcagcatcatataaactgatactttctaga
tttcctatcgagccataggctcaaagttcatggtcaaaatagattttgcc
acccgtgaatgaaacattattgcaacaagaatggtgtttggaaatagatc
cccaggaagttgcaaaaactggttgtcctagccactgttagccatgatta
tggctatgctgtctggacagcaggaacatgtccctgcctgaaaccctggg
gttcacacagtcctcgtgggttagtaagacctactctgcatgacaaccat
taacttcaagaagcttatattgccactggggaagggacttggtaaaatca
gccctgggcaggatgaccacccatctatgtagaggctttactggtcacat
aaacatagcagcatttccaaattccaaatagtgtggagggttctcaaggg
tcatccctcacaggggctgtgaagtcattgctcattactgaaggggacat
aagtagccaggaaggagggcagggtggacattctggaagtattctgggat
ggtcagcagtcatctgtgtcaccacccagggacctcagggtcccatcctt
actcagaatcacagtatacctgctgctgtgtggtaaaaagccacatccag
cttctacagagctgcaaagtgactgggcaatgctcactgatgggctgact
gaacgccaggctgagtacagccatctctgagtcacctggacttagagctg
accaacttcatgaagcatcagatgatacattgcacaacctgtttttcaga
ttctgcattctgagccttccatggctaatgatggtctgacattttctgag
aaaccaggcagaatcaggaactgtacccctctgccctggaaccggaagga
ggcctctataggggtctttgtctattgctaattggtcgatacacaggtaa
tggtaatgattatttttttctaagtagattccatttacaccggggtactc
gggacctcagggagtttgttttggccagtgaattgtatctggattcttat
cgaagacacatggatctggg
gaattcacactaaaggaagcctttgaatttggcagaatataagtttttgt
attagccacaaatgttattagaatggctgtgtagctaaacccctcatgct
ctttgaaaaatgtccgagctacccagtccatactcagtacaatgagttag
gaacagaacgatcatttcataggatgcagctgttaatgaagtgatgtctt
ctactgtaggggaacaaatatctcagaaaactctcttcctcaaatcccat
gagcagatcaggtgaataggatgaaactgatataaatggtaagaatccaa
tgctttggtatgactatatagcaataagtaaataaatagaaaagttattc
aaacatgcttaagaacagcaagagtgcctttctactctctagtttggttc
acagtccatccttgatccgtcagcatagagctcctttaaattataaatga
ttaacagatcagtgtggtgcatagaagcttcgttgcatacccacaattgt
gcctgaacagcattactcacagtgacaaacggacaagaaagggtaatgct
gtgtgctgtccaaagctaaaatcttgacatggagtcaagagcctatgcga
tcttcaacagtgagacagggcctagtatgtggcagcaggctctgctcctt
ataatcttggtatcctggatggctgtgggcatggtcattgagactggaca
gacagaacctcagctagctttgtgccattatctgaaaccaggattttgtt
tacccatgtagaaaatagaaaggcaggccaggtccacacaacctaatttg
gaagagctctttaaatgacacatgtccatcagctaaattaccagctctga
gtgtcccaaggaaagtaagatgaccatgagttctgctaatattgctggac
cccccaggagctgagaggtaagtttaaactttaataagcatacttgacag
agatatcatagatgaatactactgtagaatttccagcaaatttccaacaa
tacacaactggaaagatggctacactgaggtgcctctggggtaaagacca
gggagtctagattgatagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71584877_71586062
seq2: B6Ng01-124K15.b_49_1218 (reverse)

seq1  CCCAGGATCCATGTGTGACTTCAGATAAAGAATCAGGATACCAAGTCTCA  50
      |||| |||||||||||  |||| ||| |||||||  |||| ||| || | 
seq2  CCCA-GATCCATGTGT--CTTC-GAT-AAGAATCCAGATA-CAATTCAC-  43

seq1  TGGCCCAATACAGACTCCTTGATG-CTCCAGTACACCCGTGGTATATTGG  99
      ||| |||| ||| ||||| ||| | | | ||||| ||||  ||| | |||
seq2  TGG-CCAAAACAAACTCCCTGAGGTCCCGAGTAC-CCCGGTGTA-AATGG  90

seq1  AAATAACTTAGATAAAAATAATCATAACATTAACCTGTGTAGTCCGCACA  149
      ||   ||||||| |||||||||||| ||  | ||||||||| ||   || 
seq2  AATCTACTTAGAAAAAAATAATCATTACCATTACCTGTGTA-TC--GACC  137

seq1  ACTTAGCAATAGAC-AAGACCACCTATAGAGGCCTCCTTCCGGTCACAGG  198
      | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  AATTAGCAATAGACAAAGACC-CCTATAGAGGCCTCCTTCCGGTTCCAGG  186

seq1  GCAGAGGGGTTACAGTTCCCTGATTCTGCCTGGTTTCTCAGAAAATGTCA  248
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGGG-TACAGTT-CCTGATTCTGCCTGGTTTCTCAGAAAATGTCA  234

seq1  GACCATCATTAGCCATGGAAGGCTCAGAATGCAGAATCTGAAAAACAGGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCATTAGCCATGGAAGGCTCAGAATGCAGAATCTGAAAAACAGGT  284

seq1  TGTGCAATGTATCATTCTGATGCCTTCATGAAGTTGGTCAGCTCTAAGTC  348
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGTATCA-TCTGATG-CTTCATGAAGTTGGTCAGCTCTAAGTC  332

seq1  CAGGTGACTCAGAGATGGCTGTACTCAGCCTGGCGTTCAGTCAGCCCATC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGACTCAGAGATGGCTGTACTCAGCCTGGCGTTCAGTCAGCCCATC  382

seq1  AGTGAGCATTGCCCAGTCACTTTGCAGCTCTGTAGAAGCTGGATGTGGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCATTGCCCAGTCACTTTGCAGCTCTGTAGAAGCTGGATGTGGCT  432

seq1  TTTTACCACACAGCAGCAGGTATACTGTGATTCTGAGTAAGGATGGGACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCACACAGCAGCAGGTATACTGTGATTCTGAGTAAGGATGGGACC  482

seq1  CTGAGGTCCCTGGGTGGTGACACAGATGACTGCTGACCATCCCAGAATAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTCCCTGGGTGGTGACACAGATGACTGCTGACCATCCCAGAATAC  532

seq1  TTCCAGAATGTCCACCCTGCCCTCCTTCCTGGCTACTTATGTCCCCTTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAATGTCCACCCTGCCCTCCTTCCTGGCTACTTATGTCCCCTTCA  582

seq1  GTAATGAGCAATGACTTCACAGCCCCTGTGAGGGATGACCCTTGAGAACC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAGCAATGACTTCACAGCCCCTGTGAGGGATGACCCTTGAGAACC  632

seq1  CTCCACACTATTTGGAATTTGGAAATGCTGCTATGTTTATGTGACCAGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACACTATTTGGAATTTGGAAATGCTGCTATGTTTATGTGACCAGTA  682

seq1  AAGCCTCTACATAGATGGGTGGTCATCCTGCCCAGGGCTGATTTTACCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCTACATAGATGGGTGGTCATCCTGCCCAGGGCTGATTTTACCAA  732

seq1  GTCCCTTCCCCAGTGGCAATATAAGCTTCTTGAAGTTAATGGTTGTCATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTCCCCAGTGGCAATATAAGCTTCTTGAAGTTAATGGTTGTCATG  782

seq1  CAGAGTAGGTCTTACTAACCCACGAGGACTGTGTGAACCCCAGGGTTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAGGTCTTACTAACCCACGAGGACTGTGTGAACCCCAGGGTTTCA  832

seq1  GGCAGGGACATGTTCCTGCTGTCCAGACAGCATAGCCATAATCATGGCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGACATGTTCCTGCTGTCCAGACAGCATAGCCATAATCATGGCTA  882

seq1  ACAGTGGCTAGGACAACCAGTTTTTGCAACTTCCTGGGGATCTATTTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGCTAGGACAACCAGTTTTTGCAACTTCCTGGGGATCTATTTCCA  932

seq1  AACACCATTCTTGTTGCAATAATGTTTCATTCACGGGTGGCAAAATCTAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATTCTTGTTGCAATAATGTTTCATTCACGGGTGGCAAAATCTAT  982

seq1  TTTGACCATGAACTTTGAGCCTATGGCTCGATAGGAAATCTAGAAAGTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCATGAACTTTGAGCCTATGGCTCGATAGGAAATCTAGAAAGTAT  1032

seq1  CAGTTTATATGATGCTGATTTAATCACTTTTGATGAAACTAACCCAAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATATGATGCTGATTTAATCACTTTTGATGAAACTAACCCAAATT  1082

seq1  TCAGATTCAGTTAAAAGAGCAAAGGGCTCCGAAGGATACATTTAAACATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCAGTTAAAAGAGCAAAGGGCTCCGAAGGATACATTTAAACATT  1132

seq1  TCTTACATTTTGCCTAGTTGCTTTGAAAATGAGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATTTTGCCTAGTTGCTTTGAAAATGAGAATTC  1170

seq1: chr13_71443484_71444566
seq2: B6Ng01-124K15.g_68_1137

seq1  GAATTCACACTAAAGGAAGCCTTTGAATTTGGCAGAATATAAGTTTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTAAAGGAAGCCTTTGAATTTGGCAGAATATAAGTTTTTGT  50

seq1  ATTAGCCACAAATGTTATTAGAATGGCTGTGTAGCTAAACCCCTCATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCACAAATGTTATTAGAATGGCTGTGTAGCTAAACCCCTCATGCT  100

seq1  CTTTGAAAAATGTCCGAGCTACCCAGTCCATACTCAGTACAATGAGTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAAATGTCCGAGCTACCCAGTCCATACTCAGTACAATGAGTTAG  150

seq1  GAACAGAACGATCATTTCATAGGATGCAGCTGTTAATGAAGTGATGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAACGATCATTTCATAGGATGCAGCTGTTAATGAAGTGATGTCTT  200

seq1  CTACTGTAGGGGAACAAATATCTCAGAAAACTCTCTTCCTCAAATCCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTAGGGGAACAAATATCTCAGAAAACTCTCTTCCTCAAATCCCAT  250

seq1  GAGCAGATCAGGTGAATAGGATGAAACTGATATAAATGGTAAGAATCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGATCAGGTGAATAGGATGAAACTGATATAAATGGTAAGAATCCAA  300

seq1  TGCTTTGGTATGACTATATAGCAATAAGTAAATAAATAGAAAAGTTATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGTATGACTATATAGCAATAAGTAAATAAATAGAAAAGTTATTC  350

seq1  AAACATGCTTAAGAACAGCAAGAGTGCCTTTCTACTCTCTAGTTTGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCTTAAGAACAGCAAGAGTGCCTTTCTACTCTCTAGTTTGGTTC  400

seq1  ACAGTCCATCCTTGATCCGTCAGCATAGAGCTCCTTTAAATTATAAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCATCCTTGATCCGTCAGCATAGAGCTCCTTTAAATTATAAATGA  450

seq1  TTAACAGATCAGTGTGGTGCATAGAAGCTTCGTTGCATACCCACAATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATCAGTGTGGTGCATAGAAGCTTCGTTGCATACCCACAATTGT  500

seq1  GCCTGAACAGCATTACTCACAGTGACAAACGGACAAGAAAGGGTAATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAACAGCATTACTCACAGTGACAAACGGACAAGAAAGGGTAATGCT  550

seq1  GTGTGCTGTCCAAAGCTAAAATCTTGACATGGAGTCAAGAGCCTATGCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGTCCAAAGCTAAAATCTTGACATGGAGTCAAGAGCCTATGCGA  600

seq1  TCTTCAACAGTGAGACAGGGCCTAGTATGTGGCAGCAGGCTCTGCTCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAACAGTGAGACAGGGCCTAGTATGTGGCAGCAGGCTCTGCTCCTT  650

seq1  ATAATCTTGGTATCCTGGATGGCTGTGGGCATGGTCATTGAGACTGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTGGTATCCTGGATGGCTGTGGGCATGGTCATTGAGACTGGACA  700

seq1  GACAGAACCTCAGCTAGCTTTGTGCCATTATCTGAAACCAGGATTTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAACCTCAGCTAGCTTTGTGCCATTATCTGAAACCAGGATTTTGTT  750

seq1  TACCCATGTAGAAAATAGAAAGGCAGGCCAGGTCCACACAACCTAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATGTAGAAAATAGAAAGGCAGGCCAGGTCCACACAACCTAATTTG  800

seq1  GAAGAGCTCTTTAAATGACACATGTCCATCAGCTAGAATTACCAGCTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTCTTTAAATGACACATGTCCATCAGCTA-AATTACCAGCTCTG  849

seq1  AGTGTCCCAAGG-AAGTAAGATGACCATGAGTTCTGCTAATATTGCTGGA  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCCAAGGAAAGTAAGATGACCATGAGTTCTGCTAATATTGCTGGA  899

seq1  CCCCCCCAGGAAGCTGAGAGTAAAGTTTAAACATTAATAAAGCAATACTT  949
       ||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  -CCCCCCAGG-AGCTGAGAGGTAAGTTTAAACTTTAAT-AAGC-ATACTT  945

seq1  GACAGAGATATCATAGATGAATACTACTGTAAAGAAATTTCACAGCAAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||| |||
seq2  GACAGAGATATCATAGATGAATACTACTGTA---GAATTTC-CAGC-AAA  990

seq1  TTTCCAACAATACAACAACTGAGAGAATGGCTACAACTGAGGTG-CTCTG  1048
      ||||||||||||| |||||||  |  |||||||| ||||||||| |||||
seq2  TTTCCAACAATAC-ACAACTGGAAAGATGGCTAC-ACTGAGGTGCCTCTG  1038

seq1  GGGTAAAGACCAGTGAGCTCTAAGAATTGATAGTT  1083
      ||||||||||||| ||| ||||   ||||||||||
seq2  GGGTAAAGACCAGGGAG-TCTA--GATTGATAGTT  1070