BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125C01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 9,846,868 - 9,981,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChrm3, LOC100039604
Upstream geneWdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5, EG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125C01.bB6Ng01-125C01.g
ACCDH927852DH927853
length1,0191,094
definitionDH927852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C01, 5' end.DH927853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,980,178 - 9,981,193)(9,846,868 - 9,847,965)
sequence
gaattcatttatatcctctgctctcaggggtactgtaaatgaaatgtttc
ataaggtcgaagctggtagaccagtgaagaagagaaacccatgctagttg
gcctaaaaataaaattggaaacaacagcaaatgtccattgagttcttgtt
tggggacaggcatgtcacaaaatagaatataccaaatggtatgtaagcct
tcagaagagcacacactgcaattggtcccacttccaatttggggaaactg
aagccttcaccagctggtgtttctcaaggagcatgtgtccaatgatacca
gagttatggctactaccatgatattttcagacctctgaagggggttcagc
cagttggaaacacgcagctccacccttctctgggactcaattacagtagg
gaggcaagacaaataaatgcattggtgcaactcggaaacacctggcattt
ccaaagacagccttgtaagttacagaaatacatccagtaggaatctgaca
tttattccttatttcctttgctgtgacaataagctaatcaacgtgtttct
gagcaataacaggaccacagttctaaactctttctcatgttgagtatttt
ccctgccaaagatagattgggaaggttgtctgtggtgaacttacgtacaa
aacttcacttctaggcgaacagtgaatatatcccatcccttatacaaatg
gaatttgaagtggcagcattagaagacatgtaaatatagaagtggatgct
cacagtcatataggatggaacacaggtcccgcaatggaggagctagagaa
agtacccaaggagctaaaagggtctgcaaccctataggcagaacaacaat
atgaactaaccagtaccccccagagctcatgtctttagctgcatatgtat
cagaagatggcctatccggccatcagtgggaagagaggtcccttggtttt
tgcaaactttatatgccttcagtacaggggaaccgccagggtcaagaagt
gaaatggggtgggtagggg
gaattccagtgcaactgtagctgtcacacagagatgaccgtgctaatacc
accttggaatgcagtaggtttggaatactgctcagtggtagagagcttgc
ctaacatgttcaaggcctaggtgtggtctttagcagtgtgcacatataca
gtacaccacacacacacacacacacacacacacatacaccaccaccaaat
taaaataacccagacagaggaagcaggtggcactgtcatgagagtcatct
ctcctccaatagagacacataccttgacagacagaaatccgctcagagca
gtcagcttcctctccttcgcaggcacatttccagatgtggcagctgcctg
catcctagatgctgggtgtgagtggatgtgcccctttggaccaaaacatc
ctgatgtgtgtgtgttgtcccatgttatcttctccttctgctggctacag
atggagcaaatggataacttttctctctgcattgtactgtagagggaagc
ttacctgtccatcagagacaccggcttcaacagtcagtgaacaagcactt
cagctctggagtaccagtcctctgccccagcacacatgcttggggcccgt
ggctttggcagctagtgtttatgtagtcagtgaagacattgggtgtgtgt
ggcctctgatatcttgatttgtttttttctggatcaaccattgttaactt
ttcctggagagatgaacaaatatctacttacccacataggcaaccaacaa
aagaccaaagaaaccataccattcaagtatagctcagtgaatcgattaat
ttaactgttgttgcctacaaggtcatagccaacttacagatacaagttgc
tgggagctcaagtgtgcctggaggccatgttccacgttattctctgaatg
agatggggttcagatactacttgtggagttaacgctctgtccagacacac
gagggaaccacctagtgaaagaagatttgacctggcctgcatttccacag
gttcagttctgattgctttagcagaatgtcatgtagctacgaacgtgttg
ccatgactcttatcttatgggaggtagaaggaggagacagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_9980178_9981193
seq2: B6Ng01-125C01.b_50_1068 (reverse)

seq1  CCCCTACCCACCCACTTCCACTTCTTGGCCCTGGC-GTTCCCCTGTACTG  49
      |||||||||||||  || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCCTACCCACCCCATTTCACTTCTTGACCCTGGCGGTTCCCCTGTACTG  50

seq1  -AGGCATATAAAGTTTGC-AAAACCAAGGGACCTCTCTTTCCACTGATGG  97
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGGCATATAAAGTTTGCAAAAACCAAGGGACCTCTCTTCCCACTGATGG  100

seq1  CCGGCTAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAAAGACATGAGCTCTGG  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGATAGGCCATCTTCTGATACATATGCAGCTAAAGACATGAGCTCTGG  150

seq1  GGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCTGCCTATAGGGTTGCAGACCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCTGCCTATAGGGTTGCAGACCC  200

seq1  TTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGCGGGACCTGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGCGGGACCTGTGT  250

seq1  TCCATCCTATATGACTGTGAGCATCCACTTCTATATTTACATGTCTTCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCTATATGACTGTGAGCATCCACTTCTATATTTACATGTCTTCTA  300

seq1  ATGCTGCCACTTCAAATTCCATTTGTATAAGGGATGGGATATATTCACTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCCACTTCAAATTCCATTTGTATAAGGGATGGGATATATTCACTG  350

seq1  TTCGCCTAGAAGTGAAGTTTTGTACGTAAGTTCACCACAGACAACCTTCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCCTAGAAGTGAAGTTTTGTACGTAAGTTCACCACAGACAACCTTCC  400

seq1  CAATCTATCTTTGGCAGGGAAAATACTCAACATGAGAAAGAGTTTAGAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTATCTTTGGCAGGGAAAATACTCAACATGAGAAAGAGTTTAGAAC  450

seq1  TGTGGTCCTGTTATTGCTCAGAAACACGTTGATTAGCTTATTGTCACAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCTGTTATTGCTCAGAAACACGTTGATTAGCTTATTGTCACAGC  500

seq1  AAAGGAAATAAGGAATAAATGTCAGATTCCTACTGGATGTATTTCTGTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATAAGGAATAAATGTCAGATTCCTACTGGATGTATTTCTGTAA  550

seq1  CTTACAAGGCTGTCTTTGGAAATGCCAGGTGTTTCCGAGTTGCACCAATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGGCTGTCTTTGGAAATGCCAGGTGTTTCCGAGTTGCACCAATG  600

seq1  CATTTATTTGTCTTGCCTCCCTACTGTAATTGAGTCCCAGAGAAGGGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTTGTCTTGCCTCCCTACTGTAATTGAGTCCCAGAGAAGGGTGG  650

seq1  AGCTGCGTGTTTCCAACTGGCTGAACCCCCTTCAGAGGTCTGAAAATATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCGTGTTTCCAACTGGCTGAACCCCCTTCAGAGGTCTGAAAATATC  700

seq1  ATGGTAGTAGCCATAACTCTGGTATCATTGGACACATGCTCCTTGAGAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTAGCCATAACTCTGGTATCATTGGACACATGCTCCTTGAGAAA  750

seq1  CACCAGCTGGTGAAGGCTTCAGTTTCCCCAAATTGGAAGTGGGACCAATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCTGGTGAAGGCTTCAGTTTCCCCAAATTGGAAGTGGGACCAATT  800

seq1  GCAGTGTGTGCTCTTCTGAAGGCTTACATACCATTTGGTATATTCTATTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGTGCTCTTCTGAAGGCTTACATACCATTTGGTATATTCTATTT  850

seq1  TGTGACATGCCTGTCCCCAAACAAGAACTCAATGGACATTTGCTGTTGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACATGCCTGTCCCCAAACAAGAACTCAATGGACATTTGCTGTTGTT  900

seq1  TCCAATTTTATTTTTAGGCCAACTAGCATGGGTTTCTCTTCTTCACTGGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTTATTTTTAGGCCAACTAGCATGGGTTTCTCTTCTTCACTGGT  950

seq1  CTACCAGCTTCGACCTTATGAAACATTTCATTTACAGTACCCCTGAGAGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCTTCGACCTTATGAAACATTTCATTTACAGTACCCCTGAGAGC  1000

seq1  AGAGGATATAAATGAATTC  1016
      |||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATATAAATGAATTC  1019

seq1: chr13_9846868_9847965
seq2: B6Ng01-125C01.g_68_1161

seq1  GAATTCCAGTGCAACTGTAGCTGTCACACAGAGATGACCGTGCTAATACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCAACTGTAGCTGTCACACAGAGATGACCGTGCTAATACC  50

seq1  ACCTTGGAATGCAGTAGGTTTGGAATACTGCTCAGTGGTAGAGAGCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGAATGCAGTAGGTTTGGAATACTGCTCAGTGGTAGAGAGCTTGC  100

seq1  CTAACATGTTCAAGGCCTAGGTGTGGTCTTTAGCAGTGTGCACATATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATGTTCAAGGCCTAGGTGTGGTCTTTAGCAGTGTGCACATATACA  150

seq1  GTACACCACACACACACACACACACACACACACATACACCACCACCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACCACACACACACACACACACACACACACATACACCACCACCAAAT  200

seq1  TAAAATAACCCAGACAGAGGAAGCAGGTGGCACTGTCATGAGAGTCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACCCAGACAGAGGAAGCAGGTGGCACTGTCATGAGAGTCATCT  250

seq1  CTCCTCCAATAGAGACACATACCTTGACAGACAGAAATCCGCTCAGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCAATAGAGACACATACCTTGACAGACAGAAATCCGCTCAGAGCA  300

seq1  GTCAGCTTCCTCTCCTTCGCAGGCACATTTCCAGATGTGGCAGCTGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTTCCTCTCCTTCGCAGGCACATTTCCAGATGTGGCAGCTGCCTG  350

seq1  CATCCTAGATGCTGGGTGTGAGTGGATGTGCCCCTTTGGACCAAAACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAGATGCTGGGTGTGAGTGGATGTGCCCCTTTGGACCAAAACATC  400

seq1  CTGATGTGTGTGTGTTGTCCCATGTTATCTTCTCCTTCTGCTGGCTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGTGTGTGTTGTCCCATGTTATCTTCTCCTTCTGCTGGCTACAG  450

seq1  ATGGAGCAAATGGATAACTTTTCTCTCTGCATTGTACTGTAGAGGGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAAATGGATAACTTTTCTCTCTGCATTGTACTGTAGAGGGAAGC  500

seq1  TTACCTGTCCATCAGAGACACCGGCTTCAACAGTCAGTGAACAAGCACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGTCCATCAGAGACACCGGCTTCAACAGTCAGTGAACAAGCACTT  550

seq1  CAGCTCTGGAGTACCAGTCCTCTGCCCCAGCACACATGCTTGGGGCCCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGGAGTACCAGTCCTCTGCCCCAGCACACATGCTTGGGGCCCGT  600

seq1  GGCTTTGGCAGCTAGTGTTTATGTAGTCAGTGAAGACATTGGGTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGGCAGCTAGTGTTTATGTAGTCAGTGAAGACATTGGGTGTGTGT  650

seq1  GGCCTCTGATATCTTGATTTGTTTTTTTCTGGATCAACCATTGTTAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGATATCTTGATTTGTTTTTTTCTGGATCAACCATTGTTAACTT  700

seq1  TTCCTGGAGAGATGAACAAATATCTACTTACCCACATAGGCAACCAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGAGAGATGAACAAATATCTACTTACCCACATAGGCAACCAACAA  750

seq1  AAGACCAAAGAAACCATACCATTCAAGTATAGCTCAGTGAATCGATTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAAGAAACCATACCATTCAAGTATAGCTCAGTGAATCGATTAAT  800

seq1  TTAACTGTTGTTGCCTACAAGGTCATAGCCAACTTACAGATACAAGTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTTGTTGCCTACAAGGTCATAGCCAACTTACAGATACAAGTTGC  850

seq1  TGGGAGCTCAAGTGTGCCTGGAGGCCATGTTCCACGTTATTCTCTGAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTCAAGTGTGCCTGGAGGCCATGTTCCACGTTATTCTCTGAATG  900

seq1  AGATGGGGTTCAGATAACTACTTGTGGAGTTAACGCTCTGTCCAGACACA  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGGTTCAGAT-ACTACTTGTGGAGTTAACGCTCTGTCCAGACACA  949

seq1  CGAGGGAACCACCTAAGTGACAGAAGATTTGACCTGGCCTGCCATTTCAC  1000
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  || |||
seq2  CGAGGGAACCACCT-AGTGAAAGAAGATTTGACCTGGCCTGCATTTCCAC  998

seq1  AGGGTTCAG-TCTGATTGCTTTAGCAGAATGTCATGGTAGCTACAGAACG  1049
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  A-GGTTCAGTTCTGATTGCTTTAGCAGAATGTCAT-GTAGCTAC-GAACG  1045

seq1  TGGTGGCATGGACTCCTTATCTTATGGGAGGTAGAA--AGGAGGAAGAAG  1097
      || || ||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||
seq2  TGTTGCCAT-GACT-CTTATCTTATGGGAGGTAGAAGGAGGAGACAGAAG  1093

seq1  A  1098
      |
seq2  A  1094