BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125J18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 51,676,926 - 51,828,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCks2, Secisbp2, Sema4d
Upstream geneGm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3
Downstream geneGadd45g, LOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125J18.bB6Ng01-125J18.g
ACCDH928197DH928198
length1,1151,023
definitionDH928197|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125J18, 5' end.DH928198|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,827,539 - 51,828,671)(51,676,926 - 51,677,942)
sequence
aagtacaggcagtttcgagcactcagagccacactaaataggaagaaccc
agctgggcagtagtggcgcatgcctttaatctcagcacttgggaggagga
gaaatcaaacagatttctgagttcgaggccagcctgctctacagagtgag
tttcaggacagccagggctacacagagaaactctgtcttgaaaaaagaaa
aaaagccctgtccatctgaattgtagcccctctccctcccaccccacaga
gagtctctgtgtagatcaactcttgctctctatggtgtgggccatagctc
ccatgctctataccttccgtccagtactgtggagggatgtgacaggtaca
agaaggcccaggcccacccaccctggttgctgactgggtgcacctgctgg
cctgctctcgtgagggagtcagtggcaaacactgtggagagtccttgttc
tcacagttcatagagctgagtcccaaaaccaccagggagccagggagtgt
ctctggcttatttctatcgtgccttccccccagactcctttgtcctccaa
cagcaccagcatggcactgactgttagagacttgggatattatgtggtgt
ttgattttaaatttctttagaggagttaggcaccacccacagagcctatt
gtgcagctaggaaacattttataataaaggaacattaagaattcaaatga
ggtgcgctgtagcttctgtagcggaaatttccttattctcttgggcacta
aagcaccactgccagtgaccccctgggtaagctgtctcctggtgtataca
gtgctggctttctgggctgggtttcgatattaaattggctctctggttag
aggcagctgcctcttgttctgcaggtcgaagcttatggctgagccatgca
gttccgtgtctggggaaggctccctctggctgcttgtgatgcttattgtg
tctcatcttggtgagaagggaaaggaaactgtctgtgagcatcctcagag
ccttctgactctggacttggagagcccacccactccttcccatcattccg
ggctcagaattcccactgaaatttagatttcctagattcctagggagcag
ctgatggttcttacc
gaattctccctgagcaaagtacttgctgtacaacaacaaaagtacctgag
tttacatccccagcatccacataaaaatctgctattggcagtgcaggtac
ccataaccttagcatggggagaaacacggatagacagacctcctaaaact
catcctacacaggctcatcacagcccaagtgggggagggtgctgtctatc
ttggaagcacatgaccctcaacatcatattggccctgccctcaaatgtcg
ggccactccctcatcgacaggtgactacagtgtccagcacctgagcccac
agccctataaagccagcttggtgcaacttgagaaggcatatatgaccaga
agagatagccatacataggcaagcccagccccccaaggggatgtcaaggt
aaatgccaagattggcccttatttggcccagagtgaacactggctcctag
ggacacactcttcccatctcctctgttgcttggagacctgttatttcacc
ccaagtccaccaggactctggaaagtgtaatatagagcagaaatctaaca
tgacaggaccttctttcttggagacaccaagtacccagtgatcttcaaac
tcttcactccagggtcccagatatctgaaaactcatttgatattcatggg
caccacacagccacaaactgaagaactgggtggaaagaactacccagagg
ctctcttttaatcacattgctcttccttgtttgcagagggagaacattct
cactgtgccactgtaggaaccctgtcccatgtgactgccctgcatcatgc
actatgtgtggtcacttcagtgctcagcactgggatgccagccctcgagc
ctcaggccaacactgctgacctttgagggaggacagtgacaccttcccag
ggaaaggatcaaaagaatgaccacttccccaggacaagggtgggtgcctg
gccatgtcctaacagaagtgtgaagcctgataagtacagaagatcatggt
tagcccttattcaaactgagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_51827539_51828671
seq2: B6Ng01-125J18.b_54_1168 (reverse)

seq1  GGTAAGAAACCTTCAGCTGCTACCGTGAGAACTACTAGGACACTCTAAAT  50
      |||||| |||| ||||||||| || |  |||   |||||| | |||||||
seq2  GGTAAG-AACCATCAGCTGCT-CCCTAGGAA--TCTAGGA-AATCTAAAT  45

seq1  TTCTGTGTGGAGTCCTGAGCCCCGGAATGATGGTGAAAGGAGGTGGGTGG  100
      ||| ||| ||| | ||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||||
seq2  TTCAGTG-GGAATTCTGAG-CCCGGAATGATG--GGAAGGA-GTGGGTGG  90

seq1  GGCCTCTTCAAGGTCACGAGGTCAGGAAGGCTCTTGAGGATGCTCCACAG  150
      |  |||| ||| |||  || |||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  G--CTCTCCAA-GTCCAGA-GTCA-GAAGGCTC-TGAGGATGCT-CACAG  133

seq1  AACAGTCTCCCTTTCCCTTCTCACC-AGATGGGACACAATAAAGCACCAC  199
       ||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||
seq2  -ACAGT-TTCCTTTCCCTTCTCACCAAGATGAGACACAAT-AAGCATCAC  180

seq1  GAGCAGCCAAGAGGG-GCCTTCCCCAGACACGGAACCTGCATGGCTCAGC  248
       ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGCAGCC-AGAGGGAGCCTTCCCCAGACACGGAA-CTGCATGGCTCAGC  228

seq1  CCTAAGCTTCGACCTGCAGAAC-AGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGC  297
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCTTCGACCTGCAGAACAAGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGC  278

seq1  CAA-TTAATATCGAAACCCAGCCCAGGAAGCCAGCACTGTATACACCAGG  346
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAATATCGAAACCCAGCCCAGAAAGCCAGCACTGTATACACCAGG  328

seq1  AGACAGCTTACCCAGGGGGTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTTACCCAGGGGGTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAG  378

seq1  AATAAGGAAATTTCCGCTACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGAAATTTCCGCTACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCT  428

seq1  TAATGTTCCTTTATTATAAAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTCCTTTATTATAAAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTG  478

seq1  GGTGGTGCCTAACTCCTCTAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCCTAACTCCTCTAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATA  528

seq1  TCCCAAGTCTCTAACAGTCAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTCTCTAACAGTCAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAG  578

seq1  GAGTCTGGGGGGAAGGCACGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGGGGGAAGGCACGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCT  628

seq1  CCCTGGTGGTTTTGGGACTCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGGTTTTGGGACTCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCT  678

seq1  CCACAGTGTTTGCCACTGACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGTTTGCCACTGACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCAC  728

seq1  CCAGTCAGCAACCAGGGTGGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAGCAACCAGGGTGGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACA  778

seq1  TCCCTCCACAGTACTGGACGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCACAGTACTGGACGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCA  828

seq1  CACCATAGAGAGCAAGAGTTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAGAGAGCAAGAGTTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGG  878

seq1  AGGGAGAGGGGCTACAATTCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGGGGCTACAATTCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAA  928

seq1  GACAGAGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGA  978

seq1  GCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAG  1028

seq1  TGCTGAGATTAAAGGCATGCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGATTAAAGGCATGCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTAT  1078

seq1  TTAGTGTGGCTCTGAGTGCTCGAAACTGCCTGTACTT  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGGCTCTGAGTGCTCGAAACTGCCTGTACTT  1115

seq1: chr13_51676926_51677942
seq2: B6Ng01-125J18.g_67_1089

seq1  GAATTCTCCCTGAGCAAAGTACTTGCTGTACAACAACAAAAGTACCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGAGCAAAGTACTTGCTGTACAACAACAAAAGTACCTGAG  50

seq1  TTTACATCCCCAGCATCCACATAAAAATCTGCTATTGGCAGTGCAGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATCCCCAGCATCCACATAAAAATCTGCTATTGGCAGTGCAGGTAC  100

seq1  CCATAACCTTAGCATGGGGAGAAACACGGATAGACAGACCTCCTAAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACCTTAGCATGGGGAGAAACACGGATAGACAGACCTCCTAAAACT  150

seq1  CATCCTACACAGGCTCATCACAGCCCAAGTGGGGGAGGGTGCTGTCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTACACAGGCTCATCACAGCCCAAGTGGGGGAGGGTGCTGTCTATC  200

seq1  TTGGAAGCACATGACCCTCAACATCATATTGGCCCTGCCCTCAAATGTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGCACATGACCCTCAACATCATATTGGCCCTGCCCTCAAATGTCG  250

seq1  GGCCACTCCCTCATCGACAGGTGACTACAGTGTCCAGCACCTGAGCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTCCCTCATCGACAGGTGACTACAGTGTCCAGCACCTGAGCCCAC  300

seq1  AGCCCTATAAAGCCAGCTTGGTGCAACTTGAGAAGGCATATATGACCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATAAAGCCAGCTTGGTGCAACTTGAGAAGGCATATATGACCAGA  350

seq1  AGAGATAGCCATACATAGGCAAGCCCAGCCCCCCAAGGGGATGTCAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGCCATACATAGGCAAGCCCAGCCCCCCAAGGGGATGTCAAGGT  400

seq1  AAATGCCAAGATTGGCCCTTATTTGGCCCAGAGTGAACACTGGCTCCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAAGATTGGCCCTTATTTGGCCCAGAGTGAACACTGGCTCCTAG  450

seq1  GGACACACTCTTCCCATCTCCTCTGTTGCTTGGAGACCTGTTATTTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACTCTTCCCATCTCCTCTGTTGCTTGGAGACCTGTTATTTCACC  500

seq1  CCAAGTCCACCAGGACTCTGGAAAGTGTAATATAGAGCAGAAATCTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCACCAGGACTCTGGAAAGTGTAATATAGAGCAGAAATCTAACA  550

seq1  TGACAGGACCTTCTTTCTTGGAGACACCAAGTACCCAGTGATCTTCAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGACCTTCTTTCTTGGAGACACCAAGTACCCAGTGATCTTCAAAC  600

seq1  TCTTCACTCCAGGGTCCCAGATATCTGAAAACTCATTTGATATTCATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTCCAGGGTCCCAGATATCTGAAAACTCATTTGATATTCATGGG  650

seq1  CACCACACAGCCACAAACTGAAGAACTGGGTGGAAAGAACTACCCAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACACAGCCACAAACTGAAGAACTGGGTGGAAAGAACTACCCAGAGG  700

seq1  CTCTCTTTTAATCACATTGCTCTTCCTTGTTTGCAGAGGGAGAACATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTAATCACATTGCTCTTCCTTGTTTGCAGAGGGAGAACATTCT  750

seq1  CACTGTGCCACTGTAGGAACCCTGTCCCATGTGACTGCCCTGCATCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCACTGTAGGAACCCTGTCCCATGTGACTGCCCTGCATCATGC  800

seq1  ACTATGTGTGGTCACTTCAGTGCTCAGCACT-GGATGCCAGCCCTCGAG-  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ACTATGTGTGGTCACTTCAGTGCTCAGCACTGGGATGCCAGCCCTCGAGC  850

seq1  CTCAGGCCAACACTGCTGACC-TTGAGGGAGGACAGTGACA-CTTCCCAG  896
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCAGGCCAACACTGCTGACCTTTGAGGGAGGACAGTGACACCTTCCCAG  900

seq1  GGAAA-GATCAAAAGAATGA-CACTTCCCCAGGAC-AGGGT-GGTGCCTG  942
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GGAAAGGATCAAAAGAATGACCACTTCCCCAGGACAAGGGTGGGTGCCTG  950

seq1  GCCATGTCCTAACAG-AGTGTGAAGCCTGGATAAGTACAGAAGTATCATG  991
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GCCATGTCCTAACAGAAGTGTGAAGCCT-GATAAGTACAGAAG-ATCATG  998

seq1  GTAAGCCCTATGTCAAACCTGAGTGG  1017
      || ||||||   ||||| ||||||||
seq2  GTTAGCCCTTATTCAAA-CTGAGTGG  1023