BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129C09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 31,682,115 - 31,825,604
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041312, Foxf2
Upstream geneDusp22, LOC666443, Irf4, Exoc2, Hus1b, EG432743, LOC100041257, LOC100041266, G630018N14Rik, LOC100042491, Foxq1
Downstream geneFoxc1, 4930548F15Rik, Gmds, LOC666212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129C09.bB6Ng01-129C09.g
ACCDH930811DH930812
length1,139968
definitionDH930811|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129C09, 5' end.DH930812|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,682,115 - 31,683,256)(31,824,638 - 31,825,604)
sequence
gaattctcggacaaggaattgccaaactgcattcgctgcctggcattcta
ctatgttattcatggtttcctaagggtttgtgaaacctcttcacatatta
aatatgctcaccttctatcctgtgtattacagacccggctcccttttgta
aatggtgcctgtatctgcaaatactcactgaaatggacacagctggaatg
actgaatggcgtgggataacaaggactactttatatggactctttcttta
aacctctaccccggttcccaacccagcttgttattcagctgataaatagg
agcccttcctttcaataaagaagttttcccgccagcatacacactggcta
gcctgcatctgcaaccccaccagctgtttgcaaaattccccaagccttca
cttaggagagttagcccctgggcatcactgcatcccactaaactcaaacc
tcttgctttgtgtcattagcccagtcactacagttagaagtaagaggtgt
caaaaaacactagctgtgttgatttgacaaatttaaatagagattggaat
ctgtgactattaaatgaaaggggccaaatagcacttgctctggtcacact
tgagagcacaacttcctcaccttaaaacaaaaacaaaaaacctcaaacta
aggacaccagagaggttttaattggctagtttatatgttgccatttttac
tgtattagaaatcaaacaaacttttgagttattcacttactttaaaatat
taacaataagtgtgcttaatattaatatgaataaaatattatatagaaaa
taactattttctatataaagtgaaatgttagtgaggcaggtgccattgtc
ttacattttcacaaattccttcacttctgatttgataaagacagttggga
tttcataatagtcatgcgttgaatttattgcaagatggggttttttttcc
ttgaaattaatgaaaattatccagtctcacaaaagcctgctggtaaaggg
cagcactcagtgagtgcttttaaataattggggagtttttatctttggta
tatatcaaacttgaaaaattaaagttttcttggaaatctgtacaatatgg
aatctgcagcacaccaacaaactagttacactgacacat
gaattcacttctacatgttcttgtgggctgcagtgccctacagaggttct
cagtgtcattcccctcccccaccccccaccccaaggacagaatcggaaat
aaaatactgtgaggttctggggactggaccaggttttcaatttctttaga
ctactgctgaactttctaagcaacctgatccatttgggaagttgtgatca
tatgatggagaactcagaaacagaatgttccctgctgtggtcagatgctg
tcttccgacctcgtaggagtgcccatgcctgctgccttctcctttccggc
ttccagcatcttcatgctctgactttgcaggtcacaatccatcagagagt
tgaagtgtatggggagtaaagttattaaaagtcgtcactagactctacct
tccatctgaatactccagcaccacccatcaagaacagcttcgcaaagcag
cctcactctccagactgagtcttgtacagaggaaggtgggacctgtgcct
gtttagcagtaactcaggctttcctacatggaaaggtaaggaaggcaact
cttggacagaaaacagaggagtgctaaccagggtttaagaaaaaggggaa
acgatgagtgctacatagcaaaaaaattacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacatatgcatatatgcacatacatacacacat
gtacatacacatacatacatacacatacatacatacacatatacatatac
atatgcatacacatatatcccacagtagaattataaattaacatactgct
ttttatggcaaagcagaagagaacttgaactctcgtggtgttctatggta
aaagcagctataagtcttaaccttgaatgtcccccaaaaattctctgtgt
tgaaagcattgttctctgtttcctgtgatatgggaagtggagcctagtgg
gacgatgtaatgcattga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_31682115_31683256
seq2: B6Ng01-129C09.b_49_1187

seq1  GAATTCTCGGACAAGGAATTGCCAAACTGCATTCGCTGCCTGGCATTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGGACAAGGAATTGCCAAACTGCATTCGCTGCCTGGCATTCTA  50

seq1  CTATGTTATTCATGGTTTCCTAAGGGTTTGTGAAACCTCTTCACATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTATTCATGGTTTCCTAAGGGTTTGTGAAACCTCTTCACATATTA  100

seq1  AATATGCTCACCTTCTATCCTGTGTATTACAGACCCGGCTCCCTTTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCTCACCTTCTATCCTGTGTATTACAGACCCGGCTCCCTTTTGTA  150

seq1  AATGGTGCCTGTATCTGCAAATACTCACTGAAATGGACACAGCTGGAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGCCTGTATCTGCAAATACTCACTGAAATGGACACAGCTGGAATG  200

seq1  ACTGAATGGCGTGGGATAACAAGGACTACTTTATATGGACTCTTTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGGCGTGGGATAACAAGGACTACTTTATATGGACTCTTTCTTTA  250

seq1  AACCTCTACCCCGGTTCCCAACCCAGCTTGTTATTCAGCTGATAAATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTACCCCGGTTCCCAACCCAGCTTGTTATTCAGCTGATAAATAGG  300

seq1  AGCCCTTCCTTTCAATAAAGAAGTTTTCCCGCCAGCATACACACTGGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTCCTTTCAATAAAGAAGTTTTCCCGCCAGCATACACACTGGCTA  350

seq1  GCCTGCATCTGCAACCCCACCAGCTGTTTGCAAAATTCCCCAAGCCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCATCTGCAACCCCACCAGCTGTTTGCAAAATTCCCCAAGCCTTCA  400

seq1  CTTAGGAGAGTTAGCCCCTGGGCATCACTGCATCCCACTAAACTCAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGAGTTAGCCCCTGGGCATCACTGCATCCCACTAAACTCAAACC  450

seq1  TCTTGCTTTGTGTCATTAGCCCAGTCACTACAGTTAGAAGTAAGAGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTTGTGTCATTAGCCCAGTCACTACAGTTAGAAGTAAGAGGTGT  500

seq1  CAAAAAACACTAGCTGTGTTGATTTGACAAATTTAAATAGAGATTGGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACACTAGCTGTGTTGATTTGACAAATTTAAATAGAGATTGGAAT  550

seq1  CTGTGACTATTAAATGAAAGGGGCCAAATAGCACTTGCTCTGGTCACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTATTAAATGAAAGGGGCCAAATAGCACTTGCTCTGGTCACACT  600

seq1  TGAGAGCACAACTTCCTCACCTTAAAACAAAAACAAAAAACCTCAAACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCACAACTTCCTCACCTTAAAACAAAAACAAAAAACCTCAAACTA  650

seq1  AGGACACCAGAGAGGTTTTAATTGGCTAGTTTATATGTTGCCATTTTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCAGAGAGGTTTTAATTGGCTAGTTTATATGTTGCCATTTTTAC  700

seq1  TGTATTAGAAATCAAACAAACTTTTGAGTTATTCACTTACTTTAAAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGAAATCAAACAAACTTTTGAGTTATTCACTTACTTTAAAATAT  750

seq1  TAACAATAAGTGTGCTTAATATTAATATGAATAAAATATTATATAGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATAAGTGTGCTTAATATTAATATGAATAAAATATTATATAGAAAA  800

seq1  TAACTATTTTCTATATAAAGTGAAATGTTAGTGAGGCAGGTGCCATTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTTTCTATATAAAGTGAAATGTTAGTGAGGCAGGTGCCATTGTC  850

seq1  TTACATTTTCACAAATTCCTTCACTTCTGATTTGATAAAAGACAGTTGGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTACATTTTCACAAATTCCTTCACTTCTGATTTGAT-AAAGACAGTTGGG  899

seq1  ATTTCATAATAGTCATGCGTTGAATTTATTGCAAGATGGGGTTTTTTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATAATAGTCATGCGTTGAATTTATTGCAAGATGGGGTTTTTTTTC  949

seq1  CTTGAAATTCATGAAAATTATCCAGTCTCAC-ACAGCCTGCTGGTACAGG  999
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||
seq2  CTTGAAATTAATGAAAATTATCCAGTCTCACAAAAGCCTGCTGGTAAAGG  999

seq1  GCAGCACTCAGGTGAGTGCTTTTATATAATT-GGGAGTATTTATCTTTGG  1048
      |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||
seq2  GCAGCACTCA-GTGAGTGCTTTTAAATAATTGGGGAGTTTTTATCTTTGG  1048

seq1  TATATATCAAAACTTGAAAAATAACAG-TTTCTTGAAGATCTGTTACAAT  1097
      |||||||| ||||||||||||| | || ||||||| | ||||| ||||||
seq2  TATATATC-AAACTTGAAAAATTAAAGTTTTCTTGGAAATCTG-TACAAT  1096

seq1  ATGGAATCTGCAGCCACACCAACAAACTAGTTAACACTGACACAT  1142
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGGAATCTGCAG-CACACCAACAAACTAGTT-ACACTGACACAT  1139

seq1: chr13_31824638_31825604
seq2: B6Ng01-129C09.g_69_1036 (reverse)

seq1  TCAATGCACTAACATCGTCCCACTAGGCTCCACTTCCCAATATCACAGGA  50
      |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TCAATGCA-TTACATCGTCCCACTAGGCTCCACTTCCC-ATATCACAGG-  47

seq1  AAACAGAG-ACCATGCTTTCAACACAGAGAA-TTTTGGGGGACATTCAAG  98
      |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGAACAATGCTTTCAACACAGAGAATTTTTGGGGGACATTCAAG  97

seq1  ATATAGAC-TATAGCTGCTTTTACCATAGAACA-CACGAGAGTTCAAAGT  146
       |  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GTTAAGACTTATAGCTGCTTTTACCATAGAACACCACGAGAGTTC-AAGT  146

seq1  TCTCTTCTGCTTTGCCATAAAAAGCAGTATGTTAATTTATATTCTTACTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||
seq2  TCTCTTCTGCTTTGCCATAAAAAGCAGTATGTTAATTTATAATTCTACTG  196

seq1  TGGCAATATATGTGTATGCATATGTATATGTATATGTGTATGTATGTATG  246
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGG-GATATATGTGTATGCATATGTATATGTATATGTGTATGTATGTATG  245

seq1  TGTATGTATGTATGTGTATGTACATGTGTGTATGTATGTGCATATATGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTGTATGTACATGTGTGTATGTATGTGCATATATGCA  295

seq1  TATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAA-TT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATTT  345

seq1  TTTTGCTATGTAGCACTCATCGTTTCCCC-TTTTCTTAAACCCTGGTTAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTATGTAGCACTCATCGTTTCCCCTTTTTCTTAAACCCTGGTTAG  395

seq1  CACTCCTCTGTTTTCTGTCCAAGAGTTGCCTTCCTTACCTTTCCATGTAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTCTGTTTTCTGTCCAAGAGTTGCCTTCCTTACCTTTCCATGTAG  445

seq1  GAAAGCCTGAGTTACTGCTAAACAGGCACAGGTCCCACCTTCCTCTGTAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTGAGTTACTGCTAAACAGGCACAGGTCCCACCTTCCTCTGTAC  495

seq1  AAGACTCAGTCTGGAGAGTGAGGCTGCTTTGCGAAGCTGTTCTTGATGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCAGTCTGGAGAGTGAGGCTGCTTTGCGAAGCTGTTCTTGATGGG  545

seq1  TGGTGCTGGAGTATTCAGATGGAAGGTAGAGTCTAGTGACGACTTTTAAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTGGAGTATTCAGATGGAAGGTAGAGTCTAGTGACGACTTTTAAT  595

seq1  AACTTTACTCCCCATACACTTCAACTCTCTGATGGATTGTGACCTGCAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTACTCCCCATACACTTCAACTCTCTGATGGATTGTGACCTGCAAA  645

seq1  GTCAGAGCATGAAGATGCTGGAAGCCGGAAAGGAGAAGGCAGCAGGCATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGCATGAAGATGCTGGAAGCCGGAAAGGAGAAGGCAGCAGGCATG  695

seq1  GGCACTCCTACGAGGTCGGAAGACAGCATCTGACCACAGCAGGGAACATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCCTACGAGGTCGGAAGACAGCATCTGACCACAGCAGGGAACATT  745

seq1  CTGTTTCTGAGTTCTCCATCATATGATCACAACTTCCCAAATGGATCAGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTGAGTTCTCCATCATATGATCACAACTTCCCAAATGGATCAGG  795

seq1  TTGCTTAGAAAGTTCAGCAGTAGTCTAAAGAAATTGAAAACCTGGTCCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTAGAAAGTTCAGCAGTAGTCTAAAGAAATTGAAAACCTGGTCCAG  845

seq1  TCCCCAGAACCTCACAGTATTTTATTTCCGATTCTGTCCTTGGGGTGGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAACCTCACAGTATTTTATTTCCGATTCTGTCCTTGGGGTGGGG  895

seq1  GGTGGGGGAGGGGAATGACACTGAGAACCTCTGTAGGGCACTGCAGCCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGAGGGGAATGACACTGAGAACCTCTGTAGGGCACTGCAGCCCA  945

seq1  CAAGAACATGTAGAAGTGAATTC  967
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACATGTAGAAGTGAATTC  968