BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131M23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 30,999,984 - 31,140,037
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc2, Hus1b, EG432743, LOC100041257
Upstream geneE2f3, Mboat1, Agtr1a, Uqcrfs1, Dusp22, LOC666443, Irf4
Downstream geneLOC100041266, G630018N14Rik, LOC100042491, Foxq1, LOC100041312, Foxf2, Foxc1, 4930548F15Rik, Gmds, LOC666212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131M23.bB6Ng01-131M23.g
ACCDH932774DH932775
length1,1261,090
definitionDH932774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131M23, 5' end.DH932775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,999,984 - 31,001,121)(31,138,936 - 31,140,037)
sequence
gaattcagagcaaacagtctgaattcaaattattttcatcattctaaagt
aataaaaaaattccagccaataatttgaactctaaaaatatgaaaacgag
aacaggtagaaaatatactactcttgaataaaatacatatatttcctata
gataattttataagaagaaatttaaactgaaattaaaatttatgccaaaa
tttgtgaattgagaacctgaatttatacaaggttgaaaattatatagaca
actttcactagtaaactatgatttttctgtgatttgcactgcatttacaa
taaaaatatggttcataattctgacattatgaaagatattaaataataaa
atgtttcagagcaatgaaactaagatctatctacacatcatatatagtca
ccagcagtcacaaaatgctttgagaatctcctatgactgcaaggagacaa
gagcactatgcagaggaacggggtcctcatcacatgtggggctaatgatg
tggacaaagacatcagctggttgtccacaaagccatcccaccaaaatcct
ccatgtgtgttaattcacatacaccttgctccaccctcacaccaagaatg
cccaactttaaggcaactgatatggttttggctgtccactgaatgaacac
agaataaatgtatgtggatcagagggccacgcatgcatgcctttgccctc
agacgcccagtttaacagaggctgatgctagggctttctccttgtcttct
attctttccccttgtctgagaatggtttcctcagcagttcatttggataa
tgactatcactgtctcacacatggaccccaggaacgaatgaaggaacgaa
cgaacgaacgaacgaactaactaaccacaaagcccttatgccaccacagt
agacctacagagcagtgaaatgtgccctaggtatcagggaagaagttgct
gtcacactatacactaatccattacactcatacctgtctctacagacacc
tagagatctactttgtcattctaatggtatcttatatttcagactgttta
tttagagtagaaatatgctgtctcttattcagtgatgacctagtctcttt
tctttgtaaggacaactgagaagaga
gaattctaaaccacaaggatgcctccatcttctgaggcatattcctagta
cctagtacagagcagacacttacaaaagtttggggatttgtcaggactgt
gtctggtacttgccttctattctataatcagtgcagtaatttatttccac
actcaaattgctgagaattatgtaaggtgtagtccaggtagataccagct
tggtcaggggctacctctagtagtccagtgcagaagacgttttcctgttt
gacaaatatgaagctattgtttgtgtcatcaccatcgggccattaaagca
gaagagtctgggttaaacacttagtcgattttgcactaagctttgtttac
ttttctgttaaatgaacttgctaatttgctgccataaaattcacagggaa
catgaagaaccctagctcaaagttctcccagacgttaacagtctccactg
taccattcatggctccatttcagctcgatgggagcatgcatttaaagcag
ccatggtagcctggaacacggttctcatttccctgccttctctcctcgcc
tgtctgccttggttctgcatcccccatccagagagagagagagagagaga
gaagcttataaaagagataaatgtttccatcgggcagtgatgtagaagct
gcatgctgtttggatttacactgtatcatttttgttgtctccccaggtca
tttataaaatttataaaattttgcagttgtgtgtgggcgtgtaggtagaa
aatttccaagcatcttgaattctataaaatccaggggaaactttgccaaa
tctattcccttcgtgctctttaaactcatatacctttaaaagatattcaa
tacttttgtttttgcctcagttactcatggcccattaaagtgttgtcttt
taaagctatttgccattcaaggagtctcaggagtccatttacatccttct
taaatcttttttcccctctgaaacaggaagtttcttttgccaggttaacc
acacctctaagctgagatggtcgacagctctgggacagcagggcgctgtt
acgacctcatcagggaaggcttgtgtaaacatggagtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_30999984_31001121
seq2: B6Ng01-131M23.b_47_1172

seq1  GAATTCAGAGCAAACAGTCTGAATTCAAATTATTTTCATCATTCTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCAAACAGTCTGAATTCAAATTATTTTCATCATTCTAAAGT  50

seq1  AATAAAAAAATTCCAGCCAATAATTTGAACTCTAAAAATATGAAAACGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAAATTCCAGCCAATAATTTGAACTCTAAAAATATGAAAACGAG  100

seq1  AACAGGTAGAAAATATACTACTCTTGAATAAAATACATATATTTCCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTAGAAAATATACTACTCTTGAATAAAATACATATATTTCCTATA  150

seq1  GATAATTTTATAAGAAGAAATTTAAACTGAAATTAAAATTTATGCCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTTATAAGAAGAAATTTAAACTGAAATTAAAATTTATGCCAAAA  200

seq1  TTTGTGAATTGAGAACCTGAATTTATACAAGGTTGAAAATTATATAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAATTGAGAACCTGAATTTATACAAGGTTGAAAATTATATAGACA  250

seq1  ACTTTCACTAGTAAACTATGATTTTTCTGTGATTTGCACTGCATTTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCACTAGTAAACTATGATTTTTCTGTGATTTGCACTGCATTTACAA  300

seq1  TAAAAATATGGTTCATAATTCTGACATTATGAAAGATATTAAATAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATATGGTTCATAATTCTGACATTATGAAAGATATTAAATAATAAA  350

seq1  ATGTTTCAGAGCAATGAAACTAAGATCTATCTACACATCATATATAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCAGAGCAATGAAACTAAGATCTATCTACACATCATATATAGTCA  400

seq1  CCAGCAGTCACAAAATGCTTTGAGAATCTCCTATGACTGCAAGGAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTCACAAAATGCTTTGAGAATCTCCTATGACTGCAAGGAGACAA  450

seq1  GAGCACTATGCAGAGGAACGGGGTCCTCATCACATGTGGGGCTAATGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTATGCAGAGGAACGGGGTCCTCATCACATGTGGGGCTAATGATG  500

seq1  TGGACAAAGACATCAGCTGGTTGTCCACAAAGCCATCCCACCAAAATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAAGACATCAGCTGGTTGTCCACAAAGCCATCCCACCAAAATCCT  550

seq1  CCATGTGTGTTAATTCACATACACCTTGCTCCACCCTCACACCAAGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTGTTAATTCACATACACCTTGCTCCACCCTCACACCAAGAATG  600

seq1  CCCAACTTTAAGGCAACTGATATGGTTTTGGCTGTCCACTGAATGAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTTTAAGGCAACTGATATGGTTTTGGCTGTCCACTGAATGAACAC  650

seq1  AGAATAAATGTATGTGGATCAGAGGGCCACGCATGCATGCCTTTGCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAATGTATGTGGATCAGAGGGCCACGCATGCATGCCTTTGCCCTC  700

seq1  AGACGCCCAGTTTAACAGAGGCTGATGCTAGGGCTTTCTCCTTGTCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCCCAGTTTAACAGAGGCTGATGCTAGGGCTTTCTCCTTGTCTTCT  750

seq1  ATTCTTTCCCCTTGTCTGAGAATGGTTTCCTCAGCAGTTCATTTGGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCCCCTTGTCTGAGAATGGTTTCCTCAGCAGTTCATTTGGATAA  800

seq1  TGACTATCACTGTCTCACACATGGACCCCAGGAACGAATGAAGGAACGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATCACTGTCTCACACATGGACCCCAGGAACGAATGAAGGAACGAA  850

seq1  CGAACGAACGAACGAACTAACTAACCACAAAGCCCTTATGCCACCACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACGAACGAACGAACTAACTAACCACAAAGCCCTTATGCCACCACAGT  900

seq1  AGACCTACAGAGCAGTGAAATGTGCCCTAGGGTATCAAGGGAAGAAGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  AGACCTACAGAGCAGTGAAATGTGCCCTA-GGTATC-AGGGAAGAAGTTG  948

seq1  CTGTCACACTATACACTAATCCATTACACTCATACCTGTCTCTTACAGAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGTCACACTATACACTAATCCATTACACTCATACCTGTCTC-TACAGAC  997

seq1  ACCTAGAAGATCTACTTTTGTCATTCTAATGGTATCTTATAATTTCAGAC  1050
      |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACCTAG-AGATCTAC-TTTGTCATTCTAATGGTATCTTAT-ATTTCAGAC  1044

seq1  ATGTTTATTTAGAGTAGACATTATGCTGTCTCCTATTTCAAGGTGATGAC  1100
       ||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||  ||||||||
seq2  -TGTTTATTTAGAGTAGA-AATATGCTGTCTCTTA-TTCA--GTGATGAC  1089

seq1  ACTAGTCTC-TTTCTTTGTAAGGACAACTTGAGAAGAGA  1138
       |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -CTAGTCTCTTTTCTTTGTAAGGACAAC-TGAGAAGAGA  1126

seq1: chr13_31138936_31140037
seq2: B6Ng01-131M23.g_67_1156 (reverse)

seq1  TAGACCTCCATTGTTTTACACAAGGCTTTCCCTGATGAGGTCGCTACAGC  50
      |||| ||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||  |||||
seq2  TAGA-CTCCAT--GTTTACACAA-GCCTTCCCTGATGAGGTCGTAACAGC  46

seq1  GCCCTGGCTGTCCCCAGAGCCTGTCTGACATCTCAGCTTAGA-GTGTGTT  99
      ||||| ||||| ||||||| |||||   |||||||||||||| ||||| |
seq2  GCCCT-GCTGT-CCCAGAG-CTGTCGACCATCTCAGCTTAGAGGTGTGGT  93

seq1  TACCCTTGGCAAAAGAAACTTCCTGTTTCAGAGGGGGAAAAAAAGATTTA  149
      || || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TAACC-TGGCAAAAGAAACTTCCTGTTTCAGAGGGG--AAAAAAGATTTA  140

seq1  AGAAGGATTGTAAATGGACTCCTGAGACTCCTTGAATGGCAAATAGCTTT  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAAGGA-TGTAAATGGACTCCTGAGACTCCTTGAATGGCAAATAGC-TT  188

seq1  TAAAAGACAACACTTTAATGGGCCATGAGTAACTGAGGCAAAAACAAAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACAACACTTTAATGGGCCATGAGTAACTGAGGCAAAAACAAAAG  238

seq1  TATTGAATATCCTTTTAAAGGTATATGAGTTTAAAGAGCACGAAGGGAAT  299
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATAT-CTTTTAAAGGTATATGAGTTTAAAGAGCACGAAGGGAAT  287

seq1  AGATTTGGCAAAGTTTCCCCTGGATTTTATAGAATTCAAGATGCTTGGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGGCAAAGTTTCCCCTGGATTTTATAGAATTCAAGATGCTTGGAA  337

seq1  ATTTTCTACCTACACGCCCACACACAACTGCAAAATTTTATAAATTTTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTACCTACACGCCCACACACAACTGCAAAATTTTATAAATTTTAT  387

seq1  AAATGACCTGGGGAGACAACAAAAATGATACAGTGTAAATCCAAACAGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACCTGGGGAGACAACAAAAATGATACAGTGTAAATCCAAACAGCA  437

seq1  TGCAGCTTCTACATCACTGCCCGATGGAAACATTTATCTCTTTTATAAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTCTACATCACTGCCCGATGGAAACATTTATCTCTTTTATAAGC  487

seq1  TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGATGGGGGATGCAGAACCAAGGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGATGGGGGATGCAGAACCAAGGCAG  537

seq1  ACAGGCGAGGAGAGAAGGCAGGGAAATGAGAACCGTGTTCCAGGCTACCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCGAGGAGAGAAGGCAGGGAAATGAGAACCGTGTTCCAGGCTACCA  587

seq1  TGGCTGCTTTAAATGCATGCTCCCATCGAGCTGAAATGGAGCCATGAATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTTTAAATGCATGCTCCCATCGAGCTGAAATGGAGCCATGAATG  637

seq1  GTACAGTGGAGACTGTTAACGTCTGGGAGAACTTTGAGCTAGGGTTCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTGGAGACTGTTAACGTCTGGGAGAACTTTGAGCTAGGGTTCTTC  687

seq1  ATGTTCCCTGTGAATTTTATGGCAGCAAATTAGCAAGTTCATTTAACAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCCTGTGAATTTTATGGCAGCAAATTAGCAAGTTCATTTAACAGA  737

seq1  AAAGTAAACAAAGCTTAGTGCAAAATCGACTAAGTGTTTAACCCAGACTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAACAAAGCTTAGTGCAAAATCGACTAAGTGTTTAACCCAGACTC  787

seq1  TTCTGCTTTAATGGCCCGATGGTGATGACACAAACAATAGCTTCATATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTTTAATGGCCCGATGGTGATGACACAAACAATAGCTTCATATTT  837

seq1  GTCAAACAGGAAAACGTCTTCTGCACTGGACTACTAGAGGTAGCCCCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAGGAAAACGTCTTCTGCACTGGACTACTAGAGGTAGCCCCTGA  887

seq1  CCAAGCTGGTATCTACCTGGACTACACCTTACATAATTCTCAGCAATTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTGGTATCTACCTGGACTACACCTTACATAATTCTCAGCAATTTG  937

seq1  AGTGTGGAAATAAATTACTGCACTGATTATAGAATAGAAGGCAAGTACCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGAAATAAATTACTGCACTGATTATAGAATAGAAGGCAAGTACCA  987

seq1  GACACAGTCCTGACAAATCCCCAAACTTTTGTAAGTGTCTGCTCTGTACT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTCCTGACAAATCCCCAAACTTTTGTAAGTGTCTGCTCTGTACT  1037

seq1  AGGTACTAGGAATATGCCTCAGAAGATGGAGGCATCCTTGTGGTTTAGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTAGGAATATGCCTCAGAAGATGGAGGCATCCTTGTGGTTTAGAA  1087

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1090