BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134D23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 10,058,832 - 10,220,396
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChrm3
Upstream geneLarp5, EG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11, LOC100039604
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134D23.bB6Ng01-134D23.g
ACCDH934594DH934595
length1,2201,098
definitionDH934594|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134D23, 5' end.DH934595|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,219,177 - 10,220,396)(10,058,832 - 10,059,937)
sequence
gaattcagttctcaaaacctatactgtgaaaggagaataacttctacaag
ttgtcctctgatctccgtacacatattgaagagggtgggcctgtcaatac
acacaaacacacacacacagagagagagagagagagagagagagaggcag
gcagacagagacagagaggcagaaaagcagaaacagagacagagagaaag
tgatatacagagagatggatgaaaatgatacatagatgcattatgaataa
atattctattggctttttaaagcctattagaaattgtaagcaagatatct
atgttttatttcttatgaagtttgggcagttaccacacttaaaatttgtt
ttgttttgttttgttttgaggaaaggaaatgaggaagaaagaagtggaat
gtagaccacatcataaaatgaagggccaaggggctttaactttcactttc
ctaaccacacactcagcactggatatgaaatgtgtcttgttatgaacaaa
catccaatattgtcctctgggcttgcattggacaaaattcagtagtacat
aatgagtggcattttccacatgagtcacgatttgttcccaaggtgggaag
tgctgataacgaaggggttgagggagccaagctcgtgaccccatgccttg
tgtccatgtctgtagctcagcagttgccaacctgggggctctcactcaca
ccagaacgtcatggcttgtcccctgtccatgttaattataaactacctga
agcagccagagtgtttggttcatccaccattatatccacccacgttaaca
gccagtgagtagttcacgtgtaaattccatctgacttttaattccggcca
tgctgttatctgtggcttctgtgtatgctctctccttgtttgctttttta
gtagcttaagattggatagggttttccatgaagagagcagtggtggttgt
gcagagctgttaagaataacagctcttgggggtggtacagtcctagtacc
ctgatcatagtgtgtagctactgctgcactgtccatgagtagccagatgc
cactggtccactttccccactcctgtcctctctccacaccgtcagtaaat
gtagggttccccaccctttccacatttttgctctcttttattagaacttc
ccgctttaagacatacatgtgacattagttggaaatgttattaagatctg
tgaatttcacatctattttt
gaattccagaaaaatagtaatgccatgttcctggagtgaccttgtctggg
gattgttaaactctgcagctgtaaagtagcctttgcagggtgatgagaca
tccactccaggagaacacacagtctgtccatcagccaagttgccttggaa
atacaacacgggctcaccattggccttaataaaacatgcataattcaatc
cagaaagcaaacgagaggtcatttcccctatctgtccgttctgcaacatt
tctcctatgtactcttaaaagtcatcgtgaccctagctagctactctgtg
aaggcataatgcccaattaaattaccttcattatgaacacacacaggcaa
atactttttatagcacattactctgaacctataataagcattgaggggaa
atagcataaaagctcttttagaattatatagagacttttacacaattggt
gatacctaaaaaggtcagcgagaattcttttttaccatgtagggttcaat
gggcagagacattatgaaactgacatttttgtaatgagggaacattttta
tattaattctcttgggtctaagggcagtctttgattaacaattatatcca
aagagaagatgaagaccttcaaagcaagccatgcttctagacttgagatt
caaatgattcaatgtcttttctatgctatgttaacagtgttttgctagga
ttcacccatacactcctcatggtaactttatgagccttgttacttttata
ctgctttatactacaatatacaagcattactacttttataccgatgatga
ccatggcttagagttcacatgacttacgtcaaacttaaggcagggagttt
gagactagcatcagaacccagtgttgctaaatatgtagtttccccctcct
aactattgctttggttgctttctggaactccacaattccctatcatatcg
tactgacaagtggataaaaagtgcttctatccagcagtacttgttagcaa
catttattccacccttacccacattaaacattgctcattcagactgactt
caggcaagaatcatataaatattttattccagaatgtaaactctccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_10219177_10220396
seq2: B6Ng01-134D23.b_49_1268 (reverse)

seq1  AAAAATAAGTG-GAAATTCACAAGATTCTATTAAATAACATATTCCAAAC  49
      |||||||  || ||||||||| ||||     | |||||||| |||| |||
seq2  AAAAATAGATGTGAAATTCAC-AGAT----CTTAATAACAT-TTCC-AAC  43

seq1  TAATGGTACCATGTA-GTCTTATAGCCGGAAG-TCTAATAAAAGAG---C  94
      |||| ||  |||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||    
seq2  TAAT-GTCACATGTATGTCTTAAAGCGGGAAGTTCTAATAAAAGAGAGCA  92

seq1  AAAATGTG---AATGTTGTGAACCCTACA-TTACTGTACGTGTGGAGAG-  139
      ||||||||   |  || | |||||||||| ||||||   |||||||||| 
seq2  AAAATGTGGAAAGGGTGGGGAACCCTACATTTACTGACGGTGTGGAGAGA  142

seq1  GGACAGGAAGTGGGGAAAGTGGACCAGTGGCATCTGGCTACTCATGGACA  189
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGG-AGTGGGGAAAGTGGACCAGTGGCATCTGGCTACTCATGGACA  191

seq1  GTGCAGCAGTAGCTACACACTATGATCAGGGTACCTAGGACTGTACCA-C  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  GTGCAGCAGTAGCTACACACTATGATCAGGGTA-CTAGGACTGTACCACC  240

seq1  CCCAAGAGCTGTTATTCTTAACAGCCTCCTGCACAACCACCACTGCTCTC  288
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGAGCTGTTATTCTTAACAGC--TCTGCACAACCACCACTGCTCTC  288

seq1  TTCATGGAAAACCCTATCCAATCTTAAGCTACTAAAAAAGCAAACAAGGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGAAAACCCTATCCAATCTTAAGCTACTAAAAAAGCAAACAAGGA  338

seq1  GAGAGCATACACAGAAGCCACAGATAACAGCATGGCCGGAATTAAAAGTC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCATACACAGAAGCCACAGATAACAGCATGGCCGGAATTAAAAGTC  388

seq1  AGATGGAATTTACACGTGAACTACTCACTGGCTGTTAACGTGGGTGGATA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAATTTACACGTGAACTACTCACTGGCTGTTAACGTGGGTGGATA  438

seq1  TAATGGTGGATGAACCAAACACTCTGGCTGCTTCAGGTAGTTTATAATTA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTGGATGAACCAAACACTCTGGCTGCTTCAGGTAGTTTATAATTA  488

seq1  ACATGGACAGGGGACAAGCCATGACGTTCTGGTGTGAGTGAGAGCCCCCA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGACAGGGGACAAGCCATGACGTTCTGGTGTGAGTGAGAGCCCCCA  538

seq1  GGTTGGCAACTGCTGAGCTACAGACATGGACACAAGGCATGGGGTCACGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCAACTGCTGAGCTACAGACATGGACACAAGGCATGGGGTCACGA  588

seq1  GCTTGGCTCCCTCAACCCCTTCGTTATCAGCACTTCCCACCTTGGGAACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCTCCCTCAACCCCTTCGTTATCAGCACTTCCCACCTTGGGAACA  638

seq1  AATCGTGACTCATGTGGAAAATGCCACTCATTATGTACTACTGAATTTTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTGACTCATGTGGAAAATGCCACTCATTATGTACTACTGAATTTTG  688

seq1  TCCAATGCAAGCCCAGAGGACAATATTGGATGTTTGTTCATAACAAGACA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGCAAGCCCAGAGGACAATATTGGATGTTTGTTCATAACAAGACA  738

seq1  CATTTCATATCCAGTGCTGAGTGTGTGGTTAGGAAAGTGAAAGTTAAAGC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATATCCAGTGCTGAGTGTGTGGTTAGGAAAGTGAAAGTTAAAGC  788

seq1  CCCTTGGCCCTTCATTTTATGATGTGGTCTACATTCCACTTCTTTCTTCC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGCCCTTCATTTTATGATGTGGTCTACATTCCACTTCTTTCTTCC  838

seq1  TCATTTCCTTTCCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAATTTTAAGTGTGG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCCTTTCCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAATTTTAAGTGTGG  888

seq1  TAACTGCCCAAACTTCATAAGAAATAAAACATAGATATCTTGCTTACAAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCCCAAACTTCATAAGAAATAAAACATAGATATCTTGCTTACAAT  938

seq1  TTCTAATAGGCTTTAAAAAGCCAATAGAATATTTATTCATAATGCATCTA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAGGCTTTAAAAAGCCAATAGAATATTTATTCATAATGCATCTA  988

seq1  TGTATCATTTTCATCCATCTCTCTGTATATCACTTTCTCTCTGTCTCTGT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATTTTCATCCATCTCTCTGTATATCACTTTCTCTCTGTCTCTGT  1038

seq1  TTCTGCTTTTCTGCCTCTCTGTCTCTGTCTGCCTGCCTCTCTCTCTCTCT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTTTTCTGCCTCTCTGTCTCTGTCTGCCTGCCTCTCTCTCTCTCT  1088

seq1  CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTATTGACAGGCCCACCC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTATTGACAGGCCCACCC  1138

seq1  TCTTCAATATGTGTACGGAGATCAGAGGACAACTTGTAGAAGTTATTCTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATATGTGTACGGAGATCAGAGGACAACTTGTAGAAGTTATTCTC  1188

seq1  CTTTCACAGTATAGGTTTTGAGAACTGAATTC  1220
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACAGTATAGGTTTTGAGAACTGAATTC  1220

seq1: chr13_10058832_10059937
seq2: B6Ng01-134D23.g_66_1163

seq1  GAATTCCAGAAAAATAGTAATGCCATGTTCCTGGAGTGACCTTGTCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAAAATAGTAATGCCATGTTCCTGGAGTGACCTTGTCTGGG  50

seq1  GATTGTTAAACTCTGCAGCTGTAAAGTAGCCTTTGCAGGGTGATGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTAAACTCTGCAGCTGTAAAGTAGCCTTTGCAGGGTGATGAGACA  100

seq1  TCCACTCCAGGAGAACACACAGTCTGTCCATCAGCCAAGTTGCCTTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCCAGGAGAACACACAGTCTGTCCATCAGCCAAGTTGCCTTGGAA  150

seq1  ATACAACACGGGCTCACCATTGGCCTTAATAAAACATGCATAATTCAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACACGGGCTCACCATTGGCCTTAATAAAACATGCATAATTCAATC  200

seq1  CAGAAAGCAAACGAGAGGTCATTTCCCCTATCTGTCCGTTCTGCAACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAAACGAGAGGTCATTTCCCCTATCTGTCCGTTCTGCAACATT  250

seq1  TCTCCTATGTACTCTTAAAAGTCATCGTGACCCTAGCTAGCTACTCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTATGTACTCTTAAAAGTCATCGTGACCCTAGCTAGCTACTCTGTG  300

seq1  AAGGCATAATGCCCAATTAAATTACCTTCATTATGAACACACACAGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAATGCCCAATTAAATTACCTTCATTATGAACACACACAGGCAA  350

seq1  ATACTTTTTATAGCACATTACTCTGAACCTATAATAAGCATTGAGGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTTATAGCACATTACTCTGAACCTATAATAAGCATTGAGGGGAA  400

seq1  ATAGCATAAAAGCTCTTTTAGAATTATATAGAGACTTTTACACAATTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATAAAAGCTCTTTTAGAATTATATAGAGACTTTTACACAATTGGT  450

seq1  GATACCTAAAAAGGTCAGCGAGAATTCTTTTTTACCATGTAGGGTTCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTAAAAAGGTCAGCGAGAATTCTTTTTTACCATGTAGGGTTCAAT  500

seq1  GGGCAGAGACATTATGAAACTGACATTTTTGTAATGAGGGAACATTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGACATTATGAAACTGACATTTTTGTAATGAGGGAACATTTTTA  550

seq1  TATTAATTCTCTTGGGTCTAAGGGCAGTCTTTGATTAACAATTATATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTCTCTTGGGTCTAAGGGCAGTCTTTGATTAACAATTATATCCA  600

seq1  AAGAGAAGATGAAGACCTTCAAAGCAAGCCATGCTTCTAGACTTGAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGATGAAGACCTTCAAAGCAAGCCATGCTTCTAGACTTGAGATT  650

seq1  CAAATGATTCAAATGTCTTTTCTATGCTATGTTAACAGTGTTTTGCTAGG  700
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATTC-AATGTCTTTTCTATGCTATGTTAACAGTGTTTTGCTAGG  699

seq1  ATTCACCCATACACTCCTCATGGTAACTTTATGAGCCTTGTTACTTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCCATACACTCCTCATGGTAACTTTATGAGCCTTGTTACTTTTAT  749

seq1  ACTGCTTTATACTACAATATACAAGCATTACTACTTTTATACCGATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTATACTACAATATACAAGCATTACTACTTTTATACCGATGATG  799

seq1  ACCATGGCTTAGAGTTCACATGACTTACGTCAAACTTAAGGCAGGGAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGCTTAGAGTTCACATGACTTACGTCAAACTTAAGGCAGGGAGTT  849

seq1  TGAGACTAGCATCAGAACCCAGTGTTGCTAAATATGTAGTTTCCCCCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTAGCATCAGAACCCAGTGTTGCTAAATATGTAGTTTCCCCCTCC  899

seq1  TAACTATTGCTTTGGTTGCTTTCTGGAACTCCACAATTCCCTATCATATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTGCTTTGGTTGCTTTCTGGAACTCCACAATTCCCTATCATATC  949

seq1  GTTACTGACAAGTGGATAAAAAGTGCTTCTATCCAGCAGGTACTTGTTAG  1000
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  G-TACTGACAAGTGGATAAAAAGTGCTTCTATCCAGCA-GTACTTGTTAG  997

seq1  C-ACATTTATTCCACCCTTACCCACATTAAACAATTGGCTCATTCAGGAC  1049
      | |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||
seq2  CAACATTTATTCCACCCTTACCCACATTAAACA--TTGCTCATTCA-GAC  1044

seq1  TGACTTCAGGGCAAAGAATCAATATAAA-ATATTTATCCAGATGGTAAAA  1098
      ||||||||||   ||||||| ||||||| || ||  ||||||  || |||
seq2  TGACTTCAGG--CAAGAATC-ATATAAATATTTTATTCCAGAATGT-AAA  1090

seq1  CTCTCCTA  1106
      ||||||||
seq2  CTCTCCTA  1098