BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143I03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 6,896,329 - 7,001,078
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
Downstream geneLOC667611, EG623516
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143I03.bB6Ng01-143I03.g
ACCDH941425DH941426
length1,0761,052
definitionDH941425|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143I03, 5' end.DH941426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,896,329 - 6,897,416)(7,000,012 - 7,001,078)
sequence
gaattctccacattgtcctgggatattgtttgtgttggttcatcttcttt
ctctttctcttcttcagtcttttctttccccacctctttttccttcttcc
ctggtttggcccccacctcccttcttcctcctcttccttgctcttgatgg
caggtacagaggtcaattctaccttagctttcatcttcctaattatgaat
tagaagttttctgtgagttaatattgttgacagtgccttggactcatgag
taaatttctgaaagaattagaccattcatatgtgaaggaaacataaaaca
aaattagaacctatttcatgtatttttaacttaaagtataggctgagatt
atgatgtgtatagacatatatcttgattctgtgttatataatagactttg
ataaatattaggcacaattaaatatggtatgatctagtataatattaata
aaacttaaaatatttgcttactaaacttattttagagatgtggatttaga
aaatcggggtctttttttttttaaaatatttatttattacatgtaactac
actgcagctgttttcagacacaccagaagagggcatcttatctcattata
gatggttgtgagctactgtgtagttcctggaatttgaactcaggatcttc
agaagtgcagtcagtgctcttaattgccgagccaactctccagctcttgc
cctggccctacttgctctggccctgctcactgtagctgtcttcaggcacc
ctagaagagggagtcagatctcattatggatggttgtgagtcaccatgtg
gctgctgtggttgtgaatcaccatgtggctgctgggacctcagatgccct
taacccctgaatgatctctccagctaggagggtcattattttaaaacaca
attaatttgcatatgtaaatgaccttgatggcaaggactgtacctgtgtt
tctattctggaagtatttaaagtgacagatttcaagagaagtgctatggc
atcctgtgtcaatatgcaagaatccctgcatggtgacacatcttgcatgt
cagcatgtttgaatgtggtgaatgaa

gaattcttggaaatggcaacataagcaaagacagcaaggtttttcttcag
atttatcaaattattcaatattaaattatttatttactatttttattttt
actggtgggttttttttatatttcaaatgtacctcccttctcagtttcct
ctccacaaaccccctatccccttttcctccctctgcctctatgaggatgc
tcccccaaccacccatccgctcctgccttactgcccttacactggggcat
cgagcctcaacaggactaaggggctccccttccagtgatgcctgatgagg
caatctttggctacatatgcagctggagccatgggtccccccgtgtgtac
tctttggttggtagtttagtccctgggagctctgggagggtctggttggt
tgatattgctgttcttcctgtggggttgcaaaccccttcagccccttcag
tcttgtctcctccactgggggtccccacactcagtccaatgtttggctgc
atggatccccatctgtattagtcaggctctggcagagcctctcttcagct
tgtataaatctttcacctttcactatttttatttgtgggtgtgagcctga
atgattttatacacatcacatgcttcatgatctcaaagaggcaaggggaa
gtggaggagacagaccctctgggactggagttagaggtagttgtgagata
ccatgagggtgctgggaactgaacctgggtcctcttaacctctgagatat
ctctccagcctcagagcaacagttcttttaaaaaataaacaaacagaatt
ttacaaagaacatgcacaacgaacaaaggaacaaacaaacaactatgaac
aggttagaggcagcctacaaaggagcaagaaaacatgcataacatgagat
tgggtctttgatgtactatggtagatctaaaatgatatcgttgctgtgaa
gatcacagtgaaggctcatatatttaaagagtgattactatcggatctag
ccttgcattctaggtacagtctaatcagctcaaatgggggggggggactc
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_6896329_6897416
seq2: B6Ng01-143I03.b_45_1120

seq1  GAATTCTCCACATTGTCCTGGGATATTGTTTGTGTTGGTTCATCTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACATTGTCCTGGGATATTGTTTGTGTTGGTTCATCTTCTTT  50

seq1  CTCTTTCTCTTCTTCAGTCTTTTCTTTCCCCACCTCTTTTTCCTTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTCTTCTTCAGTCTTTTCTTTCCCCACCTCTTTTTCCTTCTTCC  100

seq1  CTGGTTTGGCCCCCACCTCCCTTCTTCCTCCTCTTCCTTGCTCTTGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTGGCCCCCACCTCCCTTCTTCCTCCTCTTCCTTGCTCTTGATGG  150

seq1  CAGGTACAGAGGTCAATTCTACCTTAGCTTTCATCTTCCTAATTATGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACAGAGGTCAATTCTACCTTAGCTTTCATCTTCCTAATTATGAAT  200

seq1  TAGAAGTTTTCTGTGAGTTAATATTGTTGACAGTGCCTTGGACTCATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTTTCTGTGAGTTAATATTGTTGACAGTGCCTTGGACTCATGAG  250

seq1  TAAATTTCTGAAAGAATTAGACCATTCATATGTGAAGGAAACATAAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCTGAAAGAATTAGACCATTCATATGTGAAGGAAACATAAAACA  300

seq1  AAATTAGAACCTATTTCATGTATTTTTAACTTAAAGTATAGGCTGAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGAACCTATTTCATGTATTTTTAACTTAAAGTATAGGCTGAGATT  350

seq1  ATGATGTGTATAGACATATATCTTGATTCTGTGTTATATAATAGACTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGTATAGACATATATCTTGATTCTGTGTTATATAATAGACTTTG  400

seq1  ATAAATATTAGGCACAATTAAATATGGTATGATCTAGTATAATATTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATTAGGCACAATTAAATATGGTATGATCTAGTATAATATTAATA  450

seq1  AAACTTAAAATATTTGCTTACTAAACTTATTTTAGAGATGTGGATTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAAAATATTTGCTTACTAAACTTATTTTAGAGATGTGGATTTAGA  500

seq1  AAATCGGGGTCTTTTTTTTTTTAAAATATTTATTTATTACATGTAACTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGGGGTCTTTTTTTTTTTAAAATATTTATTTATTACATGTAACTAC  550

seq1  ACTGCAGCTGTTTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCTTATCTCATTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGCTGTTTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCTTATCTCATTATA  600

seq1  GATGGTTGTGAGCTACTGTGTAGTTCCTGGAATTTGAACTCAGGATCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGTGAGCTACTGTGTAGTTCCTGGAATTTGAACTCAGGATCTTC  650

seq1  AGAAGTGCAGTCAGTGCTCTTAATTGCCGAGCCAACTCTCCAGCTCTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGCAGTCAGTGCTCTTAATTGCCGAGCCAACTCTCCAGCTCTTGC  700

seq1  CCTGGCCCTACTTGCTCTGGCCCTGCTCACTGTAGCTGTCTTCAGGCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCTACTTGCTCTGGCCCTGCTCACTGTAGCTGTCTTCAGGCACC  750

seq1  CTAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGTCACCATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGTCACCATGTG  800

seq1  GCTGCTGTGGTTGTGAATCACCATGTGGCTGCTGGGACCTCAGATGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGTGGTTGTGAATCACCATGTGGCTGCTGGGACCTCAGATGCCCT  850

seq1  TAACCCCTGAATGATCTCTCCAGCTAGGAGGGTCATTATTTTAAAACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCTGAATGATCTCTCCAGCTAGGAGGGTCATTATTTTAAAACACA  900

seq1  ATTAATTTGCATATGTAAATGACCTTGATGGCAAGGACTGTACCTGTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTGCATATGTAAATGACCTTGATGGCAAGGACTGTACCTGTGTT  950

seq1  TCTTATTCTGGAAGGTATTTAAAAGGTGACAAGATTTCAAGAGAAGTGCT  1000
      || |||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TC-TATTCTGGAA-GTATTTAAA--GTGAC-AGATTTCAAGAGAAGTGCT  995

seq1  ATGGCAACCCTGTTGTCAATATGCAAGAATCCCTGCATGGTGACACATCT  1050
      ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGC-ATCCTG-TGTCAATATGCAAGAATCCCTGCATGGTGACACATCT  1043

seq1  TTGGCATGTCAGGGCAATGTTTGAATGTGGTGAATGAA  1088
      |  |||||||||    ||||||||||||||||||||||
seq2  T--GCATGTCAG---CATGTTTGAATGTGGTGAATGAA  1076


seq1: chr13_7000012_7001078
seq2: B6Ng01-143I03.g_66_1117 (reverse)

seq1  TTGAGTCCCCCCCCCCCCTTTTTTGAGCTGATTTAGACTGGTACCTATGA  50
      |||||||||||||||||    |||||||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  TTGAGTCCCCCCCCCCC---ATTTGAGCTGA-TTAGACT-GTACCTA-GA  44

seq1  ATGCAGGGCTAGATCCGATAGTAATTCACTCTTTAAATATATGAGCCCTT  100
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGCAAGGCTAGATCCGATAGTAA-TCACTCTTTAAATATATGAG-CCTT  92

seq1  CACTGTGATCTTTCACAGCAACGATATCATTTTTAGATTCTTACCAATAG  150
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||
seq2  CACTGTGATC-TTCACAGCAACGATATCA-TTTTAGAT--CTACC-ATAG  137

seq1  TACATCAAAGACCCAATCTCATGTTATGCATTGTTTTCTTGCCTCTTTGT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||
seq2  TACATCAAAGACCCAATCTCATGTTATGCA-TGTTTTCTTGCTCCTTTGT  186

seq1  AGGCTGCCTCTAACCTTGTTCATAGTTGTTTTGTTTGTTCCTTTGTTCGT  250
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCCTCTAACC-TGTTCATAGTTG-TTTGTTTGTTCCTTTGTTCGT  234

seq1  TGTGCATGTTCTTTGT-AAATTCTGTTTGTTTATTTTTTAAAAGAACTGT  299
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGTTCTTTGTAAAATTCTGTTTGTTTATTTTTTAAAAGAACTGT  284

seq1  TGCTCTGAGGCTGGAGAGATATCTCAGAGGTTAAGAGGACCCAGGTTCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGAGGCTGGAGAGATATCTCAGAGGTTAAGAGGACCCAGGTTCAG  334

seq1  TTCCCAGCACCCTCATGGTATCTCACAACTACCTCTAACTCCAGTCCCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCACCCTCATGGTATCTCACAACTACCTCTAACTCCAGTCCCAG  384

seq1  AGGGTCTGTCTCCTCCACTTCCCCTTGCCTCTTTGAGATCATGAAGCATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTGTCTCCTCCACTTCCCCTTGCCTCTTTGAGATCATGAAGCATG  434

seq1  TGATGTGTATAAAATCATTCAGGCTCACACCCACAAATAAAAATAGTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTATAAAATCATTCAGGCTCACACCCACAAATAAAAATAGTGAA  484

seq1  AGGTGAAAGATTTATACAAGCTGAAGAGAGGCTCTGCCAGAGCCTGACTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAAGATTTATACAAGCTGAAGAGAGGCTCTGCCAGAGCCTGACTA  534

seq1  ATACAGATGGGGATCCATGCAGCCAAACATTGGACTGAGTGTGGGGACCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGATGGGGATCCATGCAGCCAAACATTGGACTGAGTGTGGGGACCC  584

seq1  CCAGTGGAGGAGACAAGACTGAAGGGGCTGAAGGGGTTTGCAACCCCACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAGGAGACAAGACTGAAGGGGCTGAAGGGGTTTGCAACCCCACA  634

seq1  GGAAGAACAGCAATATCAACCAACCAGACCCTCCCAGAGCTCCCAGGGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACAGCAATATCAACCAACCAGACCCTCCCAGAGCTCCCAGGGAC  684

seq1  TAAACTACCAACCAAAGAGTACACACGGGGGGACCCATGGCTCCAGCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTACCAACCAAAGAGTACACACGGGGGGACCCATGGCTCCAGCTGC  734

seq1  ATATGTAGCCAAAGATTGCCTCATCAGGCATCACTGGAAGGGGAGCCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGCCAAAGATTGCCTCATCAGGCATCACTGGAAGGGGAGCCCCT  784

seq1  TAGTCCTGTTGAGGCTCGATGCCCCAGTGTAAGGGCAGTAAGGCAGGAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTGTTGAGGCTCGATGCCCCAGTGTAAGGGCAGTAAGGCAGGAGC  834

seq1  GGATGGGTGGTTGGGGGAGCATCCTCATAGAGGCAGAGGGAGGAAAAGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGTGGTTGGGGGAGCATCCTCATAGAGGCAGAGGGAGGAAAAGGG  884

seq1  GATAGGGGGTTTGTGGAGAGGAAACTGAGAAGGGAGGTACATTTGAAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGGGTTTGTGGAGAGGAAACTGAGAAGGGAGGTACATTTGAAATA  934

seq1  TAAAAAAAACCCACCAGTAAAAATAAAAATAGTAAATAAATAATTTAATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAACCCACCAGTAAAAATAAAAATAGTAAATAAATAATTTAATA  984

seq1  TTGAATAATTTGATAAATCTGAAGAAAAACCTTGCTGTCTTTGCTTATGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAATTTGATAAATCTGAAGAAAAACCTTGCTGTCTTTGCTTATGT  1034

seq1  TGCCATTTCCAAGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTCCAAGAATTC  1052


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |