BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144G02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,494,681 - 105,667,358
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik
Upstream geneSfrs12, Erbb2ip, LOC100040086, D130037M23Rik, Nln, Sgtb, 2410002O22Rik, LOC100040518, Trim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518
Downstream geneEG238836, Rgs7bp, 4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144G02.bB6Ng01-144G02.g
ACCDH942073DH942074
length1,140999
definitionDH942073|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144G02, 5' end.DH942074|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,494,681 - 105,495,827)(105,666,355 - 105,667,358)
sequence
gaattcttaaaacttttctagagcagcaggtaaagagaatgaaaagaacc
tatgttctccagtttgggctggtgcaacagaaatatccagacatccagat
gctctacagtgtgtgccttgggcctagcatttacatttatgaaatcgtag
tttctgttactgatatagagaccactgaagtggatcgcgtgacaatggtc
tgagtccaacaaaaggctgctcagttgagtgtggaaagtgaaggtagaaa
tagaaaagacaacggcatctaacgcacagggatcccgggatctctgcgga
ctcttgagtgcactccatcagttcatatgtacagttctactgtgtgtctg
taagaaaaccgtttccaccacttctgactcttacaatcttctgttccctc
ttcagcaaaaatccctgagccacgaggggaggggtatggtaaagacatcc
tattcagctacatattccaaagtctctcattctttgaagacagtgcactt
gtgggtctctgtgctaattgacatctactgcatgaaacttcgctgatgag
ggctaagcaatacactaatctgtgagtgtaacagtatatcattaggagta
attttattgctatgttcgtttagcaagatacaggtagtaggttttcccct
gggcctatgacttatgtagcattaggttcctgtctcaataacagtgtcag
atatgggttctttgtcatggaatggtcctaacatccatgaaagagtagtc
tcttactcccctaacatttgtgccactattggcatcagtcttacaggtaa
gtccttactatactcttagggtttgtggcctgatgatattgatgcctgta
gtccacagtttagccttctttcacaggacggccttttgatttctgtttac
ctgaagtacaccgtccctaatgcattcaaccccatactctgctttattcc
ttcactcagaagtcagcttcttacttttctaaaggcaatagattttttct
tgtcatattaagcattataataaatctaggtctggcttaactgctttgta
ttcttttggaggctccagcctcttaacttgtgccagatctgtggattagt
taagacctcttgctactttccctctcttgataggaatttg
gaattcagaggggcagctgacgttggcagacaattaaatcctcttagtct
ccattagcttagagagctctgcttcccctgaactcatggaacccaggaat
gccacctaagctattgccatagcccttgactatatagaagacatgatgtc
acctgcacagatgttaccatcaatattcccatcagtattggcgtcgttac
cagttccacagttgtctggaaccgaggaacctccatggacatttgaatat
tggtagttgtgcttggtagcacttcttaaccaaagttaagaacatgcata
ctttattccatgaagaaagatgacaggaagcaagatttcccaggatgcat
gagcatctgccatggggtggtctgagctccaaaatgtaaaaagcatgacc
atttcttttaacacttgtagaccagcaggacccatctctatgcaattttc
agacccacaacctgacagaagtaaaggcaaatacttttgactagatacca
gttaagactagatttttcctggccatagagcatacaacttggtagattga
ctataaatcgtatctttggttactgggtcctgtgagctatattacaacca
actgactggatttgtaacatcccttctaagcacaggaacctcgattgcta
acctattctaatagtcactacttcatcctctctcatattaacaatgacta
ggaattaggggttggtataaagagtacctcaccattctcttctcacccag
atttaatttttgttcttagcatatggtgaaaagaatataaagacaatgct
agattgagggtaagtctgctgaaaggttactaaataagtgaggttactgt
acttagaggctgtgccaaaaatcccatcatttggctgttatatagttaac
ctttaccaggaactgatctttgagaaagatgcattgagtgtgtgtgtggg
tgtttcctgcatgtatgtatgtgcactgtgtgctgctcatgctcacgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105494681_105495827
seq2: B6Ng01-144G02.b_46_1185

seq1  GAATTCTTAAAACTTTTCTAGAGCAGCAGGTAAAGAGAATGAAAAGAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAACTTTTCTAGAGCAGCAGGTAAAGAGAATGAAAAGAACC  50

seq1  TATGTTCTCCAGTTTGGGCTGGTGCAACAGAAATATCCAGACATCCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCTCCAGTTTGGGCTGGTGCAACAGAAATATCCAGACATCCAGAT  100

seq1  GCTCTACAGTGTGTGCCTTGGGCCTAGCATTTACATTTATGAAATCGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACAGTGTGTGCCTTGGGCCTAGCATTTACATTTATGAAATCGTAG  150

seq1  TTTCTGTTACTGATATAGAGACCACTGAAGTGGATCGCGTGACAATGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTACTGATATAGAGACCACTGAAGTGGATCGCGTGACAATGGTC  200

seq1  TGAGTCCAACAAAAGGCTGCTCAGTTGAGTGTGGAAAGTGAAGGTAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCAACAAAAGGCTGCTCAGTTGAGTGTGGAAAGTGAAGGTAGAAA  250

seq1  TAGAAAAGACAACGGCATCTAACGCACAGGGATCCCGGGATCTCTGCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGACAACGGCATCTAACGCACAGGGATCCCGGGATCTCTGCGGA  300

seq1  CTCTTGAGTGCACTCCATCAGTTCATATGTACAGTTCTACTGTGTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGTGCACTCCATCAGTTCATATGTACAGTTCTACTGTGTGTCTG  350

seq1  TAAGAAAACCGTTTCCACCACTTCTGACTCTTACAATCTTCTGTTCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAACCGTTTCCACCACTTCTGACTCTTACAATCTTCTGTTCCCTC  400

seq1  TTCAGCAAAAATCCCTGAGCCACGAGGGGAGGGGTATGGTAAAGACATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAAAATCCCTGAGCCACGAGGGGAGGGGTATGGTAAAGACATCC  450

seq1  TATTCAGCTACATATTCCAAAGTCTCTCATTCTTTGAAGACAGTGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGCTACATATTCCAAAGTCTCTCATTCTTTGAAGACAGTGCACTT  500

seq1  GTGGGTCTCTGTGCTAATTGACATCTACTGCATGAAACTTCGCTGATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCTCTGTGCTAATTGACATCTACTGCATGAAACTTCGCTGATGAG  550

seq1  GGCTAAGCAATACACTAATCTGTGAGTGTAACAGTATATCATTAGGAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGCAATACACTAATCTGTGAGTGTAACAGTATATCATTAGGAGTA  600

seq1  ATTTTATTGCTATGTTCGTTTAGCAAGATACAGGTAGTAGGTTTTCCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTGCTATGTTCGTTTAGCAAGATACAGGTAGTAGGTTTTCCCCT  650

seq1  GGGCCTATGACTTATGTAGCATTAGGTTCCTGTCTCAATAACAGTGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTATGACTTATGTAGCATTAGGTTCCTGTCTCAATAACAGTGTCAG  700

seq1  ATATGGGTTCTTTGTCATGGAATGGTCCTAACATCCATGAAAGAGTAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGTTCTTTGTCATGGAATGGTCCTAACATCCATGAAAGAGTAGTC  750

seq1  TCTTACTCCCCTAACATTTGTGCCACTATTGGCATCAGTCTTACAGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTCCCCTAACATTTGTGCCACTATTGGCATCAGTCTTACAGGTAA  800

seq1  GTCCTTACTATACTCTTAGGGTTTGTGGCCTGATGATATTGATGCCTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTACTATACTCTTAGGGTTTGTGGCCTGATGATATTGATGCCTGTA  850

seq1  GTCCACAGTTTAGCCTTCTTTCACAGGACGGCCTTTTGATTTCTGTTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGTTTAGCCTTCTTTCACAGGACGGCCTTTTGATTTCTGTTTAC  900

seq1  CTGAAGTACACCGTCCCTAATGCATTCAACCCCATACTCTGCTTTATTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTACACCGTCCCTAATGCATTCAACCCCATACTCTGCTTTATTCC  950

seq1  TTCACTCAGAAGTCAGC-TCTTACTTTTCTAAAGGCAATAGATTTTT--C  997
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  TTCACTCAGAAGTCAGCTTCTTACTTTTCTAAAGGCAATAGATTTTTTCT  1000

seq1  TGTCAATATTAAGCATTATAATAAATCTAGGTCTGGCTTTACTGCTTTGT  1047
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTC-ATATTAAGCATTATAATAAATCTAGGTCTGGCTTAACTGCTTTGT  1049

seq1  A-TCTTTTGAGGCCTCCAAGGCTCCTTTACCTTGTGCCAAGATCTGTTTG  1096
      | |||||||  | |||| || |||  ||| |||||||| ||||||| | |
seq2  ATTCTTTTGGAGGCTCC-AGCCTC--TTAACTTGTGCC-AGATCTG-TGG  1094

seq1  ATTAGTTAGAAACCTCTTGCTCACCTTCCCCTCTCTTTGATAAGGAATTT  1146
      |||||||| | ||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATTAGTTA-AGACCTCTTGCT--ACTTTCCCTCTC-TTGAT-AGGAATTT  1139

seq1  G  1147
      |
seq2  G  1140

seq1: chr13_105666355_105667358
seq2: B6Ng01-144G02.g_67_1065 (reverse)

seq1  TCCGTGAGCATGAGGCAGGCACACAGTGCACATACATACATGCAGGAAAA  50
      ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCGTGAGCATGA-GCA-GCACACAGTGCACATACATACATGCAGG-AAA  47

seq1  CACCCACACACACAACCTCAATGCATCTTTCTCAAAGATCAGTTCCTGGT  100
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACACACA--CTCAATGCATCTTTCTCAAAGATCAGTTCCTGGT  95

seq1  AAAGGTTAACTATATAACAGCCAAATGATGGGATTTTTGGCACAGCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTAACTATATAACAGCCAAATGATGGGATTTTTGGCACAGCCTCT  145

seq1  AAGTACAGTAACCTCACTTATTTAGTAACCTTTCAGCAGACTTACCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAGTAACCTCACTTATTTAGTAACCTTTCAGCAGACTTACCCTCA  195

seq1  ATCTAGCATTGTCTTTATATTCTTTTCACCATATGCTAAGAACAAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCATTGTCTTTATATTCTTTTCACCATATGCTAAGAACAAAAATT  245

seq1  AAATCTGGGTGAGAAGAGAATGGTGAGGTACTCTTTATACCAACCCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGGGTGAGAAGAGAATGGTGAGGTACTCTTTATACCAACCCCTAA  295

seq1  TTCCTAGTCATTGTTAATATGAGAGAGGATGAAGTAGTGACTATTAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGTCATTGTTAATATGAGAGAGGATGAAGTAGTGACTATTAGAAT  345

seq1  AGGTTAGCAATCGAGGTTCCTGTGCTTAGAAGGGATGTTACAAATCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGCAATCGAGGTTCCTGTGCTTAGAAGGGATGTTACAAATCCAGT  395

seq1  CAGTTGGTTGTAATATAGCTCACAGGACCCAGTAACCAAAGATACGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGGTTGTAATATAGCTCACAGGACCCAGTAACCAAAGATACGATTT  445

seq1  ATAGTCAATCTACCAAGTTGTATGCTCTATGGCCAGGAAAAATCTAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCAATCTACCAAGTTGTATGCTCTATGGCCAGGAAAAATCTAGTCT  495

seq1  TAACTGGTATCTAGTCAAAAGTATTTGCCTTTACTTCTGTCAGGTTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGTATCTAGTCAAAAGTATTTGCCTTTACTTCTGTCAGGTTGTGG  545

seq1  GTCTGAAAATTGCATAGAGATGGGTCCTGCTGGTCTACAAGTGTTAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAATTGCATAGAGATGGGTCCTGCTGGTCTACAAGTGTTAAAAG  595

seq1  AAATGGTCATGCTTTTTACATTTTGGAGCTCAGACCACCCCATGGCAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTCATGCTTTTTACATTTTGGAGCTCAGACCACCCCATGGCAGAT  645

seq1  GCTCATGCATCCTGGGAAATCTTGCTTCCTGTCATCTTTCTTCATGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGCATCCTGGGAAATCTTGCTTCCTGTCATCTTTCTTCATGGAAT  695

seq1  AAAGTATGCATGTTCTTAACTTTGGTTAAGAAGTGCTACCAAGCACAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGCATGTTCTTAACTTTGGTTAAGAAGTGCTACCAAGCACAACT  745

seq1  ACCAATATTCAAATGTCCATGGAGGTTCCTCGGTTCCAGACAACTGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATATTCAAATGTCCATGGAGGTTCCTCGGTTCCAGACAACTGTGGA  795

seq1  ACTGGTAACGACGCCAATACTGATGGGAATATTGATGGTAACATCTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTAACGACGCCAATACTGATGGGAATATTGATGGTAACATCTGTGC  845

seq1  AGGTGACATCATGTCTTCTATATAGTCAAGGGCTATGGCAATAGCTTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACATCATGTCTTCTATATAGTCAAGGGCTATGGCAATAGCTTAGG  895

seq1  TGGCATTCCTGGGTTCCATGAGTTCAGGGGAAGCAGAGCTCTCTAAGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTCCTGGGTTCCATGAGTTCAGGGGAAGCAGAGCTCTCTAAGCTA  945

seq1  ATGGAGACTAAGAGGATTTAATTGTCTGCCAACGTCAGCTGCCCCTCTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACTAAGAGGATTTAATTGTCTGCCAACGTCAGCTGCCCCTCTGA  995

seq1  ATTC  1004
      ||||
seq2  ATTC  999