BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146K15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 96,600,238 - 96,778,168
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIqgap2, Sv2c
Upstream geneTbca, Otp, Wdr41, Pde8b, Zbed3, Aggf1, Crhbp, S100z, F2rl1, F2r, F2rl2
Downstream geneLOC667582, 1200014M14Rik, 9330128J19Rik, Polk, Col4a3bp, Hmgcr, LOC100039456, LOC625662
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146K15.bB6Ng01-146K15.g
ACCDH943743DH943744
length1,044919
definitionDH943743|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146K15, 5' end.DH943744|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,777,116 - 96,778,168)(96,600,238 - 96,601,160)
sequence
gaattcttagaagctgtgaaagggggaaactatataacctacatggcctg
gcactagggttgccctatgacctttgcatgtatgcataactctcatctac
atgtgcactcctcacacacaaacaagctcattaatatcaactaaatcatc
aaatcatcaataattaaatatcgtttaattaaatcattattaaacataaa
taaaatgagttttgtagcaacagagcaagagggagcttagagctctgtcc
gagatacgcacatgaaagtacacatcacggttctccaagggggcttcggt
cgtatgttatgatttaaggctgacagcataatgaacttccatatttgtga
gaagcttaggttagctgctcccacagattttgtttacaatagagtccatt
gttgttctggatggactcacacaaatgagaaatgccctacaccagatgca
aaatatttatcattttacatcctcctgcagtgacaaagttacttcaaagt
aagaaagaaggaggcatgggaaataaataactcgggaaattgaatgatgt
ggccccattagccatttaattatctagattgggtttgaaaatattgtgac
attgtgatttagagccaatttgagaggcatcttgataagatttgaggccc
gaataatcatgccagtcccagcagctgctattatgtggttagtaagtggt
tagtaagaagactgattttgtaactaatatccataacaaaaacgtcctgg
acatgggttcctctcgctttgaggctgtgcctgagttgctttctctgcgg
cgaggtaaggaatcccgagcctttccctgtctcattctcttgagatccaa
acgctgacgcacgtgagagactgtgcaccaggctggagcggcagtggact
ggtgtcgtgaagtccagcagagtcctgaagtacattaatttcagagctgc
agctgacccagccagccattcagcagctcaggtttttgtttgttcgttgt
tttgttttcaagacagggttctctctgggtaggccttggctgtc
gaattccagaacagccgcagctacagagagaagccttgtctcaagaaaac
caaggtgggaaaaaaagccaagggatatttaacccaagctggcaagacac
agggggaagagtttgaaataactaaagatgttaatttctagactcattta
actttgtcacaaataacaacaagacaaaacaatgacaaagacaatcaata
cacaggtaactccctatactaaaaattcagtgtcaaactaagaacttaaa
ttgaatttatcaaaaaaaaaatgccatactgttgagttttctaatatgtt
cacaattgattcgacttggagagactcacagagtgaaagagcatacatta
cccaacagccagaagaagacatttctcctcatcccaaacctgtccccaaa
cccaccacagatagggatctcatgccccacccccacccccacccccaggc
taggcgctctgcaaatggatttgggacctggccccacctgaggaacacat
cgtctatactgagaaagcaaatagggagccacttgacattctgcagccat
tctgagacataagagctaaggaatctgccatgacagtttgggatcctaca
aagttcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacagcactgcttccctcagagccggcatggaatcccatgaag
aataaaatcccaggccagtgtgaacttacaaccataaagacatgagcagg
tagtaggagtgatgtatgcttatggacatctgcaatcctagtactttaga
gactgaggcaggaggatatcagttagaagccagctggggctatatttctg
tatacagcctgggcatacaacaagactaattttaaggaagaagaaggaag
gaaggaagggaggaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_96777116_96778168
seq2: B6Ng01-146K15.b_46_1089 (reverse)

seq1  GACAGCC-AGGGCTACACAGAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAAAAACA  49
      ||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||   
seq2  GACAGCCAAGGCCTACCCAGAGAG-AACCCTGTCTTG-AAAACAAAA--C  46

seq1  AACGAACAAACAAAAACCCTGAGCTGCTGAATGGCTGGCTGGGTCAGCTG  99
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAACAAACAAAAA-CCTGAGCTGCTGAATGGCTGGCTGGGTCAGCTG  95

seq1  CCGCTCTGGAAATTTATGTACTTCAGGACTCTGCTGGACCTTCCACGACA  149
      | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||
seq2  CAGCTCT-GAAATTAATGTACTTCAGGACTCTGCTGGAC--TTCACGACA  142

seq1  CCCAGTCCACTGCCGCTCCAGCCTGGTGCACAGTCTCTCACGTGCCGTCA  199
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  -CCAGTCCACTGCCGCTCCAGCCTGGTGCACAGTCTCTCACGTG-CGTCA  190

seq1  GCGTTTGGATCTCAAGAGAATGAGACAGGGAAAGGCTCGGGATTCCTTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTGGATCTCAAGAGAATGAGACAGGGAAAGGCTCGGGATTCCTTAC  240

seq1  CTCGCCGCAGAGAAAGCAACTCAGGCACAGCCTCAAAGCGAGAGGAACCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCGCAGAGAAAGCAACTCAGGCACAGCCTCAAAGCGAGAGGAACCC  290

seq1  ATGTCCAGGACGTTTTTGTTATGGATATTAGTTACAAAATCAGTCTTCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAGGACGTTTTTGTTATGGATATTAGTTACAAAATCAGTCTTCTT  340

seq1  ACTAACCACTTACTAACCACATAATAGCAGCTGCTGGGACTGGCATGATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCACTTACTAACCACATAATAGCAGCTGCTGGGACTGGCATGATT  390

seq1  ATTCGGGCCTCAAATCTTATCAAGATGCCTCTCAAATTGGCTCTAAATCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGGCCTCAAATCTTATCAAGATGCCTCTCAAATTGGCTCTAAATCA  440

seq1  CAATGTCACAATATTTTCAAACCCAATCTAGATAATTAAATGGCTAATGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCACAATATTTTCAAACCCAATCTAGATAATTAAATGGCTAATGG  490

seq1  GGCCACATCATTCAATTTCCCGAGTTATTTATTTCCCATGCCTCCTTCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATCATTCAATTTCCCGAGTTATTTATTTCCCATGCCTCCTTCTT  540

seq1  TCTTACTTTGAAGTAACTTTGTCACTGCAGGAGGATGTAAAATGATAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTTGAAGTAACTTTGTCACTGCAGGAGGATGTAAAATGATAAAT  590

seq1  ATTTTGCATCTGGTGTAGGGCATTTCTCATTTGTGTGAGTCCATCCAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCATCTGGTGTAGGGCATTTCTCATTTGTGTGAGTCCATCCAGAA  640

seq1  CAACAATGGACTCTATTGTAAACAAAATCTGTGGGAGCAGCTAACCTAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGGACTCTATTGTAAACAAAATCTGTGGGAGCAGCTAACCTAAG  690

seq1  CTTCTCACAAATATGGAAGTTCATTATGCTGTCAGCCTTAAATCATAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACAAATATGGAAGTTCATTATGCTGTCAGCCTTAAATCATAACA  740

seq1  TACGACCGAAGCCCCCTTGGAGAACCGTGATGTGTACTTTCATGTGCGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGACCGAAGCCCCCTTGGAGAACCGTGATGTGTACTTTCATGTGCGTA  790

seq1  TCTCGGACAGAGCTCTAAGCTCCCTCTTGCTCTGTTGCTACAAAACTCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGACAGAGCTCTAAGCTCCCTCTTGCTCTGTTGCTACAAAACTCAT  840

seq1  TTTATTTATGTTTAATAATGATTTAATTAAACGATATTTAATTATTGATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATGTTTAATAATGATTTAATTAAACGATATTTAATTATTGATG  890

seq1  ATTTGATGATTTAGTTGATATTAATGAGCTTGTTTGTGTGTGAGGAGTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGATTTAGTTGATATTAATGAGCTTGTTTGTGTGTGAGGAGTGC  940

seq1  ACATGTAGATGAGAGTTATGCATACATGCAAAGGTCATAGGGCAACCCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAGATGAGAGTTATGCATACATGCAAAGGTCATAGGGCAACCCTA  990

seq1  GTGCCAGGCCATGTAGGTTATATAGTTTCCCCCTTTCACAGCTTCTAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGGCCATGTAGGTTATATAGTTTCCCCCTTTCACAGCTTCTAAGA  1040

seq1  ATTC  1053
      ||||
seq2  ATTC  1044

seq1: chr13_96600238_96601160
seq2: B6Ng01-146K15.g_69_987

seq1  GAATTCCAGAACAGCCGCAGCTACAGAGAGAAGCCTTGTCTCAAGAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAACAGCCGCAGCTACAGAGAGAAGCCTTGTCTCAAGAAAAC  50

seq1  CAAGGTGGGAAAAAAAGCCAAGGGATATTTAACCCAAGCTGGCAAGACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGGAAAAAAAGCCAAGGGATATTTAACCCAAGCTGGCAAGACAC  100

seq1  AGGGGGAAGAGTTTGAAATAACTAAAGATGTTAATTTCTAGACTCATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAAGAGTTTGAAATAACTAAAGATGTTAATTTCTAGACTCATTTA  150

seq1  ACTTTGTCACAAATAACAACAAGACAAAACAATGACAAAGACAATCAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCACAAATAACAACAAGACAAAACAATGACAAAGACAATCAATA  200

seq1  CACAGGTAACTCCCTATACTAAAAATTCAGTGTCAAACTAAGAACTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTAACTCCCTATACTAAAAATTCAGTGTCAAACTAAGAACTTAAA  250

seq1  TTGAATTTATCAAAAAAAAAATGCCATACTGTTGAGTTTTCTAATATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTATCAAAAAAAAAATGCCATACTGTTGAGTTTTCTAATATGTT  300

seq1  CACAATTGATTCGACTTGGAGAGACTCACAGAGTGAAAGAGCATACATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTGATTCGACTTGGAGAGACTCACAGAGTGAAAGAGCATACATTA  350

seq1  CCCAACAGCCAGAAGAAGACATTTCTCCTCATCCCAAACCTGTCCCCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACAGCCAGAAGAAGACATTTCTCCTCATCCCAAACCTGTCCCCAAA  400

seq1  CCCACCACAGATAGGGATCTCATGCCCCACCCCCACCCCCACCCCCAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCACAGATAGGGATCTCATGCCCCACCCCCACCCCCACCCCCAGGC  450

seq1  TAGGCGCTCTGCAAATGGATTTGGGACCTGGCCCCACCTGAGGAACACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCGCTCTGCAAATGGATTTGGGACCTGGCCCCACCTGAGGAACACAT  500

seq1  CGTCTATACTGAGAAAGCAAATAGGGAGCCACTTGACATTCTGCAGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTATACTGAGAAAGCAAATAGGGAGCCACTTGACATTCTGCAGCCAT  550

seq1  TCTGAGACATAAGAGCTAAGGAATCTGCCATGACAG-TTGGGATCCTACA  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGAGACATAAGAGCTAAGGAATCTGCCATGACAGTTTGGGATCCTACA  600

seq1  AAGTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  650

seq1  ACACACACACAGCACTGCTTCCCTCAGAGCCGGCATGGAATCCCATGAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAGCACTGCTTCCCTCAGAGCCGGCATGGAATCCCATGAAG  700

seq1  AATAAAATCCCAGGCCAGTGTGAACTTACAACCATAAAGACATGAGCAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATCCCAGGCCAGTGTGAACTTACAACCATAAAGACATGAGCAGG  750

seq1  TAGTAGGAGTGATGTATGCTTATGGACATCTGCAATCCTAGTACTTTAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGGAGTGATGTATGCTTATGGACATCTGCAATCCTAGTACTTTAGA  800

seq1  GACTGAGGCAGGAGGATATCAAGTTAGAAGCCAGCTGGGGCTATATTTCT  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGGCAGGAGGATATC-AGTTAGAAGCCAGCTGGGGCTATATTTCT  849

seq1  GTATACAGCCTGGGCAATACAACAAGACCTAATTTTAAGGAAGGAAGGAA  899
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  | |||
seq2  GTATACAGCCTGGGC-ATACAACAAGA-CTAATTTTAAGGAAG--AAGAA  895

seq1  GGAAGGAAGGAAGGGAGGAAGAGG  923
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAGGAAGGGAGGAAGAGG  919