BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149G23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 103,417,713 - 103,543,377
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd180, Mast4
Upstream genePik3r1
Downstream geneEG621312, EG432800, LOC432801, LOC100040045, Ppia-ps13_1282.1, Sfrs12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149G23.bB6Ng01-149G23.g
ACCDH945774DH945775
length1,1081,116
definitionDH945774|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149G23, 5' end.DH945775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,542,263 - 103,543,377)(103,417,713 - 103,418,815)
sequence
gaattcttttatagatgacatatattgggaagaattgaagctatataaca
tcaaagaaattaatttttttacatttgttatttgtgcaaaaaaaaaaaaa
ctgataaggcattatataaattcctttgctaggaaacaccccattgagcc
ccataaagcatacaactcctcactgttgtctgtatggccatccgcacctc
aaaggtgcctccagtacccctgtacatcagggaagggcagttcagtgcgg
cctggtccatctataagagcaagtaaggtagcctgcactgtggaagtccc
accatttgtagaagaaagggaggcccaccctgtggttaagaagggcgatc
tgtcctatccttcccacagtttgaatcttaagtgtctgtcctgtcctcca
ctcacatgtcatgaaggtccccatccaccagtgacctcctttttacctgg
cctttggatcagacagaaaagcatcagaaaagagaatcaacgaggcacat
ggagtcagagtagaagaacactcacagttagacccagctttcctcctgtc
tgggcaacagaagacttagaacacatgtagtatggatgttttcaccttac
agtgaccacattgggtcttgccatatccttgtgagtctccagtattactg
ggcacctcgttaccttgttcctcagaacacacacacacacatgtttcata
gtagttaacatccacatacaatcacataaagtgagcgtgcatcttaattt
ggttctggctgctagaacactcagataagttagaagcagtagatctgttg
tttgtggctgagatgcccatagtgaaaggcctcagcagatacaatgtctt
gtttcacatagacaacgtatcttaaaggttctgcagcctcttccagaaac
acagtaaccccatcaccagaggcagaaccctcatagtctagttattttca
aatcccctgctgatattgttaccttgggtgttagtttcagcttctgagcc
ctgggaatacaatgttgctttctgcagcagagtaaagggtggtatttggg
atgtagctgattgcttctaaacgcatgcatctgatctttcttaccttgaa
gaagcatt
gaattctatatgaatgtgtggtcaccaaagagagagagagagagatgtct
aaacaggagatggggtgccagagtctggaccggactgaattcacctatga
atctgacgtcatggccttcagggcattctgtaaatcacatgttctacata
aacacaaagaaagagagggactgttctccctagtaagcccccagggtgtg
agatactgttacattcatcaagagcttccccattcctgaattccatcctg
cactgtggacacctcttatccttcctttctaaaggaatgcttaatgtagt
tacaataaaacatcactaatgtgacaccatctgcttctcagtaagttgcc
tcaatgcgtcataaagcttgactttgatgtgatttgaaggcatgcctgat
tgaagcagactgcctagctgcatgaagctggtggaagcagtctacggaca
caatatattacgaagatgccttgaagtgtgcaaaatcatatgcaacggta
tgaatattaaatgtgaaagaaagcttacaatgccttgtaacccagcatca
tgctacaatagagatgcaatatgtccatatggacctgagagctcccacac
taagataatggcagaggacaccacgggcgtctctagtggcccagaagaat
tcgtttcccgccattagtgtggacctatgtgtgtctgagtgaggtagtgc
tcaagagatctcagagctttcactcaaccctactgatagactggacaaag
gcaccctctggacttagcttttctgatccctgtgggacaacaagctggct
tccagtgctttaggaagagctgcatttaaattcagatgccagagctcagc
tgtgtctatatgtaagccatggctgtctttgtgctgtccagagccctgtt
cctgcagcaatcctaactacactgtgagctttaacaggacaccttcccta
caaatagagtttcttctaagtaagtagaaagagtccacccaggtttctag
tgtaagacatgcaacatttaggtagacaacataacacgtattgtgagcac
gtgcattgccacatacacaatttcagaaagaagtgggggggaagagagaa
aacaatggccattgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_103542263_103543377
seq2: B6Ng01-149G23.b_47_1154 (reverse)

seq1  AATGCTTCTTCAAGGGTAAGGAAGATCAGATGCATGCGTTAAGAGCAAAT  50
      ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||   |||
seq2  AATGCTTCTTCAA-GGTAAGAAAGATCAGATGCATGCGTTTAGAAGCAAT  49

seq1  CAGCTCGCATCCCCAAATACCACTCTCTACTCTGCTGCAGAAGCAAACAT  100
      |||||  ||| |||||||||||| || |||||||||||||||   |||| 
seq2  CAGCT-ACAT-CCCAAATACCACCCTTTACTCTGCTGCAGAAAGCAACA-  96

seq1  TTGTATTCCCCAGGGCTCAGAAGCTGAAACCTAACCACCAAGGTAACAAT  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||
seq2  TTGTATT-CCCAGGGCTCAGAAGCTGAAA-CTAACACCCAAGGTAACAAT  144

seq1  ATTCAGCAGGGGATTTGGAAAATAACTAGACTATGAGGGTTCTGCCTCTG  200
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCAGCAGGGGATTT-GAAAATAACTAGACTATGAGGGTTCTGCCTCTG  192

seq1  GTGATGGGGTTACTGTGTTTCTGGAAGAGGCTGCAGAACCTTTAAGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGGTTACTGTGTTTCTGGAAGAGGCTGCAGAACCTTTAAGATAC  242

seq1  GTTGTCTATGTGAAACAAGACATTGTATCTGCTGAGGCC-TTCACTATGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTGTCTATGTGAAACAAGACATTGTATCTGCTGAGGCCTTTCACTATGG  292

seq1  GCATCTCAGCCACAAACAACAGATCTACTGCTTCTAACTTATCTGAGTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCAGCCACAAACAACAGATCTACTGCTTCTAACTTATCTGAGTGT  342

seq1  TCTAGCAGCCAGAACCAAATTAAGATGCACGCTCACTTTATGTGATTGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCAGCCAGAACCAAATTAAGATGCACGCTCACTTTATGTGATTGTA  392

seq1  TGTGGATGTTAACTACTATGAAACATGTGTGTGTGTGTGTTCTGAGGAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGTTAACTACTATGAAACATGTGTGTGTGTGTGTTCTGAGGAAC  442

seq1  AAGGTAACGAGGTGCCCAGTAATACTGGAGACTCACAAGGATATGGCAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAACGAGGTGCCCAGTAATACTGGAGACTCACAAGGATATGGCAAG  492

seq1  ACCCAATGTGGTCACTGTAAGGTGAAAACATCCATACTACATGTGTTCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATGTGGTCACTGTAAGGTGAAAACATCCATACTACATGTGTTCTA  542

seq1  AGTCTTCTGTTGCCCAGACAGGAGGAAAGCTGGGTCTAACTGTGAGTGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCTGTTGCCCAGACAGGAGGAAAGCTGGGTCTAACTGTGAGTGTT  592

seq1  CTTCTACTCTGACTCCATGTGCCTCGTTGATTCTCTTTTCTGATGCTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACTCTGACTCCATGTGCCTCGTTGATTCTCTTTTCTGATGCTTTT  642

seq1  CTGTCTGATCCAAAGGCCAGGTAAAAAGGAGGTCACTGGTGGATGGGGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGATCCAAAGGCCAGGTAAAAAGGAGGTCACTGGTGGATGGGGAC  692

seq1  CTTCATGACATGTGAGTGGAGGACAGGACAGACACTTAAGATTCAAACTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGACATGTGAGTGGAGGACAGGACAGACACTTAAGATTCAAACTG  742

seq1  TGGGAAGGATAGGACAGATCGCCCTTCTTAACCACAGGGTGGGCCTCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGGATAGGACAGATCGCCCTTCTTAACCACAGGGTGGGCCTCCCT  792

seq1  TTCTTCTACAAATGGTGGGACTTCCACAGTGCAGGCTACCTTACTTGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTACAAATGGTGGGACTTCCACAGTGCAGGCTACCTTACTTGCTC  842

seq1  TTATAGATGGACCAGGCCGCACTGAACTGCCCTTCCCTGATGTACAGGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATGGACCAGGCCGCACTGAACTGCCCTTCCCTGATGTACAGGGG  892

seq1  TACTGGAGGCACCTTTGAGGTGCGGATGGCCATACAGACAACAGTGAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAGGCACCTTTGAGGTGCGGATGGCCATACAGACAACAGTGAGGA  942

seq1  GTTGTATGCTTTATGGGGCTCAATGGGGTGTTTCCTAGCAAAGGAATTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATGCTTTATGGGGCTCAATGGGGTGTTTCCTAGCAAAGGAATTTA  992

seq1  TATAATGCCTTATCAGTTTTTTTTTTTTTGCACAAATAACAAATGTAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGCCTTATCAGTTTTTTTTTTTTTGCACAAATAACAAATGTAAAA  1042

seq1  AAATTAATTTCTTTGATGTTATATAGCTTCAATTCTTCCCAATATATGTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATTTCTTTGATGTTATATAGCTTCAATTCTTCCCAATATATGTC  1092

seq1  ATCTATAAAAGAATTC  1115
      ||||||||||||||||
seq2  ATCTATAAAAGAATTC  1108

seq1: chr13_103417713_103418815
seq2: B6Ng01-149G23.g_68_1183

seq1  GAATTCTATATGAATGTGTGGTCACCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATGAATGTGTGGTCACCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATGTCT  50

seq1  AAACAGGAGATGGGGTGCCAGAGTCTGGACCGGACTGAATTCACCTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGAGATGGGGTGCCAGAGTCTGGACCGGACTGAATTCACCTATGA  100

seq1  ATCTGACGTCATGGCCTTCAGGGCATTCTGTAAATCACATGTTCTACATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACGTCATGGCCTTCAGGGCATTCTGTAAATCACATGTTCTACATA  150

seq1  AACACAAAGAAAGAGAGGGACTGTTCTCCCTAGTAAGCCCCCAGGGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAGAAAGAGAGGGACTGTTCTCCCTAGTAAGCCCCCAGGGTGTG  200

seq1  AGATACTGTTACATTCATCAAGAGCTTCCCCATTCCTGAATTCCATCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGTTACATTCATCAAGAGCTTCCCCATTCCTGAATTCCATCCTG  250

seq1  CACTGTGGACACCTCTTATCCTTCCTTTCTAAAGGAATGCTTAATGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGACACCTCTTATCCTTCCTTTCTAAAGGAATGCTTAATGTAGT  300

seq1  TACAATAAAACATCACTAATGTGACACCATCTGCTTCTCAGTAAGTTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAAACATCACTAATGTGACACCATCTGCTTCTCAGTAAGTTGCC  350

seq1  TCAATGCGTCATAAAGCTTGACTTTGATGTGATTTGAAGGCATGCCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCGTCATAAAGCTTGACTTTGATGTGATTTGAAGGCATGCCTGAT  400

seq1  TGAAGCAGACTGCCTAGCTGCATGAAGCTGGTGGAAGCAGTCTACGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGACTGCCTAGCTGCATGAAGCTGGTGGAAGCAGTCTACGGACA  450

seq1  CAATATATTACGAAGATGCCTTGAAGTGTGCAAAATCATATGCAACGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATTACGAAGATGCCTTGAAGTGTGCAAAATCATATGCAACGGTA  500

seq1  TGAATATTAAATGTGAAAGAAAGCTTACAATGCCTTGTAACCCAGCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTAAATGTGAAAGAAAGCTTACAATGCCTTGTAACCCAGCATCA  550

seq1  TGCTACAATAGAGATGCAATATGTCCATATGGACCTGAGAGCTCCCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAATAGAGATGCAATATGTCCATATGGACCTGAGAGCTCCCACAC  600

seq1  TAAGATAATGGCAGAGGACACCACGGGCGTCTCTAGTGGCCCAGAAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAATGGCAGAGGACACCACGGGCGTCTCTAGTGGCCCAGAAGAAT  650

seq1  TCGTTTCCCGCCATTAGTGTGGACCTATGTGTGTCTGAGTGAGGTAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTCCCGCCATTAGTGTGGACCTATGTGTGTCTGAGTGAGGTAGTGC  700

seq1  TCAAGAGATCTCAGAGCTTTCACTCAACCCTACTGATAGACTGGACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGATCTCAGAGCTTTCACTCAACCCTACTGATAGACTGGACAAAG  750

seq1  GCACCCTCTGGACTTAGCTTTTCTGATCCCTGTGGGACAACAAGCTGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCTGGACTTAGCTTTTCTGATCCCTGTGGGACAACAAGCTGGCT  800

seq1  TCCAGTGC-TTAGGAAGAGCTGCATTTAAATTCAGATGCCAGAGCTCAGC  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGCTTTAGGAAGAGCTGCATTTAAATTCAGATGCCAGAGCTCAGC  850

seq1  TGTGTCTATATGTAAGCCATGGCTGTCTTTGTGCTGTCCAGAGCCCTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTATATGTAAGCCATGGCTGTCTTTGTGCTGTCCAGAGCCCTGTT  900

seq1  CCTGCAGCAATCCTAACTACACTGTGAGCTTTAACAGGACACC-TCCCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGCAGCAATCCTAACTACACTGTGAGCTTTAACAGGACACCTTCCCTA  950

seq1  CACATAGAG-TTCTTCTAAGTAAGTAGACAGAGTCCACCCAGGTTTCTAG  997
      || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAGTTTCTTCTAAGTAAGTAGAAAGAGTCCACCCAGGTTTCTAG  1000

seq1  TGT-AGACATGCAACCATTAGGTAGACAAACAT-ACACGTA-TGTGAGCA  1044
      ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGTAAGACATGCAACATTTAGGTAGAC-AACATAACACGTATTGTGAGCA  1049

seq1  CGTGCAT--GCACATACACAA-TTCAGAGAGA---GTGGGGGAAGAGAG-  1087
      |||||||   ||||||||||| |||||| |||   | |||||||||||| 
seq2  CGTGCATTGCCACATACACAATTTCAGAAAGAAGTGGGGGGGAAGAGAGA  1099

seq1  AAACAAT-GCCATTGAA  1103
      ||||||| |||||||||
seq2  AAACAATGGCCATTGAA  1116