BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150J09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 84,590,079 - 84,757,375
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081, LOC667101, Tmem161b, LOC666795, LOC667111
Downstream geneLOC382786, LOC100042841, LOC100042851, LOC100042857, LOC100042862, Ccnh, Rasa1, LOC435373
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150J09.bB6Ng01-150J09.g
ACCDH946629DH946630
length1,1231,150
definitionDH946629|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150J09, 5' end.DH946630|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150J09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,590,079 - 84,591,200)(84,756,206 - 84,757,375)
sequence
gaattcagttagttgactttgctggttttcatgtggagaccctgtcctta
atgaagagagatggactggagagatggctcagaggaacattggctcttct
tccagaagacccaggtttgattcctagcaccaacatggcaacccagcagc
atctgtaatttcagttccaggggatctgatgacttctagcctctttaggc
accagatactcatgtagtacacaaacatacatatagacaaaacacacata
cacatttatgttaatatatgtattttattttcaaaatccctgtgcttata
taattaaatttcatgtaactccacattacccattctctaccttgtttctc
tcacagtgagtttgtagtgatcctgatttctcaatgcatgaagtgaccat
ggctttcagccaatgctgtctcagagtcacattagttattttttccccca
atgtttggctctcttcagagcaaattaaacctgaggatccatacattcct
aggtaacctctgctctgaactcatggcatcaaaggctataaacaatgagc
tgtcctatgggttgaacagtcttttccctagtatgattaaagatataata
atgacactgctagtatgagaaccaccgctaatcagcgataatcttctcat
actgtatcagagtgctgagtgaactgttttacttaacagcctttacctac
ctttgcttcattacttttctattgccgtgacaaaacaccatgatcaaagc
aaattatcgcactctaaccctcatttcacgaggttagagtccataaccat
tgtgggagggagcatggcagcagacaggcaggcatggtacttgagtagta
gatgagagcttacatcctgagacataatcataagacagagagatatacat
ggaatggtgctagcttcttgaaacctagaagcctgttcccattgacacaa
ctcttctaacaacccttctctccccagacagttcaaaccaactggggatc
aagtattcacacatacgagcttatgggggtcattcttatccacccaccac
acaacttcatgcagttatttcattgcattaattagggcaattgccagctt
aattgggctaagaacctttaaaa
gaattctaaaggataaggaaaaagaaggcatactcagcgaacacagtttc
agttttatgacaggaaacacttaagatgggtggtgctggttattgaacac
acagatatggttgggggtttttcttaatcatttagctgcatattttaaaa
atggtaagcatgacacaatacattttacatgcatattttattcttatttt
caaaaccagaatatcttataagttacaattagtactcaagcaaaccatct
ccccgtgtatgctaacggtctgtatttcttctgttataatttactaatat
agcccgtgtttctggtgttctgacagacgtgtcacaaaaggtcaatgctc
ttatcaccaagaggtaactaaccttagagcttcctgtaaaaattcaagac
agtgaaaaagacggttcttgggtgggagacatggctaagtagccgagagt
tcatcctgcttagacaccagtccacggttcagttcccagcactcataacc
acgtgagggtccagttccagggtatctggtgccactgtgtgtggcctcag
tagccatcaggctcacggcaattatacatgtacacttacaagcaaaacac
tcattaatataaagtaaaaataaataaaaccaaaagaactttgaaagcat
cgtccttgttgttttaaacagcacacttttaggtgtttgtcagagtgtaa
acctccatgagccctatcctgggttatgatgacactgtcatatgtttaag
tcacagaaactgagcttgtgccttatgtgtcccttgtgagatagtttgga
aaaatcaaggtaccctgactgctcttttatctactttaaagtgattcctc
accacattcactgacaaataattttgactaatataacttactttctttaa
agatttttacattcttcgtgtaaactatgtattatcttttttcacatata
aatttaaacccatgttttcaataaaaattacatcttcagaattataactt
aaatactattttaactgaaatacttgacacattatccccaaagcatactt
ttctctaagcctttatctgtaagtagacattcccatgagagttcaagcct
cctgcaaacccttgaacatcatatgccttgtttgattccaaggtactaaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_84590079_84591200
seq2: B6Ng01-150J09.b_44_1166

seq1  GAATTCAGTTAGTTGACTTTGCTGGTTTTCATGTGGAGACCCTGTCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAGTTGACTTTGCTGGTTTTCATGTGGAGACCCTGTCCTTA  50

seq1  ATGAAGAGAGATGGACTGGAGAGATGGCTCAGAGGAACATTGGCTCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGAGATGGACTGGAGAGATGGCTCAGAGGAACATTGGCTCTTCT  100

seq1  TCCAGAAGACCCAGGTTTGATTCCTAGCACCAACATGGCAACCCAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGACCCAGGTTTGATTCCTAGCACCAACATGGCAACCCAGCAGC  150

seq1  ATCTGTAATTTCAGTTCCAGGGGATCTGATGACTTCTAGCCTCTTTAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAATTTCAGTTCCAGGGGATCTGATGACTTCTAGCCTCTTTAGGC  200

seq1  ACCAGATACTCATGTAGTACACAAACATACATATAGACAAAACACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATACTCATGTAGTACACAAACATACATATAGACAAAACACACATA  250

seq1  CACATTTATGTTAATATATGTATTTTATTTTCAAAATCCCTGTGCTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTATGTTAATATATGTATTTTATTTTCAAAATCCCTGTGCTTATA  300

seq1  TAATTAAATTTCATGTAACTCCACATTACCCATTCTCTACCTTGTTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAATTTCATGTAACTCCACATTACCCATTCTCTACCTTGTTTCTC  350

seq1  TCACAGTGAGTTTGTAGTGATCCTGATTTCTCAATGCATGAAGTGACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGAGTTTGTAGTGATCCTGATTTCTCAATGCATGAAGTGACCAT  400

seq1  GGCTTTCAGCCAATGCTGTCTCAGAGTCACATTAGTTATTTTTTCCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCAGCCAATGCTGTCTCAGAGTCACATTAGTTATTTTTTCCCCCA  450

seq1  ATGTTTGGCTCTCTTCAGAGCAAATTAAACCTGAGGATCCATACATTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGGCTCTCTTCAGAGCAAATTAAACCTGAGGATCCATACATTCCT  500

seq1  AGGTAACCTCTGCTCTGAACTCATGGCATCAAAGGCTATAAACAATGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACCTCTGCTCTGAACTCATGGCATCAAAGGCTATAAACAATGAGC  550

seq1  TGTCCTATGGGTTGAACAGTCTTTTCCCTAGTATGATTAAAGATATAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATGGGTTGAACAGTCTTTTCCCTAGTATGATTAAAGATATAATA  600

seq1  ATGACACTGCTAGTATGAGAACCACCGCTAATCAGCGATAATCTTCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACTGCTAGTATGAGAACCACCGCTAATCAGCGATAATCTTCTCAT  650

seq1  ACTGTATCAGAGTGCTGAGTGAACTGTTTTACTTAACAGCCTTTACCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCAGAGTGCTGAGTGAACTGTTTTACTTAACAGCCTTTACCTAC  700

seq1  CTTTGCTTCATTACTTTTCTATTGCCGTGACAAAACACCATGATCAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTCATTACTTTTCTATTGCCGTGACAAAACACCATGATCAAAGC  750

seq1  AAATTATCGCACTCTAACCCTCATTTCAGGAGGTTAGAGTCCATAACCAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCGCACTCTAACCCTCATTTCACGAGGTTAGAGTCCATAACCAT  800

seq1  TGTGGGAGGGAGCATGGCAGCAGACAGGCAGGCATGGTACTTGAGTAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGGGAGCATGGCAGCAGACAGGCAGGCATGGTACTTGAGTAGTA  850

seq1  GATGAGAGCTTACATCCTGAGACATAATCATAAGACAGAGAGATATACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAGCTTACATCCTGAGACATAATCATAAGACAGAGAGATATACAT  900

seq1  GGAATGGTGCTAGCTTCTTGAAACCTAGAAGCCTGTTCCCATTGACACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTGCTAGCTTCTTGAAACCTAGAAGCCTGTTCCCATTGACACAA  950

seq1  CTCTTCTAACAACCCTTCTCTTCCCCAGACAGTTCAAACCAACTGGGGAT  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTAACAACCCTTCTC-TCCCCAGACAGTTCAAACCAACTGGGGAT  999

seq1  CAAGTATTCACACATACGAGCTTATGGGGGTCATTCTTATCCACCCACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATTCACACATACGAGCTTATGGGGGTCATTCTTATCCACCCACCA  1049

seq1  CACAACTTCATGCAGTTATCTCATTGCATTAATTAGGGCAATTG-CAGCT  1099
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACAACTTCATGCAGTTATTTCATTGCATTAATTAGGGCAATTGCCAGCT  1099

seq1  ATAATT-GGCTAAGAACCTTAAAA-  1122
       ||||| ||||||||||||| ||| 
seq2  -TAATTGGGCTAAGAACCTTTAAAA  1123

seq1: chr13_84756206_84757375
seq2: B6Ng01-150J09.g_68_1217 (reverse)

seq1  TTTAGTACCTTGGGGATCAACAAAGCCATAGTGAATTGTTGTACAAGGGG  50
      ||||||||||| || |||||  ||| ||||      || ||| |||||| 
seq2  TTTAGTACCTT-GGAATCAAACAAGGCATA------TGATGTTCAAGGG-  42

seq1  GTTGTGCAGGGAGGGCTGAGACTCTTCATGGAAATGGTCTTACTTACAAG  100
        | |||| |||||  ||| |||| |||||| ||| ||| ||||||| ||
seq2  --TTTGCA-GGAGGCTTGA-ACTC-TCATGGGAAT-GTC-TACTTAC-AG  84

seq1  ATTAAAGGCCTTAGGAAGAAAGTATGCTTTGGGGGATAATTGTGTCAAGT  150
      | |||||| |||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  A-TAAAGG-CTTA-GAGAAAAGTATGCTTT-GGGGATAA-TGTGTCAAGT  129

seq1  ATTTCAG-TAAAATAGTATTTTAAGTTATAATTCTGAAGATGTAATTTTT  199
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTTAAAATAGTA-TTTAAGTTATAATTCTGAAGATGTAATTTTT  178

seq1  ATTG-AAACATGGGTTTAAAATTTATATGTG-AAAAAGATATTACATAGT  247
      |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ATTGAAAACATGGGTTT-AAATTTATATGTGAAAAAAGATAATACATAGT  227

seq1  TTACACGAAGAATGTAAAAATCTTTAAAGAAAGTAAGTTATATTAGTCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACGAAGAATGTAAAAATCTTTAAAGAAAGTAAGTTATATTAGTCAA  277

seq1  AATTATTTGTCAGTGAATGTGGTGAGGAATCACTTTAAAGTAGATAAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTGTCAGTGAATGTGGTGAGGAATCACTTTAAAGTAGATAAAAG  327

seq1  AGCAGTCAGGGTACCTTGATTTTTCCAAACTATCTCACAAGGGACACATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAGGGTACCTTGATTTTTCCAAACTATCTCACAAGGGACACATA  377

seq1  AGGCACAAGCTCAGTTTCTGTGACTTAAACATATGACAGTGTCATCATAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAAGCTCAGTTTCTGTGACTTAAACATATGACAGTGTCATCATAA  427

seq1  CCCAGGATAGGGCTCATGGAGGTTTACACTCTGACAAACACCTAAAAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATAGGGCTCATGGAGGTTTACACTCTGACAAACACCTAAAAGTG  477

seq1  TGCTGTTTAAAACAACAAGGACGATGCTTTCAAAGTTCTTTTGGTTTTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTTAAAACAACAAGGACGATGCTTTCAAAGTTCTTTTGGTTTTAT  527

seq1  TTATTTTTACTTTATATTAATGAGTGTTTTGCTTGTAAGTGTACATGTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTACTTTATATTAATGAGTGTTTTGCTTGTAAGTGTACATGTAT  577

seq1  AATTGCCGTGAGCCTGATGGCTACTGAGGCCACACACAGTGGCACCAGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCGTGAGCCTGATGGCTACTGAGGCCACACACAGTGGCACCAGAT  627

seq1  ACCCTGGAACTGGACCCTCACGTGGTTATGAGTGCTGGGAACTGAACCGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGAACTGGACCCTCACGTGGTTATGAGTGCTGGGAACTGAACCGT  677

seq1  GGACTGGTGTCTAAGCAGGATGAACTCTCGGCTACTTAGCCATGTCTCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGTGTCTAAGCAGGATGAACTCTCGGCTACTTAGCCATGTCTCCC  727

seq1  ACCCAAGAACCGTCTTTTTCACTGTCTTGAATTTTTACAGGAAGCTCTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGAACCGTCTTTTTCACTGTCTTGAATTTTTACAGGAAGCTCTAA  777

seq1  GGTTAGTTACCTCTTGGTGATAAGAGCATTGACCTTTTGTGACACGTCTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTTACCTCTTGGTGATAAGAGCATTGACCTTTTGTGACACGTCTG  827

seq1  TCAGAACACCAGAAACACGGGCTATATTAGTAAATTATAACAGAAGAAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACACCAGAAACACGGGCTATATTAGTAAATTATAACAGAAGAAAT  877

seq1  ACAGACCGTTAGCATACACGGGGAGATGGTTTGCTTGAGTACTAATTGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCGTTAGCATACACGGGGAGATGGTTTGCTTGAGTACTAATTGTA  927

seq1  ACTTATAAGATATTCTGGTTTTGAAAATAAGAATAAAATATGCATGTAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAAGATATTCTGGTTTTGAAAATAAGAATAAAATATGCATGTAAA  977

seq1  ATGTATTGTGTCATGCTTACCATTTTTAAAATATGCAGCTAAATGATTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGTGTCATGCTTACCATTTTTAAAATATGCAGCTAAATGATTAA  1027

seq1  GAAAAACCCCCAACCATATCTGTGTGTTCAATAACCAGCACCACCCATCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACCCCCAACCATATCTGTGTGTTCAATAACCAGCACCACCCATCT  1077

seq1  TAAGTGTTTCCTGTCATAAAACTGAAACTGTGTTCGCTGAGTATGCCTTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTTCCTGTCATAAAACTGAAACTGTGTTCGCTGAGTATGCCTTC  1127

seq1  TTTTTCCTTATCCTTTAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTTATCCTTTAGAATTC  1150