BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151M21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 107,824,234 - 108,014,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040322
Upstream geneOlfr717-ps1, LOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1, Kif2a
Downstream geneLOC100040350, LOC100040366, Apoo, AI197445, LOC100040820, Zswim6, 3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l, Ercc8, LOC668123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151M21.bB6Ng01-151M21.g
ACCDH947533DH947534
length1,1601,132
definitionDH947533|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151M21, 5' end.DH947534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,824,234 - 107,825,397)(108,012,998 - 108,014,135)
sequence
gaattctcacaaacagcagtgtgcaaaccttgctccccacattgattggt
caataaaagggtaaagcctatgattgggcagtagagagaaataggtggga
cttcctgggagaaagggactctgggaagaagaaagaagaagaaggccttt
cccccagaaaacatggaagaaacaggtatgactctgagtctggaaggtat
agtttccacgtggatggatggggtgaggtggtcaggttaactttaatgag
ctagttgaaagtctgcccagataaggcctaagctttgaaatagtaaagtg
tccctttgtgattatttggggatctagctggtcagggagtaactgctgac
atcaatttccaggattagttaatagatacaaaatattaataatttgaaac
aaattgctaattagttaatagtgataaaaatgtattattgtcaagtcagt
gtttttaaataatgtttacaatacatttataaataatgttggaattattt
tgttttaatccaaatgagtgtcttgaatgatactttgttataatatcata
attgactttctaattgagagagtgacatttacataacctttactaatcag
aagtgaaaggacttcccctggatgataaggccccccttgagatttcaaaa
ctacaaaaataaaatccccaggccagctccatgggtgctcagttgatcaa
gttcatgtttattgcctgtcaacttcaaaggacaactcttgaaacctcac
ccatcctgacctctttcagaagctgataacatgaagcaaaaacagcgttt
tccagcaactcggttgcaatgaattgtgcttgggaacagacagatccggt
tagaagtaactgtaccctataatgtcacccagcaagttgtcctgggtcac
cccacttgagaatttcaagttagcctttttaaagtttctagtctaaggaa
aatcactcttttcaacggatgtctcatcagaacataaaatcacaacctca
tgtgaaataagataggcgtgcatgtgtgtgtgaataaatactataaaaaa
aaattccaaatatcctataaacattacatggagtcatcttcaatttgaat
actataaaggtttataaacttgccgaactgcctgtcgaagccgttcactg
cttttttttt
gaattctattccatcttctgatcctgctagccatagcattaatcctctaa
tttcctacaattgtgagtgctatagattgaggaaaatcttaccttctttt
cataccttaaagcattgaaaggtttacatggtcttaacctccagggctct
ttgaagcataaagaaatgccaagtctgtgtgggaatgaagcagaaagcag
aaggaacggcctagtgaacatggctacctcccgtcctctgttcttgctct
ttcgtccccagggtctccttccatgcttattcagggcttgctcattttgc
agacacagctcgggtgggattttcaccagggaatcttgtctaactgctgt
gattcatcagtctcttccttctctgaacttctaatatgaatctgttaata
atgcctttggattattatggcaaacttcagtattgtgtgttcaagtacac
aacagataacttgactgcaaaggacacagtatccagtgaaccacacgatc
gtaattcggtctttaggggaatttgcttctaatttctgaattttcttgta
atgtatacacttagcatatagcattcacagtgatggaaacaatttcatgg
gaactcaaatttccaagacctcagtgagttttgaattctaggcaagcacc
tgcttattttagaactcagtgccttgcctgtaatgaacactcatcagatg
gtagttgttggtgatgataatgatcatagaatcagaatatttgagattcc
atctgggatctcaagtggcttagataaaaggtgtgcttgcttgaacaata
cgtaagttccgatgctgaaaaattagactgagtagtaagtaatgtggtaa
agaacactaattggaattcagtcataatgtggctccgtaaagtccctgct
tactgtgtgactttgggcaaagagaatcacgggtcatttaacggcaaggc
aatgtcatcattgtgcacgcaccacagagtgctcgtaataacagtggctg
caatgcactagcattacaaatttatgctacatcttctgatagcagctcag
cattgaacaaaaacattgttttgtgtccatgaaaggatccactttcccta
caatcaaatcctggtataccttggtttctaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_107824234_107825397
seq2: B6Ng01-151M21.b_49_1208

seq1  GAATTCTCACAAACAGCAGTGTGCAAACCTTGCTCCCCACATTGATTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAAACAGCAGTGTGCAAACCTTGCTCCCCACATTGATTGGT  50

seq1  CAATAAAAGGGTAAAGCCTATGATTGGGCAGTAGAGAGAAATAGGTGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAGGGTAAAGCCTATGATTGGGCAGTAGAGAGAAATAGGTGGGA  100

seq1  CTTCCTGGGAGAAAGGGACTCTGGGAAGAAGAAAGAAGAAGAAGGCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGGAGAAAGGGACTCTGGGAAGAAGAAAGAAGAAGAAGGCCTTT  150

seq1  CCCCCAGAAAACATGGAAGAAACAGGTATGACTCTGAGTCTGGAAGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGAAAACATGGAAGAAACAGGTATGACTCTGAGTCTGGAAGGTAT  200

seq1  AGTTTCCACGTGGATGGATGGGGTGAGGTGGTCAGGTTAACTTTAATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCACGTGGATGGATGGGGTGAGGTGGTCAGGTTAACTTTAATGAG  250

seq1  CTAGTTGAAAGTCTGCCCAGATAAGGCCTAAGCTTTGAAATAGTAAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGAAAGTCTGCCCAGATAAGGCCTAAGCTTTGAAATAGTAAAGTG  300

seq1  TCCCTTTGTGATTATTTGGGGATCTAGCTGGTCAGGGAGTAACTGCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGTGATTATTTGGGGATCTAGCTGGTCAGGGAGTAACTGCTGAC  350

seq1  ATCAATTTCCAGGATTAGTTAATAGATACAAAATATTAATAATTTGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTCCAGGATTAGTTAATAGATACAAAATATTAATAATTTGAAAC  400

seq1  AAATTGCTAATTAGTTAATAGTGATAAAAATGTATTATTGTCAAGTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTAATTAGTTAATAGTGATAAAAATGTATTATTGTCAAGTCAGT  450

seq1  GTTTTTAAATAATGTTTACAATACATTTATAAATAATGTTGGAATTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAAATAATGTTTACAATACATTTATAAATAATGTTGGAATTATTT  500

seq1  TGTTTTAATCCAAATGAGTGTCTTGAATGATACTTTGTTATAATATCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATCCAAATGAGTGTCTTGAATGATACTTTGTTATAATATCATA  550

seq1  ATTGACTTTCTAATTGAGAGAGTGACATTTACATAACCTTTACTAATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTTTCTAATTGAGAGAGTGACATTTACATAACCTTTACTAATCAG  600

seq1  AAGTGAAAGGACTTCCCCTGGATGATAAGGCCCCCCTTGAGATTTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAAGGACTTCCCCTGGATGATAAGGCCCCCCTTGAGATTTCAAAA  650

seq1  CTACAAAAATAAAATCCCCAGGCCAGCTCCATGGGTGCTCAGTTGATCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAAATAAAATCCCCAGGCCAGCTCCATGGGTGCTCAGTTGATCAA  700

seq1  GTTCATGTTTATTGCCTGTCAACTTCAAAGGACAACTCTTGAAACCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTTTATTGCCTGTCAACTTCAAAGGACAACTCTTGAAACCTCAC  750

seq1  CCATCCTGACCTCTTTCAGAAGCTGATAACATGAAGCAAAAACAGCGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGACCTCTTTCAGAAGCTGATAACATGAAGCAAAAACAGCGTTT  800

seq1  TCCAGCAACTCGGTTGCAATGAATTGTGCTTGGGAACAGACAGATCCGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAACTCGGTTGCAATGAATTGTGCTTGGGAACAGACAGATCCGGT  850

seq1  TAGAAGTAACTGTACCCTATAATGTCACCCAGCAAGTTGTCCTGGGTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTAACTGTACCCTATAATGTCACCCAGCAAGTTGTCCTGGGTCAC  900

seq1  CCCACTTGAGAATTTCAGGTTAGCCTTTTTAAAGTTTCTAGTTCTAAGGA  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCACTTGAGAATTTCAAGTTAGCCTTTTTAAAGTTTCTAG-TCTAAGGA  949

seq1  AAATCACTCTTTTCAACGGATGTCTCATCAGAACATAAAATCACAACCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACTCTTTTCAACGGATGTCTCATCAGAACATAAAATCACAACCTC  999

seq1  ATTGTGAAATAAGATAGGCGTGTATGTGTGTGTGAATAAATACTATAAAG  1050
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  A-TGTGAAATAAGATAGGCGTGCATGTGTGTGTGAATAAATACTATAAAA  1048

seq1  AGAGATTTCAAATATCCTATAAACA-TACAT-GAGTCATCTTTCATTTTG  1098
      | | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||
seq2  AAAAATTCCAAATATCCTATAAACATTACATGGAGTCATC-TTCAATTTG  1097

seq1  AATACTATAAAAG-TTATAACACTTGGCGAATCTG-CTGCCAGAGCCCTT  1146
      ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||| |  ||||   
seq2  AATACTATAAAGGTTTATAA-ACTTGCCGAA-CTGCCTGTCGAAGCC--G  1143

seq1  TTCAGCTGCTTTTTTTTT  1164
      |||| |||||||||||||
seq2  TTCA-CTGCTTTTTTTTT  1160

seq1: chr13_108012998_108014135
seq2: B6Ng01-151M21.g_69_1200 (reverse)

seq1  TTTAGAAACAAGGATAAACAAGGATATTGATTGTAGGGAAAGTTGGATCC  50
      ||||||||| | | || || ||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTAGAAACCAAGGTATACCAGGAT-TTGATTGTAGGGAAAG-TGGATCC  48

seq1  TTTCATGAGACACAAAACAATG-TTTTGGTCAATGCTGAGCTGCATATCA  99
      ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCATG-GACACAAAACAATGTTTTTGTTCAATGCTGAGCTGC-TATCA  96

seq1  GAAGATTGTAGCATAAATTTGTAATGCCTAGTGCCATTGCAGCCACTGTT  149
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAGA-TGTAGCATAAATTTGTAATG-CTAGTG-CATTGCAGCCACTGTT  143

seq1  ATTTACGAGCACTCTGTGGTGCGTGCACAATGATGACATTGCCTTGCCGT  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTACGAGCACTCTGTGGTGCGTGCACAATGATGACATTGCCTTGCCGT  192

seq1  TAAATGACCCGTGATTCTCTTTGCCCAAAGTCACACAGTAAGCAGGGACT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGACCCGTGATTCTCTTTGCCCAAAGTCACACAGTAAGCAGGGACT  242

seq1  TTACGGAGCCACATTATGACTGAATTCCAATTAGTGTTCTTT-CCACATT  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTACGGAGCCACATTATGACTGAATTCCAATTAGTGTTCTTTACCACATT  292

seq1  ACTTACTACTCAGTCTAATTTTTCAGCATCGGAACTTACGTATTGTTCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTACTCAGTCTAATTTTTCAGCATCGGAACTTACGTATTGTTCAA  342

seq1  GCAAGCACACCTTTTATCTAAGCCACTTGAGATCCCAGATGGAATCTCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCACACCTTTTATCTAAGCCACTTGAGATCCCAGATGGAATCTCAA  392

seq1  ATATTCTGATTCTATGATCATTATCATCACCAACAACTACCATCTGATGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTGATTCTATGATCATTATCATCACCAACAACTACCATCTGATGA  442

seq1  GTGTTCATTACAGGCAAGGCACTGAGTTCTAAAATAAGCAGGTGCTTGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATTACAGGCAAGGCACTGAGTTCTAAAATAAGCAGGTGCTTGCC  492

seq1  TAGAATTCAAAACTCACTGAGGTCTTGGAAATTTGAGTTCCCATGAAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCAAAACTCACTGAGGTCTTGGAAATTTGAGTTCCCATGAAATT  542

seq1  GTTTCCATCACTGTGAATGCTATATGCTAAGTGTATACATTACAAGAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATCACTGTGAATGCTATATGCTAAGTGTATACATTACAAGAAAA  592

seq1  TTCAGAAATTAGAAGCAAATTCCCCTAAAGACCGAATTACGATCGTGTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAATTAGAAGCAAATTCCCCTAAAGACCGAATTACGATCGTGTGG  642

seq1  TTCACTGGATACTGTGTCCTTTGCAGTCAAGTTATCTGTTGTGTACTTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGATACTGTGTCCTTTGCAGTCAAGTTATCTGTTGTGTACTTGA  692

seq1  ACACACAATACTGAAGTTTGCCATAATAATCCAAAGGCATTATTAACAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAATACTGAAGTTTGCCATAATAATCCAAAGGCATTATTAACAGA  742

seq1  TTCATATTAGAAGTTCAGAGAAGGAAGAGACTGATGAATCACAGCAGTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTAGAAGTTCAGAGAAGGAAGAGACTGATGAATCACAGCAGTTA  792

seq1  GACAAGATTCCCTGGTGAAAATCCCACCCGAGCTGTGTCTGCAAAATGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGATTCCCTGGTGAAAATCCCACCCGAGCTGTGTCTGCAAAATGAG  842

seq1  CAAGCCCTGAATAAGCATGGAAGGAGACCCTGGGGACGAAAGAGCAAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCTGAATAAGCATGGAAGGAGACCCTGGGGACGAAAGAGCAAGAA  892

seq1  CAGAGGACGGGAGGTAGCCATGTTCACTAGGCCGTTCCTTCTGCTTTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACGGGAGGTAGCCATGTTCACTAGGCCGTTCCTTCTGCTTTCTG  942

seq1  CTTCATTCCCACACAGACTTGGCATTTCTTTATGCTTCAAAGAGCCCTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCCCACACAGACTTGGCATTTCTTTATGCTTCAAAGAGCCCTGG  992

seq1  AGGTTAAGACCATGTAAACCTTTCAATGCTTTAAGGTATGAAAAGAAGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGACCATGTAAACCTTTCAATGCTTTAAGGTATGAAAAGAAGGT  1042

seq1  AAGATTTTCCTCAATCTATAGCACTCACAATTGTAGGAAATTAGAGGATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTCCTCAATCTATAGCACTCACAATTGTAGGAAATTAGAGGATT  1092

seq1  AATGCTATGGCTAGCAGGATCAGAAGATGGAATAGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATGGCTAGCAGGATCAGAAGATGGAATAGAATTC  1132