BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154H17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 60,999,266 - 61,103,069
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpbpb, Ctla2a, Tpbpa, Ctsj
Upstream geneLOC100041267, Gas1, EG328264, Dapk1, LOC218274, BC051665, 2310051M13Rik, 4930486L24Rik
Downstream geneCtsq, Ctsr, Cts6, Cts8, Cts8-ps, LOC435362, Cts7, Cts7-ps, EG624056, LOC665717, Ctsm, Cts3, EG665401, LOC624140, EG623505, LOC665415, LOC673332, BC052688, EG638502, LOC100041382, EG633250
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154H17.bB6Ng01-154H17.g
ACCDH949513DH949514
length1,0951,116
definitionDH949513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H17, 5' end.DH949514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,999,266 - 61,000,371)(61,101,935 - 61,103,069)
sequence
gaattcacagtgtttgtgaaaaatgctagagttgtctgaacgcaacaaca
aatgcctgatgcatacaaagctctatggcctgcagggtttgatgggacaa
ctgcagggtttgactgaacatgagttaattgctgtgtggatttctctatt
actctcacaagcatagttgggcctatgattaaaaagcagacttaacaaaa
gtcagaaaagactacagtggccttgggctgcgcaaatacagaggatacaa
atttctacatgtgatcagaagtttgtttccattttgctataacatataaa
aggtaaatcagtagatgcatggccattttcctctgatgttctccagagtt
gtaccaaattcttgtctgtcatataattgagatttgaagattattgaatg
tgtattacagaaagaattggatggatagataatacttttctaaaaaaatg
catatgctcccccaagtcaaactggataaaaatctaagcagagaattgat
atacacagatagtagcaattcagcttagttctacattacaattcaaatga
aagaaatctcttcacatttgtggtcaagttgtggtagtctttggttcaca
ttttctgctacattctttaagttacccatggaacattattcaaaacctat
catatacttggacacaaaggaattctcaactgatgtacaaaaaattgaaa
taacacctccatcctttctgagcactgtggagtaacgctggatatcaaaa
gcaacagaaagcttataaacacatggaaacgaaaaatttccagtgaataa
aattgggtcaagatagaaatcagaaagagatcaaaacattgtcagattta
aattaattacattacatatccaaagttatggaacacaatgaaggtgggtc
taagagaactaagctcatatagctacgtgcttacataaaatttgagtgat
cttattttgcagaattttccctgtccaatacattagggcagtgggaggct
tgtgattggacaggagaaggaagcagagtgaggagtttagagactcagag
agagtcttgagaggagaagggagacagatgagctgacatggtgtt
gaattctccctacacctaggcaagtgtttatcaacaaatctatacttctg
ttttcttcagttttcagtgaaaacatatatatatatatacatacacacac
atgtacatatattagccttctcactaacaattcattttgctcttacatct
aattgtgatttacatcatttcagagacctgtgaaaactcctccctattga
tggtggcaatgctcactgtcatgtatcctttgcatctcatgtcagcttcc
atttcatttctcaggtatttattatgagccaaattgcagcagttactttg
tgaatcatgcagttctggtggttggctatggatctgagggagatgtgaaa
gatggtaataactactggctgatcaagaacaggtatacttgccaaaaaaa
atttttatatttgaaattctaggggctgaagagataattcagtgtctaag
agtacttggtgcccgtccagcagattcacaaatggattatttcttgcagt
caatgtttgagtgtacagcctagaaaacattgttccacttaaactgaaca
aatctgttcttgttttcttatgtacatgaatgaggtatgtgtacatgcat
atgtgcaactgagacatgatgttaacatcagttgccttataataattatc
cacctgctatagtgagacagtgtgcctcgctggtctaggggtttattgtc
tagactggctatccagcttcctccaggtacatctgcctctatatctggag
gacttgtactttaggaacaccactgtgttaatctagcttttaaacagctc
tttactttgatacccagtccttcacctctgagctctcctacaacttggag
aagctactcacatatgtgtgatcataatattcccatcctgtcactggttt
cttggcaatcagtgtcatttggtgccattgcttttaaaatctcacacatg
tatagcactgaaccaccctttctctgctgggtcttcacagtcctgtgtga
gtgcttctggtacccaggcagcctcactttttctgttccttctttttagt
tgaccctctgctagctgtgcataagtcatgttcttttaataaatgattcc
atttccttagctgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_60999266_61000371
seq2: B6Ng01-154H17.b_43_1137

seq1  GAATTCACAGTGTTTGTGAAAAATGCTAGAGTTGTCTGAACGCAACAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGTTTGTGAAAAATGCTAGAGTTGTCTGAACGCAACAACA  50

seq1  AATGCCTGATGCATACAAAGCTCTATGGCCTGCAGGGTTTGATGGGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTGATGCATACAAAGCTCTATGGCCTGCAGGGTTTGATGGGACAA  100

seq1  CTGCAGGGTTTGACTGAACATGAGTTAATTGCTGTGTGGATTTCTCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGGTTTGACTGAACATGAGTTAATTGCTGTGTGGATTTCTCTATT  150

seq1  ACTCTCACAAGCATAGTTGGGCCTATGATTAAAAAGCAGACTTAACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCACAAGCATAGTTGGGCCTATGATTAAAAAGCAGACTTAACAAAA  200

seq1  GTCAGAAAAGACTACAGTGGCCTTGGGCTGCGCAAATACAGAGGATACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAAAGACTACAGTGGCCTTGGGCTGCGCAAATACAGAGGATACAA  250

seq1  ATTTCTACATGTGATCAGAAGTTTGTTTCCATTTTGCTATAACATATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACATGTGATCAGAAGTTTGTTTCCATTTTGCTATAACATATAAA  300

seq1  AGGTAAATCAGTAGATGCATGGCCATTTTCCTCTGATGTTCTCCAGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAATCAGTAGATGCATGGCCATTTTCCTCTGATGTTCTCCAGAGTT  350

seq1  GTACCAAATTCTTGTCTGTCATATAATTGAGATTTGAAGATTATTGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAAATTCTTGTCTGTCATATAATTGAGATTTGAAGATTATTGAATG  400

seq1  TGTATTACAGAAAGAATTGGATGGATAGATAATACTTTTCTAAAAAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACAGAAAGAATTGGATGGATAGATAATACTTTTCTAAAAAAATG  450

seq1  CATATGCTCCCCCAAGTCAAACTGGATAAAAATCTAAGCAGAGAATTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTCCCCCAAGTCAAACTGGATAAAAATCTAAGCAGAGAATTGAT  500

seq1  ATACACAGATAGTAGCAATTCAGCTTAGTTCTACATTACAATTCAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGATAGTAGCAATTCAGCTTAGTTCTACATTACAATTCAAATGA  550

seq1  AAGAAATCTCTTCACATTTGTGGTCAAGTTGTGGTAGTCTTTGGTTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCTCTTCACATTTGTGGTCAAGTTGTGGTAGTCTTTGGTTCACA  600

seq1  TTTTCTGCTACATTCTTTAAGTTACCCATGGAACATTATTCAAAACCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGCTACATTCTTTAAGTTACCCATGGAACATTATTCAAAACCTAT  650

seq1  CATATACTTGGACACAAAGGAATTCTCAACTGATGTACAAAAAATTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACTTGGACACAAAGGAATTCTCAACTGATGTACAAAAAATTGAAA  700

seq1  TAACACCTCCATCCTTTCTGAGCACTGTGGAGTAACGCTGGATATCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACCTCCATCCTTTCTGAGCACTGTGGAGTAACGCTGGATATCAAAA  750

seq1  GCAACAGAAAGCTTATAAACACATGGAAACGAAAAAATTTCCAGTGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGAAAGCTTATAAACACATGGAAACG-AAAAATTTCCAGTGAATA  799

seq1  AAATTGGGTCAAGATAGAAATCAGAAAGAGATCAAAACATTGTCAGATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGGTCAAGATAGAAATCAGAAAGAGATCAAAACATTGTCAGATTT  849

seq1  AAATTAATTACATTACATATCCAAAGTTATGGAACACAAATGAAGGTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAATTAATTACATTACATATCCAAAGTTATGGAACAC-AATGAAGGTGGG  898

seq1  TCTAAGAGAACTAAGCTCATATAGCTACGTGCTTACATAAAAATTTGAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTAAGAGAACTAAGCTCATATAGCTACGTGCTTACAT-AAAATTTGAGT  947

seq1  GATCTTATTTTGCAGAATTTTCCCTGTCCAATAACATTAGGGCAGTGGGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATCTTATTTTGCAGAATTTTCCCTGTCCAAT-ACATTAGGGCAGTGGGA  996

seq1  GGCTTGTGATTGGACAGGAGAAGGGAAGCAGAGTGAGGAGTTTAGAAGAC  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCTTGTGATTGGACAGGAGAA-GGAAGCAGAGTGAGGAGTTTAG-AGAC  1044

seq1  ACAGAGAGAGGTCTGAGGAGGAG-AGGGAGAACCAGAATGGAGGCTGACA  1099
       |||||||| ||||   |||||| |||||||  ||| |||   |||||||
seq2  TCAGAGAGA-GTCTTGAGAGGAGAAGGGAGA--CAG-ATG--AGCTGACA  1088

seq1  TGGTGTT  1106
      |||||||
seq2  TGGTGTT  1095

seq1: chr13_61101935_61103069
seq2: B6Ng01-154H17.g_66_1181 (reverse)

seq1  CCCCAGCTAAAAGGAAATGTGTATTTCATTTATTATAAAGAACATGAACT  50
      ||||||||  ||||||||| | |  |||||||||| |||||||||| |||
seq2  CCCCAGCT--AAGGAAATG-GAA--TCATTTATTA-AAAGAACATG-ACT  43

seq1  TATTGCAACAGCTAGCAAGAGGTCAACTTAATAGAAGGAACAGAAAAAGT  100
      || ||| ||||||||||   |||||||| || ||||||||||||||||| 
seq2  TA-TGC-ACAGCTAGCAGAGGGTCAACTAAAAAGAAGGAACAGAAAAAG-  90

seq1  TGAAGGCCTGCCCCTGGGTACCAAGAAGCACCTCACACAGGACTGTGAAG  150
      |||  | |||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGA--GGCTG--CCTGGGTACC-AGAAGCA-CTCACACAGGACTGTGAAG  134

seq1  ACCACAGCAGAGAAAGGGTGGTTCAGTGCTAATACATGTGTGAGATTTTA  200
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  ACC-CAGCAGAGAAAGGGTGGTTCAGTGCT-ATACATGTGTGAGATTTT-  181

seq1  AAAAGCAATGGCACCAAATGACACTGATTGCCAAGAAACCAGTGACAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAATGGCACCAAATGACACTGATTGCCAAGAAACCAGTGACAGGA  231

seq1  TGGGAATATTATGATCACACATATGTGAGTAGCTTCTCCAAGTTGTAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATATTATGATCACACATATGTGAGTAGCTTCTCCAAGTTGTAGGA  281

seq1  GAGCTCAGAGGTGAAGGACTGGGTATCAAAGTAAAGAGCTGTTTAAAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAGAGGTGAAGGACTGGGTATCAAAGTAAAGAGCTGTTTAAAAGC  331

seq1  TAGATTAACACAGTGGTGTTCCTAAAGTACAAGTCCTCCAGATATAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAACACAGTGGTGTTCCTAAAGTACAAGTCCTCCAGATATAGAGG  381

seq1  CAGATGTACCTGGAGGAAGCTGGATAGCCAGTCTAGACAATAAACCCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTACCTGGAGGAAGCTGGATAGCCAGTCTAGACAATAAACCCCTA  431

seq1  GACCAGCGAGGCACACTGTCTCACTATAGCAGGTGGATAATTATTATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCGAGGCACACTGTCTCACTATAGCAGGTGGATAATTATTATAAG  481

seq1  GCAACTGATGTTAACATCATGTCTCAGTTGCACATATGCATGTACACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGATGTTAACATCATGTCTCAGTTGCACATATGCATGTACACATA  531

seq1  CCTCATTCATGTACATAAGAAAACAAGAACAGATTTGTTCAGTTTAAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCATGTACATAAGAAAACAAGAACAGATTTGTTCAGTTTAAGTG  581

seq1  GAACAATGTTTTCTAGGCTGTACACTCAAACATTGACTGCAAGAAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGTTTTCTAGGCTGTACACTCAAACATTGACTGCAAGAAATAAT  631

seq1  CCATTTGTGAATCTGCTGGACGGGCACCAAGTACTCTTAGACACTGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTGAATCTGCTGGACGGGCACCAAGTACTCTTAGACACTGAATT  681

seq1  ATCTCTTCAGCCCCTAGAATTTCAAATATAAAAATTTTTTTTGGCAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCAGCCCCTAGAATTTCAAATATAAAAATTTTTTTTGGCAAGTA  731

seq1  TACCTGTTCTTGATCAGCCAGTAGTTATTACCATCTTTCACATCTCCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTTCTTGATCAGCCAGTAGTTATTACCATCTTTCACATCTCCCTC  781

seq1  AGATCCATAGCCAACCACCAGAACTGCATGATTCACAAAGTAACTGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCATAGCCAACCACCAGAACTGCATGATTCACAAAGTAACTGCTGC  831

seq1  AATTTGGCTCATAATAAATACCTGAGAAATGAAATGGAAGCTGACATGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGCTCATAATAAATACCTGAGAAATGAAATGGAAGCTGACATGAG  881

seq1  ATGCAAAGGATACATGACAGTGAGCATTGCCACCATCAATAGGGAGGAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGGATACATGACAGTGAGCATTGCCACCATCAATAGGGAGGAGT  931

seq1  TTTCACAGGTCTCTGAAATGATGTAAATCACAATTAGATGTAAGAGCAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGGTCTCTGAAATGATGTAAATCACAATTAGATGTAAGAGCAAA  981

seq1  ATGAATTGTTAGTGAGAAGGCTAATATATGTACATGTGTGTGTATGTATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGTTAGTGAGAAGGCTAATATATGTACATGTGTGTGTATGTATA  1031

seq1  TATATATATATGTTTTCACTGAAAACTGAAGAAAACAGAAGTATAGATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATGTTTTCACTGAAAACTGAAGAAAACAGAAGTATAGATTT  1081

seq1  GTTGATAAACACTTGCCTAGGTGTAGGGAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAAACACTTGCCTAGGTGTAGGGAGAATTC  1116