BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159F16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 9,267,148 - 9,314,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039719, Dip2c
Upstream geneAdarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5, EG667727
Downstream geneLOC666986, Zmynd11, Chrm3, LOC100039604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159F16.bB6Ng01-159F16.g
ACCDH953039DH953040
length995940
definitionDH953039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159F16, 5' end.DH953040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159F16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,267,148 - 9,268,164)(9,313,206 - 9,314,130)
sequence
gaattctcagcatttgcatcaatgatgtgagaaagcaaacccatgtagtt
tcagactctatggaattatctgtggtttctttccctttgctactgcaata
gctcttaagtaaatggaccgagtggtgcattagttactgcctaattttta
tgacaaaaatacctggaagaagcagcttaggaaagagcttacgttggctc
ccagtttgaaggcatgatccatcagggtggagaaagcatgacagcaggca
ggagcgagaggcagatattcactctgcatcttcatgcaggtgctcagcca
gctttctccttaccccttctagtgtaatctgggaccccacaccataggat
gatgtcatccatgttagggtgggtcttccttcctcagctacacctctctg
aaataatactcccccagacacatgtgtctctaattaagttgacaaagaaa
attaactatcacagctggtttgctgtttctggaaaagaatagtaataaaa
gcggaaacaaaaatgcacacagaagtctctgaatttggttacagtcatat
aattcagtatataatataaagtttatatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatttatctatctatctatctatgctgtggaaatg
ccataacaacactaatgatcttgaaatgcaaagtttcatgcaagcgtctc
cagctatttcctaaatgacaattaaataaactcaaactttgtgccgcata
tgtcttgtctttaagcctgcctgaatccagttttggtaatttgttaagat
atggttgaactctaagcaaaccatgagttcccaggcactgttcttcatgg
aatcgcagtgtaggagatcctgcatcacaagcatatgccaccctcctcca
tacgatgtatacttaagtatctgagagctcaaaaacatagtttacacact
ttctcagacttgcagggtggggagatgtcacacgcgagaacacaa

gaattcacaccttaaagctgttcctcatcctgaacctgtgggactcctaa
gtaccaaccctgatacagcctactgaagcaggctaaatagatgaacggcc
agaaaagacaggctgtggtccccactcctgggaaatctattcatcattag
caatgacagcatcacaaaaggaaacttaggacaaaaacataaaggaaagc
tatatagaaaaaataacctattggtaaaacatgaggtcaaattacaacct
gagctagctagacctcctttttaacactcagcatagctaatagaataaaa
aaataaaataaaacacctaggcaacagctggccacgatgctcctgcctaa
gaccccagccattagaaagccagagcaggaaaactgtgacttcaatccag
cctgagctatacagtgaaaacccagaccagacatagtgagatgttgtttc
aaaataataatttttaaaagcttaagcagtatcaactttaataaactggc
acatgcattcccctgtacaaagattgccactggctgtgggccaaaatgct
cttgacaaacagcctgaccacattcccaaaccctgtgagactgaggaccc
agtaatagaacatgaagtatgtcaccctcaagcctgacaaagaccttccc
aactctcttccaccaccgctgtaggttgagacagagtggcccatagtgcc
ccttgctaaggctgcagagcagctgggctcaatcttagcttgaataattt
gctttaaaaataaaatagtaccaagagctttgtctatccactcaacctgc
ccctcttacttgtaatcgcccccccccccaaaaaccctaagggatggggt
tatggcactgtaggtgtttcatgatcatggatgaaggattaagtttgact
gcagcgctacatttaaaatatatatattatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_9267148_9268164
seq2: B6Ng01-159F16.b_47_1041

seq1  GAATTCTCAGCATTTGCATCAATGATGTGAGAAAGCAAACCCATGTAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCATTTGCATCAATGATGTGAGAAAGCAAACCCATGTAGTT  50

seq1  TCAGACTCTATGGAATTATCTGTGGTTTCTTTCCCTTTGCTACTGCAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTCTATGGAATTATCTGTGGTTTCTTTCCCTTTGCTACTGCAATA  100

seq1  GCTCTTAAGTAAATGGACCGAGTGGTGCATTAGTTACTGCCTAATTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAAGTAAATGGACCGAGTGGTGCATTAGTTACTGCCTAATTTTTA  150

seq1  TGACAAAAATACCTGGAAGAAGCAGCTTAGGAAAGAGCTTACGTTGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAAATACCTGGAAGAAGCAGCTTAGGAAAGAGCTTACGTTGGCTC  200

seq1  CCAGTTTGAAGGCATGATCCATCAGGGTGGAGAAAGCATGACAGCAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGAAGGCATGATCCATCAGGGTGGAGAAAGCATGACAGCAGGCA  250

seq1  GGAGCGAGAGGCAGATATTCACTCTGCATCTTCATGCAGGTGCTCAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGAGAGGCAGATATTCACTCTGCATCTTCATGCAGGTGCTCAGCCA  300

seq1  GCTTTCTCCTTACCCCTTCTAGTGTAATCTGGGACCCCACACCATAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCCTTACCCCTTCTAGTGTAATCTGGGACCCCACACCATAGGAT  350

seq1  GATGTCATCCATGTTAGGGTGGGTCTTCCTTCCTCAGCTACACCTCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCATCCATGTTAGGGTGGGTCTTCCTTCCTCAGCTACACCTCTCTG  400

seq1  AAATAATACTCCCCCAGACACATGTGTCTCTAATTAAGTTGACAAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACTCCCCCAGACACATGTGTCTCTAATTAAGTTGACAAAGAAA  450

seq1  ATTAACTATCACAGCTGGTTTGCTGTTTCTGGAAAAGAATAGTAATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTATCACAGCTGGTTTGCTGTTTCTGGAAAAGAATAGTAATAAAA  500

seq1  GCGGAAACAAAAATGCACACAGAAGTCTCTGAATTTGGTTACAGTCATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAAACAAAAATGCACACAGAAGTCTCTGAATTTGGTTACAGTCATAT  550

seq1  AATTCAGTATATAATATAAAGTTTATATCTATCTATCTATCTATCTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTATATAATATAAAGTTTATATCTATCTATCTATCTATCTATCT  600

seq1  ATCTATCTATCTATCTATTTATCTATCTATCTATCTATGCTGTGGAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATTTATCTATCTATCTATCTATGCTGTGGAAATG  650

seq1  CCATAACAACACTAATGATCTTGAAATGCAAAGTTTCATGCAAGCGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACAACACTAATGATCTTGAAATGCAAAGTTTCATGCAAGCGTCTC  700

seq1  CAGCTATTTCCTAAATGACAATTAAATAAACTCAAACTTTGTGCCGCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATTTCCTAAATGACAATTAAATAAACTCAAACTTTGTGCCGCATA  750

seq1  TGTCTTGTCTTTAAGCCTGCCTGAATCCAGTTTTGGTAATTTGTTAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTCTTTAAGCCTGCCTGAATCCAGTTTTGGTAATTTGTTAAGAT  800

seq1  ATGGTTGAACTCTAAGCAAACCATGAGTTCCCAGGCACTGTTCTTCATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGAACTCTAAGCAAACCATGAGTTCCCAGGCACTGTTCTTCATGG  850

seq1  AAATCGCAGTGTAGGAAGATCCTGCAATCACAAGGCATATGCCACCCTCC  900
       |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  -AATCGCAGTGTAGG-AGATCCTGC-ATCACAA-GCATATGCCACCCTCC  896

seq1  TCCATACGATGTATTACTTAAGTATCTGGAGAGCTCAAAAAACAATAGTT  950
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||   ||||||
seq2  TCCATACGATGTA-TACTTAAGTATCT-GAGAGCTCAAAAA--CATAGTT  942

seq1  TACAACCAACTTTTCTCAAGAACCTTGCAGGGGGTGGGGGAGATGTCACA  1000
      ||||  |    |||||| |||  |||||||||    ||||||||||||||
seq2  TACACAC----TTTCTC-AGA--CTTGCAGGG---TGGGGAGATGTCACA  982

seq1  CGCAGAGGAAAACACAA  1017
      |||    || |||||||
seq2  CGC----GAGAACACAA  995


seq1: chr13_9313206_9314130
seq2: B6Ng01-159F16.g_68_987 (reverse)

seq1  TATTTTAAATGTAGGCGCTGCAGTCCAAACTTAATCCTTCATCCATGATC  50
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAATGTA-GCGCTGCAGT-CAAACTTAATCCTTCATCCATGATC  48

seq1  ATGAAACACCTACAGTGCCATAACCCCATCCCTTAGGGTTTTTTGGGGGG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATGAAACACCTACAGTGCCATAACCCCATCCCTTAGGGTTTTT--GGGGG  96

seq1  GGGGGGCGATTACAAGTAAGGGGGGCAGGTTGAGTGGATAGACAAAGCTC  150
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGCGATTACAAGTAAGAGGGGCAGGTTGAGTGGATAGACAAAGCTC  146

seq1  TTGGTACTATTTTATTTTTTAAAGCAAATTATTCAAGCTAAGATTGAGCC  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACTATTTTA-TTTTTAAAGCAAATTATTCAAGCTAAGATTGAGCC  195

seq1  CAGCTGCTCTGCAGCCTTAGCAAGGGGCACTATGGGCCACTCTGTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTCTGCAGCCTTAGCAAGGGGCACTATGGGCCACTCTGTCTCAA  245

seq1  CCTACAGCGGTGGTGGAAGAGAGTTGGGAAGGTCTTTGTCAGGCTTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGCGGTGGTGGAAGAGAGTTGGGAAGGTCTTTGTCAGGCTTGAGG  295

seq1  GTGACATACTTCATGTTCTATTACTGGGTCCTCAGTCTCACAGGGTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATACTTCATGTTCTATTACTGGGTCCTCAGTCTCACAGGGTTTGG  345

seq1  GAATGTGGTCAGGCTGTTTGTCAAGAGCATTTTGGCCCACAGCCAGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGGTCAGGCTGTTTGTCAAGAGCATTTTGGCCCACAGCCAGTGGC  395

seq1  AATCTTTGTACAGGGGAATGCATGTGCCAGTTTATTAAAGTTGATACTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGTACAGGGGAATGCATGTGCCAGTTTATTAAAGTTGATACTGC  445

seq1  TTAAGCTTTTAAAAATTATTATTTTGAAACAACATCTCACTATGTCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTTTTAAAAATTATTATTTTGAAACAACATCTCACTATGTCTGGT  495

seq1  CTGGGTTTTCACTGTATAGCTCAGGCTGGATTGAAGTCACAGTTTTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTTTCACTGTATAGCTCAGGCTGGATTGAAGTCACAGTTTTCCTG  545

seq1  CTCTGGCTTTCTAATGGCTGGGGTCTTAGGCAGGAGCATCGTGGCCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTTTCTAATGGCTGGGGTCTTAGGCAGGAGCATCGTGGCCAGCT  595

seq1  GTTGCCTAGGTGTTTTATTTTATTTTTTTATTCTATTAGCTATGCTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTAGGTGTTTTATTTTATTTTTTTATTCTATTAGCTATGCTGAGT  645

seq1  GTTAAAAAGGAGGTCTAGCTAGCTCAGGTTGTAATTTGACCTCATGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAAGGAGGTCTAGCTAGCTCAGGTTGTAATTTGACCTCATGTTTT  695

seq1  ACCAATAGGTTATTTTTTCTATATAGCTTTCCTTTATGTTTTTGTCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAGGTTATTTTTTCTATATAGCTTTCCTTTATGTTTTTGTCCTAA  745

seq1  GTTTCCTTTTGTGATGCTGTCATTGCTAATGATGAATAGATTTCCCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTTTGTGATGCTGTCATTGCTAATGATGAATAGATTTCCCAGGA  795

seq1  GTGGGGACCACAGCCTGTCTTTTCTGGCCGTTCATCTATTTAGCCTGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGACCACAGCCTGTCTTTTCTGGCCGTTCATCTATTTAGCCTGCTT  845

seq1  CAGTAGGCTGTATCAGGGTTGGTACTTAGGAGTCCCACAGGTTCAGGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGCTGTATCAGGGTTGGTACTTAGGAGTCCCACAGGTTCAGGATG  895

seq1  AGGAACAGCTTTAAGGTGTGAATTC  925
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAGCTTTAAGGTGTGAATTC  920


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |