BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160N23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 10,393,360 - 10,534,301
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDip2c, LOC666986, Zmynd11, Chrm3, LOC100039604
Downstream geneLOC100039648
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160N23.bB6Ng01-160N23.g
ACCDH954134DH954135
length1,1381,112
definitionDH954134|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160N23, 5' end.DH954135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,533,158 - 10,534,301)(10,393,360 - 10,394,484)
sequence
gaattctaggaatagataaaatatgaaccaccatttcgtccaactgagtg
gtggttagtattgattatcaactcaccacaactggaatcacctgggaagt
ctccatgaagaactgtctagttttggttttcctataggtgtgactgtgga
tttgtctggacatccctgactaatatgtaaagtcccgtccactctgagtg
gcttcattacctacctaaaggacctacattcaggaggatgagagaaaggc
acctcaacattaagcgtttatttctctgtactcttgactgtggatgggat
gtgactagctgcttcaagatcctgccactgtgacttccctgacatggggg
actgtaacctgaaattctaagctaaaataaaccctttctcctctaaactg
cttcttgccaaggtatgagttttcatcacagcaacagaaagaaaactaga
acacattttatttcacaaatgaggactactgccgtacagtgtggctaaga
tgtcttgtgaggctttgaaggctatgatgttcacattattcacccacaga
cacaggtcagcttggtcttccctagacttaaaaataaaaacatatatctc
taaaaataaatacaagtttacatctatattttccagttttctttgtgaaa
taagacagcaccatagttttagtcataaggtaaaaactgataatttagat
aaatatagctttctttcaactcttatgatcaagacagttggttcttccat
tttatttacatcaaagttactgcaagctcttattaccagctattttcaga
ttttcttagattttgcatatgaaacagattcttttatcccaaaagctata
ccttcatcattattcaaacattttacacatcccaatgtgttgtactatat
actaacacattcattacatatagtaaacgtatagcaggaggactgagaga
cacagaaagcccggcttcaaagagaagctgtgggaggatgctactagggg
cagagaatacatttgcttaagggtatggcttcctggccaatccaacagtt
gagtggatgggtaatgtgccatgtgtgatcagcagctctaactagacctc
aatagggcgctaaagtaggtgaaacaggggagggaagg
gaattcatcagaggacaaggccaggatgttatttgtattatctctaaacc
ctacatgctgtattttatgagcaatagtatcaacagtatctgatgggatg
cttgtcacactgggggagcccggatattaatctgtaataaacatcaaaca
catttttattgttaatgatattttacttgacttttcagaccctttatcta
agtcacataaacatatgctttacaaaataacagacaactgttttaatgtc
tcaagggtttagacagtatggacaatgttctcttttctctcagtctagaa
agacagtgttaagagtttctaagggatcttgctctgaggatcaggggccc
aagagcagcatggctcttgataataaattatggcaggtgctaagttgggc
aattctcccagaacttctgagggctctacctacagagagatatgaggaag
gagatttccaaggaagtttgagtgcaggttactgtgtgtaaataaacacc
ttcctgtgttattacctggtgtaatcattaacacgccgacataaacctgc
tggtcttcacaccttactctcattctttgggagtgttggcttcctcttat
acctaccaagctcttctggagcaatagatgctctctgtggtctgtggtat
ttttatcttcttcttcacagatggttctcagacaataataatgcttcaac
catttccaattgaaatgaacaatacaatcaaacctatggacaaatctccc
catagtcttgctgcttcatctggctttgctctgcctctcttccctcttcc
ccttgaaaactacccaaagagaatatattcttaactcagggaatccagcc
ccaactaccactcataattttgtctccagaacaaattcttgtgtctattt
cccaggcttcatcttttaaagctactctagcacgtgacaaagtgtctcta
tcactggggagcagatcatgagcgaatgcactcactgatgctggtgcgtt
cctttcatctgcatccctgggaactcctagcttctctacagctggaacat
gccaaagtcagccacgccccacagattatatttgaaaggttatctaagcc
aagagtgcctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_10533158_10534301
seq2: B6Ng01-160N23.b_45_1182 (reverse)

seq1  CCTTCCCT-CCCTGTCT-ACCTACTTTA-CTGCCTATTGA-GTCTAGTTA  46
      |||||||| |||||| | |||||||||| |  |||||||| |||||||||
seq2  CCTTCCCTCCCCTGTTTCACCTACTTTAGCGCCCTATTGAGGTCTAGTTA  50

seq1  GTGCTGCTGTATACACATGGGCACA-TACCCATCCACTCAACTGGTTTGG  95
      | |||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||
seq2  GAGCTGCTGATCACACAT-GGCACATTACCCATCCACTCAACTG--TTGG  97

seq1  ATTGGCCAGG-AGCCATACCCCTTAAGCAAATGTATTCTCTGCCCCCTAG  144
      |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTGGCCAGGAAGCCATA-CCCTTAAGCAAATGTATTCTCTG-CCCCTAG  145

seq1  TAGCATCCTCCCACAGCTTCTCCTTTGAAGGCGGGGCTTTCTGTGTCTCT  194
      ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||
seq2  TAGCATCCTCCCACAGCTTCT-CTTTGAA-GCCGGGCTTTCTGTGTCTCT  193

seq1  CAGTCCTCCTTGCTATACGTTTTACTTATATGTAATTGAATGTTGTTAGT  244
      ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||
seq2  CAGTCCTCC-TGCTATACG-TTTAC-TATATGTAA-TGAATG-TGTTAGT  238

seq1  ATATAGTACAACACATTGGGATGTGTAAAATGTTTGAATAATGATGAAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTACAACACATTGGGATGTGTAAAATGTTTGAATAATGATGAAGG  288

seq1  TATAGCTTTTGGGATAAAAGAATCTGTTTCATATGCAAAATCTAAGAAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTTTGGGATAAAAGAATCTGTTTCATATGCAAAATCTAAGAAAA  338

seq1  TCTGAAAATAGCTGGTAATAAGAGCTTGCAGTAACTTTGATGTAAATAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAATAGCTGGTAATAAGAGCTTGCAGTAACTTTGATGTAAATAAA  388

seq1  ATGGAAGAACCAACTGTCTTGATCATAAGAGTTGAAAGAAAGCTATATTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGAACCAACTGTCTTGATCATAAGAGTTGAAAGAAAGCTATATTT  438

seq1  ATCTAAATTATCAGTTTTTACCTTATGACTAAAACTATGGTGCTGTCTTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATTATCAGTTTTTACCTTATGACTAAAACTATGGTGCTGTCTTA  488

seq1  TTTCACAAAGAAAACTGGAAAATATAGATGTAAACTTGTATTTATTTTTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAAAGAAAACTGGAAAATATAGATGTAAACTTGTATTTATTTTTA  538

seq1  GAGATATATGTTTTTATTTTTAAGTCTAGGGAAGACCAAGCTGACCTGTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATATGTTTTTATTTTTAAGTCTAGGGAAGACCAAGCTGACCTGTG  588

seq1  TCTGTGGGTGAATAATGTGAACATCATAGCCTTCAAAGCCTCACAAGACA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGTGAATAATGTGAACATCATAGCCTTCAAAGCCTCACAAGACA  638

seq1  TCTTAGCCACACTGTACGGCAGTAGTCCTCATTTGTGAAATAAAATGTGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCCACACTGTACGGCAGTAGTCCTCATTTGTGAAATAAAATGTGT  688

seq1  TCTAGTTTTCTTTCTGTTGCTGTGATGAAAACTCATACCTTGGCAAGAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTTTCTTTCTGTTGCTGTGATGAAAACTCATACCTTGGCAAGAAG  738

seq1  CAGTTTAGAGGAGAAAGGGTTTATTTTAGCTTAGAATTTCAGGTTACAGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAGAGGAGAAAGGGTTTATTTTAGCTTAGAATTTCAGGTTACAGT  788

seq1  CCCCCATGTCAGGGAAGTCACAGTGGCAGGATCTTGAAGCAGCTAGTCAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGTCAGGGAAGTCACAGTGGCAGGATCTTGAAGCAGCTAGTCAC  838

seq1  ATCCCATCCACAGTCAAGAGTACAGAGAAATAAACGCTTAATGTTGAGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATCCACAGTCAAGAGTACAGAGAAATAAACGCTTAATGTTGAGGT  888

seq1  GCCTTTCTCTCATCCTCCTGAATGTAGGTCCTTTAGGTAGGTAATGAAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTCTCATCCTCCTGAATGTAGGTCCTTTAGGTAGGTAATGAAGC  938

seq1  CACTCAGAGTGGACGGGACTTTACATATTAGTCAGGGATGTCCAGACAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGAGTGGACGGGACTTTACATATTAGTCAGGGATGTCCAGACAAA  988

seq1  TCCACAGTCACACCTATAGGAAAACCAAAACTAGACAGTTCTTCATGGAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTCACACCTATAGGAAAACCAAAACTAGACAGTTCTTCATGGAG  1038

seq1  ACTTCCCAGGTGATTCCAGTTGTGGTGAGTTGATAATCAATACTAACCAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAGGTGATTCCAGTTGTGGTGAGTTGATAATCAATACTAACCAC  1088

seq1  CACTCAGTTGGACGAAATGGTGGTTCATATTTTATCTATTCCTAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGTTGGACGAAATGGTGGTTCATATTTTATCTATTCCTAGAATTC  1138

seq1: chr13_10393360_10394484
seq2: B6Ng01-160N23.g_67_1178

seq1  GAATTCATCAGAGGACAAGGCCAGGATGTTATTTGTATTATCTCTAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGAGGACAAGGCCAGGATGTTATTTGTATTATCTCTAAACC  50

seq1  CTACATGCTGTATTTTATGAGCAATAGTATCAACAGTATCTGATGGGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGCTGTATTTTATGAGCAATAGTATCAACAGTATCTGATGGGATG  100

seq1  CTTGTCACACTGGGGGAGCCCGGATATTAATCTGTAATAAACATCAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACACTGGGGGAGCCCGGATATTAATCTGTAATAAACATCAAACA  150

seq1  CATTTTTATTGTTAATGATATTTTACTTGACTTTTCAGACCCTTTATCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTATTGTTAATGATATTTTACTTGACTTTTCAGACCCTTTATCTA  200

seq1  AGTCACATAAACATATGCTTTACAAAATAACAGACAACTGTTTTAATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATAAACATATGCTTTACAAAATAACAGACAACTGTTTTAATGTC  250

seq1  TCAAGGGTTTAGACAGTATGGACAATGTTCTCTTTTCTCTCAGTCTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGTTTAGACAGTATGGACAATGTTCTCTTTTCTCTCAGTCTAGAA  300

seq1  AGACAGTGTTAAGAGTTTCTAAGGGATCTTGCTCTGAGGATCAGGGGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGTTAAGAGTTTCTAAGGGATCTTGCTCTGAGGATCAGGGGCCC  350

seq1  AAGAGCAGCATGGCTCTTGATAATAAATTATGGCAGGTGCTAAGTTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGCATGGCTCTTGATAATAAATTATGGCAGGTGCTAAGTTGGGC  400

seq1  AATTCTCCCAGAACTTCTGAGGGCTCTACCTACAGAGAGATATGAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCCCAGAACTTCTGAGGGCTCTACCTACAGAGAGATATGAGGAAG  450

seq1  GAGATTTCCAAGGAAGTTTGAGTGCAGGTTACTGTGTGTAAATAAACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTCCAAGGAAGTTTGAGTGCAGGTTACTGTGTGTAAATAAACACC  500

seq1  TTCCTGTGTTATTACCTGGTGTAATCATTAACACGCCGACATAAACCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGTTATTACCTGGTGTAATCATTAACACGCCGACATAAACCTGC  550

seq1  TGGTCTTCACACCTTACTCTCATTCTTTGGGAGTGTTGGCTTCCTCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTCACACCTTACTCTCATTCTTTGGGAGTGTTGGCTTCCTCTTAT  600

seq1  ACCTACCAAGCTCTTCTGGAGCAATAGATGCTCTCTGTGGTCTGTGGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCAAGCTCTTCTGGAGCAATAGATGCTCTCTGTGGTCTGTGGTAT  650

seq1  TTTTATCTTCTTCTTCACAGATGGTTCTCAGACAATAATAATGCTTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTTCTTCTTCACAGATGGTTCTCAGACAATAATAATGCTTCAAC  700

seq1  CATTTCCAATTGAAATGAACAATACAATCAAACCTATGGACAAATCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCAATTGAAATGAACAATACAATCAAACCTATGGACAAATCTCCC  750

seq1  CATAGTCTTGCTGCTTCATCTGGCTTTGCTCTGCCTCTCTTCCCTCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCTTGCTGCTTCATCTGGCTTTGCTCTGCCTCTCTTCCCTCTTCC  800

seq1  CCTTGAAAACTACCCAAAGAGAATATATTCTTAACTCAGGGAATCCAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAACTACCCAAAGAGAATATATTCTTAACTCAGGGAATCCAGCC  850

seq1  CCAACTACCACCTCATAATTTTGTCTCCAAGAACAAATTCTTGTGTCTAT  900
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTACCA-CTCATAATTTTGTCTCC-AGAACAAATTCTTGTGTCTAT  898

seq1  TTCCCAGGCTTCATCTTTTAAAAGCTACTCTAGCACGTGACAAAGTGGTC  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCCCAGGCTTCATCTTTT-AAAGCTACTCTAGCACGTGACAAAGT-GTC  946

seq1  TCTATCACTGGGGAGCAGATCATGAGCGAAATGGCACTCACTGATGGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||
seq2  TCTATCACTGGGGAGCAGATCATGAGCGAA--TGCACTCACTGAT-GCTG  993

seq1  GTGCGTCCCTTCCATCTGGCATCCCTGGGAACTCCTAGGCCTTCTCTACA  1050
      |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  GTGCGTTCCTTTCATCT-GCATCCCTGGGAACTCCTAG--CTTCTCTACA  1040

seq1  GCTGGAACAATGCAAAGTCAGCCACGCACACACAGGATATATTTGAAAGG  1100
      |||||||||   ||||||||||||||| | |||||  ||||||||||| |
seq2  GCTGGAACATGCCAAAGTCAGCCACGC-CCCACAGATTATATTTGAAA-G  1088

seq1  GTTTACTAAGGCAAGAGTGCTCTCT  1125
      |||  ||||| ||||||||| ||||
seq2  GTTATCTAAGCCAAGAGTGC-CTCT  1112