BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163B06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 43,064,197 - 43,268,699
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhactr1, Tbc1d7
Upstream geneLOC100039272, Hivep1, Edn1, Hn1-ps4
Downstream geneGfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83, LOC100039432, A730030A06
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163B06.bB6Ng01-163B06.g
ACCDH955755DH955756
length1,1501,031
definitionDH955755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163B06, 5' end.DH955756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,064,197 - 43,065,340)(43,267,679 - 43,268,699)
sequence
gaattcactaaagcacttcctcctctctctgaattcataataaacagagc
aagcccaatggcccagagaaagtgtgccttcctgtgtttccttggtgctt
cattggttcagatgtgaatgatagaagaagatgctacaggaggtagaccc
ggccagggcctccttttgaaactctgtggcaagccagaaggctcagaaag
agatgatacataaagtgatgatgtgcctactttccaaatctggagagttg
atttagaagtcaattggagtataattcgcacctaagtctgggaggagaat
tatgagacaagcccgtgtaaggagaagataggagtgtggtcccataagcg
tatgagttgccagatctgaggccagaagagaagggcactcaggagaagat
caaagttcaatgaggaccaacaccaagacattagagtagcctcccagtgt
ccccctttccagggaaatgaattcagggcagagagggtcccttgcttctt
tgcagaatgaaatctctctgtagccttcatccgatgttgcctccttttct
catgaagcacttctgaagagtcattcccagtgtcatcttcttctatcaac
atgtcctccacgcccaaatttcttggctgctgttgtcttcagtttcatca
gaaagtcctagtgttcttgcccatccaagtcctccactgcacgtctaggt
tctccagggtgcatgataagccctctcactggggactcctctgttgttaa
gcctaggaatcacccattatctttcctgtatcgcttctatgttgaataca
ttgtttcagtttgcttttagtcaagatctcacatagcctaggctgacatc
aaacctactatgtagccaaggatgaccttgaacttttgatcctcctgcct
ccaactcccaagtgctgggactacagataccagcacacacacacacacac
acacacacacacacacacacactgccaaggttgatttgtgcagtgctgtg
gatggaacctcaggattctgtccatgatgggcagtcaccctcaccagctg
agctacatccctaacaccaagccattagaccatggctacggtttcaccag
tgcacttccagaaggtgggggtcacaagatttcatcctccaatgatcgcc

gaattcattttcgaggcaccttcacacctccgcccttcactttgacatgg
acatacaacccgcagcagcttctgggtgctgcttgcaaatgcaaccacat
agagcccagccttcccacaactgaatgttaacagtcaattctcaaaccgt
tttactttctccttttgtttgtgccccatgacatgcccagactggagtgg
agtctcaaatatgctatgacttccatttcatacacacatgtccaggttgt
catttcctgccattatgatttagtgagtactttaaaaagtggcaattggc
gtggacccaggcccttttgtatgctatctgagggtttctattgcggtgat
gaaacagcctgaccaaaaagcaagttggggaggaaagggtttatgaggct
tacacttcaacagacctgttcatcactggaggaagtcaggacaggaactc
aaatagggtaggaacccagaggtaggagctggtgcggaggccatggaggg
atgctgcttactgccttgctccccatgacttgctcagcctgctttcttac
agaacccggggccaccacaataggctggaccctccatcaatcactaatta
agaaaaagctgggtctcatggaggtgtctttctcatttgaggcttcctcc
ttttcagtcactctagcttgtgtcaggttgaggtaagattagccagctca
gcatgtgacttcaccactagctgcactcactcacagccttaaaaatccct
aactctccggcccaggtactgctttctctgcagtaatttcccaacactca
tggggacagcgcctcactgcggccgtgttacctcctttggcttgttactg
tgataaaaatacttgaagagacctcggggaggaagggcttacaatgtgag
tggtgccagattggcactaacaattcaaaataacgaattcagtagtctgt
ccagacagtttatatcttcctaatagttccttatttcagtccttggcttc
caattcagtggccacctggggatgggacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_43064197_43065340
seq2: B6Ng01-163B06.b_47_1196

seq1  GAATTCACTAAAGCACTTCCTCCTCTCTCTGAATTCATAATAAACAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAAGCACTTCCTCCTCTCTCTGAATTCATAATAAACAGAGC  50

seq1  AAGCCCAATGGCCCAGAGAAAGTGTGCCTTCCTGTGTTTCCTTGGTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCAATGGCCCAGAGAAAGTGTGCCTTCCTGTGTTTCCTTGGTGCTT  100

seq1  CATTGGTTCAGATGTGAATGATAGAAGAAGATGCTACAGGAGGTAGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTTCAGATGTGAATGATAGAAGAAGATGCTACAGGAGGTAGACCC  150

seq1  GGCCAGGGCCTCCTTTTGAAACTCTGTGGCAAGCCAGAAGGCTCAGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGGCCTCCTTTTGAAACTCTGTGGCAAGCCAGAAGGCTCAGAAAG  200

seq1  AGATGATACATAAAGTGATGATGTGCCTACTTTCCAAATCTGGAGAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATACATAAAGTGATGATGTGCCTACTTTCCAAATCTGGAGAGTTG  250

seq1  ATTTAGAAGTCAATTGGAGTATAATTCGCACCTAAGTCTGGGAGGAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGTCAATTGGAGTATAATTCGCACCTAAGTCTGGGAGGAGAAT  300

seq1  TATGAGACAAGCCCGTGTAAGGAGAAGATAGGAGTGTGGTCCCATAAGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACAAGCCCGTGTAAGGAGAAGATAGGAGTGTGGTCCCATAAGCG  350

seq1  TATGAGTTGCCAGATCTGAGGCCAGAAGAGAAGGGCACTCAGGAGAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTTGCCAGATCTGAGGCCAGAAGAGAAGGGCACTCAGGAGAAGAT  400

seq1  CAAAGTTCAATGAGGACCAACACCAAGACATTAGAGTAGCCTCCCAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTCAATGAGGACCAACACCAAGACATTAGAGTAGCCTCCCAGTGT  450

seq1  CCCCCTTTCCAGGGAAATGAATTCAGGGCAGAGAGGGTCCCTTGCTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTTCCAGGGAAATGAATTCAGGGCAGAGAGGGTCCCTTGCTTCTT  500

seq1  TGCAGAATGAAATCTCTCTGTAGCCTTCATCCGATGTTGCCTCCTTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATGAAATCTCTCTGTAGCCTTCATCCGATGTTGCCTCCTTTTCT  550

seq1  CATGAAGCACTTCTGAAGAGTCATTCCCAGTGTCATCTTCTTCTATCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCACTTCTGAAGAGTCATTCCCAGTGTCATCTTCTTCTATCAAC  600

seq1  ATGTCCCCCACGCCCAAATTTCTTGGCTGCTGTTGTCTTCAGTTTCATCA  650
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCCACGCCCAAATTTCTTGGCTGCTGTTGTCTTCAGTTTCATCA  650

seq1  GAAAGTCCTAGTGTTCTTGCCCATCCAAGTCCTCCACTGCACGTCTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCTAGTGTTCTTGCCCATCCAAGTCCTCCACTGCACGTCTAGGT  700

seq1  TCTCCAGGGTGCATGATAAGCCCTCTCACTGGGGACTCCTCTGTTGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGGTGCATGATAAGCCCTCTCACTGGGGACTCCTCTGTTGTTAA  750

seq1  GCCTAGGAATCACCCATTATCTTTCCTGTATCGCTTCTATGTTGAATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGAATCACCCATTATCTTTCCTGTATCGCTTCTATGTTGAATACA  800

seq1  TTGTTTCAGTTTGCTTTTAGTCAAGATCTCACATAGCCTAGGCTGACATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAGTTTGCTTTTAGTCAAGATCTCACATAGCCTAGGCTGACATC  850

seq1  AAACCTACTATGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTTTTGATCCTCCTGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTACTATGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTTTTGATCCTCCTGCCT  900

seq1  CCAACTCCCAAGTGCTGGGACTACAGATACCAGCACACACACACACACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCCCAAGTGCTGGGACTACAGATACCAGCACACACACACACACAC  950

seq1  ACACACACACACACACACACACTGCCAAGGTTGATTTGTGCAGTGCTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACTGCCAAGGTTGATTTGTGCAGTGCTGTG  1000

seq1  GATGGAA-CTCAGGATTCTGTCCATGATGGGCAGTCA-CCTCACCAGCTG  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GATGGAACCTCAGGATTCTGTCCATGATGGGCAGTCACCCTCACCAGCTG  1050

seq1  AGCTACATCCCTAACA-CAAG-CATTAGACAATGGCTACGTGTTTCA-CA  1095
      |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||| ||
seq2  AGCTACATCCCTAACACCAAGCCATTAGACCATGGCTACG-GTTTCACCA  1099

seq1  GTGGCACTT-CAG-AGGT-GGTGTCACAAGATTTCATCTTCAAATGATCG  1142
      || |||||| ||| |||| || |||||||||||||||| || ||||||||
seq2  GT-GCACTTCCAGAAGGTGGGGGTCACAAGATTTCATCCTCCAATGATCG  1148

seq1  CC  1144
      ||
seq2  CC  1150

seq1: chr13_43267679_43268699
seq2: B6Ng01-163B06.g_69_1099 (reverse)

seq1  TTTGT-CCATCCCCAGGTGG-CACTGAGTTGGAAG-CAAGGACTGAATTA  47
      ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTTGTCCCATCCCCAGGTGGCCACTGAATTGGAAGCCAAGGACTGAAATA  50

seq1  GGGAACTATTAGGAAGATAT-AGCTGTCTGGGACGGACTACTG-ATTCGT  95
       ||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||| ||||||
seq2  AGGAACTATTAGGAAGATATAAACTGTCT-GGACAGACTACTGAATTCGT  99

seq1  T-TTTTGGATTGTTAGTGCCAATCTGGC-TCACTCACATTGTAAGCCCTT  143
      | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGAATTGTTAGTGCCAATCTGGCACCACTCACATTGTAAGCCCTT  149

seq1  CCT-CCCGAGGTCTCTTCAAGTATTTTTATCACAGTAACAAGCC-AAGGA  191
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTCCCCGAGGTCTCTTCAAGTATTTTTATCACAGTAACAAGCCAAAGGA  199

seq1  GGTAACACGGCCGCAGTGAGGCGCTGTCCCCATGAGTGTTGGGAAATTAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACACGGCCGCAGTGAGGCGCTGTCCCCATGAGTGTTGGGAAATTAC  249

seq1  TGCAGAGAAAGCAGTACCTGGGCCGGAGAGTTAGGGATTTTTAAGGCTGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGAAAGCAGTACCTGGGCCGGAGAGTTAGGGATTTTTAAGGCTGT  299

seq1  GAGTGAGTGCAGCTAGTGGTGAAGTCACATGCTGAGCTGGCTAATCTTAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTGCAGCTAGTGGTGAAGTCACATGCTGAGCTGGCTAATCTTAC  349

seq1  CTCAACCTGACACAAGCTAGAGTGACTG-AAAGGAGGAAGCCTCAAATGA  390
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTGACACAAGCTAGAGTGACTGAAAAGGAGGAAGCCTCAAATGA  399

seq1  G-AAGACACCTCCATGAGACCCAGCTTTTTCTTAATTAGTGATTGATGGA  439
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACACCTCCATGAGACCCAGCTTTTTCTTAATTAGTGATTGATGGA  449

seq1  GGGTCCAGCCTATTGTGGTGGCCCCGGGTTCTGTAAGAAAGCAGGCTGAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAGCCTATTGTGGTGGCCCCGGGTTCTGTAAGAAAGCAGGCTGAG  499

seq1  CAAGTCATGGGGAGCAAGGCAGTAAGCAGCATCCCTCCATGGCCTCCGCA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCATGGGGAGCAAGGCAGTAAGCAGCATCCCTCCATGGCCTCCGCA  549

seq1  CCAGCTCCTACCTCTGGGTTCCTACCCTATTTGAGTTCCTGTCCTGACTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCTACCTCTGGGTTCCTACCCTATTTGAGTTCCTGTCCTGACTT  599

seq1  CCTCCAGTGATGAACAGGTCTGTTGAAGTGTAAGCCTCATAAACCCTTTC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGTGATGAACAGGTCTGTTGAAGTGTAAGCCTCATAAACCCTTTC  649

seq1  CTCCCCAACTTGCTTTTTGGTCAGGCTGTTTCATCACCGCAATAGAAACC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAACTTGCTTTTTGGTCAGGCTGTTTCATCACCGCAATAGAAACC  699

seq1  CTCAGATAGCATACAAAAGGGCCTGGGTCCACGCCAATTGCCACTTTTTA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATAGCATACAAAAGGGCCTGGGTCCACGCCAATTGCCACTTTTTA  749

seq1  AAGTACTCACTAAATCATAATGGCAGGAAATGACAACCTGGACATGTGTG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTCACTAAATCATAATGGCAGGAAATGACAACCTGGACATGTGTG  799

seq1  TATGAAATGGAAGTCATAGCATATTTGAGACTCCACTCCAGTCTGGGCAT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAATGGAAGTCATAGCATATTTGAGACTCCACTCCAGTCTGGGCAT  849

seq1  GTCATGGGGCACAAACAAAAGGAGAAAGTAAAACGGTTTGAGAATTGACT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGGGCACAAACAAAAGGAGAAAGTAAAACGGTTTGAGAATTGACT  899

seq1  GTTAACATTCAGTTGTGGGAAGGCTGGGCTCTATGTGGTTGCATTTGCAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATTCAGTTGTGGGAAGGCTGGGCTCTATGTGGTTGCATTTGCAA  949

seq1  GCAGCACCCAGAAGCTGCTGCGGGTTGTATGTCCATGTCAAAGTGAAGGG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACCCAGAAGCTGCTGCGGGTTGTATGTCCATGTCAAAGTGAAGGG  999

seq1  CGGAGGTGTGAAGGTGCCTCGAAAATGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGTGTGAAGGTGCCTCGAAAATGAATTC  1031