BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163E17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 72,983,478 - 73,101,407
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
Downstream geneLOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2, Slc6a3, Clptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7, Nkd2, EG666360, Trip13, Brd9, Zdhhc11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163E17.bB6Ng01-163E17.g
ACCDH955919DH955920
length1,005616
definitionDH955919|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163E17, 5' end.DH955920|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,983,478 - 72,984,216)(73,100,794 - 73,101,407)
sequence
gaattctttgttcaatagaaaatgttatgtttcaatatatgtgttccaca
gctgatgagatggctcagagagtcaaggcacctgaggacaagtgtgatga
tcagagttcaacttctggagctgatcggttaaaagattaaaagactcaca
caagttgttctctgaactcaattcactcatcattgcctatgtgcatacgc
ataagcacataagtaaatggccataataagaataaataaataagtggaaa
catctgatttctttggaaagtcagttatgtcaaatgatgttttgttggga
catgcaggtaaaaggatgttttgctatagcaaacatgtgaaaggacgcat
aatgttcagaagaaatatgacccccatagagagttggaactcaagcattg
ctttgctctgctctgctctgcctcactatcctttcctaacaatatgcatg
tattgcttcaccttacattgcattgctgagccccactggagttgatgcca
tagagagaacttgccaaagaacttctcatgaggttcctgcggcttcttgc
tgcttctgtagccttgggccagttgtagccttgctgtttcttctggattg
aactgcccttgctggtttgtgtgtggtaactgccaagaggactggacttc
agctgctggttcgtatttggtgtttgtggtaggacggaactgctgatatc
ctgacaactaagattggactcagccccaaagaactatttctaaatatgtc
tactttccccaggtcctaactcttgtgagctcctgactcgccagcaaagc
agatgccacaccaggatccttctgcacacgtttattgggagagcttgatt
gcagaggcgaaaagaccccaagcccagaactggtgctgcttatataggcc
tagtgaggcatgtctcacacccaaattggtttatgcttactacctcattt
gcatgtctacatctgattggttacatacctcatttgcatgtctcacatct
gattg
gaattctagtcagcccagaagggagtgtgattcgaatccatggttcacaa
ctgtttctcctgtcttctgtgttgtgtcatcagcccccttgcttctgttg
cctgtcttcatatcctcccccaatatgctaagtgcttcgtgctaacccag
ttgaacgctcaaccaaccctactggaagctattactaacttggctgtggt
tattctgtgagcagtgctgtctgggagtacacagcagcttgaccagagaa
ggcatgtgagaactgtccttctagcccctgtcggactttctttgcagtgt
acagtgtatggtggggtgagaagacagcatttcataaatgctgggggttt
tttttggtttttgttttgttttggttttgattttggtttggtttttttgg
tgaggcacaggcacagatctatcactgagagctggggtctgctggaagtg
gccaggttgcattatggatggtcaaggtggttacaggtatctggtgaagt
ctctgagtagaaacagcaattagctgtgcagagaaaagaaggtatctgac
tctaagtagaaacctgttctcttctgagaagagtggaagtaactgtgggg
gaaacaaaggccatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_72983478_72984216
seq2: B6Ng01-163E17.b_44_782

seq1  GAATTCTTTGTTCAATAGAAAATGTTATGTTTCAATATATGTGTTCCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAATAGAAAATGTTATGTTTCAATATATGTGTTCCACA  50

seq1  GCTGATGAGATGGCTCAGAGAGTCAAGGCACCTGAGGACAAGTGTGATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGAGATGGCTCAGAGAGTCAAGGCACCTGAGGACAAGTGTGATGA  100

seq1  TCAGAGTTCAACTTCTGGAGCTGATCGGTTAAAAGATTAAAAGACTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTCAACTTCTGGAGCTGATCGGTTAAAAGATTAAAAGACTCACA  150

seq1  CAAGTTGTTCTCTGAACTCAATTCACTCATCATTGCCTATGTGCATACGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTCTCTGAACTCAATTCACTCATCATTGCCTATGTGCATACGC  200

seq1  ATAAGCACATAAGTAAATGGCCATAATAAGAATAAATAAATAAGTGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCACATAAGTAAATGGCCATAATAAGAATAAATAAATAAGTGGAAA  250

seq1  CATCTGATTTCTTTGGAAAGTCAGTTATGTCAAATGATGTTTTGTTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATTTCTTTGGAAAGTCAGTTATGTCAAATGATGTTTTGTTGGGA  300

seq1  CATGCAGGTAAAAGGATGTTTTGCTATAGCAAACATGTGAAAGGACGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGTAAAAGGATGTTTTGCTATAGCAAACATGTGAAAGGACGCAT  350

seq1  AATGTTCAGAAGAAATATGACCCCCATAGAGAGTTGGAACTCAAGCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAGAAGAAATATGACCCCCATAGAGAGTTGGAACTCAAGCATTG  400

seq1  CTTTGCTCTGCTCTGCTCTGCCTCACTATCCTTTCCTAACAATATGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTGCTCTGCTCTGCCTCACTATCCTTTCCTAACAATATGCATG  450

seq1  TATTGCTTCACCTTACATTGCATTGCTGAGCCCCACTGGAGTTGATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTCACCTTACATTGCATTGCTGAGCCCCACTGGAGTTGATGCCA  500

seq1  TAGAGAGAACTTGCCAAAGAACTTCTCATGAGGTTCCTGCGGCTTCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGAACTTGCCAAAGAACTTCTCATGAGGTTCCTGCGGCTTCTTGC  550

seq1  TGCTTCTGTAGCCTTGGGCCAGTTGTAGCCTTGCTGTTTCTTCTGGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGTAGCCTTGGGCCAGTTGTAGCCTTGCTGTTTCTTCTGGATTG  600

seq1  AACTGCCCTTGCTGGTTTGTGTGTGGTAACTGCCAAGAGGACTGGACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCCTTGCTGGTTTGTGTGTGGTAACTGCCAAGAGGACTGGACTTC  650

seq1  AGCTGCTGGTTCGTATTTGGTGTTTGTGGTAGGACGGAACTGCTGATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTGGTTCGTATTTGGTGTTTGTGGTAGGACGGAACTGCTGATATC  700

seq1  CTGACAACTAAGATTGGACTCAGCCCCAAAGAACTATTT  739
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAACTAAGATTGGACTCAGCCCCAAAGAACTATTT  739

seq1: chr13_73100794_73101407
seq2: B6Ng01-163E17.g_68_683 (reverse)

seq1  TCATGGCCTTTGTTT-CCCCACAGTTACTTCCACTCTTCTCAGAAGAGAA  49
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCCTTTGTTTCCCCCACAGTTACTTCCACTCTTCTCAGAAGAGAA  50

seq1  CAGGTTTCTACTTAGAGTCAGGTACCTTCTTTTCTCTGCACAGCT-ACTG  98
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  CAGGTTTCTACTTAGAGTCAGATACCTTCTTTTCTCTGCACAGCTAATTG  100

seq1  CTGTTTCTACTCAGAGACTTCCCCAGATACCTGTAACCACCTTGACCATC  148
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTACTCAGAGACTTCACCAGATACCTGTAACCACCTTGACCATC  150

seq1  CATAATGCAACCTGGCCACTTCCAGCAGACCCCAGCTCTCAGTGATAGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGCAACCTGGCCACTTCCAGCAGACCCCAGCTCTCAGTGATAGAT  200

seq1  CTGTGCCTGTGCCTCACCAAAAAAACCAAACCAAAATCAAAACCAAAACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTGTGCCTCACCAAAAAAACCAAACCAAAATCAAAACCAAAACA  250

seq1  AAACAAAAACCAAAAAAAACCCCCAGCATTTATGAAATGCTGTCTTCTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAACCAAAAAAAACCCCCAGCATTTATGAAATGCTGTCTTCTCA  300

seq1  CCCCACCATACACTGTACACTGCAAAGAAAGTCCGACAGGGGCTAGAAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCATACACTGTACACTGCAAAGAAAGTCCGACAGGGGCTAGAAGG  350

seq1  ACAGTTCTCACATGCCTTCTCTGGTCAAGCTGCTGTGTACTCCCAGACAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCTCACATGCCTTCTCTGGTCAAGCTGCTGTGTACTCCCAGACAG  400

seq1  CACTGCTCACAGAATAACCACAGCCAAGTTAGTAATAGCTTCCAGTAGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCACAGAATAACCACAGCCAAGTTAGTAATAGCTTCCAGTAGGG  450

seq1  TTGGTTGAGCGTTCAACTGGGTTAGCACGAAGCACTTAGCATATTGGGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAGCGTTCAACTGGGTTAGCACGAAGCACTTAGCATATTGGGGG  500

seq1  AGGATATGAAGACAGGCAACAGAAGCAAGGGGGCTGATGACACAACACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGAAGACAGGCAACAGAAGCAAGGGGGCTGATGACACAACACAG  550

seq1  AAGACAGGAGAAACAGTTGTGAACCATGGATTCGAATCACACTCCCTTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGAGAAACAGTTGTGAACCATGGATTCGAATCACACTCCCTTCT  600

seq1  GGGCTGACTAGAATTC  614
      ||||||||||||||||
seq2  GGGCTGACTAGAATTC  616